马氏甲烷八叠球菌S－6的一个染色体区段的表达、序列分析和结构分析

用一组多克隆抗体对马氏甲烷八叠球菌（Ｍｅｔｈａｎｏｓａｒｃｉｎａｍａｚｅｉ）Ｓ－６菌株的基因组ＤＮＡ文库进行了筛选．仅选出ｐ６０Ａ克隆能对马氏甲烷八叠球菌中可发生细胞形态学变化菌株的抗血清发生阳性反应．对ｐ６０Ａ克隆的双链ＤＮＡ进行了序列分析．识别出一开式阅读框架（ｏｐｅｎｒｅａｄｉｎｇｆｒａｍｅＰ，ＯＲＦＰ）．表达的蛋白是ＯＲＦＰ编码的蛋白的３倍，并得到ＯＲＦＰ蛋白的三聚体，在ＳＤＳ－ＰＡＧＥ中表现出整体蛋白的迁移行为．同时，此表达蛋白抗１０％ＳＤＳ，６ｍｏｌ／Ｌ尿素及热处理．基因结构分析表明，ＯＲＦＰ具有与Ｍ．ｂａｒｋｒｉｍｃｒＡ有同源性的核糖体结合位点和一个与甲烷细菌启动子共有序列相似度达７７％的启动子序列．使用参照序列分析表明，由ＯＲＦＰ演绎的氨基酸序列，具有高密度的带电荷的氨基酸和占优势的β－层迭构型．对此表达蛋白作了Ｎｅｕｒｏｓｒｏｒａｃｒａｓｓａ的ｐｏｒｉｎ蛋白抗血清试验，以研究其可能功能．检验了Ｍ．ｍａｚｅｉＳ－６细胞的蔗糖梯度制备物，对此原细胞中的ＯＲＦＰ蛋白作了定位．结果表明，ＯＲＦＰ蛋白可能是一种古细菌Ｐｏｒｉｎ，其在Ｍ．ｍａｚｅｉＳ－６中的表达，可能象大肠杆菌那样与渗透压调节有关．     

应用AFLP技术对斜茎黄芪根瘤菌遗传多样性的分析研究

采用ＡＦＬＰ指纹图谱分析技术对来自我国不同地区的９５株斜茎黄芪根瘤菌及２４株已知根瘤菌的参比菌一起进行遗传多样性研究．结果表明,在５０％相似性水平上,全部菌株被分为３１个ＡＦＬＰ群,显示出极大的遗传多样性．相关性较高的菌株的聚类结果与先前的表型性状数值分析结果相一致．具相同ＡＦＬＰ指纹图谱的菌株都具有相同的生长速度,且其中大部分菌株来自我国同一地区,同时具很高的表型相似性．此外,本研究表明,ＡＦＬＰ指纹技术具更高的分辩率,更能揭示种内的遗传多样性     

慢生型花生根瘤菌16S rRNA分析

以２１株分离自四川,云南不同花生产区的慢性型花生根瘤菌和６株参比菌株为材料,进行了１６ＳｒＤＮＡＰＣＲ－ＲＦＬＰ,结果除证实了慢性型花生根瘤菌同慢生型大豆根瘤菌（Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍｊａｐｏｎｉｃｕｍ）高度的遗传相似性外,还发现了一些菌株同Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｉｂｉｕｍｌｉａｏｎｉｎｇｅｎｓｉｓ和Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍｅｌｋａｎｉｉ有较高的遗传相似性,菌株Ｓｐｒ１－２的１６ＳｒＲＮＡ     

紫云英根瘤分离菌株质粒多样性的研究

从广东、广西、湖南、湖北、江西、浙江、江苏７省紫云英（ＡｓｔｒａｇａｌｕｓｓｉｎｉｃｕｓＬ．）主要分布区４６个采集点的紫云英根瘤中分离到１０１个菌株．检测发现有１６种不同质粒类型,所含质粒１～４个不等,含两个质粒的菌株占绝大部分,质粒Ｍｒ为３６×１０６～３６４×１０６．用克隆Ｍ．ｈｕａｋｕｉ７６５３Ｒ的ｎｏｄＤＢＣ４．２ｋｂ片段为探针（α３２ｐｄＣＴＰ）进行的分子杂交结果表明,所有这些菌株均含有共生质粒,通常为第一大质粒,但Ｃ、Ｌ、Ｍ、Ｎ和Ｏ型为第二大质粒,共生质粒Ｍｒ在１３１×１０６～３６４×１０６之间．比较质粒类型与１６Ｓ２３ＳｒＤＮＡＩＧＳ（ｐＨｒ,ｐ２３ＳＲ０１）ＰＣＲＲＦＬＰ分析结果表明,ＩＧＳ类型不同,即使在同一植株分离所得的根瘤其质粒类型常不同,但在同一植株上分离菌株的质粒类型相同,则其ＩＧＳ常表现相同．表明质粒的类型是细菌染色体背景和细菌外环境（如共生条件等）共同作用的结果     

干旱地区几种豆科植物根瘤菌的数值分类和SDS-PAGE全细胞蛋白电泳分析

从新疆、内蒙干旱地区苜蓿属、草木樨属、锦鸡儿属植物的根瘤中分离出５４株根瘤菌,对其中４８株根瘤菌和２２株参比菌一起进行了数值分类研究,在８５％的相似性水平上,未知菌分为３个不同于已知种的新群．另加入６株分离自锦鸡儿属植物的根瘤菌,共７６株菌进行了全细胞蛋白ＳＤＳＰＡＧＥ分析,在８０％的相似性水平上,已知菌相应成群,未知菌除ＸＪ９６３４２在６８％的相似性水平上和群５、６、７、８、Ｒ．ｇａｌｅｇａ聚群外,其余未知菌则分布在４、５、６、７、８、９、１０七个群中．群４中所有菌株属于数值分类的群１;群６中有３株菌属于数值分类的群３;群９中有８株菌为数值分类群２的菌株．反映了两种方法在分类上得到的结果比较近似．     

H2O2对抗旱性不同玉米品种愈伤组织抗氧化系统的影响

两个玉米品种愈伤组织经１０－４ｍｏｌＬ－１、１０－３ｍｏｌＬ－１和１０－２ｍｏｌＬ－１Ｈ２Ｏ２处理３ｈ后,电解质泄漏率加大;Ｈ２Ｏ２和ＭＤＡ含量增加;ＡｓＡ和ＣＡＲ含量的减少．１０－４ｍｏｌＬ－１的Ｈ２Ｏ２处理对愈伤组织产生的氧化伤害较小．抗旱性较强品种ＰＡＮ６０４３愈伤组织的抗氧化酶（ＳＯＤ、ＰＯＤ、ＡＰ和ＧＲ）活性高于抗旱性较弱品种ＳＣ７０１,ＡｓＡ和ＣＡＲ含量的下降程度低于ＳＣ７０１．ＰＡＮ６０４３愈伤组织具有较强的抗Ｈ２Ｏ２能力,与含高活力抗氧化系统密切相关     

大鼠类Alu重复序列的克隆及其在染色体DNA突变分析中的应用

从大鼠低Ｃｏｔ值ＤＮＡ文库分离到一种类Ａｌｕ的重复序列，命名为ＲＡＬＲＳ－１。对ＲＡＬＲＳ－１克隆并进行了测序，长度为２８３ｂｐ，发现其中含有单一的微卫星（ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ）序列ＡＧ，ＡＧＧ和ＡＧＧＧ。ＲＡＬＲＳ－１ＤＮＡ序列在大鼠单倍体基因组中的拷贝数为１５００００～３３００００。依ＲＡＬＲＳ－１中的一段序列合成了一２８寡核苷酸探针（ＡＧＧＧ）７，对大鼠正常组织和肿瘤组织ＤＮＡ指数谱     

快生型大豆根瘤菌（Rhizobium fredii）内源质粒在培养及共…

以湖北洪湖分离的快生型大豆根瘤菌为材料，考察了它们的内源质粒在培养过程及共生的稳定性，结果表明，所有供试菌株的质粒在培养条件下比较稳定，传代５０次后没有明显变异。对其中２个菌株与４种不同的大豆宿主共生过程中质粒的稳定性研究，发现ＨＡ１２－１－１２的共生质粒和隐性质粒高度稳定，ＨＡ７－２－２的质粒却发生了不同程度的变异，质粒检测的结果及ＲＦＬＰ分析表明，ＨＡ７－２－２共生质粒的稳定性高于隐性质粒，而     

转化血型用蕃茄α—D—半乳糖苷酶的分离,纯化及理化性质

成熟蕃茄匀浆后，经硫酸铵盐析，ＤＥＡＥ－ＳｅｐｈａｄｅｘＡ－５０离子交换层析，ＳｅｐａｄｅｘＧ－１００凝胶过滤和Ｍｅｌｉｂｉｏｓｅ－Ａｇａｒｏｓｅ亲和层析，获得了α－Ｄ－半乳糖苷酶（Ｃ．Ｅ．３．２．１．１１）。酶制剂经ＰＡＧＥ检测为一条带；ＳＤＳ－Ｇ－ＰＡＧＥ测得酶Ｍ，为３４０００；比活力５２．９Ｕ／ｍｇ．；提纯倍数为５２９０；产率为４５％。酶专一催化以α－Ｄ－半乳糖为末端ａ－（１，３）连接的糖苷     

转化血型用蕃茄α－D－半乳糖苷酶的分离、纯化及理化性质

成熟蕃茄匀浆后，经硫酸铵盐析，ＤＥＡＥ－ＳｅｐｈａｄｅｘＡ－５０离子交换层析，ＳｅｐａｄｅｘＧ－１００凝胶过滤和Ｍｅｌｉｂｉｏｓｅ－Ａｇａｒｏｓｅ亲和层析，获得了α－Ｄ－半乳糖苷酶（Ｃ．Ｅ．３．２．１．１１）。酶制剂经ＰＡＧＥ检测为一条带；ＳＤＳ－Ｇ－ＰＡＧＥ测得酶Ｍｒ为３４０００；比活力５２．９Ｕ／ｍｇ·；提纯倍数为５２９０１产率为４５％．酶专－催化以α－Ｄ－半乳糖为末端ａ－（１，３）连接的糖苷键，以ＰＮＰＧ（对硝基苯－α－Ｄ－半乳糖昔）为废物，酶催化反应的Ｋｍ＝０．１１ｍｍｏｌ／Ｌ，Ｖｍａｘ为６７μｍｏｌ·ｍｇ１－·ｍｉｎ－１．ｔ稳定范是０～３５℃；ＰＨ稳定范围是４．０～７．０．最适ｐＨ为５．１．半乳糖是酶的竞争性抑制剂；Ｃｕ２＋、Ｚｎ２＋、Ｍｎ２＋、Ｆｅ３＋、Ａｇ＋和ＥＤＴＡ对酶活性无影响．纯酶制剂可作为Ｂ型血向Ｏ型血转化的工具酶液．     

我国蚕豆根瘤菌的多样性和系统发育研究

采用数值分类、16S rDNA PCR-RFLP、IGS PCR-RFLP等方法对分离自我国11个省的50株蚕豆根瘤菌及11株参比菌株进行了表型测定和遗传型研究,同时对5株蚕豆根瘤菌的代表菌株进行了16S rDNA全序列测定.表型测定的结果表明,在80%的相似水平上供试菌株分为4个群,各群间存在地区交叉;16S rDNA PCR-RFLP的聚类结果与数值分类的聚类结果有很好的一致性;IGSRFLP反映的多样性更明显,形成的遗传群较多,可用于菌株间的鉴别.实验结果表明我国蚕豆根瘤菌具有极大的表型多样性和遗传多样性.系统发育研究结果表明,蚕豆根瘤菌的代表菌株均位于快生根瘤菌属(Rhizobium)系统发育分支,与R.leguminosarum USDA2370的全序列相似性达99.9%,说明蚕豆根瘤菌属于Rhizobium,系豌豆根瘤菌的一个生物型.图4表3参12     

现代分子生物学技术在动物肠道微生物多样性研究中的应用

现代分子生物技术的蓬勃发展解决了不可培养微生物研究的难题,使得肠道微生物的研究进入一个新的阶段.本文主要介绍了基于16SrRNA的分子分析技术,包括DGGE(变性梯度凝胶电泳),TGGE(温度梯度凝胶电泳),SSCP(单链构象多态性),RFLP(限制性片段长度多态性)等肠道微生物研究工作中常用的分子生物学技术方法、适用范围及可能的发展方向,为动物肠道微生物区系的进一步研究及开发应用提供帮助.表1参42     

DNA同源性分析最终确定新疆中华根瘤菌（Sinorhizobium xinjiangensis）为一独立种

针对S.xinjiangensis分类地位的争议，从新疆再次分离获得34株快生大豆根瘤菌，在16SrDNAPCR-RFLP分析和SDS全细胞蛋白电泳分群的基础上，进行了16SrDNA全序列相似性和DNA同源性分析.所测4个菌株和S.fredii模式菌株USDA205的16SrDNA全序列有很高的相似性.而DNA同源性分析说明新分离的菌株代表与原定的S.xinjiangensis为一个DNA同源群.其模式菌株CCBAU110与S.fredii的2株参比菌株USDA194、2048之间的DNA同源性分别为31.5%和28.7%.S.fredii的模式菌株USDA205与新分离的菌株代表及原定的S.xinjiangensis的模式菌株和2个参比菌株之间的DNA同源性为20.8%～39%，远低于70%.属于种水平上的差异.按照国际细菌分类委员会以DNA同源性≥70%且△Tm≤5℃作为定种的标准，S.xinjiangensis是Sinorhizobium属中不同于S.fredii的一个独立的种.表3参20     

慢生型大豆根瘤菌的遗传多样性研究

采用选择性扩增片断长度多态性 (简称AFLP)DNA指纹技术对来自泰国北部的 2 45株慢生型大豆根瘤菌进行遗传多样性的研究 .通过AFLP图谱揭示出该地区的慢生型大豆根瘤菌有较显著的遗传多样性 .从 2 45株中选择出 92个代表株用计算机进行的树状图分析结果表明 ,所分析的菌株在 82 %的相似性水平上聚类成 8个群 .对这 92个代表株的部分菌株和慢生型大豆根瘤菌的参比菌株进行多聚酶链反应 (PCR)扩增的 16SrDNA的 4种限制性内切酶长度多态 (简称 16SrDNAPCR RFLP)分析 ,得出 2个不同的 16SrDNAPCR RFLP类型的菌株 ,分别与慢生型大豆根瘤菌的参比菌株Bradyrhizobiumjaponicum和Bradyrhizobiumelkanii相同 .图 1表 2参 14     

慢生根瘤菌交叉结瘤及其系统发育关系的研究

选用包括6株花往根瘤菌[Bradyrhizobium sp.(Arachis)]在内的13株慢生根瘤菌，进行了6种豆科植物结瘤试验及共系统发育分析。研究结果表明，慢生根瘤菌与试验的豆科宿主植物间普遍存在交叉结瘤，还发现有些菌株在原宿主外的豆科植物根部形成类根瘤的现象。16S rDNA和23S rDNA的PCR－RFLP分析揭示出这些菌株rDNA基因的差异性，不同宿主来源的慢生根瘤菌株可以同属一个rDNA类型，而从同一宿主中分离的根瘤菌菌株可分属多种不同的rDNA类型，研究结果表明，采用rDNA PCR-RFLP等遗传背景分析的手段，可能筛选出广谱的根瘤菌力株，表4参8。     

石油降解菌株G5 16S rDNA全序列的系统学分析

用PCR方法扩增了一株石油降解菌株G5的16S rRNA基因全序列，并对其进行了克隆和测序．对该序列在GenBank中的BLAST结果表明，所有与该序列高度同源的序列都是假单胞菌的16S rRNA基因．其中假单胞菌的代表菌株Pseudomonas aeruginosa，P．fluoroscens，P .putida，P.syringae的16S rRNA基因序列与G5的16S rRNA基因序列同源性分别为93．4％，98．4％，96．3％，97．5％．对G5和其他39株假单胞菌的16S rRNA基因序列进行聚类分析，获得的系统发育树与RDP(Ribosomal Database Project)报道的系统发育树基本一致，其中菌株G5与5株P．chlororaphis聚类在一起．图2参7     

四川省部分豆科植物根瘤菌的遗传多样性

从四川省豆科植物鸡眼草属、合欢属、豇豆属、葛属、金合欢、杭子梢分离获得了103株根瘤菌,采用AFLP、BOXAIR-PCR研究了这些菌株的遗传多样性.结果表明,分离自四川省豆科植物6个属的根瘤菌存在明显的遗传多样性,AFLP分析中,全部供试菌株的相似性为21%,全部供试菌株可分为26个AFLP遗传群;BOXAIR-PCR聚类分析结果表明,103个菌株分在70%相似性水平处,供试菌株被分为18个BOX遗传群.除部分菌株外,多数根瘤菌按宿主类型聚群,同一宿主而地理来源不同的根瘤菌分布于不同的遗传群,表明宿主和地理环境对根瘤菌具有深刻影响.图3表1参9     

含油废水中一株高效油脂降解菌的筛选和鉴定

从中国海洋大学餐厅下水道废水中分离、筛选获得9株具有油脂降解能力的菌株。菌株ss-11油脂降解能力最强,在初始筛选条件下其降解率达47.29%。对ss-11的降解条件进行初步研究,结果表明,在初始豆油量为1.0mL·L-1,初始pH为7.5,摇床转速为140r·min-1,37℃下培养72h,该菌的油脂降解率达87.55%。通过菌落形态、生理生化特征、16SrDNA序列系统发育分析,将其鉴定为产酸克雷伯氏菌（Klebsiell aoxytoca）。     

Characterisation and identification of carbofuran-utilising bacteria isolated from agricultural soil

A total of 96 bacterial cultures were isolated from soil. Seventeen bacterial isolates were selected following their cultivation on solid media containing 100 mg · L^?1 carbofuran as the sole source of carbon and nitrogen. Of the 17 isolates, 10F, 11M, 17N, 23B and 26M were specifically chosen because of their relatively higher growth efficiency and genetic diversity based on Box-polymerase chain reaction analysis. These bacterial cultures had 16S rRNA gene sequences that were most similar to Acinetobacter baumannii (10F), Agrobacterium tumefaciens (11M), Ochrobactrum anthropi (17N), Escherichia coli (23B) and Agrobacterium tumefaciens (26M) with 97, 95, 93, 95 and 94% similarity in their 16S rDNA gene sequence, respectively. Degradation rates of carbofuran in soil inoculated with these isolates were 1.9, 1.5, 1.6, 1.7 and 1.6 times, respectively, faster in comparison with uninoculated soil after 10 days of incubation. The maximum degradation rates of carbofuran (45 and 91%) were detected in soil inoculated with A. baumannii (10F) after 10 and 20 days’ incubation, respectively. These data indicate that these isolates may have the potential for use in bioremediation of pesticide contaminated soil.