产生全雄子代罗非鱼亲本的分子标记及其遗传多样性分析

通过1对1的配对实验,选取产生全雄性杂交子一代的奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼亲本,对其进行RAPD分析.在40个引物中筛选出22个重复性好的引物用于两个亲本群体的分子标记和遗传多样性研究,其中5个引物(S236、S328、S471、Opz6、Opz8)扩增出的特异性DNA片段,可以作为区分两个亲本群体的分子标记.在奥利亚罗非鱼群体内,共检出133个位点,多态位点数15,多态位点比例为11.28%,在奥利亚罗非鱼群体内,共检出134个位点,多态位点数26,多态位点比例为19.40%.两个亲本群体内较高的遗传相似指数(S分别为0.9787、0.9462),说明两个群体内的遗传变异较小,纯度高;奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼的种间遗传距离较大(D=0.2595),表明有产生较强杂种优势的可能     

游蛇科（Colubridae）10种蛇的随机扩增多态DNA研究

用随机扩增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）技术对游蛇科１０种蛇基因组ＤＮＡ的多态性进行了分子遗传标记的研究．所得数据经聚类分析结果提示：１．蛇类种内个体间存在着遗传多样性即个体间的差异，随机扩增多态ＤＮＡ片段共享度的分析表明，种间差异显著大于种内个体间的差异，说明在研究种间系统演化关系时．可以用随机取样的个体代表一个种作种间比较．２．锦蛇属是一高度分化的大属，本研究中的５种锦蛇间．玉斑锦蛇和红点锦蛇关系较近．可以井为１组．另３种归为１组还是分为３个不同的组尚难定论．３．游蛇科６个属之间．锦蛇属、乌梢蛇属和鼠蛇属３属间亲缘关系较近．Ｒｈａｂｏｐｈｉｓ和Ｓｉｎｏｎａｔｒｉｘ与链蛇属较近．它们可能代表该科中较原始的类群．     

与甘蔗抗黑穗病基因连锁的RAPD标记筛选

为了寻找与由黑粉菌(Ustilago sictaminea Syd．)引起的甘蔗黑穗病抗病基因连锁的分子标记，从而借助分子标记辅助选择(MAS)手段提高抗病育种效率，用甘蔗抗病亲本Co1001为母本，用感病亲本Ya71-374为父本，配置杂交组合创制抗病性分离群体为材料，采用人工接种新植蔗，田问种植方法鉴定分离个体新植和宿根的抗病性，借助RAPD和集群分离分析法(BSA)，筛选出一个与抗病基因连锁的多态性片段，并在抗、感池中的个体和池外部分个体上得到验证，该片段大小约520bp．对该片段的进一步克隆、测序和转换研究还在进行中，研究结果为抗病育种的MAS奠定了基础．图2表3参12     

蒽醌和十二烷基苯磺酸钠胁迫对鲈鱼DNA损伤的RAPD分析

从40条随机引物筛选出6条，对暴露于蒽醌（0．0195mol／L）和十二烷基苯磺酸钠（100mg／L）海水溶液的鲈鱼基因组DNA进行RAPD扩增反应，检测DNA受损情况．实验结果显示，在蒽醌暴露实验中，引物OPA-03检测到鲈鱼在污染7d时的血液和肝脏DNA受到损伤，扩增结果缺失片段大小约为0．9kb特征带．在十二烷基苯磺酸钠污染实验中，不论是作用于鲈鱼个体，还是直接污染其DNA，用所筛选出的6条引物扩增结果未发现对基因组DNA造成损伤，图3表1参22     

小麦抗禾谷类根线虫基因Rkn-mnl 的SCAR标记

将2个与小麦抗禾谷类根线虫基因Rkn-mnl紧密连锁的RAPD标记分别克隆、测序，根据测序结果设计两对特异PCR引物，通过SCAR-PCR反应条件优化，成功地将特异RAPD标记OPYl6-1065转换成了稳定的SCAR标记．图4参14     

低质量浓度苯酚连续暴露对罗非鱼基因组DNA的影响

苯酚是中国地表水中的第一大类污染物,对水生生态环境存在一定的生态风险。RAPD技术是一种新型基因差异分析技术,具有简单灵敏和快速的优点;微核试验简便、快速、可靠,已经成为筛选化学诱变物的经典的短期试验方法。运用RAPD技术和外周血嗜多染红细胞微核试验分析评价了低质量浓度苯酚连续暴露对罗非鱼(Oreochromis aurea)DNA的影响,为保护罗非鱼的种质资源、提高罗非鱼的质量安全提供依据。RAPD试验结果表明:在12个能扩增出罗非鱼基因组DNA的引物中,引物S327能检测出0.005mg?L-1以上质量浓度苯酚暴露前后罗非鱼基因组DNA的差异,而小于0.002mg?L-1质量浓度的苯酚对罗非鱼基因组DNA没有影响。外周血嗜多染红细胞微核试验结果表明:在一定质量浓度的苯酚连续暴露后,0.005mg?L-1以下的质量浓度组罗非鱼外周血红细胞微核率与对照组相比没有显著的差异(P>0.05),而0.01mg?L-1以上的质量浓度组可诱导罗非鱼外周血红细胞产生微核。微核率与对照组相比差异显著(P<0.05),表现出明显的剂量-效应和时间-效应关系。研究表明苯酚在一定的条件下可对鱼类DNA产生影响。     

RAPD技术在疣荔枝螺性畸变机理方面研究中的应用

用40个随机引物对汕头海湾疣荔枝螺雄性、雌性及性畸变不同阶段个体进行RAPD-PCR扩增。结果有10个随机引 物能扩增出清晰条带,一共扩增出170条片段,其中差异性片段40条。结果表明,差异性片段的出现与有机锡的污染具有一定 的相关性,有机锡的存在已经引起了疣荔枝螺遗传物质DNA的变化,且这种变化是随机的。     

松花江浮游生物群落DNA指纹与物种组成比较研究

对2006年1月采自松花江红旗渡口到同江7个样点的浮游生物群落进行了RAPD指纹分析,进而探讨了河流生态系统浮游生物群落DNA指纹与物种组成之间的关系.筛选出的8条随机引物扩增的谱带全为多态性带,其中特有条带所占比例最大(30.2%);形态分类共检测到浮游生物66种,且没有检测到7个样点的共有种类;这些结果显示研究区域浮游生物群落相似性比较低,环境差异性较大.基于DNA指纹的聚类进一步表明,同江、红旗渡口和佳木斯的浮游生物群落较为相似而聚为一枝,哨口、肇源和哈尔滨为一枝,而松原成为单独的一枝.物种组成则将上游的红旗渡口与哨口,下游的同江与佳木斯分别划为一类,位于中间的3个样点为一类.DNA指纹主要揭示相对优势类群DNA的多态性,因此主要反映的是浮游生物群落与环境的关系;而物种组成在这里更多是反映与空间距离的关系,水流是重要的影响因素,上游的部分个体随水流带到了下游.由此可见,浮游生物群落DNA指纹分析在河流生态系统大空间尺度研究中具有重要意义,尤其是在揭示群落与环境关系方面,并能为水环境分子生物学评价体系的建立积累基础资料和提供蘑要依据.图4表3参21     

锌离子对活性污泥微生物DNA序列多样性的影响

研究了锌离子对活性污泥微生物群落结构的影响.不同浓度的锌离子对有机物的降解和氮的转化均有抑制.经过驯化后,处理系统对有机物的降解可以逐步得到恢复,而对于氨氮和亚硝酸氮的降解则并不随着驯化时间的延长而得到改善.随机扩增多态性RAPD分析表明,在不同的驯化阶段,DNA序列的分子多样性是不同的.结果显示,加入锌离子的微生物多样性明显小于对照组,驯化成熟的实验组尽管在COD的去除率上和对照组没有什么差别,但在生物多样性、丰富度、均匀度和相似性上与驯化初期有较大的差别.从RAPD条带上可清楚地看到某些细菌的消失,以及耐受锌离子的种类的持续存活.      

Diversity and community structure of culturable arsenic-resistant bacteria across a soil arsenic gradient at an abandoned tungsten-tin mining area

We studied the bacterial diversity at a single location (the Terrubias mine; Salamanca province, Spain) with a gradient of soil As contamination to test if increasing levels of As would (1) change the preponderant groups of arsenic-resistant bacteria and (2) increase the tolerance thresholds to arsenite [As(III)] and arsenate [As(V)] of such bacteria. We studied the genetic and taxonomic diversity of culturable arsenic-resistant bacteria by PCR fingerprinting techniques and 16S rRNA gene sequencing. Then, the tolerance thresholds to As(III) and As(V) were determined for representative strains and mathematically analyzed to determine relationships between tolerances to As(III) and As(V), as well as these tolerances with the soil contamination level. The diversity of the bacterial community was, as expected, inversely related to the soil As content. The overall preponderant arsenic-resistant bacteria were Firmicutes (mainly Bacillus spp.) followed by γ-Proteobacteria (mainly Pseudomonas spp.), with increasing relative frequencies of the former as the soil arsenic concentration increased. Moreover, a strain of the species Rahnella aquatilis (γ-Proteobacteria class) exhibited strong endurance to arsenic, being described for the first time in literature such a phenotype within this bacterial species. Tolerances of the isolates to As(III) and As(V) were correlated but not with their origin (soil contamination level). Most of the strains (64%) showed relatively low tolerances to As(III) and As(V), but the second most numerous group of isolates (19%) showed increased tolerance to As(III) rather than to As(V), even though the As(V) anion is the prevalent arsenic species in soil solution at this location. To our knowledge, this is the first study to report a shift towards preponderance of Gram-positive bacteria (Firmicutes) related to high concentrations of soil arsenic. It was also shown that, under aerobic conditions, strains with relatively enhanced tolerance to As(III) predominated over the most As(V)-tolerant ones.