海南近海点带石斑鱼野生和养殖群体微卫星多态分析

采用微卫星分子标记技术对海南近海点带石斑鱼野生和养殖群体的遗传变异进行了研究.实验所用点带石斑鱼分别于2005年6月和9月取自海南万宁石斑鱼养殖基地和三亚近海,均为20尾,取全血以酚-氯仿抽提方法提取基因组DNA,利用微卫星引物进行PCR扩增,反应产物经8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离、银染显色,并计算了相应的遗传学参数.结果表明,在野生和养殖群体中, 7个基因座位的等位基因平均数(A)分别为3.29和3.29,每个基因座位有效等位基因数(ae)分别为1.90～3.68和1.83～4.06,野生和养殖群体平均杂合度(Ho)分别为0.790 4和0.833 7;两个群体间的遗传相似性系数为0.832 5,遗传距离为0.183 4.由此可知,点带石斑鱼野生群体的等位基因数、平均有效等位基因数等于养殖群体,而杂合度两群体相当(P=0.637>0.05),说明海南近海点带石斑鱼野生和养殖群体的种质资源较好.     

浮游藻类环境DNA宏条形码监测引物的比较与验证

环境DNA (eDNA)宏条形码技术通量高、重复性好,在未来生态环境监测中有巨大的应用潜力。目前,浮游藻类环境DNA监测仍处在发展阶段,尚缺乏统一的浮游藻类扩增引物。利用同一个野外环境样本,比较8对通用引物在浮游藻类环境DNA监测中的差异,为初步建立规范化的浮游藻类环境DNA监测方法提供支撑。结果表明,不同引物对浮游藻类扩增存在明显偏好性,靶向扩增16S rDNA的引物主要检出硅藻,其次是隐藻和绿藻;靶向扩增18S rDNA的1391、AD3和ANF 3对引物具有较高的浮游藻类扩增效率和物种辨识度,分别检出67、62、63个浮游藻属,其检出的浮游藻类的相对丰度排序均为硅藻>绿藻>隐藻>金藻>甲藻,可以作为通用引物用于浮游藻类环境DNA宏条形码监测。     

不同冬夏寄主棉蚜种群重复序列引物DNA多态性分析

应用重复序列引物ＰＣＲ技术研究了中国不同冬夏寄主上棉蚜种群的ＤＮＡ多态性，通过筛选出的３种适用于棉蚜的重复序列引物，用它们的扩增结果进行相似性指数Ｉｓ和Ｎｅｉ’ｓ遗传距离Ｄ的计算，并根据遗传距离对所研究的棉蚜种群做聚类分析，结果表明，用遗传距离指标可以将冬夏寄主上的棉蚜分开，并且在不同的冬寄主之间，较适宜越冬的不同寄主上的棉蚜呈现出更大的相似性。在实验数据的分析过程中，还发现遗传距离指标比相似性指     

植物内生菌16S rRNA基因扩增子高通量测序中降低宿主污染的方法

植物内生菌能够帮助植物生长,增强其抗逆性与抗病性,研究植物内生菌对了解植物入侵机制、保护生态环境与农业的健康发展具有重要意义.通过阅读相关文献,总结归纳了降低植物内生菌16SrRNA基因扩增子高通量测序(16S-seq)中宿主基因污染的4种方法,即:①寻找特异性错配引物用来扩增细菌16S rRNA基因;②添加特异性阻断...     

通用引物PCR方法在地表水病原菌检测中的应用

为了探索通用引物PCR方法在地表水病原细菌检测中的应用价值,利用16S rRNA基因的高度保守性,设计并合成细菌的通用引物,采用合成的引物扩增参考菌株及西安市区不同地表水样,并对PCR产物分别进行序列测定及序列同源性分析,同时检测水样中的细菌总数和粪大肠杆菌浓度.结果显示,通用引物扩增4种参考菌株,320 bp处均可得到清晰的电泳条带,其特异性通过序列测定及同源性分析得到进一步验证;通用引物PCR可检出250 ng/L的埃希氏大肠杆菌标准菌株DNA,其PCR检测的灵敏度可达0.275 CFU/mL;用通用引物对西安市区不同地表水样进行PCR扩增,其中■河、兴庆湖、大唐芙蓉园北湖、北石桥污水处理厂出水样品320 bp处都得到了清晰的电泳条带,而黑河水样没有条带;与之相对应的粪大肠杆菌群检测结果显示,只有北石桥污水处理厂出水和兴庆湖水样有粪大肠杆菌检出.