Spatial and seasonal variations in bacterial communities of the Yellow Sea by T-RFLP analysis

Four typical coastal sites (rocky shore, sandy shore, mud flat shore, and artificial harbor) at the Yellow Sea were chosen to investigate the spatial and seasonal variations in bacterial communities. This was accomplished by using terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) analysis of PCR amplified 16S rDNA fragments. Two kinds of tetrameric restriction enzymes, HhaI and MspI, were used in the experiment to depict the bacterial community diversity in different marine environments. It was found that the community compositions digested by the two enzymes separately were different. However, the results of bacterial community diversity derived from them were similar. The MDA analysis results of T-RFLP profiles coming from HhaI and MspI both exhibited a significant seasonal community shift for bacteria and a relatively low spatial variation among the four locations. With HhaI as the sample, the pair wise T-tests also revealed that variations were minor between each pair of marine environments, with R ranging from 0.198 to 0.349. However, the bacterial community structure in the mud flat site depicted a larger difference than each of the other three sites (R ranging from 0.282 to 0.349).     

祁连山七一冰川及融水中细菌多样性的研究

通过荧光显微镜测定细菌密度,利用分离培养和16S rDNA序列分析细菌种类多样性,对祁连山七一冰川雪及融水中的细菌数量和多样性进行了研究.结果表明,七一冰川雪及融水中微生物总数为103~105cells.mL-1,可培养细菌数为0~600cfu.mL-1.恢复出的22株不同种类的细菌隶属于Bacteroidetes、Actinobacteria、Firmicutes和a,β,γ-Proteobacteria共6个类群,其中Bacteroidetes占总类群的80%,为优势类群;Pedobacter和Pseudomonas属为优势菌,占可培养细菌数量的90%.与青藏高原、南北极冰雪中微生物的比较分析发现Pantoea、Providencia、Terrabacter及Aerococcus这4个属和Oxalobacteraceae细菌是七一冰川的地方种类,在其它低温环境中未被发现.     

北京翠湖表流和潜流湿地对细菌多样性的影响

以北京翠湖湿地污水塘、表流湿地和潜流湿地3个单元为研究对象,在了解其水质的基础上,利用流式细胞仪和培养法分别测定微生物细胞总数目和可培养细菌的菌落数目,并采用PCR-DGGE和16S rDNA文库技术对样品的细菌多样性和优势群落结构进行分析.结果表明,翠湖表流和潜流湿地处理对化学需氧量、总氮和总磷的去除率分别达到42.33%、 52.92％和 41.4％;随湿地的逐级处理,总的微生物数量呈逐渐上升的趋势;而可培养的细菌数则表现为先降低后升高;污水塘的水流经表流湿地后,细菌的多样性指数H由3.081 9提高到3.285 0,随潜流湿地的进一步处理又降为3.0181;污水塘细菌的主要类群为Actinobacteria、Cyanobacteria、α-Proteobacteria,分别占38％、　18%和18%;表流和潜流湿地处理后最主要的细菌类群变为β-Proteobacteria,分别占32%和44%,Cytophaga/Flexibacter/Bacteroides（CFB）类群也明显增加,达24%.因此,北京翠湖表流和潜流湿地在去除有机物、氮和磷的同时,微生物数量、细菌多样性及优势群落都发生了明显变化,对水质可能造成危害的某些类群如Actinobacteria、Cyanobacteria比例减少,而β-Proteobacteria和CFB类群的细菌增加.     

低浓度辛基酚的好氧生物降解特性和群落多样性

利用摇瓶序批式试验研究了好氧菌群对低浓度辛基酚的生物降解特性和群落特征.结果表明,在辛基酚初始浓度水平为200、100、50μg·L-1的条件下,一级反应动力学常数分别为0.131、0.219和0.431d-1,辛基酚浓度升高显示出一定的代谢抑制作用.在pH值为5～9的范围内,弱碱性条件(pH=8)最有利于辛基酚的生物降解.甲醇、葡萄糖、苯酚、酵母浸出物等有机添加物普遍可以改善辛基酚的生物代谢,其中,苯酚和酵母浸出物的促进效果最明显,在200μg·L-1的初始浓度下,辛基酚降解半衰期从5.3d分别降至3.2d和2.3d.与较高浓度烷基酚类污染物试验结果不同,实验过程中发现的主要优势菌以γ-proteobacteria、β-proteobacteria和Firmicutes为主.     

复合菌系BYND-8的种群组成及其对沼气产量的影响

为了明确1组在中温下(30℃)高效分解木质纤维素的复合菌系的菌群组成.研究复合菌系预处理秸秆对沼气发酵的影响,利用平板分离法和变性梯度凝胶电泳(DGGE)法研究了中温木质纤维素降解复合菌系BYND-8的菌种组成多样性,通过添加该复合系菌液到以牛粪为原料的沼气发酵体系,研究了添加秸秆降解液对沼气产量的影响.利用平板法分离...     

海洋沉积物中细菌DNA和RNA水平群落差异

海洋沉积物中的微生物在生物地球化学循环中具有重要作用.目前,细菌群落的研究多基于16S rRNA基因(DNA)展开,但DNA不仅包括活性微生物DNA也包括非活性微生物DNA,而RNA水平则可表征环境中具有活性的微生物种群.本研究采用荧光定量PCR和Illumina高通量测序技术,在DNA和RNA水平上研究了渤海和南黄海表层沉积物中细菌群落结构.结果表明,细菌DNA基因丰度比RNA基因丰度高1～2个数量级,DNA水平群落多样性高于RNA水平,二者群落结构差异显著.沉积物中的细菌具有活跃的化能异养、硫酸盐还原和硝化作用.基于16S rRNA基因的测序在探索微生物群落功能时可能会误判重要的功能微生物,总细菌群落中的"稀有生物圈"可能包含转录活跃者,发挥着重要的生物地球化学作用.总体而言,在分析来自稳定沉积环境的细菌群落结构时,基于16S rRNA的研究更能反映真实的生态状况.     

秸秆炭化还田对滴灌棉田土壤微生物代谢功能及细菌群落组成的影响

通过5 a田间定位试验,研究持续秸秆直接还田和炭化还田对滴灌棉田土壤微生物功能多样性以及细菌群落组成的影响.试验设置3个处理:单施化肥(对照,CK)、秸秆直接还田+化肥(ST)和秸秆炭化还田+化肥(BC).秸秆直接还田和炭化还田均显著提高土壤有机质、全氮及速效养分含量,其中秸秆炭化还田的作用更显著.秸秆直接还田处理土壤微生物碳源代谢活性最高,其次是秸秆炭化还田,均显著高于对照.秸秆直接还田主要促进了碳水化合物类和胺类碳源的代谢;秸秆炭化还田显著提高多聚物类碳源的代谢.秸秆直接还田和炭化还田显著提高土壤细菌群落多样性.与对照相比,秸秆直接还田显著增加变形菌门、放线菌门、拟杆菌门以及黄单胞菌科、酸微菌科、微杆菌科和噬纤维菌科的相对丰度;秸秆炭化还田处理酸杆菌门、芽单胞菌门、硝化螺旋菌门以及Blastocatellaceae (Subgroup_4)菌科、芽单胞菌科、亚硝化单胞菌科的相对丰度显著增加.相关性分析表明黄单胞菌科、酸微菌科与碳水化合物类、氨基酸类、羧酸类、胺类碳源代谢显著正相关,噬纤维菌科、微杆菌科与碳水化合物类、胺类碳源代谢显著正相关,Blastocatellaceae (Subgroup_4)菌科、芽单胞菌科、亚硝化单胞菌科与多聚物类碳源代谢显著正相关.持续秸秆炭化还田显著增加滴灌棉田土壤养分,改变细菌群落组成,提高多聚物类碳源的代谢活性.     

土地整治对盐碱土壤细菌群落动态和组装的影响分析

了解土地整治对盐碱土壤细菌群落的影响对认识盐碱地生态特征和推动生态修复具有重要意义.以黄河三角洲盐碱土壤为研究对象,利用Illumina高通量测序技术,测定土地整治区与非整治区土壤细菌群落结构差异,并分析了土壤环境变量、空间因子和土地整治行为对细菌群落结构的相对贡献,探讨了土地整治对细菌群落组装和细菌群落功能的影响.结果表明：土地整治区仅有Shannon多样性指数显著高于非整治区.土地整治区与非整治区的细菌群落结构存在显著差异,通过LEfSe分析确定了细菌群落中的生物标志物,这些生物标志物在土地整治区大多与氮循环过程相关,在非整治区则大多表现出对有机污染与重金属污染的耐受性.空间距离效应分析表明土地整治有利于减弱空间因素对细菌群落结构的影响.中性群落模型分析结果显示土地整治区细菌群落的拟合程度更高,表明具有更高的迁移能力.方差分解分析表明环境变量单独解释部分对细菌群落结构变异的贡献率最大（15.50%）.细菌功能预测结果表明土地整治区土壤氮循环相关功能显著增强,在非整治区碳降解活动更为活跃.总之,土地整治对细菌群落具有显著影响,降低土壤环境的空间异质性,并能够有效改善细菌群落功能.因此...     

蒙脱石对污染土壤中Cu、细菌群落及生菜生长的影响

为探究蒙脱石（Montmorillonite,MM）对污染土壤中Cu、细菌群落和生菜生长的影响,本研究建立了不同Cu含量(100、200、400 mg·kg^-1)及在5种MM添加水平（0、2%、4%、6%和8%,质量分数）下的盆栽试验.结果表明,土壤Cu含量分别为100、200和400 mg·kg^-1时,6%MM、8%MM和8%MM施加量均可促进生菜生长,且体内Cu含量最低,相对于CK处理（CK100、CK200和CK400）,生菜中Cu含量分别降低了18.1%、12.8%和11.5%.适宜的MM可显著降低土壤中Cu的可利用形态.MM能改变土壤细菌群落的组成和结构,如Sphingomonas、Streptomyces、Bacillus等有益细菌属的相对丰度升高.冗余分析（RDA）结果表明,Sphingomonas、Bacillus、Streptomyces通过调节土壤pH、Cu形态、NH₄⁺-N含量来减少Cu在植物中的累积从而促进植株的逆境生长.本研究结果可为不同程度土壤Cu污染修复提供一定的理论支...     

微生物学检验中菌落总数测量结果不确定度的评定研究

文章主要分析了微生物学检验中菌落总数测量不确定度的数学模型、测量不确定度的来源分析、测量不确定度的计算以及相应的表示方法.微生物学检验中菌落总数的测定,其特点是同一样品测定结果相差极大,由随机效应带来的测量重复性所导致的不确定度占了主要部分.通常的做法是对同一样品作多次测量,取对数后进行计算.