不同碳源条件下草菇内切型纤维素酶基因（eg1）转录表达的分析

利用Northernblot方法分析了不同碳源条件下草菇切型纤维素酶基因(eg1)的表达.结果发现,在含有纤维素的液体培养基中生长10d,eg1在草菇菌丝中有高效表达;纤维二糖、α-乳糖、β-乳糖,也能诱导eg1的表达,但和纤维素相比,eg1的表达量相对较低,并且它们的诱导效应在加入这类糖12h后迅速减弱;槐糖和龙胆二糖的诱导作用非常弱.在天然稻草为基质的固体栽培料生长时,草菇eg1的表达和草菇菌丝生长与出菇相对应,在菌丝生长期(d8)可见eg1的表达,d12时菌丝已长满,表达减弱,在出菇及菇体的分化及增大期,eg1的表达量逐渐增强,在成熟期达到最高水平;表明在草菇菇体发育中需要更多碳源及能源的补充,eg1在这方面起着非常重要的作用.图4参14     

极端嗜热菌海栖热袍菌木聚糖酶B的克隆和表达

极端嗜热菌海栖热袍菌MSB8(ThermotogamaritimaMSB8)能够利用木聚糖代谢 ,并具有两个产木聚糖酶的基因 .本研究首次克隆和在大肠杆菌中表达海栖热袍菌MSB8的第 2个木聚糖酶基因即xynB基因 .以基因组DNA为模板 ,根据xynB基因的全序列设计了两对引物 ,在合适的PCR反应条件下有效地扩增出了xynB基因片段 .选用pET2 8a(+)表达载体 ,NcoI-HindⅢ酶切位点并编码了羧基端 6×His标签的阳性克隆表达成可溶且具有生物活性的蛋白质 .xynB结构基因由 10 4 4对碱基组成 ,编码 347个氨基酸 .根据已知木聚糖酶蛋白质氨基酸的同源性分析 ,XynB与T .sp.strainFjSS3-B .1的XynA的同源性最大 ,为 85 % ,与T .neapolitana的XynB同源性次之 ,为 82 % ,与其它木聚糖酶的同源性小于 4 3% .另外 ,XynB属于F/ 10族木聚糖酶 ,且含有单一功能区 .表 3图 3参 12     

Metabolism of the herbicide chlortoluron by human cytochrome P450 3A4

Studies were carried out to investigate the metabolism of herbicide chlortoluron in the microsomal fractions and whole cells of Saccharomyces cerevisiae expressing human cytochrome P450 3A4. Both whole cells and microsomal fractions of yeast expressing human cytochrome P450 3A4 exhibited a typical dithionite-reduced, CO-difference absorbance spectrum with maximum absorbance at 448 nm. Chlortoluron produced a type I binding spectrum with cytochrome P450 3A4 with a K_s value of 200 μM. Chlortoluron was metabolised into four metabolites; hydroxylated-N-monodemethylated, hydroxylated ring methylated, N-didemethylated and N-monodemethylated products. Chlortoluron metabolism was absolutely dependent on NADPH and no metabolism was observed in control transformants.     

死菌DNA对厌氧消化污泥中抗生素抗性基因及微生物群落分析的干扰

为评估死菌DNA对厌氧消化污泥抗生素抗性基因(ARGs)和微生物群落分析的潜在干扰,本研究对3种不同类型厌氧消化污泥进行叠氮溴化丙锭(PMA)处理,比较在PMA屏蔽死菌DNA PCR扩增情况下污泥ARGs和微生物群落分析结果与未经PMA处理情况下的差异.结果表明,经PMA处理后,剩余污泥自厌氧消化样品和高含固厌氧消化污泥样品中的ARGs丰度分别下降了41%～86%和74%～98%;污泥水解液厌氧消化15 d后的污泥样品中ARGs下降幅度相对较小,但降幅最高也达到34%.PMA处理对3个来源不同的厌氧消化污泥微生物群落组成分析结果呈现不同程度的影响,对高含固厌氧消化污泥的微生物群落结构分析影响最为显著.在经PMA处理与未经PMA处理两种情况下,厌氧消化污泥ARGs与微生物群落组成相关性分析的结果也截然不同.研究证明了死菌DNA对厌氧消化污泥ARGs和微生物群落分析的潜在干扰,采用PMA预处理能够更准确地反映厌氧消化污泥中的微生物群落及菌体携带ARGs的特征.     

滇池水中细菌和古菌氮代谢功能基因的空间分布

氮代谢在滇池水生态系统氮素循环和转化过程中起到重要的作用,不仅真核生物参与氮素转化,原核生物作为氮素循环的主要驱动者,在氮素生物化学循环中的作用更不容忽视.基于16S rDNA高通量测序技术,监测滇池草海和外海区域13个点位,分析滇池水中原核生物氮循环功能关键基因的分布特征.结果发现,滇池水中细菌35门, 427属,主要以变形菌门和拟杆菌门为优势门类;古菌14门, 61属,主要以广古菌门为优势门类;β多样性指数显示滇池整体细菌丰富度指数高于古菌,草海细菌多样性指数高于外海.PICRUSt功能解析表明细菌和古菌具有功能上的丰富性,细菌中有35个参与氮代谢的KO通路,涉及氮异化硝酸盐还原基因nirB、一氧化氮还原酶基因norB和硝酸还原酶基因nasK等关键基因;古菌中有23个参与氮代谢的KO通路,涉及固氮酶基因nifH、nifK和nifD,古菌固氮酶基因拷贝数显著高于其它氮代谢基因,草海中古菌氮代谢能力整体高于外海,滇池水中古菌比细菌固氮潜能更大.本研究从原核生物氮循环中功能基因的角度,探讨滇池不同区域水中细菌和古菌氮循环差异,为进一步揭示氮循环机制,解决氮素污染引起的富营养化提供理论参考.     

抗生素抗性基因在两级废水处理系统中的分布和去除

废水处理系统被认为是水环境中抗生素抗性基因(ARGs)的重要污染源.为探究ARGs在废水处理系统中的分布特征和去除情况,选取某精细化工园区内的制药废水处理系统和园区综合性废水处理系统,使用PCR和实时荧光定量PCR对不同处理单元中ARGs的存在情况和丰度变化进行研究.在两个系统进水中分别检出了10种和15种ARGs,其中以四环素类和磺胺类ARGs居多,并首次检出了dfrA13基因.进水中sulⅠ和sulⅡ基因的丰度最高,随后依次是dfrA13、tetQ、floR、tetO和tetW基因.制药废水处理系统使总ARGs浓度上升了0.21个数量级,出水汇入园区综合性废水处理系统再次处理,其对综合性废水处理系统进水中总ARGs的贡献率为5.05%.综合性废水处理系统使总ARGs浓度下降了1.03个数量级,残留ARGs同最终出水一起直接排海,对近海环境中微生物群落的潜在影响有待深入研究.     

鲤鱼对2,6-二硝基甲苯的生物浓缩、消除与代谢研究

 以鲤鱼为实验生物，应用流动式摄取及释放装置，进行了2，6－二硝基甲苯（2，6－DNT）的生物浓缩与释放研究。取得了2，6－DNT在鲤鱼（全鱼）、肝及肠部的生物浓缩曲线。全鱼的浓缩曲线可以稳态（平台式）曲线描述，但是肝、肠部浓缩曲线均呈峰形。肝部峰快速下降后渐趋稳态，肠部峰下降未得稳态。峰形，肝在先，肠在后。对比2，6－DNT在全鱼及肝、肠的生物浓缩曲线，并参照报道_（1，2）指出，全鱼摄取曲线上各点所表现的浓度值为各时刻鱼体内各组织摄取化学品总重对全鱼重量的比值。肝、肠部峰形曲线预示了在肝、肠内生物浓缩过程发生了生物转化作用。对全鱼的生物浓缩过程应用单区一级动力学模型，求得BCF值与消除速率常数K₁与K₂，由K₁/K₂计算得到的BCF值与实测值相符。释放较慢，释放曲线呈双曲线形，半减期为4.8h。     

植物镉耐性/富集基因的筛选方法

植物耐受/富集镉（Cd）是一个复杂的过程,涉及转运蛋白家族、螯合蛋白家族、抗氧化系统等多个方面的参与。文章综述了植物Cd耐性/富集基因的筛选方法,包括抗性表达文库、Cd抗性突变体的图位克隆、基因差异表达、电子克隆。筛选Cd抗性植物cDNA酵母表达文库可鉴定与金属束缚、隔离及外排相关的膜转运蛋白;筛选重金属敏感拟南芥突变体和图位克隆突变基因可鉴定与谷胱甘肽和植物螯合肽合成相关的酶;第二代测序技术、基因差异表达分析则是鉴定Cd响应基因以及揭示金属型植物与非耐性植物表型差异分子基础的有效方法;电子克隆也被应用在模式植物中鉴定重金属转运蛋白家族的编码基因。在此基础上,简述了Cd耐性/富集基因在改良植物Cd耐性或富集上的应用。     

Environmental effects and risk control of antibiotic resistance genes in the organic solid waste aerobic composting system: A review

• ARGs were detected in livestock manure, sludge, food waste and fermentation dregs. • The succession of microbial community is an important factor affecting ARGs. • Horizontal transfer mechanism of ARGs during composting should be further studied. Antibiotic resistance genes (ARGs) have been diffusely detected in several kinds of organic solid waste, such as livestock manure, sludge, antibiotic fermentation residues, and food waste, thus attracting great attention. Aerobic composting, which is an effective, harmless treatment method for organic solid waste to promote recycling, has been identified to also aid in ARG reduction. However, the effect of composting in removing ARGs from organic solid waste has recently become controversial. Thus, this article summarizes and reviews the research on ARGs in relation to composting in the past 5 years. ARGs in organic solid waste could spread in different environmental media, including soil and the atmosphere, which could widen environmental risks. However, the conventional composting technology had limited effect on ARGs removal from organic solid waste. Improved composting processes, such as hyperthermophilic temperature composting, could effectively remove ARGs, and the HGT of ARGs and the microbial communities are identified as vital influencing factors. Currently, during the composting process, ARGs were mainly affected by three response pathways, (I) “Microenvironment-ARGs”; (II) “Microenvironment-microorganisms-ARGs”; (III) “Microorganisms-horizontal gene transfer-ARGs”, respectively. Response pathway II had been studied the most which was believed that microbial community was an important factor affecting ARGs. In response pathway III, mainly believed that MGEs played an important role and paid less attention to eARGs. Further research on the role and impact of eARGs in ARGs may be considered in the future. It aims to provide support for further research on environmental risk control of ARGs in organic solid waste.     

不同施肥措施对水稻土壤微生物镉抗性的影响

镉（Cd）是最常见的土壤重金属污染物之一,对植物和人体具有毒害作用,研究不同施肥条件下的土壤微生物Cd抗性水平,可以为有机肥改良重金属污染提供一定的理论依据.为了探讨施无机肥和有机肥对于微生物Cd抗性水平的影响,在中国江苏常州、江西上高和福建福州水稻种植区采集了施有机肥（猪粪）和无机肥的土壤样品及猪粪样品,利用功能基因芯片（GeoChip 5.0）技术,研究了土壤微生物Cd抗性功能基因的响应及影响Cd抗性功能微生物群落互作的因素.结果表明,施有机肥土壤中有效态Cd含量[（1.08±0.70）mg·kg^-1]显著低于施无机肥土壤[（3.75±1.22）mg·kg^-1]（P<0.05）.土壤及猪粪样品中共检测到639个Cd抗性功能基因,施有机肥土壤中微生物Cd抗性基因丰度高于施无机肥土壤;有效态Cd含量、含水率、pH和铵态氮含量是影响Cd抗性微生物分布的重要环境因素.对Cd抗性微生物分子生态网络分析表明,施无机肥条件下,pH、含水率和有效态Cd含量是影响功能微生物潜在互作关系的主要因素;施有机肥条件下,主要影响因素是全钾和含水率.相比较无机肥,施用有机肥提高了土壤中微生物的Cd抗性水平及耐Cd微生物分子生态网络中的正相互作用.