五氯酚暴露诱导斑马鱼胚胎细胞凋亡相关基因的变化及caspase-2基因克隆和系统进化分析

应用基因芯片技术研究发现,暴露于五氯酚的斑马鱼胚胎中有14个涉及细胞凋亡行为的基因表达发生了显著改变.利用生物信息学方法构建这些功能基因系统进化树,分析与环境毒物诱导的细胞凋亡行为密切相关的caspase-2基因和其他基因之间的同源关系.斑马鱼caspase-2基因由10个外显子和9个内含子组成,cDNA长1308bp,含一个开放阅读框(ORF),编码435个氨基酸.6种脊椎动物Caspase-2氨基酸序列的保守性及系统进化分析结果表明,在特定功能区结构域中氨基酸序列表现出较高的同源性,Caspase-2在进化上高度保守.利用RT-PCR技术,斑马鱼caspase-2基因cDNA被克隆并确认.研究结果表明斑马鱼caspase-2基因是一个研究细胞凋亡行为的模型分子,可为环境化合物的分子毒性评价及其机制研究提供一种分子标记。     

重组基因酵母报道系统筛检GR效应物质

用糖皮质激素受体重组基因酵母报道系统对3种天然与4种合成的糖皮质激素的糖皮质激素受体(GR)效应进行测定.结果表明,天然糖皮质激素中,肾上腺酮的活性最高;而合成激素中甲基强的松的活性最强.这些物质的GR效应与物质的化学结构密切相关.天然和合成糖皮质激素的GR效应随各自的辛醇水分配系数的增加而增强.     

基因改良技术的安全风险防范

基因改良技术通过利用载体系统和采用化学、物理技术在体外直接将核酸注入细胞或细胞器的重组DNA技术,改变了原生物体的基因。这种转变与杂交育种所产生的改变不同,这种转入是按照人的主观意图和目的而设计的,且打破了     

处理含氮芳烃废水SBR生物反应器细菌多样性研究

为了研究处理含氮芳烃废水牛物反应器细菌多样性及含氮芳烃降解的微生物学机制.并为工艺改进提供依据,采集处理含氮芳烃废水生物反应器从启动到稳定高效运行过程中不同时期污泥样品进行PCR-DGGE分析.同时,从稳定运行期反应器污泥中富集培养了90株细菌,获得36株降解菌并对其中5株降解菌进行了芳烃双加氧酶活测试.结果表明,细菌种群结构自启动至稳定运行期变化明显,Acidobacteria(SBR1,SBR7)、Actinobacteria(SBR4)和a-Proteobacteria(SBR6)等类群细菌对含氮芳烃化合物降解可能起重要作用.小同研究微生物多样性方法存在各自倾向性,仅能反映细菌种群中的不同部分.在分离细菌中,Actinobacteria类群细菌为优势类群.通过对降解菌芳烃开环双加氧酶酶活分析,进一步了解了含氮芳烃在反应器内的降解机制.研究结果为含氮芳烃废水处理研究提供了一些有价值的参考依据,并丰富了含氮芳烃废水降解菌资源.     

基因形态能预测谁最长寿

研究人员新发现的一种基因形态能以迄今最高的准确度预测谁会活到至少100岁——即便这些人还有其他与疾病相关的基因。     

木质素过氧化物酶LiPH2合成基因在毕赤酵母中的表达

应用化学合成方法获得了碱基序列优化后的木质素过氧化物酶LiPH2合成基因.分别将去除和含有自身信号肽的合成基因与几种选定的表达载体连接,并转化进入相应的Pichiapastoris宿主菌中,共构建了8个不同的毕赤酵母表达系统.对酵母转化子基因及对其发酵液中重组蛋白的分析结果表明,其中1个表达系统的酵母转化子能够成功分泌LiPH2重组蛋白.同时,对影响目的基因表达的各种因素的分析结果表明:就不同宿主菌而言,SMD1168与表达成功的X-33受体菌在其余因素相同的情况下无分泌蛋白表达,pep4基因的缺失对LiPH2蛋白的表达有不利影响;;就不同分泌信号肽而言,与α因子信号肽相比,LiPH2自身信号肽更有利于引导LiPH2的分泌表达;;就不同表达载体而言,其对外源蛋白的表达存在较大差别.本研究中得到的重组蛋白分子量有所增加,说明很可能存在过度糖基化的影响,过度糖基化和C-端氨基酸的增加可能是造成表达蛋白没有活性的原因.     

1,2,4-三氯苯双加氧酶和脱氢酶基因克隆与序列分析

通过PseudomonasnitroreducensJ5-1对不同氯苯类底物的降解实验,发现其降解能力大小顺序为:1,2,4-三氯苯,1,3-二氯苯,1,2-=氯苯,氯苯,与已报道的1,2,4-三氯苯降解菌株在底物利用的特性方面存在差异.采用PCR技术从J5-1中扩增获得氯苯降解过程中的关键酶--氯苯双加氧酶和脱氢酶的基因序列,分别命名为tcbA和tcbB,序列比对发现其与Burkholderia sp-PS12的氯苯双加氧酶和脱氢酶的基因序列同源性最高.通过J5-1的氯苯双加氧酶.亚基(TcbAa)与PS12的氯苯双加氧酶a亚基(TecAl)的氨基酸序列比对发现,在307-310位置有连续4个氨基酸残基的差异(1307L、M308T、1309V、Q310E),这可能是造成2株菌对1,2,4,5-四氯苯降解偏好性差异的原因.此外,通过催化芳香化合物降解的双力D氧酶a亚基的系统进化分析,认为TcbAa属于甲苯/联苯亚科,且与多取代氯苯双加氧酶e亚基的同源性最大.     

基于mcrA基因的厌氧颗粒污泥产甲烷菌群分析

基于mcrA基因对阿维菌素废水处理工业化UASB厌氧颗粒污泥中产甲烷菌群进行分析,并与基于16S rRNA基因的产甲烷菌群分析结果进行比较.结果表明,基于2种目标基因PCR产物的DGGE图谱存在差异,但根据图谱计算所得产甲烷菌群Shannon多样性指数、Margalef丰富度指数和Berger-Parker优势度指数没有差异,表明基于2种目标基因的产甲烷菌群多样性分析基本一致.基于不同目标基因的优势产甲烷菌群系统发育种属的分析结果大体相似,产甲烷杆菌目和产甲烷八叠球菌目是厌氧颗粒污泥样品中的优势产甲烷种群;同时,分析结果的差异表明2种目标基因的检测特异性不完全相同.基于2种目标基因的产甲烷菌群FISH杂交区域具有很高的一致性,但杂交区域面积有所差异.基于mcrA基因FISH检测的产甲烷菌群平均相对丰度为24.25%±6.47%,低于基于16S rRNA基因FISH检测结果(33.42%±2.34%).以上结果表明,基于mcrA基因与基于16S rRNA基因的的产甲污泥菌群分析结果具有较高的相似度,mcrA基因可以作为16S rRNA基因的替代目标基因.     

不同生物反应器中基因工程菌生物强化处理阿特拉津研究

在膜-生物反应器(MBR)和复合生物反应器中,考察基因工程菌生物强化处理阿特拉津去除效果,并对基因工程菌浓度和降解基因atzA基因丰度变化进行检测.结果表明,阿特拉津对COD和氨氮的生物去除活性具有一定的抑制作用;基因工程菌生物强化后,COD及氨氮的去除效率得到恢复.MBR对COD和氨氮的去除效果优于复合生物反应器.基...     

利用氧化亚氮还原酶基因 (nosZ) 评价人工湿地系统中的反硝化菌

应用人工潜流湿地净化微污染地表水,出水用于补给人工景观河.利用定量PCR测定了湿地植物根际土壤和景观河底泥中16S rDNA和nosZ的丰度,并采用PCR-DGGE技术考察了样品中含nosZ基因的群落结构及其相似性.定量PCR结果表明,潜流湿地及人工景观河16S rDNA、nosZ平均绝对丰度(以DNA计)分别为1.91E+07、1.26E+06和2.68E+07、8.37E+05 copies.ng-1,以干土计时分别为1.45E+11、9.31E+09和5.31E+11、1.45E+10 copies.g-1.景观河底泥中微生物总量和反硝化菌数量要高于湿地根际土壤,但是后者nosZ相对丰度(3.8%～10.1%)则明显高于前者(1.7%～4.1%).根际土壤和底泥样品聚类分析相似度低,根际土壤优势菌种大部分与红杆菌目(Rhodobacearales)、根瘤菌目(Rhizobiales)和伯克氏菌目(Burkholderiales)的细菌相似,而底泥的优势菌种均为不可培养的微生物.