环境流行病学研究中全血长期保存与RNA提取方法

RNA是在基因表达层面探究分子生物学机制的重要研究对象.由于RNA化学性质活泼、结构不稳定,并且内外源RNA酶无处不在,如何从环境流行病学研究收集到的全血样本中提取出高质量的总RNA是困扰研究人员的一大难题.本研究旨在建立一种能长期保存全血样本并从中提取出高质量总RNA的方法.通过将环境流行病学研究中采集到的少量新鲜全血立即与10倍体积的TRIzol试剂混匀后置于-80℃冰箱中,可保护RNA在长期保存过程中不发生降解.针对长期保存的全血-TRIzol混合体系,在经典的TRIzol一步法基础上,无需将全血样本分装至不含RNA酶的1.5 mL离心管,直接在较大操作空间(不含RNA酶的15 mL离心管)中进行总RNA相分离、沉淀、洗涤等操作,并在总RNA晾干前再增加离心并吸取少量残留液体操作,缩短自然晾干时间.本方法无需离心、分离血浆、裂解红细胞等繁杂的前处理步骤,极大地简化了操作步骤,减少了采样工作量,实现了对全血样本的低成本长期保存.通过增大操作空间、改进晾干操作,本方法显著提高了总RNA样本的完整性和纯度.使用本方法提取出保存一年的全血总RNA产率为(9.18±2.10)μg·mL~(-1),完整性指标RIN值和28S/18S分别为8.98±0.18和1.08±0.08,纯度指标OD_(260)/OD_(280)和OD_(260)/OD_(230)分别为2.18±0.04和1.70±0.00.保存两年的全血提取出总RNA的产率、完整性及纯度仍然可以满足下游实验要求.     

从油田分离的两株嗜热产孢子硫酸盐还原菌系统进化分析

为了寻找极端微生物资源,将来自油田环境的微生物作为研究对象,分离得到两株硫酸盐还原菌.菌株CW02来自于油田联合污水处理站里的地面污水,兼性厌氧,能在pH为2.8的酸性培养基中生长,耐受最高矿化度为30.0g/L,最高生长温度为48℃,可利用苯环化合物为唯一碳源生长.菌株CW03取自于4000多米深原油井的原油分离水中,严格厌氧,不耐酸,能够在68℃的温度下生长,可利用较短碳链的有机化合物.两株菌都是直或弯的杆状,革兰氏阳性,有极生鞭毛,产孢子.通过16SrDNA测序以及在线的Blast系列比对分析:两株菌均属于细菌界(Bacteria),厚壁菌门(Firmicutes),梭菌纲(Clostridia),梭菌目(Clostridiales),蛋白胨链球菌科Peptococcaceae,脱硫肠状菌属(Desulfotomaculum),与该属中的种Desulfotomaculumnigrificans和Desulfotomaculumaeronauticumd相似性达到98%.但是通过多重序列比对构建进化树的方法分析发现,菌株CW03属于古细菌界,与古细菌界的古生球菌属进化距离较近.图5表2参32     

多环芳烃在污泥与菜籽饼堆肥中的降解规律

研究了城市污泥和菜籽饼堆肥体系中16种多环芳烃(PAHs)在94 d内的降解演化过程.堆肥体系开始时16种PAHs的总浓度为1.792 mg·kg~(-1),堆肥结束后其总浓度为0.153 mg·kg~(-1).其总降解率为91.5% (p<0.05).堆肥过程中,堆体腐殖酸呈现先上升后下降,最后又稳步上升的趋势;与此同时,PAHs则呈现先下降后上升,最后又明显下降的趋势(第31～61 d).PAHs的微生物降解主要发生在堆肥的第16～31 d,但是苯环数≤3的PAHs降解过程与苯环数≥4的PAHs在堆肥第31～47 d存在差异:苯环数≤3的PAHs(除了菲)存在着一个持续的降解过程,但是苯环数≥4的PAHs和菲在堆肥第31～46 d表现出浓度的上升.这表明苯环数≥4的PAHs和菲存在强吸附作用,它们紧密的吸附使得微生物不易进行生物降解.PAHs化合物降解率与其相对分子质量之间存在正相关的关系,即相对分子质量越大的化合物其降解率越高,苯并(b)荧蒽例外.