| 西番莲查尔酮合成酶(CHS)基因家族全基因组鉴定及表达模式北大核心CSCD |
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| 引用本文： | 何锐杰,方庭,余伟军,张梦媛,饶娅,梁钒,魏秀清,曾黎辉.西番莲查尔酮合成酶(CHS)基因家族全基因组鉴定及表达模式北大核心CSCD[J].应用与环境生物学报,2022(4):1066-1075. |
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| 作者姓名： | 何锐杰 方庭 余伟军 张梦媛 饶娅 梁钒 魏秀清 曾黎辉 |
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| 作者单位： | 1.福建农林大学园艺学院350028;2.福建农林大学园艺植物遗传育种研究所350028;3.福建省农业科学院果树研究所350013; |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金青年基金项目(31701900)；福建省种业创新与产业化工程项目(zycxny2021010)；福建省公益类科研院所专项(2019R1028-9)资助。 |
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| 摘 要： | 为了解西番莲(Passiflora edulis Sims f.)查尔酮合成酶(chalcone synthase,CHS)基因家族的分子进化特性及其在果皮着色与非生物胁迫中的功能,从Pfam数据库下载CHS蛋白HMM模型,并使用HUMMER 3.0、Blast工具和CDD-search鉴定出西番莲基因组中的CHS基因.采用TBtools、EXPASy、MEGA 7.0、MEME、PRAB、SWISSMODEL和PlantCARE等软件对其氨基酸与碱基序列进行生物信息学分析,采用qRT-PCR的方法检测西番莲CHS(PeCHS)基因家族成员进行表达模式分析.研究结果显示西番莲基因组中共有11个PeCHS基因家族成员,分布在6条染色体上,可分为4个亚族,基因结构分析显示2个PeCHS(PeCHS5和PeCHS9)基因具有3个外显子,其他PeCHS基因只具有2个外显子.西番莲物种内共线性分析结果显示两个PeCHS基因对具有片段重复特征:PeCHS3-PeCHS6和PeCHS7-PeCHS9.多物种共线性分析结果显示,只有PeCHS10基因与其他物种具有进化关系.启动子顺式作用元件分析表明该基因家族成员启动子上含有大量逆境胁迫和激素、响应元件.qRT-PCR结果显示PeCHS基因在紫色果皮中的表达量明显高于黄色果皮,且大部分PeCHS基因的表达量在紫色西番莲果皮转色后显著增加.此外,分别有5个(PeCHS3、PeCHS4、PeCHS6、PeCHS8、PeCHS10)和6个(PeCHS1、PeCHS3、PeCHS4、PeCHS7、PeCHS8、Pe CHS11)基因的表达量在高温与低温胁迫下显著提高.本研究表明西番莲的CHS家族成员序列相对保守,并且部分成员可能在果皮花青素积累与温度胁迫中发挥重要作用.(图10表4参53)
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| 关 键 词： | 西番莲 CHS基因家族 生物信息学 基因表达 |
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