发酵床垫料中微生物16S rDNA PCR反应条件的建立与优化 |
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引用本文: | 杜东霞,尹红梅,张德元,刘标,许隽,王震,贺月林.发酵床垫料中微生物16S rDNA PCR反应条件的建立与优化[J].国外农业环境保护,2014(5):470-475. |
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作者姓名: | 杜东霞 尹红梅 张德元 刘标 许隽 王震 贺月林 |
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作者单位: | 湖南省微生物研究院,湖南长沙410009 |
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基金项目: | 湖南省农业产业技术体系“湖南省生猪产业技术体系生猪产业规模养殖与环境控制岗位” |
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摘 要: | 为探讨发酵床垫料中微生物16S rDNA基因扩增实验中诸多因素对实验结果的影响,采用单因素法对16S rDNA基因扩增时PCR反应体系中的5个潜在因素(Mg^2+、dNTP、引物、Taq酶、模板DNA)5水平上进行优化实验,并进一步优化了反应程序中的退火温度、循环次数。结果表明:25μL的最佳反应体系为:10×PCR buffer 2.5μL、MgCl22.0 mmol·L^-1、dNTP 0.2 mmol·L^-1、引物0.2μmol·L^-1、Taq DNA聚合酶0.5 U、模板DNA 50 ng;最佳反应程序为:在94℃下进行4 min预变性;随后循环扩增25个循环(包括94℃变性45 s,53.7℃退火30 s,72℃延伸90 s);最后在72℃下延伸10 min。
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关 键 词: | 发酵床垫料 16SrDNA 单因素法 退火温度 |
Establishment and Optimization of Microbial 16S rDNA PCR Reaction Conditions in Fermentation Bed Padding Material |
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Authors: | DU Dong-xia YIN Hong-mei ZHANG De-yuan LIU Biao XU Jun WANG Zhen HE Yue-lin |
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Institution: | ( Hunan Academy of Microbiology, Changsha 410009, China) |
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Abstract: | In order to study the influence of several potential factors on 16 S rDNA PCR reaction conditions in fermentation bed padding material, five factors(Mg^2+, dNTP, primer, Taq DNA polymerase and DNA template)were optimized by single factor experiment at 5 concentration levels. Annealing temperatures and amplification cycle numbers were also optimized. The results showed that the optimum 25 μL reaction system comprised 10×PCR buffer 25 μL, MgCl22.0 mmol·L^-1, dNTP 0.2 mmol·L^-1, primer 0.2 μmol·L^-1, Taq DNA polymerase 0.5 U and DNA template 50 ng; and the optimum PCR procedure was as an initial pre-denaturing at 94 ℃ for 4 min, which preceded 25 cycles of denaturing at 94 ℃ for 45 s, annealing at 53.7 ℃ for 30 s, and extension at 72 ℃ for 90 s, with a final extension at 72 ℃ for 10 min. |
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Keywords: | fermentation bed padding material 16S rDNA single factor experiment annealing temperature |
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