| 濒危植物厚朴SSR引物筛选及反应体系优化 |
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| 引用本文： | 麦静,杨志玲,杨旭,陈慧,刘起胜,廖海军.濒危植物厚朴SSR引物筛选及反应体系优化[J].生态与农村环境学报,2015,31(4). |
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| 作者姓名： | 麦静 杨志玲 杨旭 陈慧 刘起胜 廖海军 |
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| 作者单位： | 1. 中国林业科学研究院亚热带林业研究所,浙江富阳311400;浙江省林木育种技术研究重点实验室,浙江富阳311400
2. 湖南省安化县林业局,湖南安化,413500 |
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| 摘 要： | 探索适宜厚朴(Magnolia officinalis)简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)-聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)的最佳条件.在SSR引物筛选基础上,利用正交试验设计对影响PCR反应的5个因素(模板DNA、引物、Mg2+、dNTPs和Taq酶催化活性浓度)进行4个水平的优化,并通过温度梯度试验优化引物退火温度.在厚朴及其近缘物种的70对引物中,筛选出13对扩增条带清晰、多态性丰富的SSR引物.PCR各因素在不同水平下对反应体系的影响由大到小依次为引物浓度、Taq酶催化活性浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度和模板DNA浓度.PCR最佳优化体系:25 μL体系中,模板DNA质量浓度为2 ng·μL-1,引物浓度为0.6μmol·L-1,Mg2+浓度为2.0 mmol·L-1,dNTPs浓度为0.5 mmol·L-1,Taq酶催化活性浓度为0.03 U·μL-1(1U=16.67 nkat).最佳扩增程序:94℃预变性4 min,94℃变性30 s,48.0～59.0℃(退火温度随引物不同而定)退火30 s,72℃延伸1 min,35个循环后72℃延伸10 min.上述结果可为利用SSR-PCR技术研究濒危厚朴群体遗传学和分子生态学提供技术参数.
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| 关 键 词： | 厚朴(Magnolia officinalis) 简单重复序列(SSR) 引物筛选 正交设计 |
Screening of Primers for SSR Markers and Optimization of Reaction System for Endangered Plant Magnolia officinalis |
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| MAI Jing,YANG Zhi-ling,YANG Xu,CHEN Hui,LIU Qi-sheng,LIAO Hai-jun.Screening of Primers for SSR Markers and Optimization of Reaction System for Endangered Plant Magnolia officinalis[J].Journal of Ecology and Rural Environment,2015,31(4). |
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| Authors: | MAI Jing YANG Zhi-ling YANG Xu CHEN Hui LIU Qi-sheng LIAO Hai-jun |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Magnolia officinalis SSR primers screening orthogonal design |
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