| 甘蔗SCoT-PCR反应体系优化与多态性引物筛选及应用 |
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| 引用本文： | 苏亚春,凌辉,王恒波,阙友雄,吴期滨,陈珊珊,许莉萍.甘蔗SCoT-PCR反应体系优化与多态性引物筛选及应用[J].应用与环境生物学报,2012(5):810-818. |
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| 作者姓名： | 苏亚春 凌辉 王恒波 阙友雄 吴期滨 陈珊珊 许莉萍 |
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| 作者单位： | 福建农林大学农业部甘蔗生物学与遗传育种重点实验室 |
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| 基金项目： | 现代农业产业技术体系建设专项资金(No.CARS-20)资助~~ |
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| 摘 要： | 目标起始密码子多态性(Start condon targeted polymorphism,SCoT)分子标记是一种新型的标记,结合了ISSR标记和RAPD标记的优点.本研究针对SCoT-PCR反应体系的影响因素,以甘蔗叶片DNA为材料,在单因子实验的基础上,采用L16(45)正交实验设计,进一步探讨了模板DNA、Mg2+、dNTPs、引物及Taq酶等5个因素对甘蔗SCoT-PCR扩增效果的影响,建立了甘蔗SCoT-PCR的优化反应体系.25μL PCR反应混合液中,含50 ng DNA模板、2.0μL 10×Ex Taq Buffer(Mg2+Plus)、0.625 U Ex Taq酶,dNTP和引物的终浓度分别为0.22 mmol/L和0.9μmol/L.以我国种植面积最大的栽培品种新台糖22号为模板,应用优化体系,对40条SCoT标记引物进行测试,筛选出16条有效扩增的引物,且均为多态性引物,其GC含量在50%～67%之间.该体系的稳定性和SCoT标记引物的扩增能力,通过基于随机选择的4条引物对9份具有地理来源和遗传背景不同的甘蔗种质进行标记分析来验证,结果共扩增出84条带,其中多态性条带占82.14%,平均单条引物可扩增出21条.研究结果为在甘蔗上进一步开发和应用功能性SCoT标记奠定了基础.
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| 关 键 词： | 甘蔗 SCoT标记 体系优化 引物筛选 多态性能力 |
Optimization of SCoT-PCR Reaction System, and Screening and Utilization of Polymorphic Primers in Sugarcane |
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| SU Yachun,LIN Hui,WANG Hengbo,QUE Youxiong,WU Qibin,CHEN Shanshan & XU Liping.Optimization of SCoT-PCR Reaction System, and Screening and Utilization of Polymorphic Primers in Sugarcane[J].Chinese Journal of Applied and Environmental Biology,2012(5):810-818. |
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| Authors: | SU Yachun LIN Hui WANG Hengbo QUE Youxiong WU Qibin CHEN Shanshan & XU Liping |
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| Institution: | (Key Laboratory of Sugarcane Biology and Genetic Breeding of Ministry of Agriculture,Fujian Agriculture & Forestry University,Fuzhou 350002,China) |
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