| 采用RNA-seq比较甘蓝型油菜矮化突变体与其高秆亲本的可变剪切 |
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| 引用本文： | 解艳芳,牛显飞,蒋学飞,刘双双,王茂林.采用RNA-seq比较甘蓝型油菜矮化突变体与其高秆亲本的可变剪切[J].应用与环境生物学报,2018(1). |
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| 作者姓名： | 解艳芳 牛显飞 蒋学飞 刘双双 王茂林 |
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| 作者单位： | 四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室; |
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| 摘 要： | 为了研究甘蓝型油菜的矮化机制以及植物激素与矮化的关系,用Illumina Hiseq 4000平台对苗期甘蓝型油菜矮化突变体NDF-1及其高秆亲本3529的根进行RNA-seq测序.测序数据以甘蓝型油菜基因组作为参考基因组进行比对,用TopHat软件鉴定可变剪切,其中以3S和5S类型的可变剪切为主.对鉴定出的可变剪切基因做差异基因(DEGs)表达分析,共有913个DEGs,其中矮化突变体NDF-1相对于野生型3529上调的基因数有457个,显著下调的基因有456个.GO富集表明,发生可变剪切的差异基因主要功能是参与代谢过程和生物合成、细胞组分以及酶活性等过程.通过对代谢通路的富集,选取植物激素信号转导通路进行分析.该通路中的Bna Cnng57860D基因中存在两个仅发生在野生高秆3529油菜中的稳定性可变剪切,而基因BnaA05g32040D和BnaA03g50910D中发生的稳定性可变剪切仅在矮化突变体NDF-1中发现.本研究筛选出可能与油菜矮化相关的可变剪切,可为油菜矮化新品种培育研究奠定基础.
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