| 精确三维光谱数据活性关系方法应用于ToxCast数据库中雌激素受体数据分类、验证和特征提取的建模策略 |
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| 摘 要： | 本文利用三维光谱数据活性关系方法(3D-SDAR)对ToxCast数据库中1 528种化合物的雌激素潜能(表示为18分复合高通量筛选生物测定)进行建模。由于缺少170核磁共振(NMR)仿真软件，信息量最大的碳-碳3D-SDAR指纹随着一些指标变量增强，这些指标变量包括来自羰基和酰胺的氧原子、酯基、磺酰、硝基、脂肪族羟基和酚羟基官能团。为了评价本文作者所开发模型的预测性能的真实性，美国环境保护署为研究人员提供了2 008种化合物组成一套盲测。其中，543种化合物有文献可查数据—他们的结合力有助于评估开发模型的外部分类精度：得到预测精度0.62，敏感度0.71，和特异度0.53的结果。与其他建模技术相比，本文作者开发的模型几乎没有简化建模集和预测集之间的性能。3D-SDAR映射技术可以识别拟雌激素活性所必需的结构特征：1) 存在一个酚的OH官能团或环己烯酮，2)与第一苯酚环上的氧距离6 ?到8 ?的第二芳香或酚环，3) 存在一个与苯酚环的几何中心距离大约6 ?的甲基官能团，4)一个靠近(距离几何中心～4?)某个苯酚环的羰基官能团。
精选自Svetoslav H. Slavov, Richard D. Beger. Rigorous 3-dimensional spectral data activity relationship approach modeling strategy for toxcast estrogen receptor data classification, validation, and feature extraction. Environmental Toxicology and Chemistry: Volume 36, Issue 3, pages 823–830, July 2017.
DOI: 10.1002/etc.3578
详情请见http://onlinelibrary.wiley.com/wol1/doi/10.1002/etc.3578/full
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Rigorous 3-Dimensional Spectral Data Activity Relationship Approach Modeling Strategy for ToxCast Estrogen Receptor Data Classification, Validation, and Feature Extraction |
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| -.Rigorous 3-Dimensional Spectral Data Activity Relationship Approach Modeling Strategy for ToxCast Estrogen Receptor Data Classification, Validation, and Feature Extraction[J].Asian Journal of Ecotoxicology,2017,12(2). |
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| Authors: | Svetoslav H Slavov Richard D Beger |
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| Institution: | Division of Systems Biology, National Center for Toxicological Research, US Food and Drug Administration, Jefferson, Arkansas, USA |
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| Keywords: | 3D-Spectral Data-Activity Relationship Estrogen receptor Classification model ToxCast database Validation |
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