| 大气细颗粒物暴露后小鼠肺组织microRNA差异表达谱芯片分析 |
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| 引用本文： | 侯天芳,廖纪萍,马元元,张成,王广发.大气细颗粒物暴露后小鼠肺组织microRNA差异表达谱芯片分析[J].生态毒理学报,2018,13(1):138-146. |
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| 作者姓名： | 侯天芳 廖纪萍 马元元 张成 王广发 |
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| 作者单位： | 1. 北京大学第一医院呼吸和危重症科，北京 100034
2. 北京大学第一医院实验动物中心，北京 100034 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金面上项目(项目编号：81370106)；北京市自然科学基金重点项目(项目编号：7161013)；首都卫生发展专项研究重点攻关项目(项目编号：2016-1-4071)；北京大学临床研究项目项目编号 (PUCRP201303)；国家重点研发计划(项目编号：2017YFC1309500) |
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| 摘 要： | microRNAs作为临床疾病早期诊断的新型生物标记物越来越受到重视,为了进一步探究其在大气污染暴露后引起疾病的分子染毒机制。本研究通过建立大气污染小鼠染毒模型,利用Agilent芯片筛查小鼠肺组织中microRNAs差异表达谱,并通过实时荧光定量PCR方法验证芯片结果,使用Target Scan,PITA,microRNAorg数据对差异mi RNA进行靶基因预测,进行靶基因富集的基因功能(GO)和信号通路(KEGG)分析。结果显示,大气细颗粒物暴露2周后小鼠肺组织microRNAs有显著差异表达谱,高剂量暴露组与对照组比较有4个mi RNAs上调,低剂量暴露组与对照组比较有2个mi RNAs上调,高剂量组与低剂量组比较,有4个mi RNAs上调(标准为fold change值=2.0且P值=0.05),挑选差异明显的mi RNAs进行q RT-PCR验证,mi R-139-5p、mi R-691及mi R-340-3p变化趋势与芯片一致,生物信息学结果显示,差异表达的mi RNAs所调控的靶基因明显富集于34个GO通路(包括RNA转录酶II启动子的转录,RNA拼接,DNA模板,蛋白质结合和核酸结合)和32个KEGG通路(主要集中轴突导向通路和癌症通路)。综上所述,大气细颗粒物暴露染毒可诱导小鼠肺组织中mi R-139-5p、mi R-691及mi R-340-3p明显上调,且生物信息学分析提示中枢神经系统发育及癌症通路可能作为PM2.5暴露相关差异表达mi RNAs调控靶基因介导的主要致病通路。
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| 关 键 词： | 大气污染 PM2.5 microRNA 生物信息学 |
| 收稿时间： | 2017/6/21 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2017/8/21 0:00:00 |
Microarray-based Analysis of Differentially Expressed MicroRNAs in Mouse Lung Tissue Induced by Particulate Matter |
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| Hou Tianfang,Liao Jiping,Ma Yuanyuan,Zhang Cheng,Wang Guangf.Microarray-based Analysis of Differentially Expressed MicroRNAs in Mouse Lung Tissue Induced by Particulate Matter[J].Asian Journal of Ecotoxicology,2018,13(1):138-146. |
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| Authors: | Hou Tianfang Liao Jiping Ma Yuanyuan Zhang Cheng Wang Guangf |
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| Institution: | 1. Department of Respiratory and Critical Care Medicine, Peking University First Hospital, Beijing 100034, China
2. Department of Laboratory Animal Center, Peking University First Hospital, Beijing 100034.China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | air pollution PM2 5 microRNA bioinformatics analysis |
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