| 基于对接的植物激素3D-QSAR和分子动力学模拟 |
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| 引用本文： | 蒙延娟,易忠胜,艾芳婷,张爱茜.基于对接的植物激素3D-QSAR和分子动力学模拟[J].环境化学,2014(6). |
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| 作者姓名： | 蒙延娟 易忠胜 艾芳婷 张爱茜 |
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| 作者单位： | 桂林理工大学化学与生物工程学院;环境化学与生态毒理学国家重点实验室;中国科学院生态环境研究中心; |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(21167006,21267008);广西自然科学基金(2013GXNSFAA019034);环境化学与生态毒理学国家重点实验室开放基金(KF2011-21)资助 |
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| 摘 要： | 采用分子对接和分子动力学(MD)模拟方法研究植物雌激素类化合物与雌激素受体的相互作用机制,对接结果表明,雌激素受体活性位点的疏水和氢键作用是影响植物雌激素化合物活性的主要原因,植物雌激素类化合物主要与氨基酸残基GLU353、ARG394、HIS524和LEU525之间形成氢键.然后以对接后的分子构象进行分子结构叠合,结合比较分子力场分析(CoMFA)和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)方法建立了3D-QSAR模型.CoMFA模型的交叉验证相关系数(Q2)和非交叉验证相关系数(R2)值分别为0.676和0.994,标准估计误差SEE和F统计量分别为0.143和342.115;CoMSIA模型的Q2=0.565,R2=0.972,SEE=0.286和F=111.480.结果表明,CoMFA和CoMSIA模型具有良好的稳定性和预测能力,可为植物雌激素的雌激素效应研究提供有力的支持.采用MD模拟研究了小分子和受体蛋白的动力学情况,为对接结果的合理性提供了验证.
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| 关 键 词： | 植物雌激素 分子对接 三维定量构效关系 比较分子力场分析 比较分子相似性指数分析 分子动力学模拟 |
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