应用荧光原位杂交方法检测亚历山大藻

采用PCR方法对三株亚历山大藻核糖体DNA 大亚基部分序列和ITS区序列进行了特异性扩增和序列测定.ITS区测序及BLAST比对结果显示,三株藻类分别为塔玛亚历山大藻(Alexandrium tamarense),链状亚历山大藻(A. catenella)和微小亚历山大藻(A. minimum).在此基础上,针对中国沿海分布的有毒亚历山大藻,根据其核糖体DNA大亚基(LSU rDNA)序列信息,设计了特异性的荧光标记探针,建立了基于荧光原位杂交技术(FISH)上的有毒亚历山大藻检测方法.结果表明,探针Alexp1较理想地标记选定的目标藻--塔玛亚历山大藻(YA 藻株),经探针标记的藻细胞在荧光显微镜下可以明显区分于其他非目标藻.     

护鲟:长江大保护的一张绿色名片——记2017年三峡集团中华鲟放流活动

21017年4月8日,由中国三峡集团和宜昌市人民政府主办的“2017年长江三峡中华鲟放流活动”在宜昌市胭脂园公园举行,500尾大规格中华鲟放归长江. 今年是中国三峡集团中华鲟研究所开展的第59次中华鲟放流活动.此次放流的中华鲟是2011-2014年出生的子二代,最大的已有6龄,最小的也已经有3龄,平均体长110厘米,平均单体重量达到5.5千克,平均体重是历年放流之最.为了掌握中华鲟降河涸游运动规律,研究人员对放流的中华鲟采用了体外T型标记、PIT(被动整合雷达)标记和声呐标记,进行了DNA数据采集,建立了放流群里遗传分子信息数据库.     

应用荧光原位杂交方法检测中国沿海塔玛/链状亚历山大藻复合种(亚洲温带基因型)

近年来,有害赤潮于中国沿海频繁发生,对沿海居民身体健康、水产养殖和自然生态形成了潜在的威胁.由于部分有毒赤潮藻在很低的密度下就有可能导致严重的危害,但传统的采样和分析方法无法对这类有毒赤潮进行有效的检测,因而急需发展准确、高效的检测新方法.根据对中国沿海分离的塔玛/链状亚历山大藻(亚洲温带基因型)核糖体大亚基DNA(LSU rDNA)序列信息的分析,设计了两条特异性的荧光标记探针,并建立了针对中国沿海塔玛/链状亚历山大藻复合种(亚洲温带基因型)的荧光原位杂交检测方法室内模拟实验显示两条探针都能够特异性地标记中国沿海塔玛/链状亚历山大藻(亚洲温带基因型),但标记效果有一定差异,探针SPEC-PROBE2标记效果远好于探针SPEC-PROBE1.经过标记的藻细胞可以通过荧光显微镜和流式细胞仪区分.中国沿海塔玛/链状亚历山大藻荧光原位杂交检测方法的建立将有助于提高海水样品中亚历山大藻监测的准确性和工作效率.     

分子标记技术及其研究进展

分子标记是继形态标记、细胞标记和生化标记之后发展起来的一种新的较为理想的遗传标记。本文概述了几种主要的DNA分子标记的基本原理和特点,同时对它们的优缺点进行了比较。     

环境因素对大肠杆菌REP-PCR指纹图谱稳定性影响研究

大肠杆菌作为粪便污染指示生物,其DNA指纹图谱稳定性是制约微生物污染源识别技术发展的瓶颈之一.本研究采用绿色荧光蛋白基因(GFP)标记后的Escherichia coli K12(K12GFP)为受试菌株,利用REP-PCR方法,对大肠杆菌在不同温度、光照、盐度条件下其DNA指纹图谱的稳定性进行了研究.结果表明,绿色荧...     

质谱法定量生态物种基因组DNA低甲基化

为了定量生态相关物种基因组中低丰度的5-甲基-2-脱氧胞苷(5-mdC),建立了一种采用高效液相色谱串联质谱(HPLC-MS/MS)的无标记方法.全基因组DNA甲基化计算公式5-mdC (mole)/(5-mdC (mole)+dC (mole)可以转化为1/(1+dC (mole)/5-mdC (mole)),然后通过HPLC-MS/MS得到DNA样品中5-mdC和dC的物质的量比(dC (mole)/5-mdC (mole))即可得到基因组DNA甲基化值.此外,还对HPLC条件进行了优化使正常核苷和修饰核苷基线分离,消除分析物的交叉干扰.本方法避免了使用昂贵的稳定同位素标记内标,在等度高效液相色谱条件下实现了正常和修饰核苷基线分离,5-mdC和dC的保留时间分别为5.50和3.06min.5-mdC和dC的定量限分别为14.2和19.1pg/mL.日内和日间偏差和准确性(相对误差)都≤ 10%.该方法测定的小牛胸腺DNA和大型蚤及秀丽线虫的全基因组DNA甲基化值分别为(6.44 ±0.25)%,(0.097 ±0.010)%和(0.025 ±0.002)%.采用HPLC-MS/MS技术建立并验证了一种快速、高精密度和灵敏度的DNA样品全基因组DNA甲基化测定方法,适用于评估环境污染物对生态学相关物种的潜在表观遗传风险.     

蚯蚓分子标记物在环境监测中的应用研究进展

综述了近年来蚯蚓分子标记的研究进展,特别是在蛋白质标记方面的进展,并结合在环境监测方面进行的研究讨论了蚯蚓分子标记的应用及发展趋势.     

32P后标记新法研究DNA-苯醌加合物的生成

用以加P_1核酸酶提高灵敏度的~(32)P后标记新法研究了离体活细胞培养及试管反应形成的DNA-苯醌(BQ)加合物.4个被检加合物中有两个相应于苯醌与DNA上的胞嘧啶和鸟嘌呤作用形成的共价键加合物,其中较大的为首次发现的胞嘧啶-苯醌加合物.测得其相对标记率(RAL)试管条件为6.70×10~(-8)和8.93×10~(-9),细胞培养为8.23×10~(-9)和6.91×10~(-9),达到了在基因水平上研究DNA加合物的基本要求.     

大气飘尘致癌物与DNA加合物的^32P后标记分析

采用~(32)P后标记分析法,测定上海市大气飘尘中致癌物与DNA形成加合物的能力。先将飘尘行机提取物,按一定剂量涂抹到小鼠皮肤上作用一定时间;然后,处死小鼠,取涂抹部位皮肤提取DNA,用~(32)P后标记法分离测定DNA中致癌物,即DNA加合物。结果表明,上海市大气飘尘有机提取物可以与皮肤DNA形成多个加合物斑点,提示上海市大气飘尘存在一定的致癌危险性。     

家用洗涤剂对鱼生物标志物的影响

 将鱼暴露在家用洗涤剂中1周和2周后,通过测定腺苷三磷酸(ATP)酶、谷胱甘肽硫转移 酶(GST)和脱氧核糖核酸(DNA)加合物等几种生物标志物,来评价家用洗涤剂对鲫鱼(Carassiu s auratus)的毒性影响.结果表明,暴露1周后,各指标无明显变化;暴露2周后,鳃ATP酶活性降 低,肝GST活性升高,DNA加合物相对标记水平增大;而肾ATP酶活性没有明显改变.两种家用洗 涤剂的暴露结果是一致的.研究结果表明了家用洗涤剂对鱼的毒性和潜在致癌性.     

水电站鱼类人工增殖放流标记方法研究概述

鱼类人工增殖放流是缓解水电建设对鱼类资源影响的一个重要措施,也是一项非常复杂的系统工程。标记放流可以帮助人们准确获得鱼类的种群信息,是鱼类增殖放流效果评估的重要手段之一。目前,国内外常用的标记方法主要有体外标记法、体内标记法、自然标记法、化学标记法、生物遥测法、分子遗传标记法,文章介绍了这些标记方法的特点及应用,分析了中国鱼类标记放流方面存在的问题并提出了加强鱼类标记方法的科学研究、采用多种途径对标记鱼类进行回收、建立科学合理的回收体系和加强鱼类回收后研究的建议。     

猪粪便污染特异性分子标记筛选及其PCR检测方法的建立

肠道微生物群落在与其宿主长期协同进化过程中会形成大量的宿主-肠道微生物互作基因,这些互作基因具有一定的宿主肠道微生物特异性,利用其设计分子标记能有效识别粪便污染源.本研究首次利用竞争性杂交的方法富集猪粪便特异性基因,从中筛选出具有猪粪便特异性的基因片段,以此设计引物并建立相应的PCR检测方法,并对采集样进行应用调查.竞争性杂交富集的猪粪便特异性基因文库以拟杆菌群(Bacteroidetes)(43.2%)和梭状杆菌群(Clostridia)(19.5%)相似序列为主,其蛋白功能主要分为3大类:与信息贮存与加工有关(7.6%),与细胞加工及信息传导有关(12.8%)以及与代谢有关(22.0%).进一步针对功能蛋白序列筛选宿主粪便特异性分子标记.分析表明序列3-53-2对应引物可作为猪粪便污染的特异性分子标记,针对其建立的常规PCR方法对粪便DNA的检出限可低至0.01 ng·μL-1,且对实际样品具有较高的应用灵敏性(97%)和特异性.进一步对可能受污染水样进行猪粪便污染特异性检测,结果显示不同地区的阳性检出率高达75%~100%,证明了此方法的有效性,可为研究微生物示踪技术在非点源污染方面的应用提供一定的基础数据.     

环境遗传毒性研究中的生物标记

生物标记分析是在生物化学和分子生物学技术基础上发展起来的,研究毒性物质对生物体产生毒性效应的方法,正成为生态毒理学和环境风险评价研究中的一项重要技术手段。该方法对检测并定量分析各类混合毒性物质所引发的遗传毒性,具有积极的意义,包括以蛋白质特性为基础的蛋白质标记,检测亚细胞毒性水平遗传毒性的生理性标记,及以遗传物质DNA的结构和多态性为特征的分子标记等。该方法具有测定灵敏、快速的特性,在遗传毒性的研究中将发挥出越来越大的作用。     

免耕水稻土固定CO2自养微生物多样性

使用13CO2为标记物,采用稳定性同位素核酸探针(DNA-SIP)技术和微宇宙模拟的方法,对两种南方免耕水稻土中的固定CO2自养微生物群落结构和多样性进行了研究.实验结果表明,经80d的培养后,从13CO2标记处理的土样提取的DNA经氯化铯密度梯度离心后其浮力密度显著区分于12CO2对照组,表明土壤样品中的固定CO2自养微生物对CO2具有同化利用.RT-PCR结果表明两种标记土样DNA密度梯度离心分层的cbbLR基因的拷贝数最高分别为1.36×105拷贝/g干土和2.21×105拷贝/g干土.克隆文库分析和系统发育分析表明两种土壤中的固定CO2自养微生物群落结构具有一定差异.Bradyrhizobium和Rubrivivax是为FG土壤中的主要类群, 占全部克隆数的60.40%和13.86%.而TF土壤的主要类群是Rhodopseudomonas、Rhodospirillum、Methylibium和Variovorax,分别占全部克隆数的20.90%、11.94%、16.42%和10.45%.两种13CO2标记土样的cbbLR基因文库OTU类型、多样性指数均高于12CO2对照文库,其群落结构也有明显的变化.因此,免耕水稻土存在高度多样性的二氧化碳固定自养微生物,在农田土壤碳素循环方面具有重要作用.     

DNA和cDNA水平对比研究施肥对稻田土壤细菌多样性的影响

依托长沙农业环境观测研究站不同施肥方式长期定位试验,直接从土壤中抽提总DNA和RNA,应用T-RFLP和RTPCR技术在DNA和c DNA水平对比研究施肥对亚热带稻田土壤细菌丰度和群落结构的影响.结果表明,施肥和秸秆还田显著改变了土壤细菌群落组成(DNA水平)和转录组成(c DNA水平)结构,且不同处理中DNA水平的T-RFLP图谱与cDNA水平相差很大.施肥和秸秆还田降低了土壤中存在的细菌多样性,对土壤中转录的细菌多样性没有影响.土壤16S rRNA基因丰度(DNA水平)平均是其转录丰度(c DNA水平)的337倍,与不施氮肥处理(N0)相比,平衡施肥(NPK)没有改变土壤细菌的数量,在平衡施肥的基础上进行秸秆还田增加了土壤细菌的数量,但高量与低量秸秆还田没有显著差异.RDA分析表明,稻田土壤中铵态氮含量是调控各处理土壤中存在及转录的细菌群落的关键因子.总体而言,不管在DNA还是c DNA水平,研究施肥对土壤细菌丰度的影响均是可行并可信的;但只有在c DNA水平开展研究,才能有效发现细菌群落对环境的适应性.     

乙醛对脱氧核糖核酸分子的损伤作用

应用单细胞凝胶电泳技术和液相色谱-电化学检测法研究了典型环境污染物乙醛对脱氧核糖核酸(DNA)分子的损伤效应.结果表明:乙醛不仅可诱导人外周血淋巴细胞DNA发生链断裂,还可引起DNA-DNA,DNA-蛋白质交联;乙醛与小牛胸腺DNA的体外作用较弱,但在铁离子介导下对DNA的氧化能力增强,可产生一定量的8-羟基脱氧鸟苷(8-OHdG)加合物;动物实验表明,乙醛诱导大鼠肺组织DNA氧化损伤生成8-OHdG, 提示乙醛具有潜在遗传毒性,可能与引起DNA交联及氧化有关.     

DNA分析让污染无所遁形

正将DNA标记用于环境污染的监控任务中,配合DNA的快速检测方法,污染源的来向将可以被迅速判定。发生偷排漏排时,由于区域内存在众多相同污染物而难以区分污染来源;突发环境事故中,污染物随着时间和气象条件的变化而扩散、混合并离开源头,无法有效针对污染物的源头进行及时处置或截断……如今,通过把脱氧核糖核酸(DNA)的分析技术引入环境监测工作中,类似的困扰将迎刃而解。     

蚯蚓分子标记物在环境监测中的应用研究进展

综述了近年来蚯蚓分子标记的研究进展,特别是在蛋白质标记方面的进展,并结合在环境监测方面进行的研究讨论了蚯蚓分子标记的应用及发展趋势。     

二氧化硫对小鼠不同脏器DNA的损伤作用

应用单细胞凝胶电泳技术(SCGE)研究了SO₂对小鼠不同脏器(脑、肺、肝、脾、肾、肠和睾丸)及血液淋巴细胞遗传物质—DNA的损伤作用.结果表明,SO₂引起所有受试器官和血液淋巴细胞DNA损伤,且随SO₂浓度增加,DNA损伤加剧,并呈明确的剂量-效应关系.随吸入SO₂浓度增加,DNA受损伤的细胞数占总细胞数的比率增加,二者呈正相关.SO₂是一种全身性DNA损伤因子.     

DNA碱解旋速率法及其在DNA损伤研究中的应用

对DNA碱解旋速率法的细胞DNA经碱解旋后通过羟基磷灰石(HA)柱分离单、双链DNA时的洗脱次数、温度以及DNA回收效果进行了研究。结果表明,用0.125mol/L和0.25mol/L磷酸钾缓冲液各3ml,先后各洗脱一次,即可满足细胞DNA链断裂研究的要求。洗脱双链DNA时的温度为60℃即可。~3H-DNA与细胞其它组分一起通过HA柱时,~3H-DNA的回收率达94％左右。应用这一技术对电离辐射引起的中国田鼠肺细胞和小鼠脾细胞DNA单链断裂损伤与照射剂量的关系进行了探讨。结果表明,DNA单链断裂程度与照射剂量呈正相关。