腾冲热海高温酸性热泉类病毒颗粒的多样性

为了解云南腾冲热海高温酸性热泉中类病毒颗粒的多样性及特征,采用电子显微镜、双层平板及DNA限制性酶切分析等方法,从腾冲热海61~94℃酸性热泉富集液中分离纯化病毒颗粒,对病毒形态特征进行分析比较.结果显示:腾冲热海不同酸性热泉样品富集培养物中病毒DNA的限制性酶切图谱差异明显;病毒液中共观察到4种不同类型的病毒状颗粒,依据其形态特征,大致可以分为头尾型病毒、丝状病毒、球状病毒、纺锤型病毒;这些病毒形态与分离自美国、日本、冰岛等地的高温酸性热泉病毒形态基本相似,多数类似于硫化叶菌已发现的病毒,可见腾冲热海高温酸性热泉中类病毒颗粒具有一定的多样性.同时分离获得一株硫化叶菌病毒,呈纺锤形,一端有尾,纺锤形头部的大小为220 nm×80 nm,尾部的长度变化很大,从20~100 nm不等,平均长度为50 nm左右,病毒有囊膜,囊膜的厚度约为10~15 nm,该病毒的形态特征、形成抑菌斑的大小及宿主菌株的特性与分离自腾冲热海的第一株硫化叶菌病毒STSV1差异显著,可能为一株新的硫化叶菌病毒,故命名为STSV2(Sulfolobus tengchongensis spindle-shaped virus 2).     

石油降解菌株G5 16S rDNA全序列的系统学分析

用PCR方法扩增了一株石油降解菌株G5的16S rRNA基因全序列，并对其进行了克隆和测序．对该序列在GenBank中的BLAST结果表明，所有与该序列高度同源的序列都是假单胞菌的16S rRNA基因．其中假单胞菌的代表菌株Pseudomonas aeruginosa，P．fluoroscens，P .putida，P.syringae的16S rRNA基因序列与G5的16S rRNA基因序列同源性分别为93．4％，98．4％，96．3％，97．5％．对G5和其他39株假单胞菌的16S rRNA基因序列进行聚类分析，获得的系统发育树与RDP(Ribosomal Database Project)报道的系统发育树基本一致，其中菌株G5与5株P．chlororaphis聚类在一起．图2参7     

紫云英根瘤菌的系统发育多样性

在筛选根瘤菌与不同紫云英品种高效结瘤的基础上,通过16S rRNA基因序列分析,对13株共生结瘤效果好的菌种进行了系统发育研究.结果表明,13株菌属于3个主要聚类群,分别与Mesorhizobium、Agrobacterium和Stenotrophomonas亲缘关系最为接近,种类多样性较为丰富;其中编号为ACCC13065株的菌株与S.rhizophila16S rDNA序列相似性为100%,位于γ-变形菌纲,这是除α-变形亚纲、β-变形亚纲外所发现的一类新的根瘤菌类型.     

萘降解菌NAP_A的分离、降解性能和分子系统学研究

该文研究降解多环芳烃类环境污染物的微生物资源、降解活性和分子系统特征.利用萘-无机盐选择性培养基分离萘降解菌,用培养技术和气相色谱法检测菌株对底物的利用和降解情况,用分子克隆技术获得菌株的16S rRNA基因并测序,用DNAMAN软件对菌株的16S rRNA基因序列进行比对和系统发育分析.从淄博张店污水处理厂的活性污泥中分离到一株能降解萘的菌株NAP_A.此菌株在30 ～35 ℃和pH 7条件下较快的降解底物萘,其中30 ℃下,10 d内可以将初始质量浓度为320 mg·L-1的萘降解90％± 4.5％.对菌株NAP_A的16S rRNA基因进行了克隆和测序(EU142847),基于菌株NAP_A和相关菌株的16S rRNA基因进行系统发育分析,结果表明菌株NAP_A位于苍白杆菌属的分枝中,其中与假中间苍白杆菌种的同源性最高,可达99％,因此推断NAP_A菌是一株假中间苍白杆菌.此前并无苍白杆菌属成员降解多环芳烃的报道.这是首例苍白杆菌属成员降解多环芳烃的报道,对今后在环境污染防治中开发利用此类细菌具有指导意义.     

一株中度嗜盐菌的分离及生物学特性

从我国内蒙古吉兰泰盐湖的样品中分离得到一株中度嗜盐细菌菌株JLT-01,研究了其形态和特性.结果显示:该菌株为杆状,革兰氏阴性,无芽孢,无荚膜,无鞭毛;最适培养温度为30℃,最适生长pH值7.5,最适生长盐度10%~12%(m/V),最适生长Mg2+浓度3.0%(m/V);能利用葡萄糖、蔗糖、半乳糖作为唯一碳源生长.脂肪酸成分分析表明在JLT-01中主要脂肪酸为C16:0与C18:1ω9c,含量分别为26.39%和20.30%.Tm法测定该菌的(G+C)含量(摩尔分数)为52.3%.以该菌的16S rRNA基因序列为基础构建了系统发育树;16S rRNA基因序列的序列同源性比对表明该菌与海杆菌属Marinobacter lipolyticus SM19T的同源性为98.0%,与Marinobacter属内其它菌株的同源性在96.0%~99.0%之间.DNA-DNA杂交实验分析显示:JLT-01与M.lipolyticus DSM15157的杂交率小于70%.结果表明,菌株JLT-01是海杆菌属的一个新菌株.     

利用16S-23S rDNA RFLP及16S rRNA基因序列分析方法对湖北省饭豆(Vigna umbellata L.)根瘤菌系统发育的研究

采用16S-23S rDNA间隔区段(IGS)PCR-RFLP与16S rRNA基因部分序列分析的方法对饭豆根瘤菌进行了遗传多样性及系统发育分析.由16S-23S rDNA IGS PCR-RFLP分析可知,所有菌株在52%的相似性水平上聚在一起,形成了慢生型菌群与快生型菌群这两大菌群.群Ⅰ中,在79%相似性的水平上分为ⅠA与ⅠB两个分支.群Ⅱ中,在62%相似性的水平上分为ⅡA与ⅡB两个分支,分支ⅡA在72%的相似性水平上进一步分为ⅡA1、ⅡA2和ⅡA3三簇;分支ⅡB中的饭豆根瘤菌与标准菌株USDA205T聚在一起,表现的差异并不大.由16SrRNA基因部分序列分析结果可知,供试的4个代表菌株分别位于不同的系统发育分支中.CYR4243与Sinorhizobium fredii的模式菌株USDA205T的序列相似性达到了99.87%.HCY1101与Rhizobium leguminosarum中的三叶草生物型(bv.trifolii)和豌豆生物型(bv.viceae)这两个生物型的参比菌株亲缘关系最近,序列相似性为100%.HCY5202与R.galegae亲缘关系最近,序列相似性为99.86%.CYY3302与Bradyrhizobium elkanii的参比菌株USDA86有最近的亲缘关系,序列相似性近似于100%.图4表1参13     

产蛋白酶中度嗜盐菌Thalassobacillus sp. SY-7的分离、鉴定及发酵条件优化

为促进嗜盐微生物及其所产蛋白酶的工业应用,采用脱脂奶粉培养基从我国天津近海盐田富集筛选得到产蛋白酶中度嗜盐菌株SY-7.通过对其形态特征、生理生化、16S rRNA基因序列及系统进化树进分析,确定菌株的分类.利用Plackett-Burman(PB)设计和响应面优化法(Response surface methodology)优化其发酵条件.结果表明:菌株SY-7为革兰氏阳性菌,最适生长温度为30℃、最适生长pH 7.5,最适NaCl为10%.16S rRNA基因序列分析显示,菌株SY-7与Thalassobacillus devorans亲缘性最近,16S rRNA基因序列相似性为98.88%.利用PB设计从众多影响因素中筛选出影响较大的3个因素:葡萄糖含量、接种量和装液量;再利用响应面法中的杂合设计进优化,通过拟合得到响应曲面函数,获得了最佳的产酶条件.在该实验条件下酶活从870 U/mL提高到1 390 U/mL,实际酶活力达到理论预测值的98.3%,优化效果较好.     

四川蔬菜尾菜可培养乳酸菌多样性及优良菌株筛选

为了解四川地区蔬菜尾菜中乳酸菌(Lactic acid bacteria,LAB)的多样性,筛选适用于尾菜青贮发酵的高效乳酸菌菌株,运用纯培养法、16S rRNA-RFLP和系统发育分析对乳酸菌遗传多样性进行研究,并对分离菌株的产酸能力、耐酸能力、耐高温能力和抗菌能力等4个指标进行测定.结果显示,分离得到的120株乳酸菌中,有18株(占总分离菌株的15.0%)产酸能力较强,10株(8.3%)能耐受50℃高温,11株(9.2%)耐酸能力较强(pH=2.5),13株(10.8%)表现出较强的抗菌能力,而菌株C20(Lactobacillus plantarum)综合发酵特性最优.基于16S rRNA-RFLP聚类图选取10株代表菌株进行16S rRNA基因测序和系统发育分析,发现120株乳酸菌分属于明串珠菌属(Leuconostoc)、片球菌属(Pediococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)和肠球菌属(Enterococcus)4个属,其中明串珠菌属为优势菌.综上,四川地区蔬菜尾菜中蕴含着较为丰富多样的乳酸菌资源,这些乳酸菌在蔬菜尾菜的青贮饲料化利用方面表现出潜在价值.(图2表2参30)     

一株中度嗜盐淀粉酶产生菌的分离鉴定及酶活测定

为开发极端环境工业用酶,从新疆盐碱土微生物中分离得到一株中度嗜盐高产淀粉酶活性菌株H3,其能耐受30%盐浓度和pH 11的极端环境.通过形态特征、生理生化实验及16S rRNA基因序列分析,确定H3属于Gracilibacillus属.该菌株能在盐浓度为0~30%的培养基上生长,最适生长盐浓度为5%~10%,最适pH值为8.5.在最适生长盐浓度、pH条件下,其淀粉酶活性可达到4 830个活力单位,可用于高盐高碱环境下淀粉的水解.     

水稻内生粘着剑菌的分子系统发育分析

通过16S rRNA基因和看家基因recA、atpD、rpoB的序列测定与分析,及(G+C)mol%测定等技术,对分离自河北省滦南县水稻根内的两株细菌进行分子系统发育学研究.根据系统进化树构建及其同源性分析,可确定所分离的两株水稻内生细菌属于剑菌属(Ensifer)系统发育分支;供试菌株的各保守序列与粘着剑菌(E.adhaerens)模式菌种同源性最高,除recA为97.2%外,其他均为99%～100%,可以确定供试菌属于E.adhaerens;对所分离的菌株与大豆、菜豆、三叶草、苜蓿等4种豆科植物进行结瘤试验,结果显示其中一株J3-N55可与苜蓿结瘤.野生型的E.adhaerens菌株与豆科植物结瘤的报道尚为鲜见;本文首次报道从水稻植株内分离到E.adhaerens菌株.     

尼瓦拉野生稻内生菌多样性和促生作用

为从尼瓦拉野生稻(Oryza nivara)中收集农业微生物肥料生产的菌种资源,对其内生菌进行分离、固氮酶活性测定、IS-PCR指纹图谱聚类、产生长素、解钾能力及生理生化特性测定.选取IS-PCR指纹图谱8个类群的代表菌株进行16S rRNA基因系统发育分析.从尼瓦拉野生稻中共分离到57株内生细菌,其中44株为内生固氮菌,固氮酶活性在5.79-899.72 nmol mL~(-1) h~(-1)之间.16S rRNA基因序列分析及生理生化特性表明,所分离的植物内生菌属于Burkholderia contaminans、Herbaspirillum seropedicae、Rhizobium sp.、Bacillus methylotrophicus、Achromobacter xyosoxidan、Chryseobacterium bernardeti、Pseudomonas beteli和Klebsiella quasipneumoniae,表明尼瓦拉野生稻内生菌具有多样性.分离到的内生细菌均有产生长素的能力,其中N8、N35、N36产生长素能力最强,分别为41.66、34.96、30.41 mg∕L.25株菌株具有不同程度的解钾能力,N37、N16解钾能力最强,分别为312、289 mg/L.N8、N35、N36、N37、N16接种生菜后,生菜株高增加12.47%-26.17%、叶片数增加20.41%-44.90%、叶长增长49.73%-62.23%、地上鲜重增加37.93%-68.00%、地下鲜重增加31.08%-40.56%、叶绿素含量增加27.94%-85.29%.接种菌株N37、N16的土壤与对照组相比,土壤速效钾含量分别增加52.55%和57.85%,表明菌株具有明显的促生效果.综上所述,从尼瓦拉野生稻中筛选到的5株多功能促生菌在未来农业微生物肥料生产应用上具有潜在的价值.     

我国蚕豆根瘤菌的多样性和系统发育研究

采用数值分类、16S rDNA PCR-RFLP、IGS PCR-RFLP等方法对分离自我国11个省的50株蚕豆根瘤菌及11株参比菌株进行了表型测定和遗传型研究,同时对5株蚕豆根瘤菌的代表菌株进行了16S rDNA全序列测定.表型测定的结果表明,在80%的相似水平上供试菌株分为4个群,各群间存在地区交叉;16S rDNA PCR-RFLP的聚类结果与数值分类的聚类结果有很好的一致性;IGSRFLP反映的多样性更明显,形成的遗传群较多,可用于菌株间的鉴别.实验结果表明我国蚕豆根瘤菌具有极大的表型多样性和遗传多样性.系统发育研究结果表明,蚕豆根瘤菌的代表菌株均位于快生根瘤菌属(Rhizobium)系统发育分支,与R.leguminosarum USDA2370的全序列相似性达99.9%,说明蚕豆根瘤菌属于Rhizobium,系豌豆根瘤菌的一个生物型.图4表3参12     

一株产紫色素放线菌的鉴定及其色素特性研究

从河南碱性土壤样品中筛选到一株命名为LK-178的放线菌菌株,在高氏合成培养基上其气生菌丝灰白,产可溶性紫色素.镜检观察孢子链长直、孢子圆柱形,通过形态、生理生化特征初步确定为链霉菌.16S rRNA序列分析显示,该菌基因序列与比基尼链霉菌(Streptomyces bikiniensis)AB208713基因序列有99.0%的最高相似性.用Neighbor-joining(NJ)等构建系统发育树,并用Bootstraping法对其评价,将菌株LK-178归属于比基尼链霉菌(S.bikiniensis).抑菌试验表明,该菌具有抗革兰氏阳性.革兰氏阴性细菌和真菌活性.用紫外可见分光光度计和化学分析确定该色素性质稳定,产量较高.总色价相对单位较高.达到147 U/mL,产昔达到13.4 g/L.图3表3参18     

北极海洋沉积物低温硝化细菌的筛选、多样性与生长特性

寒冷地区冬季低温污水的生物处理长期存在着处理效果差、难以达标排放等难题;而极地特殊的环境与气候造就了独特的极地微生物生态系统,是微生物新种质的资源宝库.根据菌落形态特征,利用4种硝化细菌筛选培养基从12个站位的北极海洋沉积物中分离筛选,获得16S r RNA基因有效序列的低温硝化细菌达81株;基于16S r RNA基因的相似性分析与系统发育分析表明,分离到的菌株分属于细菌域的4个门、4个纲、8个目、16个科、22个属、30个种,其中γ-变形菌纲(γ-Proteobacteria)占大多数;有1株菌株与模式菌株的16S r RNA基因序列相似性小于97%,为潜在的新种.大多数菌株的温度和耐Na Cl浓度的生长范围分别为0-30℃和0-90‰,具有产蛋白酶、脲酶和β-半乳糖苷酶等胞外水解酶和利用葡萄糖、甘露醇和麦芽糖等多种碳源生长的能力.本研究结果可为北方地区寒冷季节低温生活污水的生物处理提供新的菌种资源.     

Porphyrobacter sp.D22F的降解特性及其在石油降解菌群中的生态位

为揭示多环芳烃(Polycyclic aromatic hydrocarbons,PAHs)降解微生物资源的多样性和石油降解菌群的优势菌,研究了从南海沉积物中分离得到的一株PAHs降解菌D22F的降解特性及其在石油降解菌群D22-1中的生态位.对菌株D22F进行16S rRNA基因同源性分析及透射电镜观察以初步确定其种属,通过培养法、气相色谱质谱联用(GC-MS)测定其多环芳烃降解范围和降解率,通过简并引物PCR扩增其PAHs双加氧酶大亚基基因片段并进行系统发育分析,采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)监测石油降解菌群中的优势菌.结果表明,与菌株D22F的16S rRNA基因相似度最高的模式株为产卟啉杆菌属Porphyrobacter tepidarius DSM 10594T(AF465839;98.55%).该菌株能降解萘、甲基萘、苊、硫芴、菲、蒽等;对初始浓度为0.2 g/L菲10 d后的降解率可达90%以上.从其基因组DNA中克隆到的PAHs起始双加氧酶大亚基基因phnAc与Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444中的质粒pNL1(CP000676)上的bphA1f基因相似度最高,达到99.41%.DGGE谱图显示,菌株D22F是石油降解菌群中的3种优势菌之一,在传代菌群中可稳定存在.Porphyrobacter sp.D22F为产卟啉杆菌属(Porphyrobacter)中首株以低分子量PAHs为唯一碳源和能源的菌株,是石油降解菌群的优势菌.     

高氯酸盐降解菌的分离鉴定及特性研究

研究降解高氯酸盐环境污染物微生物的形态特征、分子系统特征、生长特性和降解活性。利用PCA选择性培养基富集分离高氯酸根降解菌,观察其形态,进行生理生化测定,用分子克隆技术获得菌株的16SrDNA基因并测序,并对菌株的16S rDNA基因序列进行比对和系统发育分析,并用培养技术和离子色谱法检测菌株对底物的利用和降解情况。从镇江江滨和镇江新区污水处理厂的活性污泥中分别分离到一株能降解高氯酸根的菌株JD14和JD125。此菌株在24～30℃条件下较快地降解底物高氯酸盐,其中在24℃下,15d内可以将初始质量浓度为1600mg·kg-1的高氯酸根降解（86±6.5）%。对两菌株的16S rDNA基因进行了克隆和测序,并进行系统发育分析,结果表明菌株JD14和Dechloromonas sp.SIUL相似度高达100%,JD125和Dechlorospirillum相似度达97%,最后鉴定JD14和JD125属于高氯酸盐降解菌。此前国内并无降解高氯酸根微生物的报道,对今后在环境污染防治中开发利用此类细菌具有指导意义。     

一株兼性嗜冷产甲烷杆菌的分离与系统发育学分析

从云南哀牢山泥土中分离出一株生长温度范围为7～40℃的兼性嗜冷产甲烷杆菌8-1.该菌株革兰氏染色阳性,直径0.2～0.3μm,长2～5μm,具有弯曲和微弯杆状两种形态,不运动,单生﹑成对﹑多数成聚集状态存在.能够利用H2/CO2和甲酸盐生长,不利用甲醇﹑三甲胺﹑乙酸和二元醇类.最适生长条件:温度为35℃,pH值为7.5～8.5,盐浓度为0 mol/L NaCI.最低生长的温度可达到7℃.菌株8-1与标准株Methanobacterium subterraneum strain A8p(=DSM 11074T)的16S rRNA基因序列相似性为99%.     

丙酯草醚降解菌CY的分离、鉴定及其降解特性

采用富集培养的方法,从施用过丙酯草醚除草剂的油菜田中分离筛选出5株以丙酯草醚（ZJ0273）为唯一生长碳源和能源的菌株,选其中降解率高的菌株CY进行研究.根据其生理生化和16S rRNA基因序列相似性分析,鉴定其为芽孢杆菌属（Bacillussp.）.根据对CY的初步研究和简单优化,菌株CY在30 d内对50mg.L^...     

好氧同时硝化-反硝化菌的分离鉴定及系统发育分析

从土壤中分离到一株好氧同时硝化-反硝化菌,编号为SDN,该菌株革兰氏染色呈阳性,球状或杆状,菌落颜色橙红色.该菌株以硝酸钠为氮源时能进行好氧反硝化作用;以乙酸钠和硫酸铵分别为碳源和氮源能进行异养硝化作用,能以乙酰胺为唯一碳源和氮源进行生长.部分长度的16S rDNA序列分析表明,分离菌株SDN与Rhodococcusruber的16SrDNA序列具有99%相似性.并用PHYLIPS程序将该菌株与报道的相关微生物进行了系统发育分析.图4表1参13     

含铜多金属复杂矿区的一株浸矿细菌的分离与鉴定

为寻找新的浸矿细菌,从江西城门山矿区硫化矿矿坑水中使用平板分离法得到了一株能够浸矿的细菌,命名为CMS.经电镜和生理生化试验,鉴定该菌株为革兰氏阴性细菌,短杆状,菌体大小为(0.4±0.1)靘祝±0.5)靘, 最适生长温度为25～30 ℃,最适pH值为2.0,化能自养型,能利用亚铁、单质硫和葡萄糖生长,不能利用硫代硫酸钠、蛋白胨生长.16S rRNA系统发育树的结果表明,CMS菌株与嗜酸氧化亚铁硫杆菌(Acidithiobacillus ferrooxidans,简称A.f)AFY菌株位于系统发育树一个同的分支中,相似度99.72%.克隆其代谢系统关键基因亚铁氧化酶(Iro protein)基因并测定其序列,与其他相关菌株比对,结果显示编码区的核酸序列与报道序列完全一致.另外,其铁闪锌矿(ZnFe)S摇瓶浸出试验显示,在浸出28 d后,含菌株的摇瓶的锌离子质量浓度即达到615.50 mg·L-1,而无菌浸出仅有392.25 mg·L-1.