柞蚕多角体病毒的纯化和鉴定

对柞蚕多角体病毒(ApNPV)的多角体颗粒进行了分离和纯化,并在显微镜下进行了形态观察．提取和纯化了柞蚕多角体病毒的基因组DNA,对DNA进行了部分限制性内切酶图谱鉴定．结果表明,在ApNPV基因组中只含少量的EcoRI位点,与家蚕核型多角体病毒差别很大,并提示这两种病毒的复制机制可能不同．图3参5。     

活性污泥宏基因组芯片DNA的制备方法

宏基因组芯片的探针是通过构建环境DNA的宏基因组文库而获得的,为了获得理想的活性污泥宏基因组文库和宏基因组芯片探针,必须获得高质量的活性污泥DNA.本文作者采用8种不同的DNA提取方法提取活性污泥的总DNA,并通过比较DNA总量、纯度、完整性、是否含有PCR酶抑制剂、能否进行限制性内切酶酶切等指标来评价不同提取方法对活性污泥总DNA提取效果的影响.结果表明,溶菌酶-SDS-蛋白酶K-酚氯仿抽提处理活性污泥所提取的总DNA效果最好,提取的DNA总量多、纯度高,DNA片段大于23 kb,无需进一步纯化就可直接进行PCR扩增反应或SauA Ⅰ限制性内切酶酶切,但DNA如果需要EcoRⅠ、HindⅢ等限制性内切酶酶切,则需采用Roche公司琼脂糖凝胶回收试剂盒将DNA进一步回收纯化.图7表3参14     

镉铜污染尾矿土中添加耐镉铜菌剂J5后微生物区系多样性的变化

采用酶解法和化学裂解法相结合的方法从安徽铜陵镉铜污染尾矿土中提取出土壤微生物基因组总DNA,并应用PCR-DGGE技术对比研究尾矿土中添加外源硫酸镉、硫酸铜和耐镉铜菌剂J5(Pseudomonassp.)后微生物区系多样性的变化.结果表明,尾矿土中微生物基因组总DNA分子量大小为21kb左右,未复垦的尾矿砂中微生物总DNA量较少,CdSO4处理后的尾矿土中微生物基因组总DNA量明显下降,而添加菌剂J5的尾矿土中微生物基因组总DNA量上升.DGGE电泳图谱进一步显示,尾矿土样中添加镉离子使图谱条带减少,分析表明尾矿土中的细菌种类数减少;而添加菌剂J5使图谱中条带明显增加,表明菌剂J5可提高尾矿土中土著微生物的活性和群落丰富度,可用于复合重金属污染尾矿区的生态恢复.     

炼油厂周边PAHs污染土壤中微生物群落结构多样性研究

直接从污染土壤中提取微生物基因组DNA,对基因组DNA进行16S rDNA聚合酶链式反应（PCR）扩增和末端限制性片段多态性（T-RFLP）分析,进而对炼油厂附近PAHs污染区土壤微生物群落结构和多样性进行初步研究。结果表明,PAHs浓度较高的土壤中PAHs主要以高相对分子质量PAHs为主,此外,其土壤微生物群落多样性明显低于PAHs浓度较低的土壤。高浓度PAHs刺激了某些土壤微生物生长。不同污染程度的土壤存在一定数量相同的优势菌群,但相对丰度具有明显差异。其中α-变形菌是五个区域土壤中的主导微生物。研究结果将为炼油厂周边土壤的修复治理提供科学依据。     

宿根甘蔗根际土壤细菌多样性分析中培养法与非培养法比较研究

采用培养法和非培养法提取甘蔗根际土壤微生物的总DNA,基于通用引物PCR扩增构建两种方法的细菌16SrDNA文库,并进行核糖体DNA扩增片段限制性内切酶分析(ARDRA),通过部分克隆序列测定构建细菌克隆文库的系统发育树,进而对基于传统的细菌平板培养法和直接提取总细菌DNA的非培养法进行比较分析.结果显示,非培养法文库的香侬–威纳指数、辛普森指数、丰富度分别为4.94、0.998、28.91,均高于培养法文库中相应的多样性参数(分别为4.27、0.996、16.79),均一度数值都>0.95.结合统计学数据和序列测定信息,反映出甘蔗根际土壤存在着丰富的细菌多样性,但平板培养法所展现的多样性低于直接提取法,表明前者存在着很大的局限性,而非培养法文库中主要是未培养微生物的16S rDNA序列,这从一个侧面反映了土壤样品中未培养微生物占很大比例.因此,在土壤微生物群落研究中,必须结合新的分子生态学技术手段,如采用直接提取总DNA的方法进行研究,才能比较全面地认识土壤微生物多样性.图3表3参18     

土壤微生物生态学研究方法进展

土壤微生物研究方法经历了微生物纯培养、土壤酶活性(BIOLOG微平板分析)、微生物库(如微生物生物量)和流(C和N循环)、微生物生物标记物(FAMEs)、微生物分子生物学技术(从土壤中提取DNA,进行PCR-DGGE、PCR-SSCP、RLFP分析等),揭示了土壤微生物群落丰富的多样性和生态功能;现代生物技术和传统微生物研究方法的配合将为土壤微生物学研究提供较好的前景。     

改变碳输入对太岳山油松林土壤酶活性的影响

土壤酶是土壤微生物作用于土壤环境的媒介,其活性对土壤环境的变化十分敏感,因此测定土壤酶活性对了解土壤微生物群落功能与环境因子的关系具有重要意义.为了解碳输入变化对土壤酶活性的影响,本文以山西太岳山油松(Pinus tabulaeformis)天然林和人工林为研究对象,自2009年7月开始进行对照(无人为干扰,CK)、去凋(去除凋落物,LR)、切根去凋(切断根系并去除凋落物,LRNR)3种处理,于2012年7、9月和2013年5月采集表层0-20 cm的土样,测定了多酚氧化酶(Polyphenol oxidase)、过氧化物酶(Peroxidase)、纤维素酶(Cellulase)、蔗糖酶(Invertase)、脲酶(Urease)和中性磷酸酶(Neutral phosphatase)的活性,另于2012年10月采集表层0-20 cm的土样测定土壤化学性质.结果显示:碳输入的改变对土壤酶活性影响显著,去凋处理和切根去凋处理均显著降低了土壤碳、氮含量(P0.05),并且显著抑制了土壤纤维素酶、蔗糖酶、脲酶、中性磷酸酶等水解酶的活性(P0.05),但对多酚氧化酶和过氧化物酶等氧化酶的影响不显著(P0.05).切根去凋处理对水解酶的抑制作用大于去凋处理,并略微提高了土壤过氧化物酶活性.另外在天然林中蔗糖酶活性的下降比人工林更为显著,而人工林中纤维素酶活性的下降比天然林更显著.研究表明:油松天然林中的土壤微生物群落功能倾向于分泌蔗糖酶,而油松人工林中的土壤微生物群落功能倾向于分泌纤维素酶.土壤酶活性的变化说明,在山西油松林,碳输入的减少会降低参与有机质降解的土壤酶活性,而对参与腐殖质合成的土壤酶活性没有显著影响.图3表3参31     

海洋微生物Fulvimarina manganoxydans磷酸酶FM2382的克隆表达及酶学性质

为促进海洋微生物及基因资源的开发应用,将海洋微生物Fulvimarina manganoxydans sp.nov.8047的磷酸酶基因fm2382在大肠杆菌(Escherichia coli)中异源表达、纯化,并研究磷酸酶FM2382的酶学性质.设计引物从F.manganoxydans sp.nov.8047基因组DNA中扩增出磷酸酶fm2382基因,克隆至pET28(a)表达载体中,构建重组菌株,表达纯化后对磷酸酶FM2382的酶学性质进行分析.结果表明:磷酸酶FM2382最适反应温度为45℃,最适反应pH 7.1,70-80℃高温处理1 h后仍具35%左右的活力,在pH 7.1-9.0范围内具有较好的稳定性;金属离子对磷酸酶活力有不同程度的影响,其中Mg~(2+)、Mn~(2+)具有强烈的激活作用;K_m=1.42×10~(-3)mol/L,V_m=2.5×10~(-7)mol/L.本研究表明F.manganoxydans sp.nov.中获得的fm2382基因可以在大肠杆菌中高效表达且FM2382是一种新的磷酸酶.     

烟区轮作与连作土壤细菌群落多样性比较

采用从土壤中直接提取土壤细菌总DNA,并用细菌16SrDNA特异性引物进行PCR扩增和变性梯度凝胶电泳（DGGE）的方法,对比研究了贵州福泉烟区轮作和连作对土壤细菌群落多样性的影响,每个处理样品3次重复在DGGE图谱中相似性较高,基本聚在一起,从整体证明了试验操作方法较为精确。由DGGE图谱可知,轮作土壤微生物条带数量15-31条不等,平均为23条。连作土壤微生物条带数量从7-25条不等,平均为18条。分别从每条泳道的条带数和光密度值两方面,对细菌群落多样性指标进行了比较。结果表明,轮作处理细菌群落丰富度指数均大于连作处理,轮作Shannon-wiener和辛普森指数（1/D）均大于连作,表明轮作微生物多样性较连作高,轮作方式可以提高植烟土壤细菌群落的多样性。     

鹤望兰基因组DNA的提取方法

由于鹤望兰组织内含有大量多糖类及多酚类物质，严重干预DNA的抽提，利用常规的SDS法，CTAB法和高盐低pH值法都难以抽提出高质量的鹤望兰基因组DNA，本文报道了在进行若干预处理之后，再用常规的SDS，CTAB，SDS裂解的高盐低pH值法和CTAB裂解的高盐低pH值法提取基因组DNA的改进方法，根据外观，琼脂糖凝胶电泳检测，D260nm/D280nm比值的测定。限制性酶切反应，PCR扩增的结果表明，用改进方法提取的基因组DNA无论在纯度上还是在完整性上都比常规方法要好，其中改进SDS裂解的高盐低pH值法是提取鹤望兰基因组DNAS的最好方法。     

从顽拗植物荔枝中提取基因组DNA技术的研究

针对荔枝体内含有大量影响ＤＮＡ提取质量的多酚等次生代谢物质的特点,在常规ＳＤＳ和ＣＴＡＢ提取方法的基础上做了技术改进,即在核裂解之间先破碎细胞,将存在于细胞质中次生物质除去后再裂解细胞核,同时加入活性炭以吸咐杂质反复清洗几次后加入核型解液释放基因组ＤＮＡ,纯化之后经外观和电泳检测,以及Ｄ２６０ｎｍ和Ｄ２８０ｎｍ比值的测定,限制性内切酶反应,ＰＣＲ扩增的结果表明,用改进方法提取的ＤＮＡ无论在纯度上还     

植物根瘤内痕量Frankia DNA的提取及鉴定

建立了一种简捷、快速植物根瘤内痕量Frankia DNA的提取方法,即采集自然态下根瘤,剥离瘤瓣,取瘤瓣尖经液氮研主民粉末,以20g/L CTAB（十六烷基三甲基溴化铵）消化胞壁,然后以d=5-10μm的石英粉吸附DNA,再以无菌去离子蒸馏水释放DNA,所获DNA产率及纯度较酚／氯仿法好。经对辽宁沙棘、色赤杨根瘤的瘤内痕量Frankia DNA及体外培养的9种Frankia菌株DNA分纯,并用于酶切及PCR,获满意结果。图3参12     

Modified pretreatment method for total microbial DNA extraction from contaminated river sediment

Extraction of high-quality microbial DNA from contaminated environmental samples is an essential step in microbial ecological study. Based on previously published methods for soil and sediment samples, a modified pretreatment method was developed for extracting microbial DNA from heavily contaminated river sediment samples via selection of optimal pretreatment parameters (i.e., reagent solution, reaction duration, and temperature). The pretreatment procedure involves washing the river sediment sample for three times with a solution containing 0.1 mol·L^-1 ethylene diamine tetraacetic acid (EDTA), 0.1 mol·L^-1 Tris (pH 8.0), 1.5 mol·L^-1 NaCl, 0.1 mol·L^-1 NaH₂PO₄, and Na₂HPO₄ at 65°C with 180 r·min^-1 for 15 min to remove humic materials and heavy metals prior to the employment of standard DNA extraction procedures. We compared the results of standard procedure DNA extraction following pretreatment, without pretreatment, and with using a commercial PowerSoil^TM DNA Isolation Kit. The results indicated that the pretreatment significantly improved the DNA quality based on DNA yield, DNA fragment length, and determination of prokaryotic diversity. Prokaryotic diversity exhibited in the DNA with the pretreatment was also considerably higher than that extracted with the PowerSoil^TM DNA Isolation Kit only. The pretreatment method worked well even with a small amount of sediment sample (0.25 g or even lower). The method provides a novel, simple, cost-effective tool for DNA extraction for microbial community analysis in environmental monitoring and remediation processes.     

快速提取用于PCR分析的几种蔬菜DNA的方法

利用两种不同的简便方法提取大白菜、大葱和厚皮酣瓜发芽种子的DNA,均能产生具有重现性的RAPD结果这两种方法提取DNA的PCR扩增结果与多次利用苯酚／氯仿提取DNA的结果一致.RNase处理与否对提取DNA的PCR扩增结果没有影响.方法1不用氯仿,但残留蛋白质等容易造成DNA溶解困难;方法2提取的DNA纯度高对于含蛋白质较少的植物器官或组织,可以选用方法1,而对于含蛋白质较多的植物器官或组织,宜选用方法2.两种方法提取的DNA量与用苯酚／氯仿提取DNA的量相似样品之间提取DNA量的多少主要受研磨破碎程度高低所决定.方法1每人每天提取约120个样品,方法2提取约100个样品,比先前的方法快1倍多.所提取的每个样品DNA约能用于100次PCR反应,两种DNA提取方法简便、迅速,为快速进行大量样品的PCR分析提供了条件.     

ERIC-PCR:一种快速鉴别环境细菌菌株的方法

以 Ｅ Ｒ Ｉ Ｃ（ 肠杆菌基因间共有重多序列） 序列设计的特异引物对３ 株大肠杆菌、３ 株软腐欧氏杆菌、２ 株草生欧氏杆菌、１ 株梨火疫欧氏杆菌、１ 株催娩克氏菌、１ 株阴沟肠杆菌和９ 株具有降酚能力的细菌等２０ 种细菌的基因组 Ｄ Ｎ Ａ 进行 Ｐ Ｃ Ｒ 分析．每种菌株均存在数目不等的各自独特的带型,能够区分同一种类中极为相近的菌株．经多次重复,各特异性扩增的主要带型能重复稳定出现．聚类分析的结果表明,供试菌株多数按照分类地位归到相应的组中．９ 种具有降酚能力的细菌中,２ 种分离自处理焦化废水池活性污泥,７ 种来自土壤样品． Ｅ Ｒ Ｉ Ｃ Ｐ Ｃ Ｒ 指纹图显示,前２ 种属于一类,都有一条大小约１ ．１ ｋｂ 的主带,其它７ 种土壤中分离出来的细菌除其中１ 种有１ 条约１ ．２ ｋｂ 大小的主带外,其余６ 种都有１ 条大小约１ ．４ ｋｂ 的带．聚类分析将从土壤中分离出来的细菌归为３ 种不同的类型． Ｅ Ｒ Ｉ Ｃ Ｐ Ｃ Ｒ 可以从分子水平对细菌基因组进行快速指纹图分析,在对环境细菌分离物进行快速鉴定和归类等方面具有实用价值     

海洋微藻活体及乙醇固定状态下基因组DNA的微量提取方法

探讨了海洋微藻活体及固定状态下基因组DNA的提取方法,即作者改进的CTAB法.结果表明,CTAB改进法提取的基因组DNA蛋白质、酚、盐和小分子的污染较少,多糖成份也得到了有效去除.用5%乙醇固定样本提取DNA的效果最好,对原生动物抑制效果也较明显;10%以上的乙醇可杀死原生动物,但对DNA的降解率较大;30%以上的乙醇对细菌抑制较明显,但DNA都有较大程度的降解.本法提取的DNA可用于正常的酶切和PCR.用甲醛、甲醇/冰醋酸等其它固定液固定样品,DNA的得率低或者质量和纯度低.图7表1参27     

真菌核酸的一种快速提取方法

在总结多种真菌DNA和RNA提取方法的基础上，发展了一种提取真菌核酸新方法，与其它方法相比，该方法具有快速、操作简便等特点，而且提取DNA和RNA步骤基本一致，用该方法提取的DNA完整、纯度高，可用于PR、限制性内切酶酶切和Southern杂交等分子生物学操作；提取RNA产量高，RNA无降解，纯度高，适用Northern和cDNA合成等分子生物学操作。     

Diversification of nitrogen fixing bacterial community using nifH gene as a biomarker in different geographical soils of Western Indian Himalayas

Six soil samples (Pantnagar, Chamoli, Almora, Ranichauri, Pithoragarh and Badrinath) belonging to different geographical locations of Western Himalayas in India, were analyzed to diversify the nitrogen fixing bacterial community using nifH gene biomarker DNA from soil samples were isolated and amplified using nifH gene specific primers. Genomic DNA and PCR amplified products were then individually subjected to restriction digestion with tetra to octacutter enzymes (AluI, MspI, BgIII, XbaI, HindIII, HaeIII, AluI, MspI and PasI. Further restriction pattern was studied by preparing dendograms on the basis of similarity matrix and compared for the nifH community. It was observed that temperate region soils (Ranichauri and Pithoragarh) were negative for nifH marker while subalpine region (Badrinath) and tarai region soils (Pantnagar) documented similar nifH community. Moreover; the direct genomic DNA restriction analysis indicated that subalpine region soil (Badrinath) was most diversified.     

金黄色葡萄球菌的演相培养及A蛋白的提取

对金黄色葡萄球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓａｕｒｅｕｓ）ＣｏｗａｎⅠ的培养及Ａ蛋白提取工艺进行了优化研究．结果表明：在培养基中分别增加牛肉膏和蛋白陈的含量，有利于提高菌体生物量及Ａ蛋白的得率；少量酵母浸膏及葡萄糖对生物量及Ａ蛋白得率有促进作用，但当达到一定浓度时则会产生基质抑制作用；恒定培养过程的ｐＨ值有利于Ａ蛋白得率的增加，０．０３（）／ｍｉｎ通气量、搅拌速度２００ｒ／ｍｉｎ是能满足菌体生长的条件．根据Ａ蛋白耐热性强这一特性，采用加热法除去大部分杂质，然后用ＩｇＧ－琼脂糖凝胶亲和层析实现了Ａ蛋白的提纯．     

土壤中酞酸酯的分析方法研究

经过系统研究,建立了以正已烷/丙酮(V/V:2/1)为溶剂,对土壤进行超声萃取,然后以浓H_2SO_4进行纯化的分析土壤中酞酸酯的方法。本方法具有省时、省溶剂、空白低及纯化效果好的特点,具有很强的实用性。