柴达木盆地达布逊盐湖微生物多样性研究

本研究采用高通量测序与传统培养技术相结合的方式研究达布逊湖微生物的多样性。结果显示,达布逊盐湖中的细菌多样性与丰度远高于古菌。高通量测序所得的16SrRNA基因序列分别归属广古菌门(Euryarchaeota),放线菌门(Actinobacteria),拟杆菌门(Bacteroidetes),变形菌门(Proteobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia)。广古菌门序列占原核微生物(细菌与古菌之和)的5.5%,以嗜盐的盐杆菌科(Halobacteriaceae)为主,而属于放线菌门、拟杆菌门、变形菌门和疣微菌门的细菌序列分别占原核微生物的53.0%、25.8%、14.1%和1.6%。定量PCR结果显示,达布逊盐湖水体中的细菌和古菌16S rRNA基因丰度分别为3.27×107和4.35×104拷贝/毫升。培养分离获得的纯细菌菌株分别属于假单胞菌属(Pseudomonas)和芽孢杆菌属(Bacillus)。古菌菌株则分别属于盐杆菌科的盐盒菌属(Haloarcula)、盐红菌属(Halorubrum)和盐棍菌属(Halorhabdus)。本研究为青藏高原盐湖微生物资源的开发和利用提供了有利的数据支持。     

抚顺西露天油页岩可培养微生物的分离与鉴定

为了解油页岩中可培养微生物的多样性,利用稀释平板培养法对我国抚顺盆地西露天组油页岩中可培养微生物进行分离纯化,并对所获菌株进行16S rDNA(细菌)和rDNA ITS(真菌)序列测定和系统发育树分析.以营养琼脂培养基分离到8株细菌,以马铃薯葡萄糖琼脂培养基分离到4株真菌.16S rDNA序列测定结果表明细菌菌株属于芽孢杆菌属(Bacillus),赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus),短杆菌属(Brevibacillus),类芽胞杆菌属(Paenibacillus)和红球菌属(Rhodococcus); rDNA ITS序列测定结果显示真菌菌株分别属于芽枝霉属(Cladosporium),曲霉属(Aspergillus),犁头霉属(Absidia)和正青霉属(Eupenicillium). 2株细菌(ZK4和ZK5)能够在以油页岩为唯一碳源和氮源的固体培养基上连续生长5代以上,且长势良好, 可作为油页岩生物转化的潜力菌株进行深入研究.     

一株源于污泥浓缩池厌氧除磷菌的分离、鉴定及特性研究

采用浓缩池污泥为细菌分离的种泥,利用传统和现代微生物的分离、鉴定相结合手段,分离出一株源于污泥浓缩池的厌氧除磷功能菌(NA菌),从细菌形态、生理生化和16S rDNA三方面确定了所得细菌的分类地位,利用静态厌氧反应对其进行厌氧除磷特性初探. 结果表明:可将NA菌鉴定为蜡状芽孢杆菌(Bacillus cereus),该菌株同时具有反硝化和厌氧除磷产生磷化氢(PH₃)的双重功能. 随着培养时间的不断增加,NA菌总数,TP去除率和PH₃生成量分别由第7天的1.2×103 mL-1,7.66%和0.124 mg/L上升至第21天的1.7×104 mL-1,11.50%和0.465 mg/L,PH₃生成量与TP去除率,NA菌总数之间表现为同步一致的正相关关系,但由于未进行驯化,NA菌的厌氧除磷产生PH₃的能力较弱.      

小麦根际优势菌对畜禽用抗生素的敏感性研究

文章通过培养的方法分析了小麦根际微生物的群落结构以及对常用畜禽用抗生素的敏感性,研究结果表明,小麦根际土壤微生物总数为5.251×108cfu/g,其中细菌占绝对优势,占总菌数的99.04%,放线菌占0.09%,真菌占0.06%。从中分离出10株优势细菌,经过分子生物学鉴定均与芽孢杆菌属(Bacillus)亲缘关系较近。这10株优势菌对土霉素和四环素的敏感性研究结果表明,大部分菌株对土霉素的敏感性高于四环素,不同的菌株对同一种抗生素的敏感性差异较大。10株菌对土霉素的敏感浓度在10～100μg/L之间,对四环素的敏感浓度在100～500μg/L之间。     

底泥中红霉素耐受菌群的多样性分析

为了正确评估抗生素残留的环境风险,了解长期受低浓度红霉素污染条件下,水体底泥中红霉素耐受菌群结构的变化特点,采用传统的微生物培养法和分子生物学方法对长期受低浓度红霉素污染的水体底泥中红霉素耐受菌群结构的多样性进行了分析.结果表明:采用传统的培养方法,从底泥中可分离筛选出3株对红霉素有耐受能力的菌株,根据其形态学特征及16S rDNA序列分析,初步鉴定为赖氨酸芽孢杆菌(Lysinibacillussp.)、土壤芽孢杆菌(Solibacillus silvestris)以及蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus),其中敏感菌蜡样芽孢杆菌经低浓度红霉素诱导对红霉素表现出一定的耐药性.进一步构建底泥耐药菌群16S rDNA克隆文库发现,底泥中红霉素耐受菌群可分为三大类群,其中未获培养的细菌(Uncultured bacterium)在整个文库中比例最大,占65.06%,其次为芽孢杆菌纲(Bacilli)和梭菌纲(Clostridia),分别占文库比例33.73%和1.20%.文库中可培养的耐药菌优势类群为芽孢杆菌纲,与传统培养方法得到的结果相一致.上述研究表明,在长期受低浓度红霉素污染的环境中,红霉素耐药菌的存在具有一定的广泛性和潜在性,将可能威胁人类健康和生态系统,应当重视其生态风险评价与管理.     

PCR-DGGE分析啤酒废水生物处理工艺的微生物区系

应用基于16s rDNA的PER-DGGE(变性梯度凝胶电泳)技术对啤酒废水"水解酸化 SBR"工艺的微生物多样性进行研究.分别取水解酸化池与SBR池中不同深度以及不同处理时段的活性污泥,提取样品总DNA,通过PER扩增、变性梯度凝胶电泳,将16S rDNA(V3区)的PER扩增片段割胶克隆测序确定样品中的微生物群落,与筛选出的高效菌株进行对比分析.结果表明,水解酸化池中的微生物群落随深度的改变,在结构组成和种群数量上均有较大差异,2 m深处微生物群落相对丰富,优势条带突出;SBR池不同深度微生物种群结构一致,沉淀期、进水期和曝气期不同处理时段的微生物种类一致,但优势菌群不同;所测序列v2、23、25、31、h5和15号分别与菌株uncultured Thermotogales sp.Comamonas sp.WT OTU1、Agrobaaerium tumefaciens、Bacillus subtilis、Bdellovibrio bacteriovorus、Comamonas testosteroni有高度同源性,活性污泥样品中的优势条带与高效菌株的序列不同,表明筛选出的高效菌并非为实际处理过程中的优势菌.     

坡耕地不同作物及有无树篱对土壤微生物群落结构与多样性的影响研究

为研究种植不同作物及有无树篱的坡耕地中土壤微生物群落结构与多样性是否有差异,以湖北秭归张家冲水土保持站试验田坡耕地有无树篱及3种典型作物(茶树、柑橘、花生)搭配共计6种样地为研究对象,测定其土壤的理化性质,并通过16S rDNA测序法对土壤微生物群落组成与多样性进行研究。结果表明:不同作物及有无树篱均对土壤微生物群落组成与多样性有显著影响(p0.05);花生样地含有最多种类的土壤微生物(p0.05),其土壤微生物多样性最高;无树篱样地土壤微生物门和目的数目高于有树篱样地;研究样地中土壤微生物优势种类在门的水平上有变形菌门(Proteobacteria)占总数的23.22%、酸杆菌门(Acidobacteria)16.59%、浮霉菌门(Planctomycetes)14.81%、放线菌门(Actinobacteria)9.38%,在属的水平上有DA101属11.34%、慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)8.77%、出芽菌属(Gemmata)6.19%、红游动菌属(Rhodoplanes)5.05%;土壤微生物分布受土壤理化性质的影响,酸杆菌门和变形菌门细菌丰度与土壤pH值呈显著正相关(p=0.042),说明土壤pH值显著影响土壤微生物的分布。     

石油污染土壤可培养放线菌遗传多样性分析

采集天津大港油田石油污染土壤样品,经分离、纯化得到18株不同的放线菌,对其进行BOXAIR-PCR和16S rDNA序列聚类分析。结果表明,链霉菌属为该地区石油污染土壤可培养放线菌的主要类群之一。BOXAIR-PCR的聚类结果表明在37%的水平上,所有菌株分为8个遗传类型,与16S rDNA鉴定结果具有一致性,同时BOXAIR-PCR分析可以对16S rDNA序列聚类分析结果大量高度相似的菌株进行区分,因此BOXAIR-PCR分析技术可在一定程度上辅助16S rDNA物种鉴定分型。     

污染土壤中菲降解菌的分离鉴定及其降解能力

利用水-硅油双相系统富集培养和平板升华方法,从被多环芳烃(PAHs)污染的表层土壤中筛选分离得到10株能利用菲为唯一碳源和能源生长的菌株. 这10株菌在无机盐培养基中10 d内对初始质量浓度为50 mg/L的菲的去除率为27.6%～55.3%,其中一些菌株混合可提高或降低菲的去除率;通过形态观察、生理生化指标测定及分子生物学分析(16S rDNA)等方法对其中3株具有较高降解能力的菌株(分别定名为PE0402-5,PE0902-1和PE1501-1)进行鉴定. 这3株菌的16S rDNA序列分别与Gordonia,Mycobacterium以及Azospirillum 3个属的相似性达100%,99%和99%. 结合分离菌株的形态、生理生化特征和16S rDNA基因序列的分析结果,初步鉴定菌株PE0402-5为戈登氏菌(Gordonia sp.),PE0902-1为分枝杆菌(Mycobacterium sp.),PE1501-1为固氮螺菌(Azospirillum sp.).      

酸性矿山废水库周边土壤微生物多样性及氨氧化菌群落研究

采集了安徽某铁矿酸性矿山废水库周边土壤样品,测定其理化参数,并采用分子生物学方法分别研究了土壤中细菌和古菌群落组成以及驱动氨氧化作用的微生物类群.结果表明,该土壤样品受到酸性矿山废水严重污染,pH低于3,铁铝等金属含量很高.细菌的16S rRNA基因文库覆盖11个类群,其中酸杆菌门(Acidobacteria)占主导地位,丰度达47.4%;疣微菌门(Verrucomicrobia)为第二大门类,丰度为18.9%.样品中含有大量嗜酸的细菌类群,如Candidatus Koribacter versatilis和Holophaga sp.等.古菌的16S rRNA基因文库仅覆盖2个类群,分别为奇古菌门(Thaumarchaeota)和广古菌门(Euryarchaeota),奇古菌门占绝对优势地位.该土壤样品中的氨氧化作用可能主要由奇古菌门的氨氧化古菌所驱动,且该区域存在新的氨氧化古菌类群.     

Environmental Surveillance for Noroviruses in Selected South African Wastewaters 2015–2016: Emergence of the Novel GII.17

Norovirus (NoV) GII.4 is the predominant genotype associated with gastroenteritis pandemics and new strains emerge every 2–3 years. Between 2008 and 2011, environmental studies in South Africa (SA) reported NoVs in 63% of the sewage-polluted river water samples. The aim of this study was to assess whether wastewater samples could be used for routine surveillance of NoVs, including GII.4 variants. From April 2015 to March 2016, raw sewage and effluent water samples were collected monthly from five wastewater treatment plants in SA. A total of 108 samples were screened for NoV GI and GII using real-time RT-qPCR. Overall 72.2% (78/108) of samples tested positive for NoVs with 4.6% (5/108) GI, 31.5% (34/108) GII and 36.1% (39/108) GI + GII strains being detected. Norovirus concentrations ranged from 1.02 × 10² to 3.41 × 10⁶ genome copies/litre for GI and 5.00 × 10³ to 1.31 × 10⁶ genome copies/litre for GII. Sixteen NoV genotypes (GI.2, GI.3, GI.4, GI.5, GI.6, GII.2, GII.3, GII.4, GII.7, GII.9, GII.10, GII.14, GII.16, GII.17, GII.20, and GII.21) were identified. Norovirus GII.2 and GII.17 co-dominated and the majority of GII.17 strains clustered with the novel Kawasaki 2014 variant. Sewage surveillance facilitated detection of Kawasaki 2014 in SA, which to date has not been detected with surveillance in children with gastroenteritis <5 years of age. Combined surveillance in the clinical setting and environment appears to be a valuable strategy to monitor emergence of NoV strains in countries that lack NoV outbreak surveillance.     

布吉河丰水期总细菌和氨氧化细菌的定性和定量研究

河流中微生物的数量和群落结构能在一定程度上反映水环境状况.氨氧化细菌驱动的硝化作用是氮素转化的主要机制,为了解氮素污染河流中氨氧化细菌的群落组成及数量,采用变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)和Real-time PCR技术分析了布吉河丰水期不同断面水样中总细菌和氨氧化细菌的群落结构以及数量变化.结果表明,水样中总细菌(16S rRNA)和氨氧化细菌(16S rRNA)数量变化范围分别为4.73×1010～3.90×1011copies.L-1和5.44×106～5.96×108copies.L-1.冗余度分析表明影响微生物数量和群落结构的水环境因子不同:对于总细菌,与其数量显著相关的环境因子是硝氮(P<0.05),与其群落结构显著相关的环境因子是氮素(三氮)和金属(Mn和Zn)(P<0.05);对于氨氧化细菌(ammonia-oxidizing bacteria,AOB),与其数量显著相关的是氨氮和Zn(P<0.05),与其群落组成显著相关的是氨氮、Mn和Zn(P<0.05).测序结果表明在布吉河水样中微生物属于变形菌门(Proteobacterium)的Epsilon-Proteobacteria、Gamma-Proteobacteria、Beta-Proteobacteria和Delta-Proteobacteria这4个纲,氨氧化细菌与Nitrosomonas sp.和Nitrosospira sp.属的细菌相似度较高,且Nitrosospira sp.为优势菌属.由于污染影响,布吉河上游和下游微生物群落结构明显不同.     

石油污染地下水中细菌多样性研究

采集了某废弃炼油厂的石油污染地下水样品,提取水中微生物总DNA,构建细菌16S rDNA克隆文库,并通过16S rDNA序列的系统发育分析,对样品中的细菌种群多样性以及群落结构进行了研究.结果表明,文库中阳性克隆的16S rDNA序列分属10个细菌类群,分别为γ-Proteobacteria(49.1%)、α-Proteobacteria(12.9%)、β-Proteobacteria(11.1%)、Bacteroidetes(9.2%)、Verrucomicrobia(6.7%)、Acidobacteria(2.5%)、δ-Proteobacteria(1.2%)、Actinobacteria(1.2%)、Planctomycetes(0.6%)、Unidentifiedbacteria(5.5%).在这一生态系统中,γ-Proteobacteria类细菌占据主导地位,接近50%,尤其是假单胞菌属(Pseudomonas)微生物在文库中的比例达35.6%.该石油污染地下水样品中细菌与许多其它已知的降解菌亲缘关系较近,如鞘胺醇单胞菌(Sphingomonas)、红球菌(Rhodococcus)和短波单胞菌(B...     

1株筛自柴油污染土壤的铜绿假单胞菌对萘的降解特性研究

从柴油污染土壤中筛选分离出1株萘降解菌HD-5,经16S r DNA序列分析鉴定为铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa),对功能基因进行PCR扩增证实该菌株中含有萘双加氧酶基因nah.采用生物强化、生物刺激以及二者相结合的方式修复萘含量为0.5%的自配污染土壤,综合比较了在不同修复方式下土壤中萘的降解率,修复过程中土壤FDA水解酶活和脱氢酶活的变化,以及运用定量PCR的方法动态分析了总细菌基因拷贝数和nah基因拷贝数.结果表明,在生物强化(B)、生物刺激(S)以及生物强化与生物刺激相结合(BS)这3种修复方式下,31 d后萘去除率分别为71.94%、62.22%和83.14%,BS组在修复过程中土壤FDA水解酶活和脱氢酶活明显高于另外两组,31 d后BS组土壤中总细菌基因拷贝数和nah基因拷贝数分别增长了约2.67×1011g-1和8.67×108g-1.上述研究结果表明筛选得到的萘降解菌株在土壤中具有良好的定植特性,在生物刺激与该降解菌株的共同作用下,可以有效地实现土壤中萘降解,这对此类污染生物修复过程研究具有一定的指导意义.     

中国几种土壤中的有机态硒及其分布特征

采用0.1mol/L NaOH-0.1mol/L Na_4P_2O_7浸提,活性碳分离技术研究了中国湿润半湿润地区几种土壤中有机态硒的化学特征.供试土壤有机态硒占全硒含量的百分数变幅为3.46％—59.86％,平均28.42％.影响有机硒含量的主要因素有全硒含量(r=0.8033)、有机碳含量(r=0.6618)、土壤交换性酸(r=0.6136)和pH(r=-0.5248)。土壤有机质的C/Se为0.58×10~6-42.93×10~6,平均为6.38×10~6.低硒环境土壤有机质的C/Se显著高于正常硒含量土壤.以平均计,胡敏酸结合态硒约占有机态硒的34％,富啡酸结合态硒占66％.缺硒土壤有机态硒中,胡敏酸结合态硒的比例一般都较高.     

Detection and Characterization of Hepatitis A Virus and Norovirus in Mussels from Galicia (NW Spain)

Shellfish are recognized as a potential vehicle of viral disease and despite the control measures for shellfish safety there is periodic emergence of viral outbreaks associated with shellfish consumption. In this study a total of 81 mussel samples from Ría do Burgo, A Coruña (NW Spain) were analysed. Samples were collected in seven different harvesting areas with the aim to establish a correlation between the prevalence of norovirus (NoV) and hepatitis A virus (HAV) in mussel samples and the water quality. In addition, the genogroup of the detected HAV and NoV strains was also determined. The HAV presence was detected in 18.5 % of the samples. Contamination levels for this virus ranged from 1.1 × 10² to 4.1 × 10⁶ RNA copies/g digestive tissue. NoV were detected in 49.4 % of the cases reaching contamination levels from 5.9 × 10³ to 1.6 × 10⁹ RNA copies/g digestive tissue for NoV GI and from 6.1 × 10³ to 5.4 × 10⁶ RNA copies/g digestive tissue for NoV GII. The χ²-test showed no statistical correlation between the number of positive samples and the classification of molluscan harvesting area based on the E. coli number. All the detected HAV strains belong to genogroup IB. NoV strains were assigned to genotype I.4, II.4 and II.6.     

海水养殖场底泥中转化硫和磷化合物的微生物及其多样性

对福建某近海养虾场底泥环境中硫和磷2种元素的微生物代谢进行了研究.结果表明,细菌代谢有机硫和无机硫产H₂S是养殖过程中造成H₂S污染的主要因素,利用半胱氨酸和硫代硫酸钠产生硫化氢的细菌数量分别为 1.6×10⁶和4.35×10³ 个·g^-1底泥;进一步研究发现,芽孢杆菌属、盐芽孢杆菌属和微杆菌属等细菌是产H₂S的优势菌群,而硫酸盐还原菌的数量较少,仅为25个·g^-1,其产H2S的作用不明显.研究还发现,转化有机磷和无机磷酸盐的优势菌群属于好氧细菌,其中分解卵磷脂的细菌和产磷酸酯酶细菌的数量分别为2.17×10⁵和 1.21×10⁶个·g^-1,转化磷酸钙的细菌数量为6.96×10³个·g^-1.本文从微生物学的角度探讨了养殖环境中硫、磷化合物的转化,提出细菌好氧代谢产H₂S是养殖环境潜在的污染因素,给出了一些改善和修复养殖环境生态的建议.     

Field studies of the SO2/aqueous S(IV) equilibrium in clouds

Concentrations of S(IV) were measured in cloudwater at Great Dun Fell and compared with theoretical HSO₃⁻ assuming equilibrium between aqueous and gaseous phases in cloud. Detectable concentrations of S(IV) in the range of 1 × 10⁻⁶ to 17.2 × 10⁻⁶ mol dm⁻³ were observed only in samples which contained low H₂O₂ concentrations, generally <1 × 10⁻⁶ mol dm⁻³. Concentrations of S(IV) were below the detection limit of 1 × 10⁻⁶ mol dm⁻³ in samples which contained hign H₂O₂ levels (1 × 10⁻⁶−80 × 10⁻⁶ mol dm⁻³) confirming that either SO₂ or H₂O₂ acts as the limiting reagent in the oxidation of SO₂ in cloudwater.Equilibrium HSO₃⁻ concentrations were estimated from the measured cloudwater pH, the gas phase SO₂ concentration and the ambient temperature and found to be on average about 5 times lower than the measured S(IV) concentrations. The possible role of formaldehyde in stabilizing S(IV) in cloudwater is discussed. The kinetic data available in the literature suggest that the complexation reaction between S(IV) and HCHO is too slow to account for the observed difference between measured and calculated S(IV) concentrations over the typical lifetime of clouds in our study.S(IV) accounted for up to 10% of the SO₄²⁻ measured in stored cloudwater samples.     

武汉市儿童多途径铅暴露风险评估

在武汉市区设置70个采样点,采集土壤、灰尘、大气及食品样品.根据美国EPA推荐的儿童铅暴露参数,应用美国EPA人体暴露风险评估方法对武汉市儿童多途径铅暴露进行了风险评估,结果表明,武汉市区儿童每天的铅暴露量为1.20×10-3mg.（kg.d）-1.经消化道途径是儿童摄入铅的主要途径,其暴露量为1.04×10-3mg.（kg.d）-1,其次为经呼吸道途径及皮肤吸收途径,其暴露量分别为0.153×10-3mg.（kg.d）-1和8.56×10-7mg.（kg.d）-1.在消化道途径中,摄入土壤或灰尘铅暴露量占占总暴露量的52.0%,通过消化道途径摄入土壤或灰尘是最主要的暴露途径.用Monte Carlo法进行模拟,在消化道途径中,通过摄取土壤铅暴露量为2.48×10-2mg.d-1.超过JECFA指定的PTDI的概率为2.1%.风险水平R计算结果表明,从消化道、呼吸道、皮肤吸收这3个途径的铅暴露风险均小于最大可接受风险水平5.0×10-5,其中经过皮肤吸收途径的铅暴露风险值小于可忽略风险水平1×10-8.应用Kriging插值法获得武汉市中心城区儿童铅日暴露量的空间分布,运用指示Kriging方法获得了武汉市儿童铅暴露危险指数图,显示武汉市青山区及江岸区儿童铅暴露水平较高.     

利用氧化亚氮还原酶基因 (nosZ) 评价人工湿地系统中的反硝化菌

应用人工潜流湿地净化微污染地表水,出水用于补给人工景观河.利用定量PCR测定了湿地植物根际土壤和景观河底泥中16S rDNA和nosZ的丰度,并采用PCR-DGGE技术考察了样品中含nosZ基因的群落结构及其相似性.定量PCR结果表明,潜流湿地及人工景观河16S rDNA、nosZ平均绝对丰度(以DNA计)分别为1.91E+07、1.26E+06和2.68E+07、8.37E+05 copies.ng-1,以干土计时分别为1.45E+11、9.31E+09和5.31E+11、1.45E+10 copies.g-1.景观河底泥中微生物总量和反硝化菌数量要高于湿地根际土壤,但是后者nosZ相对丰度(3.8%～10.1%)则明显高于前者(1.7%～4.1%).根际土壤和底泥样品聚类分析相似度低,根际土壤优势菌种大部分与红杆菌目(Rhodobacearales)、根瘤菌目(Rhizobiales)和伯克氏菌目(Burkholderiales)的细菌相似,而底泥的优势菌种均为不可培养的微生物.