藜麦Hsf家族的进化与多胁迫条件下的转录应答

Hsf转录因子参与调控植物在生物和非生物胁迫下的防御应答机制.基于系统的生物信息学分析方法,对藜麦Hsf家族成员进行序列特征、进化和多种生物和非生物逆境胁迫下的基因表达水平分析.在藜麦基因组中共鉴定得到31个Hsf转录因子,主要分布在7号染色体.系统进化树将藜麦31个Hsf成员划分到A1-A9、B1-B5和C组中;但藜...     

龙眼SPFH家族全基因组鉴定、进化分析与功能预测

SPFH(stomatin,prohibitin,flotillin and hflk/C)是一种膜微区蛋白,该家族的蛋白均含有一个高度保守的SPFH结构域.在植物中,SPFH家族蛋白可以细分为Slp(stomatin-like protein)、PHB(prohibitin)、Flot(flotillin)、Elp(erlin-like protein)以及HIR(hypersensitive induced reaction)5类.目前关于SPFH在植物中的全基因组鉴定鲜见报道,在拟南芥、水稻等植物中也只是对SPFH的个别亚家族进行研究.为了解膜微区蛋白SPFH在龙眼中的分子特性,基于龙眼基因组数据库,对龙眼SPFH(DlSPFH)进行家族成员鉴定、进化分析,并结合龙眼转录组数据库对DlSPFHs在早期体胚发生过程中的表达模式进行分析.结果显示,DlSPFH家族共有14个成员,包含DlSlp(1个)、DlElp(1个)、DlFlots(2个)、DlPHBs(2个)以及DlHIRs(8个)5个亚家族;家族成员的氨基酸数目、分子量、等电点分别介于193-2 570aa、21.49×10...