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相似文献
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1.
用PCR方法扩增了一株石油降解菌株G5的16S rRNA基因全序列,并对其进行了克隆和测序.对该序列在GenBank中的BLAST结果表明,所有与该序列高度同源的序列都是假单胞菌的16S rRNA基因.其中假单胞菌的代表菌株Pseudomonas aeruginosa,P.fluoroscens,P .putida,P.syringae的16S rRNA基因序列与G5的16S rRNA基因序列同源性分别为93.4%,98.4%,96.3%,97.5%.对G5和其他39株假单胞菌的16S rRNA基因序列进行聚类分析,获得的系统发育树与RDP(Ribosomal Database Project)报道的系统发育树基本一致,其中菌株G5与5株P.chlororaphis聚类在一起.图2参7  相似文献   

2.
报导了黄芪根瘤菌CA8561和JL84的部分16S rRNA基因序列,测算了它们与已知根瘤菌、茎瘤菌各属模式种之间的遗传距离。结果表明,CA8561和JL84均具有独立的进化路线,充分显示了黄芪根瘤菌的遗传多样性。  相似文献   

3.
对云南省热带及亚热带地区的含羞草根瘤菌进行了分离,选择其中40株菌为接种菌株,通过结瘤试验并采用全细胞蛋白SDS-PAGE分子标记方法研究了其结瘤能力.经过结瘤试验,发现除菌株SWF66075和SWF66093没有结瘤外,其它38株菌株均与含羞草植物结瘤.结瘤率为95%.从结瘤试验所获根瘤中,分离得到结瘤菌株,采用全细胞蛋白SDS-PAGE分子标记对结瘤菌株与接种菌株进行了比较研究.蛋白图谱及聚类分析显示,26株接种菌株与其结瘤菌株的全细胞蛋白分子图谱完全相同,在100%的相似水平上与其结瘤菌株聚在一起,说明宿主植物所形成的根瘤确系接种菌株侵入所致,因而可将这些菌株确认为根瘤菌菌株;而SWF66012、SWF66029、SWF66044和SWF66058等12株菌株的结瘤菌株与其各自接种菌株的全细胞蛋白图谱存在较大差异,推测这12株接种菌株与其结瘤菌株可能不是同一菌株,尚不能确定它们与含羞草植物的结瘤能力,这些菌株是否为根瘤菌菌株仍需进一步验证.研究结果表明,全细胞蛋向SDS-PAGE分子标记技术是一种快速、准确地验证根瘤菌结瘤能力的方法.该方法进一步完善了结瘤试验,并初步揭示了根瘤菌的竞争结瘤能力,适用于对大量根瘤内分离菌株进行根瘤菌的证实研究.图2参28  相似文献   

4.
采用16S-23S rDNA间隔区段(IGS)PCR-RFLP与16S rRNA基因部分序列分析的方法对饭豆根瘤菌进行了遗传多样性及系统发育分析.由16S-23S rDNA IGS PCR-RFLP分析可知,所有菌株在52%的相似性水平上聚在一起,形成了慢生型菌群与快生型菌群这两大菌群.群Ⅰ中,在79%相似性的水平上分为ⅠA与ⅠB两个分支.群Ⅱ中,在62%相似性的水平上分为ⅡA与ⅡB两个分支,分支ⅡA在72%的相似性水平上进一步分为ⅡA1、ⅡA2和ⅡA3三簇;分支ⅡB中的饭豆根瘤菌与标准菌株USDA205T聚在一起,表现的差异并不大.由16SrRNA基因部分序列分析结果可知,供试的4个代表菌株分别位于不同的系统发育分支中.CYR4243与Sinorhizobium fredii的模式菌株USDA205T的序列相似性达到了99.87%.HCY1101与Rhizobium leguminosarum中的三叶草生物型(bv.trifolii)和豌豆生物型(bv.viceae)这两个生物型的参比菌株亲缘关系最近,序列相似性为100%.HCY5202与R.galegae亲缘关系最近,序列相似性为99.86%.CYY3302与Bradyrhizobium elkanii的参比菌株USDA86有最近的亲缘关系,序列相似性近似于100%.图4表1参13  相似文献   

5.
为从与紫花苜蓿共生的3株不同根瘤菌(CCBAU 30085、 USDA 1002和CCBAU QH180)中扩增参与根瘤菌群体感应调控的转录激活蛋白基因(sinR基因)并比较它们的不同,根据文献[1],设计了一对引物,通过PCR扩增,将扩增产物克隆到pGEM-T-easy载体上,转化大肠杆菌DH5α,经蓝白斑和氨苄青霉素筛选得到阳性转化子.用通用引物测序后将序列与已报道的sinR基因(GenBank登录号为AL591788)进行了同源性比较和系统发育分析.本试验成功克隆到了sinR基因.经同源性及系统发育分析后,结果表明,CCBAU 30085、 USDA 1002和CCBAU QH180这3株菌的sinR基因序列相似性高达99%;它们与已知的Sinorhizobium meliloti 1021中的sinR基因序列相似性到达99 7%~100%,与具有相同功能的豌豆根瘤菌及埃氏菜豆根瘤菌中的raiR基因之间的相似性低于45%.这说明与紫花苜蓿共生的根瘤菌虽然经历了长期的进化,但其sinR基因在长期的进化过程中,却是一个非常保守的基因.  相似文献   

6.
贵州浓香型白酒大曲中霉菌的18S rDNA系统发育分析   总被引:4,自引:0,他引:4  
从贵州某名酒厂大曲中分离到104株丝状真菌(霉菌),通过形态特征和生理特性检测等传统鉴定方法,初步把形态和生理生化特征一致的霉菌归类为14个大类群;并采用18S rDNA序列分析,进一步把菌株归类为MJ-I至MJ-V五个类群,随后构建系统发育树.结果表明,样品中的霉菌以曲霉属(Aspergillus)为主,占总分离菌数...  相似文献   

7.
苯酚降解菌UW7的鉴定及对苯酚的降解作用   总被引:5,自引:0,他引:5  
从焦化厂污水处理曝气池泥样中分离出具有降解苯酚能力的UW7菌株,根据形态、生理生化性状初步鉴定为不动杆菌属(Acinetobacter).该菌16S rRNA基因序列(在GenBank中的登录号为GU083586)与多株鲁氏不动杆菌(A.lowffii)的相似性在99%以上.结合形态、生理生化特性,鉴定UW7菌株为鲁氏不动杆菌(A.lowffii UW7),该种细菌具有降解苯酚的特性尚未见报道.该菌株降解苯酚的最适温度为30℃,最适生长pH 7.0,对2.5 g/L浓度的苯酚能够有效降解,对3.5~4.0 g/L浓度的苯酚有较强的耐受能力,是处理高浓度苯酚废水的良好菌种资源.  相似文献   

8.
好氧同时硝化-反硝化菌的分离鉴定及系统发育分析   总被引:10,自引:0,他引:10  
从土壤中分离到一株好氧同时硝化-反硝化菌,编号为SDN,该菌株革兰氏染色呈阳性,球状或杆状,菌落颜色橙红色.该菌株以硝酸钠为氮源时能进行好氧反硝化作用;以乙酸钠和硫酸铵分别为碳源和氮源能进行异养硝化作用,能以乙酰胺为唯一碳源和氮源进行生长.部分长度的16S rDNA序列分析表明,分离菌株SDN与Rhodococcusruber的16SrDNA序列具有99%相似性.并用PHYLIPS程序将该菌株与报道的相关微生物进行了系统发育分析.图4表1参13  相似文献   

9.
一株兼性嗜冷产甲烷杆菌的分离与系统发育学分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
从云南哀牢山泥土中分离出一株生长温度范围为7~40℃的兼性嗜冷产甲烷杆菌8-1.该菌株革兰氏染色阳性,直径0.2~0.3μm,长2~5μm,具有弯曲和微弯杆状两种形态,不运动,单生﹑成对﹑多数成聚集状态存在.能够利用H2/CO2和甲酸盐生长,不利用甲醇﹑三甲胺﹑乙酸和二元醇类.最适生长条件:温度为35℃,pH值为7.5~8.5,盐浓度为0 mol/L NaCI.最低生长的温度可达到7℃.菌株8-1与标准株Methanobacterium subterraneum strain A8p(=DSM 11074T)的16S rRNA基因序列相似性为99%.  相似文献   

10.
对GenBank公布的马铃薯X病毒的基因组核苷酸序列和外壳蛋白基因的核苷酸序列进行了同源性比对分析.结果表明,马铃薯X病毒外壳蛋白基因核苷酸序列的同源性要高于基因组全序列的同源性,并且外壳蛋白基因3'端核苷酸序列的同源性又高于5'端.设计一对特异性引物,以马铃薯感病植株的总RNA为模板,经RT-PCR扩增得到了马铃薯X病毒外壳蛋白基因.该基因含714个核苷酸,编码238个氨基酸.核苷酸序列比对结果表明,该基因与Genbank公布的马铃薯X病毒其他分离物的外壳蛋白基因的同源性为80.2%~97.5%,且3'端的同源性要高于5'端.上述结果预示,RNA干扰抗病毒基因工程中,利用马铃薯X病毒外壳蛋白基因的3'端比用5'端是更好的策略.  相似文献   

11.
从新疆、内蒙干旱地区苜蓿属、草木樨属、锦鸡儿属植物的根瘤中分离出54株根瘤菌,对其中48株根瘤菌和22株参比菌一起进行了数值分类研究,在85%的相似性水平上,未知菌分为3个不同于已知种的新群.另加入6株分离自锦鸡儿属植物的根瘤菌,共76株菌进行了全细胞蛋白SDSPAGE分析,在80%的相似性水平上,已知菌相应成群,未知菌除XJ96342在68%的相似性水平上和群5、6、7、8、R.galega聚群外,其余未知菌则分布在4、5、6、7、8、9、10七个群中.群4中所有菌株属于数值分类的群1;群6中有3株菌属于数值分类的群3;群9中有8株菌为数值分类群2的菌株.反映了两种方法在分类上得到的结果比较近似.  相似文献   

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