镉胁迫下稻田土壤微生物基因多样性的DGGE分子指纹分析

采用现代分子生物学技术,避开传统的分离培养过程,探讨重金属镉污染条件下稻田土壤微生物种群的基因多样性.经过直接从土壤中抽提总DNA,并对总DNA中16S rDNA及其中 V3可变区序列作PCR扩增、变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析等,对镉胁迫下稻田土壤总DNA、微生物种类分布进行了初步的研究,发现不同浓度镉胁迫下稻田土壤间的菌种有明显差异,DGGE技术可以用于污染环境下微生物多样性研究.同时对DGGE分子指纹图谱的生物信息学分析作了初步尝试,为污染环境下土壤微生物多样性研究提供了新的实验方法与依据.     

应用PCR-DGGE技术研究处理含氨废气的生物滤塔中微生物多样性

变性梯度凝胶电泳技术(DGGE)在微生物生态学领域有着广泛的应用.本文应用DGGE技术对处理含氨废气的生物滤塔中微生物多样性随时间的变化进行了研究.在生物滤塔运行的不同时间采集滤塔中的填料样品,进行了生物滤塔对氨处理效果的分析和DGGE分析.结果显示,污泥和混合填料生物滤塔氨的出气浓度在经过一段时间后,逐渐升高,而堆肥生物滤塔的运行情况较好,对氨的去除效率始终在98%以上.PCR-DGGE图谱显示,不同时间的相同填料中微生物DGGE图谱有着明显的差异性.Shannon指数分析表明,填料中微生物的多样性都随着反应器运行时间的延长而有所减少.运行一个月后,混合填料的微生物多样性指数最低为0.389;其次为污泥填料,其多样性指数为0.473;堆肥填料的微生物多样性程度最高为0.569.生物滤塔对氨的去除效果与填料中微生物多样性Shannon指数之间有一定的相关关系.主成分分析(PCA)显示对于堆肥和污泥来说,填料样品之间微生物群落结构相似性较高,而混合填料样品间的微生物群落结构相似性较低.     

利用果胶培养基分离番茄根际细菌

采用平板稀释和PCR-DGGE相结合的方法,比较了4种培养基(果胶富营养培养基PM,只含果胶一种营养的培养基PA,添加果胶的寡营养培养基YPP以及与YPP营养成分一致但不添加果胶的寡营养培养基YPG)分离番茄根际细菌的能力.结果显示:PA培养基能够分离到42种形态的细菌;YPP培养基可以分离到最高的细菌菌落数,分离获得的种类比PA少;YPP培养基分离获得细菌的种类和菌落数量比YPG培养基要多.聚类分析也显示只有果胶一种营养的PA培养基能分离到最多种类,分离获得的菌群与自然环境中微生物群落最相似.研究结果表明添加番茄根际主要分泌物——果胶到培养基中可以提高培养基分离细菌的能力.     

准好氧填埋场垃圾样品中甲烷氧化菌的群落多样性分析

为了探讨准好氧垃圾填埋场中的甲烷氧化机理,本研究利用RealTime-PCR和PCR-DGGE技术对其中的甲烷氧化菌分别进行了定量分析和群落多样性分析。研究结果表明,PCR-DGGE技术可以用于垃圾样品中甲烷氧化菌的微生物多样性分析;在距导气管0、2.5、5.0、10.0和15.0 m处垃圾样品中甲烷氧化菌的数量分别为1.13×109、2.22×108、2.38×108、2.20×107和5.21×106g-1,呈现逐渐降低的趋势;垃圾样品中甲烷氧化菌的丰富度和香侬多样性指数依次为：0 m〉2.5 m〉5.0 m=10.0m〉15.0 m,此外,垃圾样品中甲烷氧化菌可归为：Methylocaldum（甲基暖菌属）、Methylobacterium（甲基杆菌属）和Methylocystis（甲基孢囊菌属）,且优势菌种为Type I型Methylocaldum。     

基于PCR-DGGE的重金属污染土壤微生物种群指纹分析

采用变性梯度凝胶电泳（DGGE）分析方法,研究沈阳市细河沿岸重金属污染土壤中微生物结构多样性、种群丰富度及种群结构的动态变化规律。结果表明：直接从土壤中抽提总DNA,对16SrRNAV3可变区序列进行扩增,DGGE指纹图谱分析,微生物种群结构和变化规律明显,同时也表现为重金属污染程度越重,多样性指数越低;其中细河底泥重金属含量严重超标,多样性指数最低。经方差分析,重金属污染情况与Shannon-wiener多样性指数呈负相关,其中重金属污染对微生物的均匀度指数影响最显著,并且锌污染对其影响最大为-0.985。表明PCR-DGGE技术可以用于污染环境下微生物多样性研究,也为污染环境下土壤微生物多样性研究提供了新的实验方法与依据。     

基于16S rDNA不同靶序列对厌氧ABR反应器微生物多样性分析的影响

在反硝化抑制硫酸盐还原菌的研究中,探讨了不同引物扩增16S rDNA靶序列对厌氧ABR反应器的活性污泥DGGE图谱多样性的影响,从反应器中提取污泥总DNA,以4对通用引物341F/534R、968F/1401R、63F/534R、341F/926R扩增16S rDNA序列,对指纹图谱的分辨率和种群多样性进行分析.研究表明,采用PBS洗涤污泥和超声振荡有利于硫酸盐还原污泥总DNA提取;不同引物DGGE图谱分析,群落多样性存在显著的差异,341F/534R和968F/1401R的靶序列分离效果较好,341F/926R分离效果一般,63F/534R分离的效果最差.341F/534R的DGGE图谱中条带丰富,多样性最好,968F/1401R的DGGE图谱次之,341F/926R的DGGE图谱条带一般,63F/534R图谱条带最少,多样性也较差.建议DGGE分析厌氧活性污泥样品时,同时采用引物341F/534R和968F/1401R是比较适宜的.     

好氧堆肥高温期的嗜热真菌和嗜热放线菌群落结构

使用传统的培养方法和PCR-DGGE技术对好氧堆肥高温期的嗜热真菌和嗜热放线菌群落结构进行了研究.分别采用园林垃圾和餐厨垃圾作为堆肥原料,进行了20d好氧堆肥.高温期(≥50℃)持续了10d和8d.分别对2堆体高温期样品进行稀释平板混菌培养,真菌总数和放线菌总数均分别呈"降低-升高"和"升高-降低-升高"的趋势.同时提取微生物总DNA.分别使用真菌引物对(GC-NS7/NS8)和放线菌引物对(F243/GC-R513)从总DNA中成功扩增得到目标产物,对目标产物进行DGGE分离.传统培养法和DGGE图谱结果显示,不同堆体高温期的嗜热真菌和嗜热放线菌均表现出相似的变化规律,嗜热真菌优势菌比嗜热放线菌明显,但菌群总数比嗜热放线菌少.聚类分析结果表明,堆肥高温期嗜热真菌和嗜热放线菌分别以升温时56℃和58℃为界,分成2个明显的变化阶段,每阶段内部聚类关系较近.阶段间关系较远.温度对高温期真菌和放线菌具有明显的筛选作用.     

白腐真菌降解染料反应器微生物群落结构研究

利用DGGE分子标记技术分析了两种白腐真菌生物反应器处理染料废水过程中生物膜微生物群落结构的动态变化及其差异性,结果表明:运行方式和染料废水浓度对敞开式白腐真菌生物反应器处理染料废水过程中生物膜微生物群落结构及其变化趋势有一定影响。序批式反应器运行的起始阶段其生物膜上黄孢原毛平革菌在数量上占绝对优势,但约1个月后逐渐侵染了热带假丝酵母、白地霉和哈茨木霉等杂菌;连续运行的白腐真菌生物反应器虽然在起始阶段存在哈茨木霉等杂菌的侵染,但约3个月后杂菌被逐渐淘汰,黄孢原毛平革菌在数量上重新占据优势,使其有利于发挥高效的降解功能。     

Re-use of remediated soils for the bioremediation of waste oil sludge

We investigated the possibility of re-using remediated soils for new bioremediation projects by spiking these soils with waste oil sludge in laboratory based microcosms. The level of Total Petroleum Hydrocarbon (TPH) reduction was high (>80%) in naturally attenuated microcosms and was not significantly improved by biostimulation, bioaugmentation and the combined treatment of bioaugmentation and biostimulation by week 12. This indicated that the observed TPH reduction might have been related to the soil's inherent hydrocarbon-degrading potential. Microbial community analysis (16S rDNA and ITS-based Denaturing Gradient Gel Electrophoresis fingerprints) confirmed the dominance of hydrocarbon degrading genera such as Alcanivorax and Scedosporium. Cluster and Shannon diversity analysis revealed similar but stable bacterial and fungal communities in naturally attenuated and amended microcosms indicating that rapid reduction in TPH may not always be accompanied by changes in soil microbial communities. This study has therefore shown that soils previously used for bioremediation can have an improved hydrocarbon degrading potential which was successfully re-harnessed for new projects. This ability to re-harness this potential is attractive because it substantially reduces operational costs as no additional bioremediation treatments are needed. It can also extend a landfill's lifespan as soils can be re-used again before landfill disposal.     

快速木质纤维素分解菌复合系MC1对秸秆的分解能力及稳定性

以天然水稻秸秆为材料研究了快速降解木质纤维素的细菌复合系MC1对木质纤维素的分解能力;并在不同条件保藏、高温处理以及利用变性梯度胶电泳(DGGE)技术研究了复合系的稳定性.结果表明,复合系MC1在50℃液体静止培养条件下8～10d,把培养液2%干重的水稻秸秆完全分解溶化;经过9d的培养,水稻秸秆的总干重减少81%,其中纤维素减少99%,半纤维素减少74%,木质素减少51%.连续继代培养4a、常温干燥保存4a、-20℃冷冻藏4a、培养液直接在室温和4℃保存1a、90℃处理30min仍具旺盛的分解能力并稳定传代.平板培养基培养证明MC1全部由细菌组成,16SrDNA变性梯度胶电泳(DGGE)检测结果,在6个月内主要条带几乎没有变化,说明MC1的菌种组成相当稳定.MC1对纤维素的分解利用具重要前景.