贺兰山东坡不同植被类型的土壤真菌多样性及其群落结构

为了解植被对土壤真菌群落结构及其优势菌群影响,利用高通量测序技术,研究了贺兰山东坡山地荒漠草地、浅山灌丛、亚高山针叶林和亚高山草甸4种植被类型土壤真菌多样性及其群落结构.结果表明,(1)贺兰山东坡不同植被类型土壤真菌α多样性由高到低依次为浅山灌丛、山地荒漠草地、亚高山草甸、亚高山针叶林;且亚高山针叶林显著低于其他植被类...     

冬季河流中抗生素抗性基因和微生物群落相关性研究

为分析冬季河流中tetA、tetB、sul1和sul2抗性基因的分布特征与微生物群落的相关性,用Miseq高通量测序分析和荧光定量PCR技术进行。冬季河流地表水中抗性基因丰度比沉积物中的高2个数量级,磺胺类抗性基因丰度比四环素类的高1个数量级。4种抗性基因总丰度变化范围为3.65×10~2～7.94×10~7copies/L。河流中Proteobacteria和Bacteroidetes为绝对优势菌群,河流地表水与沉积物中优势菌群略有不同。4种抗性基因对样本的影响较大,微生物群落与抗性基因之间相关性较大。4种抗性基因与河流地表水样本均呈正相关,沉积物中仅有sul1与WS1、QS1呈正相关,其他均呈负相关。抗性基因的传播仅与特定的菌群有关,大多数菌属是影响抗性基因分布丰度的主要因素,且对四环素类抗性基因影响的菌群较多。     

稻壳与稻壳生物炭对镉污染土壤微生物群落结构影响研究

为探究稻壳与稻壳生物炭对镉(Cd)污染土壤微生物群落结构的影响,本研究设置未污染土壤(CK)、受Cd污染土壤(CD)、添加2%(Wl W)稻壳生物炭(BO)和添加稻壳(DK)4个处理组,探讨施用等碳量稻壳和稻壳生物炭对土壤理化性质、酶活性、微生物群落结构等方面的影响.研究结果表明,相较于CD组土壤,BO组和DK组的总有机碳(TOC)含量分别提高了10.05%和5.02%,BO、DK组的总氮(TN)含量分别提高了2.96%和8.94%;总磷(TP)含量变化不显著;DK组的碱解氮(AN)含量、蔗糖酶活性、脲酶活性较CD组分别提升了5.07%、307.20%、16.83%,而BO组提升并不显著;各处理组优势菌种均为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteriota)、厚壁菌门(Firmicutes)和绿弯菌门(Chloroflexi);DK组较CK组群落结构变化趋势与CD组完全相反;蔗糖酶活性与厚壁菌门呈显著正相关(p<0.001),与酸杆菌门、绿弯菌门呈显著正相关(p<0.01);鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)的丰度:CD>BO...     

基于高通量测序的OMS-2对序批式反应器系统微生物群落的影响

随着纳米材料的广泛应用,越来越多的纳米材料随着废水进入污水处理厂,纳米材料对污水生物处理系统的潜在影响越来越受到重视。探讨了氧化锰八面体分子筛(manganese oxide octahedral molecular sieve, OMS-2)纳米颗粒对序批式反应器(sequencing batch reactor,SBR)中活性污泥微生物群落结构的影响;以活性艳红X-3B溶液模拟印染废水,将不同浓度的OMS-2混入稳定运行的SBR中,采用Illumina MiSeq高通量测序分析技术,对不同SBR中微生物分布规律进行了研究。结果表明:SBR添加0.25 g·L~(-1)的OMS-2后,其COD去除率和脱色率分别提升了6%和13.6%;Illumina MiSeq高通量测序显示,在混入0.25 g·L~(-1)的OMS-2后,SBR内污泥菌群中拟杆菌门(Bacteroidetes)和变形菌门(Proteobacteria)的微生物DNA序列操作分类单元(operational taxonomic units,OTU)分别增加了16.8%和96.4%,这2类菌种可能提升了SBR降解有机污染物的能力;不同浓度的OMS-2改变了菌群的多样性和结构,低浓度的OMS-2可以提升微生物菌群的多样性和改变菌群的结构。X射线光电子能谱(XPS)分析表明,OMS-2在SBR中存在锰(Ⅳ)/锰(Ⅲ)转变为锰(Ⅱ)的氧化还原反应,该过程可能影响了菌群的组成。研究为纳米材料的实际应用和环境风险提供了参考。     

三种宽瓣亚属植物生境土壤真菌群落特征

以杏黄兜兰、文山兜兰、同色兜兰为研究对象,调查生境信息,采用ITS高通量测序对生境土壤真菌群落结构、真菌功能群注释及多样性进行分析,并揭示环境因子的影响.结果显示,3种兜兰生境土壤样品共获得1105个可操纵分类单元(OTU),包含322种真菌,隶属10门29纲70目151科256属,3种兜兰生境土壤真菌群落中出现48个共有OTU,同色兜兰含489个特有OTU,文山兜兰有221个,杏黄兜兰202个,3种兜兰生境土壤真菌群落在门、纲、科、属水平均存在不同优势类群,FUNGuild真菌功能群注释可知,3种兜兰生境土壤真菌功能群均以腐生真菌、外生菌根为主,同色兜兰生境土壤真菌功能类群更加复杂;3种兜兰之间土壤真菌的ACE指数与Chao1指数无明显差异,而同色兜兰Simpson指数与Shannon指数显著高于杏黄兜兰,且极显著高于文山兜兰.Beta多样性发现3种兜兰生境土壤真菌群落组成与结构差异明显(P=0.001),且分类水平越高,差异越大;冗余分析揭示了经纬度与植被类型是对3种兜兰生境土壤群落变化影响最大的因子,所选环境因子共揭示真菌群落变化的44.08%.mental检验显示土壤pH值显著...     

水稻精细胞差异表达基因RSG6的克隆和抗体制备

选用在水稻精细胞和二细胞花粉的差减文库中获得的在精细胞中表达量显著增强且可能代表新基因的EST之一 (BF4 75 2 0 7)为探针 ,筛选水稻精细胞cDNA文库 ,得到一全长为 1176bp的序列 ,其开放读码框编码 2 81个氨基酸 ,与已知蛋白质无明显同源性 ,属于一新发现的基因 ,GenBank登录号为AF4 4 2 4 90 .这是第 1次从高等植物精细胞中分离到的全长基因 .RT PCR结果证明该基因在根、叶、二细胞花粉、成熟花粉、授粉子房和精细胞中均有表达 ,但在精细胞中的表达量要高得多 ,是精细胞差异表达基因 .将此基因命名为RSG6 (ricespermgene6 ) .将RSG6的编码区克隆到表达载体pQE30上 ,构建重组质粒 .经IPTG诱导后 ,在E .coliM15 (pREP4 )中表达出了N端融合了 6×His的融合蛋白 .用纯化的融合蛋白免疫家兔 ,制得高效价、高特异性的抗体     

不同海拔高度短穗兔耳草克隆生长及克隆繁殖特征

研究了青藏铁路和青藏公路沿线 5个不同海拔高度样地中短穗兔耳草克隆生长和克隆繁殖的特征.结果表明,不同海拔高度短穗兔耳草匍匐茎数量、匍匐茎长度、基株干重、匍匐茎干重和无性系分株干重等均存在极显著差异(P<0. 01);匍匐茎数量与海拔高度之间存在明显的负线性相关性(P=0. 046 4);匍匐茎长度、基株干重、匍匐茎干重、单位长度上匍匐茎干重、无性系分株干重和匍匐茎分株总干重 /基株干重比值均与海拔高度之间存在极显著的二次多项式相关性(P<0. 01),但匍匐茎长度、匍匐茎分株总干重 /基株干重随海拔高度的变化趋势与基株干重、匍匐茎干重、单位长度上匍匐茎干重、无性系分株干重随海拔高度的变化趋势相反.在短穗兔耳草分布的海拔范围内,其克隆繁殖和克隆生长有一个“最佳”海拔高度,远离这一高度,其克隆繁殖和克隆生长会受到一定限制. 图 6表 2参 18     

苏云金芽孢杆菌新基因cry1Ab17的克隆和生物信息学

利用高效克隆PCR产物的专用载体pMD18T,直接从苏云金芽孢杆菌WB9的PCR产物中克隆了cry1Ab17新基因.测序结果表明,该基因(GenBank登录号为AY646166)由3471个碱基组成,其编码的蛋白质含有1156个氨基酸残基,其中亲水性氨基酸占30.8%,疏水性氨基酸占45.2%,酸性氨基酸占12.9%,碱性氨基酸占11.1%.氨基酸序列的同源性分析结果表明,Cry1Ab17蛋白与已报道的Cry1Ab蛋白同源性为95.4%～99.7%,该蛋白的4个氨基酸残基———Pro170、Gly449、Gly796和Gly863与其它已报道Cry1Ab蛋白相应位置的氨基酸残基均不同.在核苷酸序列和氨基酸序列多重比较的基础上,应用PAUP4.0构建了Cry1A蛋白家族的系统发育树.SignalP分析结果显示,Cry1Ab17蛋白中不含信号肽序列.此外,对Cry1Ab17蛋白的二级结构和3个结构域也进行了预测和分析.图4表2参15     

海带配子体克隆育苗生产中幼苗培育技术的研究

探索了海带配子体克隆育苗生产中的幼苗培育技术,试验证明,流水速度和洗刷压力是幼苗培育技术中的关键技术.其技术指标如下:在采苗结束时,(1)流水,应采取附苗后静水、24h后微流水(表层流速5cm/s以下)、72h后正常流水;(2)洗刷,在孢子体生长到8~16列c时开始以0.5kg/cm2的压力洗刷,以后随着孢子体的生长及附着力的提高逐渐增加洗刷强度和次数.结果显示,这样的措施可使配子体附着率达到80%以上、幼苗健壮、出苗质量达到国家一类帘标准,使克隆采苗自8~16列c期间的生长发育速度较常规孢子体采苗后的生长发育速度快20d.另外,还统计分析了克隆育苗和孢子体育苗两种大孢子体的主要经济性状,并从遗传角度证明前者种群变异程度明显小于后者.表6参16     

鸡贫血病毒(CAV)vp1基因的克隆及与其他CAV vp1基因的比较

把一个新鸡贫血病毒(CAV)的vp1基因通过PCR扩增，然后克隆到质粒载体pUC18上．vp1基因包含1347个碱基对，并且推定的VP1蛋白氨基酸序列含有449个氨基酸．通过DNA BLAST软件把该基因的序列数据与在GenBank中发表的其他vp1基因比较显示，克隆的vp1基因与已发表的其他vp1基因之间存在许多核甘酸差异．核甘酸的变异导致其编码蛋白质的某些氨基酸发生改变．氨基酸的改变主要集中在VP1蛋白的29、75、125、141、144、251、254、447位．在这些变异中，许多氨基酸的电荷和／或疏水性发生了改变，例如：Gly→Glu、Val→Glu、Ala→Thr、Leu→Gln、Cys→Trp、Leu→Arg、Arg→Ala、Gly→Ser、Ser→Ala、Glu→Gly、Gly→Thr等．通过CLUSTAL X软件比较了6个不同的vp1基因．该vp1基因已被GenBank登录(登录编号：AF448446)．VP1蛋白是CAV的唯一衣壳蛋白，因此VP1的氨基酸变异可能影响该蛋白质的抗原特征．对该vp1基因进一步进行免疫学研究具有重要意义，并且有可能应用该基因构建CAV基因工程疫苗．图1表3参20