基于文献计量学和知识图谱分析的漓江生态环境40年研究进展

漓江因其独特的地理地貌和气候水文所形成的风景闻名天下。与此同时,漓江生态环境研究受到国内外学者的密切关注。文章采用文献计量学和知识图谱分析的方法,基于中国知网（CNKI）40年来（1991—2020）对漓江生态环境研究的187篇论文及Web of Science核心合集数据库（WoSCC）的40篇论文,从发文特性、研究主题及未来值得研究的方向等方面进行分析,旨在梳理漓江生态环境研究领域过去40年的发展历程,挖掘其研究主题的演变特点,提出未来研究方向,为漓江生态环境保护与监管提供科学参考。研究结果表明,在CNKI数据库中,随着时间的推进,发文量呈上升的趋势,由第一个10年（1981—1990）的5篇,快速增至最近10年（2011—2020）的136篇;论文主要发表在《广西师范大学（自然科学版）》和《生态学报》上;英文文献的发文时间全部集中在最近11年。CNKI数据库研究的主题由第一个10年对漓江水质及植被本底方面的研究,演变为最近10年以消落带、鱼类种群和动态及有关漓江生态环境模型的构建和应用等为主的研究,而后者与WoSCC数据库同期分析结果相吻合。此外,在WoSCC数据库中还演化出一个...     

石斛PRMT基因家族的鉴定及其在不同光周期下的表达

蛋白质精氨酸甲基转移酶（protein arginine methyltransferases,PRMTs）是真核生物基因组中重要的表观遗传调控因子之一,在植物信号转导、蛋白亚细胞定位和转录调控中发挥着重要作用.基于铁皮石斛基因组数据库,采用生物信息学方法对石斛PRMT基因家族进行成员鉴定,并对其基因结构、蛋白质保守基序（motif）、蛋白质理化特性和启动子顺式作用元件等进行分析.通过qRT-PCR检测DoPRMT在不同组织部位中的表达模式及对不同光周期条件的响应.在铁皮石斛（Dendrobium officinale）基因组上共筛选鉴定到6个PRMT成员,基因结构分析发现,该家族各成员内含子外显子数量有所差异,其中相差数量最多的达到25个.系统进化树可将石斛PRMT家族划分为3种类型（I、II、III）甲基转移酶,石斛中存在I型PRMT有5个,1个II型PRMT,III型甲基转移酶在其中不存在同源序列.保守结构域分析结果显示,该家族成员含有特定的PRMT和PrmA保守结构域,多数成员仅含有PrmA结构域.保守基序分析发现,该家族包含motif数量较多,各成员包含共有的motif1和m...     

潮汐歌

潮汐虽然不断变化,但总是按规律运动。人们只用几句话就将这规律通俗化,好记易懂,这已经远远超出了一般文字的表达含义。这说明,大海再大,也大不过人们的大脑。月亮的引力决定着潮涨潮落,也使人们可以望月断潮。在伸手不见五指的黑夜,在黑云密布的阴雨天,月亮就失去断潮的作用。但长期的海边生活,人们总结出了带有规律性的潮汐歌,根据它,人们知道什么时间是什么潮,去赶海,去捕鱼。我记忆了一部分,不很全却也可以看出潮汐歌的内容:初一十五潮,天亮渤遥遥;初三潮十八水,二十两边鬼一鬼;初四十八潮,头更海长潮;初     

MALDI-TOF-MS鉴定生物脱氮细菌的方法研究

采用基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)对生物脱氮废水处理系统中分离得到的两株细菌进行蛋白质质量指纹图谱分析。对供试细菌,比较样品处理方法和基质选择对细菌蛋白质质量指纹图谱的影响,获得优化的实验条件,并对方法的重现性进行了研究。建立了一种快速的细菌蛋白质质量指纹图谱鉴定方法。结果显示:该方法灵敏度高,且分析过程简单快速,具有广泛的开发和应用意义。     

现代分子生物学技术在动物肠道微生物多样性研究中的应用

现代分子生物技术的蓬勃发展解决了不可培养微生物研究的难题,使得肠道微生物的研究进入一个新的阶段.本文主要介绍了基于16SrRNA的分子分析技术,包括DGGE(变性梯度凝胶电泳),TGGE(温度梯度凝胶电泳),SSCP(单链构象多态性),RFLP(限制性片段长度多态性)等肠道微生物研究工作中常用的分子生物学技术方法、适用范围及可能的发展方向,为动物肠道微生物区系的进一步研究及开发应用提供帮助.表1参42     

绿色荧光蛋白基因标记内生枯草芽孢杆菌

用枯草芽孢杆菌168菌株rpsD基因的启动子替换质粒pGFP4412中蜡状芽孢杆菌4412启动子,从而构建了能在枯草芽孢杆菌中表达绿色荧光蛋白基因gfpmut3a的载体pS4GFP,将其导入具有内生、防病、促生作用的野生型枯草芽孢杆菌BS-2菌株中,筛选获得遗传稳定性好且具有良好发光表型的标记菌株BS-2-gfp.该标记菌株在小白菜体内的定殖研究结果表明,该菌株能够在小白菜根际及根、茎、叶内定殖和传导,接菌50d后仍能在其体内分离到标记菌株.图5参17     

混合电子供体对好氧非光合微生物菌群固碳效率影响的析因实验分析

通过混合电子供体析因实验,定量描述了Na2S、NaNO2、Na2S2O3 3种无机物的用量和比例与非光合微生物固碳量之间的关系,并分析了3种电子供体之间的两两交互作用.最后,通过16S rDNA V3区DGGE图谱分析,研究了不同混合电子供体对固碳微生物群落结构的影响.结果表明,电子供体析因实验的模型具有较好的拟合度,...     

绿色木霉AS3.3711的葡聚糖内切酶Ⅲ基因的克隆与表达

为研究构建可降解纤维类固体废弃物的工程菌,采用RT-PCR方法克隆到绿色木霉(Trichoderma viride)AS3.3711的葡聚糖内切酶Ⅲ(EGⅢ)的cDNA 基因,测序后构建到酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)诱导型表达载体pYES2 上,用正交实验对超声波辅助酵母转化系统进行了优化.转化获得的EGⅢ转化子用2%的β-D-半乳糖诱导,用Northern 杂交、刚果红染色法和CMC糖化力法分别对目的基因的转录和表达产物的葡聚糖内切酶活性进行检测.结果表明, EGⅢ的cDNA 基因开放阅读框长度为1254bp,编码418个氨基酸,推测蛋白质分子量为44.1×103.正交实验中较优组合为第5组(超声波处理60s,温育40min,单链DNA 150μg,热激5min); 刚果红染色显示,转化子可产生明显的水解圈;CMC酶活检测显示该基因能在酿酒酵母中表达有生物活性的EGⅢ并分泌到胞外,发酵液中的酶活在培养60h达到最高0.041 U/mL;最适酶解温度为50℃;最适pH 值为5.8.     

焦化废水处理系统微生物群落结构动态的ERIC-PCR指纹图谱分析

ERIC-PCR群落指纹图谱监测与常规技术相结合，分析了焦化废水处理系统曝气池的微生物群落结构动态变化与污染负荷和主要污染物降解效果变化的关系，在每3d1次，连续8个时间点的监测中，待处理废水中苯酚负荷在35．53mg／L和132．82mg／L之间波动，氰化物负荷从0.96mg／L变化到34．75mg／L，CODcr最低为1044．10mg／L，最高时为7930．90mg／L，第4监测期间高浓度矿物油冲击使活性污泥的沉降能力和对CODcr的降解效率显著降低，但对苯酚和氰化物的降解能力造成的影响较小．监测期间2个曝气池微生物群落的ERIC-PCR指纹图谱的平均相似性系数(Cs)分别为94．1％和96．6％，多样性指数在177—2．34和1．60—2．16之间，表明用ERIC-PCR检测出的该系统中的活性污泥这部分微生物种群的结构比较稳定，可能构成了苯酚和氰化物去除效率在监测期间相对稳定的基础。     

木聚糖酶基因xynB在不同大肠杆菌表达系统中的表达比较

从黑曲霉(Aspergillus niger)nl-1中克隆获得木聚糖酶基因xynB.该基因全长745 bp,含有67 bp内含子,与公布的黑曲霉xynB基因有较高的同源性.将PCR扩增的木聚糖酶成熟肽基因和含有信号肽的基因分别连接到表达载体肠杆菌Top10 F’、DH10B和两种BL21宿主中获得重组菌株.通过IPTG诱导,xynB基因在重组菌株中获得特异性表达.表达产物以胞内可溶性蛋白和不溶性包涵体形式存在.诱导4 h,重组菌株pTrc-99a-xynB[BL21 condon plus(DE3)]表达量最高,胞内酶活达到299 IU/L.重组质粒pTrc-99a-xyn B(S)在不同宿主胞内和胞外均能分泌目的蛋白,诱导10 h,胞外酶活pTrc-99a-xynB(S)[BL21 condon plus(DE3)]达到347 IU/L.而pET-20b-xynB(S)在两种BL21宿主中均不表达.经SDS-PAGE分析,以pTrc-99a和pET-20b作为表达载体时,重组蛋白相对分子质量分别约为45×103和30×103.与pET-20b相比,pTrc-99a以及自身信号肽的引导更有利于重组木聚糖酶的表达.