脱色酶TpmD在大肠杆菌中的高效表达及纯化

用PCR方法从嗜水气单胞菌DN322基因组中扩增出编码三苯基甲烷类染料脱色酶TpmD的基因,与表达载体pET-22b(+)连接构建成重组质粒pET22-tpmD,转化大肠杆菌BL21(DE3)得到重组工程菌株.结果表明,经IPTG诱导,脱色酶基因可高效表达,粗酶液降解结晶紫、孔雀石绿、碱性品红、灿烂绿的比活力达到569.5,386.9,516.1,273.0U/g.表达产物经Ni-NTA亲和层析法一步纯化,蛋白纯度达94.05%.对4种染料的比活力分别达到1075.3,1042.8,903.9,484.3U/g,重组质粒稳定存在于工程菌中,便于规模化发酵生产.     

基质固相分散-反相高效液相色谱特征指纹图谱鉴别渤海原油

建立渤海原油的高效液相色谱(HPLC)特征指纹图谱,为渤海原油的鉴别提供一种新方法.以氧化铝作为基质固相分散剂进行样品处理,采用HPLC法进行分析,双反相C18色谱柱串联,以乙腈-水为流动相,二元线性梯度洗脱,流速为1.0 mL/min,柱温为20℃,双波长检测226 nm、254 nm,进样量10 μL;采用所发展的...     

植物NAC转录因子的种类、特征及功能

综述了NAC转录因子的发现及其家族成员、结构特点和生物学功能.NAC类蛋白是近年来发现的一类植物特有、数量众多的转录因子家族,其成员广泛分布于陆生植物中.NAC家族成员的N端具有一个保守的约150个氨基酸组成的NAC结构域,含有A、B、C、D、E 5个亚结构域,C端具有一个高度变异的转录激活区.分析表明,NAC蛋白结构与其功能密切相关.NAC转录因子具有诸多方面的功能,如参与植物次生生长,在细胞分裂和植株衰老中发挥作用,参与激素调控和信号转导,参与矿质元素营养和农作物品质改良等.同时,NACs还参与生物胁迫中植物的防御反应以及在非生物逆境中发挥作用.目前对NAC基因的研究主要集中于模式植物拟南芥和水稻,对于NAC蛋白涉及的调控途径及其组成因子知之甚少,因此NAC基因的功能还有待深入研究;同时,利用基因工程手段导入或改良关键的NAC转录因子,使作物综合品质的提高已成为可能.图2表2参87     

甘蔗蔗糖磷酸合成酶SPSⅡ cDNA片段克隆与表达分析

蔗糖磷酸合成酶(Sucrose phosphate synthase,SPS)是蔗糖合成途径的关键限速酶,在蔗糖积累和碳分配中具有重要作用.在茎组织中SPSⅡ表达量占SPS转录总量的40%,表明SPSⅡ cDNA的克隆与表达对蔗茎中蔗糖的积累有着重要的影响.通过RT-PCR技术克隆分离SPSⅡ基因cDNA片段.序列分析表明该cDNA片段包含1个3 183 bp的开放读码框,可编码1 060个氨基酸.GenBank登录号为EU269038.通过实时荧光定量PCR检测SPSⅡ基因在甘蔗糖分积累的不同时期、不同组织部位的相对表达量.结果表明,在糖分积累初期蔗茎中的SPSⅡ相对表达量最大,在糖分积累中期蔗叶中的SPSⅡ相对表达量达到最高峰;同组织部位中,糖分积累初期SPSⅡ相对表达量高于糖分积累中期、后期.图6参11     

聚类GO术语在基因表达差异研究中的应用

针对基因功能分类体系基因本体(Gene Ontology,GO)特殊的有向无环图特点,改进传统的用单个GO术语检测基因差异表达信号的缺陷,设计出"聚类GO术语提升差异表达检测(ScaGO)"算法.通过简单的输入对照和实验组表达谱上的全部基因表达信号,来研究一些比较新的差异表达功能组,有助于进一步解释基因差异表达的生物学意义,如疾病发病机制、药物作用机理等.将ScaGO和基于单GO术语差异分析法应用到急性淋巴细胞性白血病数据集和酵母Rap1 DNA绑定突变体差异表达数据集上,结果显示,ScaGO能比基于单GO术语差异分析法发现一些新的与差异表达相关联的功能类基因,对于指导实验具有积极意义.图1表3参21     

烯酮还原酶基因的克隆与优化表达

烯酮/酯还原酶可以专一性地还原烯酮/酯中的碳碳双键,并引入两个手性中心,是手性化合物生物催化合成的重要酶类之一;在使用烯酮/酯还原酶进行全细胞手性分子生物催化合成中,其他还原酶的存在常导致副反应的产生.为研究烯酮/酯还原酶的理化性质、底物的专一性、产物的手性特点等,需要经过纯化的烯酮/酯还原酶.为此,根据烯酮还原酶(Enoate reductase,ERs,EC 1.3.1.31)的基因序列设计引物,以丙酮丁醇梭菌(Clostridium acetobutylicum)ATCC824基因组DNA为模板,通过PCR扩增技术得到了目标酶的基因,目的片段全长为1 995 bp,共编码664个氨基酸,相对分子质量为73×103.将烯酮还原酶基因连接到pET-32a(+)上,构建表达质粒pET-32a(+)-ERs,并成功在Escherichia coli Rosetta(DE3)pLysS中表达.在摇床上优化的表达条件为:诱导温度为18℃,诱导起始时菌体D600 nm为0.6～0.8,转速为100 r/min,诱导剂IPTG浓度为0.1 mmol/L,诱导培养时间为12 h,表达的烯酮还原酶大部分以可溶性形式存在于菌体内.     

镉胁迫对栾树幼苗不同组织部位转录组差异研究

随着重金属镉（Cd）污染日趋严重,找寻高效土壤Cd污染治理方法刻不容缓.以具有植物恢复潜力的栾树（Koelreuteria paniculata）作为研究对象,通过转录组学RNA-Seq测序研究不同浓度Cd胁迫后栾树地上部与根部基因表达与代谢通路的变化.转录组测序结果表明,共获得了65171条Unigenes,根中差异表达的基因显著多于茎叶,且下调表达的基因多于上调表达基因.GO富集结果表明,在Cd胁迫下细胞内核糖核蛋白复合物（Intracellular ribonucleoprotein complex）、核糖核蛋白复合物（Ribonucleoprotein complex）和大分子复合物（Macromolecular complex）是栾树根部差异表达基因主要富集部分.在地上部中,差异表达基因主要富集在膜内组分和膜部分.KEGG途径富集分析表明,在根部中核糖体（Ribosome）、吞噬体（Phagosome）和三羧酸循环（Citrate cycle(TCA cycle)）是主要的富集途径.在叶中,植物激素信号转导通路显著富集.转录因子鉴定结果显示共有10种转录因子家族的基因差异表达...     

基于车辆身份检测数据的车辆出行排放知识图谱研究

为实现个体车辆出行、排放行为的精细表征与挖掘,基于宣城市中心城区全量个体车辆的出行轨迹、技术参数、排放轨迹等多维交通大数据,以表征个体车辆出行过程的排放信息为主线,设计并构建车辆出行排放知识图谱.研究表明：①知识图谱直观地表征了“车辆-道路-出行-排放”信息的时空关联,可实现个体车辆在不同日期、不同时段、不同路段等多尺度出行特征的精细挖掘.以某辆小型客车为例,检索发现周一、周三出行主要连接的小时实体都为7：00、8：00和17：00,周五、非工作日出行连接的小时实体具有明显的随机性;周一、周三出行所连接的道路实体较少且基本一致,在宣水路、昭亭北路、昭亭南路的出行里程之和占比为63%~68%,周五、非工作日出行连接的道路实体则较为分散.②通过出行信息类、排放信息类实体的关联检索,可实现个体车辆出行排放时空特征的精细辨识和溯源分析.示例车辆的检索结果表明：周一车辆的CO日排放量为1.2g,是周六的2.5倍,同时在早高峰时段（7：00）,车辆出行在交通繁忙路段时,伴随低水平车速,排放强度相对较高.     

爆炸冲击对高阶煤微晶结构的影响特征*

为探究爆炸冲击荷载对煤微晶结构的影响,以河南赵固二矿山西组二1煤层高阶无烟煤为研究对象,利用炸药对煤样进行爆炸冲击试验,通过改变炸药量控制冲击荷载的大小,并对冲击过后的煤样进行X射线衍射测试,分析在不同强度冲击荷载作用下煤样微晶结构的变化规律。研究结果表明:煤样的峰值应变随着冲击荷载的增大而升高;与原煤相比,受冲击荷载之后煤样XRD图谱的002峰与100峰均变的更高且陡,衍射峰位置向θ值大的一侧偏移;与原煤样相比,受冲击荷载之后煤体的微晶结构参数发生规律性变化,面层间距（d002）表现出减小的趋势,单元堆砌度（Lc）、单元延展度（La）以及（La/Lc）表现出增大的趋势;微晶结构变化快慢也呈现一定的规律性,随着煤样受到冲击荷载的增大,面层间距呈现减小的趋势;单元堆砌度与单元延展度呈现增加的趋势,前期增加缓慢,后期增加迅速;受冲击煤样的微晶结构更加有序,从微观结构上解释了冲击载荷对煤微晶结构的影响。     

基于图神经网络的社区户内燃气系统动态风险评估

目前对于社区户内燃气系统的风险评估大都为静态分析方法,且一般只对系统中单独组成部分进行建模,忽略了户内燃气系统风险复杂的耦合影响关系。针对现有风险评估方法的局限性,提出了一种基于图神经网络的社区户内燃气系统动态风险评估方法。该方法首先通过梳理社区户内燃气事故、分析社区户内燃气系统的风险源和风险影响因素,构建了社区户内燃气系统动态风险评估指标体系;然后将知识图谱用于社区户内燃气系统的场景构建,基于社区户内燃气系统的构成和指标体系确定知识图谱中的实体类型和实体特征,并在所构建的社区户内燃气系统知识图谱的基础上,提出了一种基于图神经网络的社区户内燃气系统动态风险评估方法;最后,以某一社区为例,对所提出的基于图神经网络的社区户内燃气系统动态风险评估方法进行验证。实例应用分析结果表明:该方法可以针对社区户内燃气系统风险复杂的耦合影响关系,实现社区户内燃气系统的安全动态风险评价,对社区燃气用户的安全管理具有一定的指导和参考意义。