rRNA基因ITS区序列分析在粘帚霉属生防菌株种级分类上的应用

对分离自不同地域的粘帚霉属不同种类的生防菌株rRNA基因转录间区进行了克隆测序,用Clustal X软件进行自动排序,用Njplot程序构建系统进化树.供试26个粘帚霉菌株分在4个组,与传统形态分类结果一致,同一种类的不同来源的菌株差异不明显.研究表明,可以根据ITS区DNA序列差异对粘帚霉属进行种级分类,但不能用于区分种内不同地域的菌株之间的差别.图1表1参17     

Molecular prenatal diagnosis of 3-hydroxy−3-methylglutaryl coa lyase deficiency

We report the first molecular prenatal diagnosis of 3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA lyase (HL) deficiency. The proband had a classic but severe presentation with hypoketotic hypoglycaemia and acidosis, secondary mental retardation, and epilepsy, and HL deficiency was documented in cultured fibroblasts. We found him to be homozygous for the frameshift mutation N46fs (+1), which yields a distinct pattern on single-strand conformation polymorphism (SSCP) analysis. In two subsequent pregnancies, molecular prenatal diagnosis was performed using SSCP. In the first, chorionic villus biopsy was normal. In the second pregnancy, amniocentesis revealed an affected fetus. In both pregnancies, the diagnosis was confirmed enzymatically. HL activity was less than 7 per cent of control values in amniocytes and fetal liver of the affected pregnancy. In the second pregnancy, amniotic fluid metabolite measurements by stable isotope dilution-selected ion monitoring mass spectrometry showed greater than 100-fold increases of 3-hydroxy-3-methylglutaric acid and of 3-methylglutaconic acid levels compared with controls.     

高通量测序技术应用于污水处理厂细菌气溶胶群落结构分析

由于污水及其处理设施中细菌气溶胶的逸散作用,导致污水处理厂细菌气溶胶的群落结构较为复杂,因此,选择适宜的采样和分析方法对其多样性的认识和风险评估具有重要意义.本研究以某城市污水厂为研究对象,采用"总悬浮颗粒物采样器+高通量测序技术"分别对污水处理全过程进行细菌气溶胶的收集与分析;作为对照,采用"Andersen六级采样器+克隆文库技术"进行同步采样和分析.结果表明,前者对各采样点气溶胶中细菌的多样性、总体群落组成、优势群落的解析均明显优于后者,分析更简便快捷,数据更全面、更接近其真实的分布状态.本研究结果可为污水处理厂细菌气溶胶的采样和分析方法的选择提供科学依据.     

多功能细菌复合系NSC-7的菌种组成多样性

NSC-7是一组具有降解纤维素和林丹双重功能的细菌复合系.为系统了解复合系的菌种组成,在有氧条件下,利用传统的平板画线法分离到11株单菌,将11株单菌按体积比1∶1重新组合并不具备分解纤维素的能力,利用单层和双层平板滤纸法检测NSC-7的分解能力,发现只有双层平板上的滤纸变黄且降解,说明复合系内纤维素降解的关键菌是厌氧或微好氧菌.利用现代分子生物学技术对NSC-7构建克隆文库,获得了195个16S rDNA片断,经DGGE筛选获得25个代表克隆,其序列数据库比对结果中有60％的近缘种为已知菌,分别归属于Clostridium、Petrobacter、Bacteria、Paenibacillus、Proteobacterium 5个属,其余40％的近缘种为难培养菌株.     

人工湿地污水处理系统中氧化亚氮的释放规律研究

利用静态箱-气相色谱法研究了潜流和表面流人工湿地系统中N2O的释放规律和相关的氨氧化细菌.结果表明,潜流和表面流人工湿地的N2O平均通量分别为296.5μg.(m2.h)-1和28.2μg.(m2.h)-1,总体上均表现为大气N2O的排放源,前者的N2O平均释放通量高于农田、森林、草原和沼泽湿地等生态系统,潜流方式促进了N2O的释放.潜流和表面流人工湿地N2O通量有较大的月份差异和明显的日变化特征,最高值出现在7月,分别为(762.9±239.3)μg.(m2.h)-1和(91.9±20.3)μg.(m2.h)-1,一天中的极大值和极小值分别出现在中午和凌晨.温度和芦苇的生长情况对N2O通量有一定的影响.人工湿地系统进水端,较高浓度的污水和充足的碳、氮源,促进了硝化和反硝化过程,使得N2O通量均高于出水端.克隆结果表明,人工湿地污水处理系统中与N2O产生相关的氨氧化细菌主要为Nitrosomonas和Nitrosospira.     

野化培训大熊猫采食和人为砍伐对拐棍竹无性系种群生物量的影响

采用固定样方法和定位观察法连续测定了2003～2007年间卧龙自然保护区大熊猫野化培训圈内及其附近区域的拐棍竹无性系种群数量和生长发育特性等参数,运用收获法与非破坏性重量估测法建立了不同龄级和残桩的竹子种群和分株生物量估测模型,进而利用最佳模型计算并评估了野化培训大熊猫采食和人为砍伐对拐棍竹无性系种群生物量和植株个体生物量的影响.结果表明:在环境条件、种群密度、生长发育特征和种群生物量等基本相似的基础上,大熊猫采食和人为砍伐不仅降低实验期间的竹子生物生产力,而且影响到后期阶段实验种群的恢复与发展.大熊猫采食样方中的竹子种群生物量虽然较对照样方低,就竹笋生物量而言,约为对照的57.79%,这与野化培训圈的面积较小、竹种单一而使采食比重(67.07%)较大有关,但其各龄级植株个体生物量均能达到大熊猫的取食利用标准(仅2004年生竹除外),具有持续供给大熊猫食物资源的潜力;而人为砍伐措施与大熊猫采食相比,影响效果极为强烈,它严重降低了拐棍竹无性系的种群生物量,尤其是竹笋重量更是如此,仅为对照样方的14.69%,且植株个体鲜重远低于大熊猫的觅食条件.因此,竹笋和无性系植株的生物量是大熊猫采食标准的主要因素.     

河西走廊石羊河下游地区盐碱土中放线菌多样性

为了解甘肃省河西走廊石羊河流域地区盐碱土中放线菌种群结构及多样性,采用非培养法对河西走廊石羊河下游流域的3种不同类型土样(原生盐碱土、次生盐碱土和农田土)的总DNA进行提取,用放线菌特异性引物对16S rRNA基因进行扩增,构建放线菌16S rRNA克隆文库.用HaeⅢ和HhaⅠ两种限制性内切酶对阳性克隆子进行16S rDNA扩增片段限制性内切酶分析(Amplifed Ribosomal DNA Restriction Analysis,ARDRA),提取酶切带型不同的菌液进行测序,构建其系统发育树并进行多样性指数分析.结果显示:原生盐碱土克隆文库中90个阳性克隆分归于20个OTUs,分属于微球菌科(Micrococcaceae)、中村氏菌科(Nakamurellaceae)、类诺卡氏菌科(Nocardioidaceae)、链霉菌科(Streptomycetaceae)、棒状杆菌科(Corynebacteriaceae)、诺卡氏菌科(Nocardiaceae)和未知类群;次生盐碱土克隆文库中98个阳性克隆分归于32个OTUs,分属于纤维素单胞菌科(Cellulomonadaceae)、微球菌科(Micrococcaceae)、地嗜皮菌科(Geodermatophilaceae)、类诺卡氏菌科(Nocardioidaceae)、小单孢菌科(Micromonosporaceae)、伪诺卡氏菌科(Pseudonocardiaceae)、链霉菌科(Streptomycetaceae)、链孢囊菌科(Streptosporangiaceae)、高温单孢菌科(Thermomonosporaceae)、动孢囊菌科(Kineosporiaceae)、糖霉菌科(Glycomycetaceae)和未知类群;农田土克隆文库中98个阳性克隆分归于10个OTUs,分属于微球菌科(Micrococcaceae)、博戈里亚湖菌科(Bogoriellaceae)、地嗜皮菌科(Geodermatophilaceae)、中村氏菌科(Nakamurellaceae)、类诺卡氏菌科(Nocardioidaceae)和未知类群.其中,微球菌亚目(Micrococcineae)是3种不同类型土壤中的优势类群.多样性指数和稀释性曲线分析结果显示,3种不同类型土壤中放线菌多样性为次生盐碱土>原生盐碱土>农田土.     

土霉素生产废水生物处理装置中微生物群落结构特征解析

抗生素对细菌具有强抑制作用,从而会影响废水生物处理系统中的微生物群落结构。在用定量PCR方法对土霉素生产废水处理装置(进水中土霉素浓度为1 662.1±248.6μg/L)中的细菌16S rRNA基因和真菌18S rRNA基因的含量进行比较的基础上,利用16S rRNA基因克隆文库方法对污泥中的细菌群落结构进行了详细解析。定量PCR结果显示,土霉素废水活性污泥中真菌(18S rRNA)/细菌(16S rRNA)基因的拷贝数比例高达1.2,明显较高于非抗生素肌苷废水活性污泥中的比例1.52×10-6,表明真菌对于土霉素废水中有机物的去除可能发挥重要作用。细菌克隆文库分析结果显示,Alpha变形菌和Beta变形菌是主要的优势菌,比例分别为23.7%和22.0%,其次是酸杆菌(17.0%)和拟杆菌(11.9%)。     

Evaluation of potential genotoxicity of five food dyes using the somatic mutation and recombination test

In this study, different concentrations of five food dyes (amaranth, patent blue, carminic acid, indigotine and erythrosine) have been evaluated for genotoxicity in the Somatic Mutation and Recombination Test (SMART) of Drosophila melanogaster. Standard cross was used in the experiment. Larvae including two linked recessive wing hair mutations were chronically fed at different concentrations of the test compounds in standard Drosophila Instant Medium. Feeding ended with pupation of the surviving larvae. Wings of the emerging adult flies were scored for the presence of spots of mutant cells which can result from either somatic mutation or somatic recombination. For the evaluation of genotoxic effects, the frequencies of spots per wing in the treated series were compared to the control group, which was distilled water. The present study shows that carminic acid and indigotine demonstrated negative results while erythrosine demonstrated inconclusive results. In addition 25 mg mL⁻¹ concentration of patent blue and 12.5, 25 and 50 mg mL⁻¹ concentrations of amaranth demonstrated positive results in the SMART.     

厌氧污泥降解萘动力学与生物多样性研究

为对工业废水中的萘进行高效的生物处理,采集某石油工业废水处理装置的厌氧活性污泥,以萘和萘与乳酸钠为电子供体进行驯化培养.当一个驯化周期中萘去除率达到90%以上时,研究间歇反应条件下分别以萘和萘与乳酸钠为电子供体时的降解动力学,并提取去除率高的污泥中微生物总DNA,构建16S rDNA基因片段克隆文库分析细菌群落结构.结果表明,以单一萘为电子供体时萘的降解率远远小于萘与乳酸钠共代谢时的降解率;两种驯化模式下萘浓度与时间符合一级反应动力学,动力学常数K分别为3.5×10-3h-1和16×10-3h-1.萘与乳酸钠共代谢污泥中细菌类群主要为Deltaproteobacteria、Thermotogae、Bacteroidetes、Chloroflexi和Unclassified bacteria,其中Deltaproteobacteria类细菌占主导地位.在成熟的厌氧活性污泥中Desulfobulbus sp.所占比例为24.2%;Kosmotoga占21.0%.此外,反应器中还存在Smithella、Syntrophobacter、Levilinea等细菌.对厌氧活性污泥中细菌多样性的研究有利于优化反应条件,从而提高污泥中萘的去除率.