准好氧填埋场垃圾样品中甲烷氧化菌的群落多样性分析

为了探讨准好氧垃圾填埋场中的甲烷氧化机理,本研究利用RealTime-PCR和PCR-DGGE技术对其中的甲烷氧化菌分别进行了定量分析和群落多样性分析。研究结果表明,PCR-DGGE技术可以用于垃圾样品中甲烷氧化菌的微生物多样性分析;在距导气管0、2.5、5.0、10.0和15.0 m处垃圾样品中甲烷氧化菌的数量分别为1.13×109、2.22×108、2.38×108、2.20×107和5.21×106g-1,呈现逐渐降低的趋势;垃圾样品中甲烷氧化菌的丰富度和香侬多样性指数依次为：0 m〉2.5 m〉5.0 m=10.0m〉15.0 m,此外,垃圾样品中甲烷氧化菌可归为：Methylocaldum（甲基暖菌属）、Methylobacterium（甲基杆菌属）和Methylocystis（甲基孢囊菌属）,且优势菌种为Type I型Methylocaldum。     

环境雌激素o,p′-DDT和抗雌激素氟维司群对斑马鱼胚胎的复合效应

为探究雌激素与抗雌激素的复合效应,将斑马鱼(Danio rerio)的胚胎暴露于o,p′-DDT和氟维司群2种典型的环境内分泌干扰物中,考察胚胎孵化率、孵化时间和总畸形率,并用实时荧光定量PCR技术检测Vtg1、Vtg2和ERα等雌激素效应相关基因的mRNA转录水平.结果显示,与单一化合物的暴露相比,o,p′-DDT和...     

数字滤波法在点源和非点源污染负荷分割中的应用

以分辨流域点源和非点源污染负荷为研究目标,在傅立叶分析的基础上,提出了从污染负荷时间序列中分辨点源和非点源污染负荷的新方法——数字滤波法,探讨了数字滤波方程的参数与滤波次数的关系,并将该方法应用到东江流域COD_Mn负荷的分割上. 应用实例表明,分割的点源和非点源负荷系列曲线符合点源和非点源负荷的产生特点,使用者能够在污染负荷分割过程中通过滤波参数的选取比较方便地加入自己的经验. 一般取较大滤波参数时,只需要3次滤波就能得出较满意的结果.      

Real Time PCR研究进展及其在海洋病原生物检测中的应用

Real Time PCR,即实时监测PCR扩增产物并进行解析的方法,目前已广泛应用于分子生物学研究的各个领域.Real Time PCR技术秉承及发展了普通PCR的快速、高灵敏度检出等优点,同时克服了普通PCR不能准确定量、容易污染等缺点,无需在反应结束后通过电泳操作确认扩增产物.目前,Real Time PCR可设计多对引物在同一反应体系中同时对多个靶基因进行扩增,实现多莺实时定量检测.Real Time PCR使PCR技术发生了质的飞跃,扩展了PCR技术的应用范畴,是一种具有划时代意义的技术.本文主要介绍Real Time PCR的主要原理、解析方法、技术发展趋势及其在海洋病原生物检测方面的应用.     

太湖和巢湖夏季蓝藻水华期间产毒微囊藻和非产毒微囊藻种群丰度的空间分布

应用荧光定量PCR技术对蓝藻水华暴发期间太湖和巢湖水体中产毒微囊藻和总微囊藻种群丰度的空间分布进行了研究.分别以微囊藻毒素合成基因基因家族成员mcyD和小核糖体16S rDNA序列构建定量PCR标准曲线,研究产毒微囊藻和总微囊藻种群丰度.结果表明:太湖和巢湖微囊藻种群由产毒微囊藻和非产毒微囊藻组成;蓝藻水华暴发期间,微囊藻种群组成及其丰度分布具有明显的空间差异性:太湖产毒微囊藻种群丰度为9.89×104～4.51×106 copies mL-1,产毒微囊藻占总微囊藻种群的比例为20.5%～38.1%;巢湖产毒微囊藻种群丰度为4.12×104～5.44×106 copies mL-1,其占总微囊藻种群的比例为8.4%～96.6%.总的来说,富营养化严重的湖区总微囊藻和产毒微囊藻种群丰度较高,产毒微囊藻占总微囊藻种群的比例也较高.图7表3参29     

北京蔬菜地土壤中抗生素抗性基因与可移动元件的分布特征

为揭示北京地区蔬菜土壤中抗生素抗性基因与可移动元件的分布特征应用高通量荧光定量PCR方法(HT-qPCR),选取北京3个区5个蔬菜基地进行调查研究.在蔬菜基地土壤中共检测到92～121种抗生素抗性基因,4～6种可移动元件,抗生素抗性基因及可移动元件按区分开.各蔬菜基地中共有且丰度较高的抗生素抗性基因型为:多重耐药类oprD、acrA-04和acrA-05,大环内酯类-林肯酰胺类-链阳性菌素B类抗生素抗性基因(MLSB)酰胺酶类fox5,万古霉素类vanC-03;共有可移动元件为intI1.蔬菜基地土壤中共检测到7种抗生素,含量较高的抗生素种类为恩诺沙星(ENR)、诺氟沙星(NOR)、土霉素(OTC)、磺胺甲噁唑(SMX).顺义区S1与S2蔬菜基地土壤中抗生素的种类与丰度均最高,依次是通州区T蔬菜基地、昌平区C2与C1蔬菜基地.相关性分析表明,蔬菜基地土壤中抗生素抗性基因丰度与抗生素丰度存在显著正相关(P 0.05).研究结果可为后续控制抗生素抗性基因的传播提供基础理论数据.     

不同再生水灌溉方式对土壤-辣椒系统中细菌群落多样性及病原菌丰度的影响

再生水是改善水资源布局和缓解传统水源短缺问题的一种合理且可持续的替代水源,但用于灌溉会引起土壤和作物中微生物群落结构和条件致病菌丰度变化,目前这方面的研究报道较少.本研究以辣椒为对象,设置再生水灌溉(DI)、清水和再生水混灌(MI,清水∶再生水=1∶1)、清水和再生水轮灌(RI)处理,以清水灌溉(PI)为对照,通过温室盆栽试验研究不同灌溉方式对土壤性质的影响,并基于高通量测序技术结合定量PCR方法探讨再生水灌溉下辣椒果实与根际细菌群落组成和病原菌分布丰度特征.结果表明,与清水灌溉相比,再生水直接灌溉增加了土壤EC值,而降低了pH值.16S r DNA高通量测序结果显示,在门分类水平上,Proteobacteria、Bacteroidetes、Actinobacteria和Firmicutes是辣椒果实和根际共有的主要类群,其优势菌属Pantoea、Pseudomonas、Sphingomonas、Sphingopyxis、Luteimonas和Mariniflexile的相对丰度受再生水灌溉方式的影响较大.再生水灌溉分别使辣椒果实和根际中Legionella spp.和Pseudomonas syringae丰度显著增加,并且对病原菌丰度的影响差异较大.综上所述,再生水适宜作为农业灌溉用水,但不同灌溉方式可能不同程度上引入微生物污染问题,其中特定条件致病菌和植物病原菌值得关注.     

Seasonal variation of microbial populations and biomass in Tatachia grassland soils of Taiwan

To investigate the seasonal variations of microbial ecology in grassland of Tatachia forest, soil properties, microbial populations, microbial biomass, and 16S rDNA clone library analysis were determined. The soil had temperatures 6.6–18.4°C, pH 3.6–5.1, total organic carbon 1.11–10.68%, total nitrogen 0.18–0.78%, and C/N ratios 3.46–20.55. Each gram of dry soil contained bacteria, actinomycetes, fungi, cellulolytic, phosphate-solubilizing microbes, and nitrogen-fixing microbes 4.54 × 10⁴ to 3.79 × 10⁷, 3.43 × 10² to 2.17 × 10⁵, 5.74 × 10³ to 3.76 × 10⁶, 1.97 × 10³ to 1.34 × 10⁶, 8.49 × 10² to 5.59 × 10⁵, and 3.86 × 10² to 3.75 × 10⁵ CFU, respectively. Each gram of soil contained 117–2,482 μg of microbial biomass carbon, 23–216 μg of microbial biomass nitrogen and 9–29 μg of DNA. The microbial populations, microbial biomass, and DNA decreased stepwise with the depth of soil, and they had low values in winter seasons. The microbial populations, microbial biomass carbon, microbial biomass nitrogen, and DNA at the BW2 horizon were 8.42–17.84, 19.26–64.40, 16.84–61.11, and 31.03–46.26% of those at the O horizon, respectively. When analyzing 16S rDNA library, members of Proteobacteria, Acidobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes, Chloroflexi, Firmicutes, candidate division TM1, candidate division TM7, Gammatimonadetes, and Verrucomicrobia were identified. Members of Proteobacteria (44.4%) and Acidobacteria (33.3%) dominated the clone libraries. Within the phylum Proteobacteria, α-, β-, and γ-Proteobacteria were most numerous, followed by δ-Proteobacteria.     

湖南衡阳地区乙型肝炎患者HBV基因分型与血清HBVDNA水平研究

分析了湖南衡阳地区乙型肝炎病毒基因型分布特征,并探讨HBV各基因型与血清HBVDNA水平之间的关系．采用荧光定量PCR结合TaqmanMGB探针技术,对湖南衡阳地区164份乙型肝炎患者血清中的HBVDNA进行基因分型和定量检测．结果164例血清中,C型110A．（67．1％）,B、C型37人（22．3％）,B型8人（5．1％）,D型1人（0．6％）,A型1人（0．6％）．C型与B、C混合型在HBVDNA水平上存在显著差异（t=2．433,P〈0．05）,B、C混合型的HBVDNA水平明显高于C型．由此得出湖南衡阳地区HBV基因型以C型为主、B、C混合型次之,B型较少,D型、A型极少;B、C混合型患者的HBVDNA数量水平显著高于C型．表1．参11．     

DEM AGGREGATION FOR WATERSHED MODELING1

ABSTRACT: The widely available USGS 7.5‐minute Digital Elevation Model (DEM) has a cell size of approximately 30 m × 30 m. This high resolution topographic information is impractical for many applications of distributed hydrologic and water quality models. In this study, cells were aggregated into coarse‐resolution areal units, termed grids, and a method to approximate flow direction for coarse‐resolution grids from 30 m DEM cells was developed. The method considers the flow path defined from the fine‐resolution DEM in determining a grid's flow direction and makes flow directions for grids closely follow the flow pattern suggested by the DEM. The aggregation method was applied to a DEM of Goodwater Creek, a nearly flat watershed that is located in central Missouri. The drainage networks derived for different levels of cell aggregations showed that grid aggregates of the Goodwater Creek watershed provided an adequate representation of the landscape topography.