Real Time PCR研究进展及其在海洋病原生物检测中的应用

Real Time PCR,即实时监测PCR扩增产物并进行解析的方法,目前已广泛应用于分子生物学研究的各个领域.Real Time PCR技术秉承及发展了普通PCR的快速、高灵敏度检出等优点,同时克服了普通PCR不能准确定量、容易污染等缺点,无需在反应结束后通过电泳操作确认扩增产物.目前,Real Time PCR可设计多对引物在同一反应体系中同时对多个靶基因进行扩增,实现多莺实时定量检测.Real Time PCR使PCR技术发生了质的飞跃,扩展了PCR技术的应用范畴,是一种具有划时代意义的技术.本文主要介绍Real Time PCR的主要原理、解析方法、技术发展趋势及其在海洋病原生物检测方面的应用.     

技术

中国成为全球新能源投资第二大热点根据全球咨询公司毕马威(KPMG)8日发布的调查,美国、中国、印度将是全球可再生能源产业兼并与收购投资的前三大目的地。这个面向全球500位与新能源有关的企业高管进行的调查发现,53%的受访者瞄准美国,38%挑选中国,35%挑选印度,其后是德国和英国。调查还发现,中国在全球新能源领域的角色日益吃重。78%的受访者预期可再生能源产业兼并收购的新参与     

太湖和巢湖夏季蓝藻水华期间产毒微囊藻和非产毒微囊藻种群丰度的空间分布

应用荧光定量PCR技术对蓝藻水华暴发期间太湖和巢湖水体中产毒微囊藻和总微囊藻种群丰度的空间分布进行了研究.分别以微囊藻毒素合成基因基因家族成员mcyD和小核糖体16S rDNA序列构建定量PCR标准曲线,研究产毒微囊藻和总微囊藻种群丰度.结果表明:太湖和巢湖微囊藻种群由产毒微囊藻和非产毒微囊藻组成;蓝藻水华暴发期间,微囊藻种群组成及其丰度分布具有明显的空间差异性:太湖产毒微囊藻种群丰度为9.89×104～4.51×106 copies mL-1,产毒微囊藻占总微囊藻种群的比例为20.5%～38.1%;巢湖产毒微囊藻种群丰度为4.12×104～5.44×106 copies mL-1,其占总微囊藻种群的比例为8.4%～96.6%.总的来说,富营养化严重的湖区总微囊藻和产毒微囊藻种群丰度较高,产毒微囊藻占总微囊藻种群的比例也较高.图7表3参29     

不同再生水灌溉方式对土壤-辣椒系统中细菌群落多样性及病原菌丰度的影响

再生水是改善水资源布局和缓解传统水源短缺问题的一种合理且可持续的替代水源,但用于灌溉会引起土壤和作物中微生物群落结构和条件致病菌丰度变化,目前这方面的研究报道较少.本研究以辣椒为对象,设置再生水灌溉(DI)、清水和再生水混灌(MI,清水∶再生水=1∶1)、清水和再生水轮灌(RI)处理,以清水灌溉(PI)为对照,通过温室盆栽试验研究不同灌溉方式对土壤性质的影响,并基于高通量测序技术结合定量PCR方法探讨再生水灌溉下辣椒果实与根际细菌群落组成和病原菌分布丰度特征.结果表明,与清水灌溉相比,再生水直接灌溉增加了土壤EC值,而降低了pH值.16S r DNA高通量测序结果显示,在门分类水平上,Proteobacteria、Bacteroidetes、Actinobacteria和Firmicutes是辣椒果实和根际共有的主要类群,其优势菌属Pantoea、Pseudomonas、Sphingomonas、Sphingopyxis、Luteimonas和Mariniflexile的相对丰度受再生水灌溉方式的影响较大.再生水灌溉分别使辣椒果实和根际中Legionella spp.和Pseudomonas syringae丰度显著增加,并且对病原菌丰度的影响差异较大.综上所述,再生水适宜作为农业灌溉用水,但不同灌溉方式可能不同程度上引入微生物污染问题,其中特定条件致病菌和植物病原菌值得关注.     

湖南衡阳地区乙型肝炎患者HBV基因分型与血清HBVDNA水平研究

分析了湖南衡阳地区乙型肝炎病毒基因型分布特征,并探讨HBV各基因型与血清HBVDNA水平之间的关系．采用荧光定量PCR结合TaqmanMGB探针技术,对湖南衡阳地区164份乙型肝炎患者血清中的HBVDNA进行基因分型和定量检测．结果164例血清中,C型110A．（67．1％）,B、C型37人（22．3％）,B型8人（5．1％）,D型1人（0．6％）,A型1人（0．6％）．C型与B、C混合型在HBVDNA水平上存在显著差异（t=2．433,P〈0．05）,B、C混合型的HBVDNA水平明显高于C型．由此得出湖南衡阳地区HBV基因型以C型为主、B、C混合型次之,B型较少,D型、A型极少;B、C混合型患者的HBVDNA数量水平显著高于C型．表1．参11．     

焦化废水生物膜样品和苯酚降解菌分离株基因盒的分析

使用59-碱基(59be)保守序列和整合酶基因的引物进行PCR扩增,研究了焦化废水处理装置中微生物菌群的基因盒结构,并对两株分离的苯酚降解荫IS-17和IS-46的基因盒进行了扩增测序分析.从5个焦化废水生物膜总DNA样品中均获得了基因盒扩增产物.对IS-17和IS-46的基因盒PCR产物克隆建库并测序,通过序列比对等方法来研究和分析序列的功能.发现本研究获得的基因盒与已报道的基因盒存读码框序列、两端引物结合序列、间隔区大小等方面存在一些不同.本研究结果表明,在焦化废水生物膜菌群中普遍存在基因盒结构,采用基因盒PCR能够从环境或菌株中获取新基因.     

Biodegradation of azo dyes by genetically engineered azoreductase

A azoreductase gene with 537 bp was obtained by PCR amplification from Rhodobacter sphaeroides ASI. 1737. The enzyme,with a molecular weight of 18.7 kD, was efficiently expressed in Escherichia coli and its biodegradation characteristics for azo dyes were investigated. Furthermore, the reaction kinetics and mechanism of azo dyes catalyzed by the genetically engineered azoreductase were studied in detail. The presence of a hydrazo-intermediate was identified, which provided a convincing evidence for the assumption that azo dyes were degraded via an incomplete reduction stage.     

温带亚高山针叶林土壤碳循环微生物群落的时空动态

选取参与碳固定的二磷酸羧化/加氧酶基因（cbbM）、有机碳降解的淀粉酶基因（amylase）和纤维素酶基因（cellulase）作为分子标记,用实时定量PCR方法对温带亚高山华北落叶松（Larix gmelinii var.principis-rupprechtii）林、白杄（Picea meyeri）林、青杄（P.wilsonii）林和油松（Pinus tabulaeformis）林土壤碳循环功能微生物类群丰度的时空动态开展研究.结果显示,总碳（TC）、总氮（TN）、总硫（TS）、有机质（OM）和有机碳（TOC）、pH值、铵态氮（NH₄⁺-N）、硝态氮（NO₃^--N）、过氧化氢酶、蔗糖酶和脲酶活性在4种森林土壤中都有不同程度的差异,且有显著的季节变化特征.高海拔华北落叶松林土壤TC、TN、TS、C/N、OM和TOC含量最高,而pH值最低.土壤TC、TN、亚硝态氮（NO₂^--N）含量、蔗糖酶和脲酶活性,与碳循环微生物类群的丰度呈极显著相关.土壤NO₃^--N含量与有机碳分解和固碳微生物类群的相对丰度显著相关;土壤C/N、NO₂^--N、pH值、OM、TOC、过氧化氢酶及脲酶活性,与降解易分解碳（labile C）和难分解碳（recalcitrant C）的微生物类群的相对丰度呈极显著相关.植被类型和季节变化共同影响土壤碳循环微生物类群的丰度,而季节变化是主导因素.植被和土壤环境因子通过调控微生物群落碳代谢功能类群的结构,影响森林土壤碳源-汇的平衡.     

慢生花生根瘤菌的遗传多样性研究

用ＲＥＰ１Ｒ１和ＲＥＰ２１ＤＮＡ为引物,对２２株四川土著慢生花生根瘤菌染色体ＤＮＡ的基因外回文重复序列（ＲｅｐｅｔｉｔｉｖｅＥｘｔｒｏｇｅｎｉｃｐａｌｉｎｄｒｏｍｉｃｓｅｑｕｅｎｃｅＲＥＰ）进行了ＰＣＲ扩增和凝胶电泳,并对电泳结果的指纹图型进行了相似性聚类分析．结果表明了四川土著慢生花生根瘤菌的遗传多样性．指纹图形是根瘤菌多样性研究中一种简便而有效的方法     

河道底泥中四氯双酚A的厌氧降解及硫酸盐还原菌对其降解效率的影响

本文采用血清瓶实验研究了贵屿镇练江底泥TCBPA的厌氧降解特性以及该过程中硫酸盐还原菌的变化情况.结果表明,在不同还原条件下,TCBPA降解效率顺序为:产甲烷环境硫酸盐还原环境接种控制,对应降解速率常数分别为:0.0844 d-1、0.0694 d-1、0.0561 d-1,半衰期分别为:8.2 d、10.0 d、12.4 d.与接种控制组相比,加入电子供体可加速TCBPA降解,降解速率常数可达0.0722 d-1,半衰期为9.6 d.加入邻苯二甲酸丁酯后,TCBPA降解受到抑制,降解速率常数为0.0491 d-1,半衰期为14.1 d.使用Comparative Ct法进行荧光定量PCR实验,结果表明硫酸盐还原菌在TCBPA降解过程中起到了积极的作用.