西藏米拉山高寒草甸土壤微生物DNA提取及宏基因组Fosmid文库构建

青藏高原土壤中富含特殊的微生物资源,因大多数未能得到培养而无法利用.提取微生物总DNA及构建宏基因组文库的方法是研究未培养微生物的重要方法(免培养法).两藏米拉山高寒草甸土壤中腐植酸、有机质含量非常高,DNA提取非常困难,本研究表明卣接法提取该样品的DNA片段小,杂质含量高,不能满足构建大插入片段文库的要求;结合低速离心和Nycodenz密度梯度离心先分离出微生物细胞的间接法虽然DNA产率降低,但是纯度高,片段长,多样性丰富,更适合于构建大插入片段文库.在间接法提取高质量西藏高寒草甸土壤微生物DNA的基础上,成功构建了一个包含30 624个克隆、库容量超过1 Gb、稳定性好的宏基因组Fosmid文库,为从西藏高原土壤中挖掘和利用新的功能基因研究奠定了基础.图7表3参27     

基于甲烷氧化菌的地下水硝酸盐还原效能及功能微生物研究

地下水中污染物成分复杂,来源广泛,针对地下水中的硝酸盐污染物,利用生物膜反应器,开展了基于甲烷氧化菌的地下水硝酸盐还原效能、功能微生物和代谢途径分析。研究发现,在进水ρ(NO^-₃-N)为10 mg/L时,系统对硝酸盐的最高去除率达到98.83%,实现硝酸盐的有效去除。通过溶解性有机物(dissolved organic matter, DOM)组分变化分析发现出水中DOM主要是类色氨酸蛋白质类物质。宏基因组分析结果表明,生物膜反应器甲烷氧化系统中的好氧甲烷氧化菌主要为Methylocystis(5.25%)、Methylomonas(2.73%),厌氧甲烷氧化菌主要为Methylomirabilis(0.0016%)、Methanoperedens(0.0016%),硝酸盐还原菌主要为Lysobacter(9.72%)、Opitutus(2.74%)、Hyphomicrobium(2.01%)。利用KEGG数据库对系统中微生物的功能进行注释,识别出多种相关功能基因(40种甲烷代谢相关的功能基因和19种氮代谢相关的功能基因)以及较完善的甲烷代谢...     

徐州铜山县宏达精细化工厂

徐州铜山县宏达精细化工厂创建于1987年,是一家民营独资企业,以生产医药中间体为主,主要产品有五氯化磷,三氯化磷．三氯氧磷等。厂区占地10hm^2．地处苏北平原中部,徐州北郊,位于京沪铁路和陇海铁路交汇处,紧靠104国道和京福高速,交通十分便利。本厂技术力量雄厚,检测设备先进齐全,是国内最大的五氯化磷专业生产厂家,年产10000t医药级五氯化磷,50000t三氯化磷和20000t三氯氧磷等产品。     

武汉东湖浮游生物宏基因组与环境重金属的关系

采用针对16SrRNA和18SrRNA基因的引物,对武汉东湖不同营养水平湖区的浮游生物宏基因组进行凝胶电泳分析(PCR-DGGE)的指纹分析,并探讨宏基因组与环境重金属的关系.结果表明,PCR-DGGE分析共获得82条谱带,其多态率为82.9%,特有谱带占31.7%.I~V站点的谱带分别为36,34,44,50,56条.5个站点浮游生物群落PCR-DGGE指纹结构的聚类分析(UPGMA)分成两大类:I、II、Ⅲ站为一类,IV、V站为一类,这与重金属(铅、铬、汞、镉、砷、铜)浓度对各站点的聚类分枝关系相一致.相关分析显示,变性梯度凝胶电泳(DGGE)谱带所代表的分类单元数(OTUs)与镉、铬的浓度存在较明显的相关性,其相关系数分别为-0.942(P0.05)和-0.928(P0.05).     

生物降解芳香族化合物的分子检测技术研究进展

编码环羟基化加氧酶的基因常作为评价环境中微生物降解芳香族化合物能力的分子标记.近年宏基因组学技术的出现极大地加速了对环境中功能基因及功能类群的研究.本文总结了目前关于芳香族化合物环羟基化加氧酶基因的数据库,介绍了微生物降解芳香族化合物（苯系物、萘及其它多环芳烃）过程中发挥重要作用的各类功能基因,总结了环境检测中使用的分子引物,并综述了它们在各类复杂环境样本中的检测应用,此外对使用宏基因组技术来研究微生物在环境中降解芳香族化合物的能力进行了总结与展望.     

基于宏条形码技术的白洋淀水华藻类识别及其驱动因子分析

浮游藻类是引起水华暴发的主要原因.为筛选潜在水华藻类,评估白洋淀水华风险区域,于2020年8月对白洋淀373点位展开浮游藻类调查.利用宏条形码技术分析,解析水华藻类群落组成,同时采用显微镜计数法统计藻密度.根据总藻密度对白洋淀不同区域的水华程度进行评估,同时进一步针对水华藻类群落,耦合淀区水质条件,探究白洋淀不同区域水华藻类群落空间差异驱动因子,以甄别影响水华藻类群落结构关键环境因子.结果表明,95%以上采样区域无水华风险(藻类密度<2×10⁶个·L^-1),仅5个样点存在轻微水华风险.但水华藻类群落分析共检测到了90种水华藻类,其中优势水华藻种有20种,隶属于以绿藻门、蓝藻门和裸藻门为主.水华藻类群落结构在不同区域上具有显著空间异质性(P<0.05).关键驱动因子解析结果表明,总磷(TP)、总氮(TN)和氨氮(NH⁺₄-N)是造成水华藻类群落结构差异的关键因子.其中,门水平上,蓝藻门水华藻类与以上关键因子显著正相关;种水平上,硅藻门和绿藻门水华藻类与关键因子响应更显著.因此,水华藻类群落...     

青海农用沼气池微生物群落结构及差异基因功能分析

文章以产气性能不同的青海农用沼气池为研究对象,利用宏转录组学技术分析了温度最高和最低时期污泥样品的微生物组成、差异基因表达及代谢过程。物种注释表明4个样品中最优势的种类均为细菌,且较优势类群有假单胞菌属(Pseudomonas)、硫单胞菌属(Sulfurimonas)、海螺菌属(Marinospirillum)和拟杆菌门未分类属(norank_p__Bacteroidetes)。差异基因的筛选结果表明产气性能不同的沼气池样品具有更多的差异基因。通过KEGG pathway富集分析发现,产气好样品的代谢通路表达量更大,且对碳水化合物和氨基酸的利用率及产能更高。同时,参与氨基酸代谢、核苷酸代谢、碳水化合物代谢以及能量代谢等过程的差异表达基因显著富集,说明这几种代谢途径在青海农用沼气池微生物的代谢过程中占据重要地位。4个样品两两比较可知,产气性能不同的比较组差异基因注释到的代谢通路更多,且微生物及其代谢的差异更大。     

湖南宏厦桥花岗岩体风化壳地下水化学特征及其成因分析

对湖南宏厦桥花岗岩体的风化壳(简称本区)水文地球化学特征进行了分析,并用主成分分析法定量分析探讨了地下水中溶质的来源。研究发现:就本区而言,地下水中的溶质以Ca2+、Mg2+、Na++K+、HCO3-为主,属超淡、极软、弱-中性的重碳酸型水,但不同地下水类型、不同水文地质条件,溶质的组成特征不同,因此又存在差异性和水平分带性;与邻区相比,表现出花岗岩风化壳地下水化学组成的典型性;与花岗岩对照组比较,表现出很强的地域性;与河流对照组比较,表现出形成环境和物质来源的差异性。主成分分析结果表明:本区地下水的溶质来源于岩石风化析出、大气降水输入和生物作用输入,贡献率分别为62.4%、21.6%和9.1%;岩石中含量越高的矿物,贡献率越大,溶解度越高的矿物,贡献率越大;金属阳离子和可溶性SiO2,都来自岩石的风化析出(Na+有11.7%来自海水蒸发进入大气后随大气降水输入);阴离子和游离CO2都来自大气降水和生物作用输入;大气降水输入的Cl-、SO42-、NO3-、F-,部分来源于海水蒸发,部分来自大气污染,Cl-、NO3-还有少部分来自生物作用。大气污染物输入地下水的绝对量虽小,但酸性强,对水文地球化学环境的作用不小。     

eDNA宏条形码监测沉积物原生生物群落多样性

原生生物个体小、繁殖快,对污染物敏感,是沉积物环境污染重要指示类群。传统基于形态学的方法难以快速准确地反映沉积物中原生生物的群落组成和物种多样性,严重制约了其在水生态评估中的应用。本研究采用环境DNA宏条形码方法,基于真核18S rRNA基因片段分析了太湖流域沉积物原生生物的群落结构及其时空差异,筛选了可用于太湖流域沉积物生态评估的原生生物指标,建立了基于原生生物的水生态评估方法。结果显示,利用环境DNA技术在太湖流域沉积物共检出原生生物群落有2 468个分类单元(OTU),属于13门44纲,至少在2个平行样本出现的OTU占总OTU的84.25%,春季(3月)与秋季(8月)原生生物群落组成差异明显。评价结果表明,目前太湖流域原生生物群落完整性整体处于亚健康和一般水平。     

浮游动物DNA宏条形码多样性监测采样方法研究

浮游动物是水生生态系统的重要组成部分,对环境因子敏感,是水生生态健康状况的重要指示生物.基于传统形态学的浮游动物调查方法无法鉴定桡足类幼体,难以准确了解浮游动物群落组成.DNA宏条形码技术基于DNA序列差异识别物种,为浮游动物群落组成的准确解析提供了新方法.比较了不同浮游动物采样方法(直接过滤法和网富集法)对浮游动物D...