南海球形棕囊藻质体16SrDNA序列分析

测定了采自香港2株球形棕囊藻和湛江1株等鞭金藻质体16SrDNA基因序列,结合GenBank中下载的32条同源序列,分析序列特征并构建分子系统树。发现600bp序列中有可变位点42个,简约信息位点33个,可变位点和简约信息位点分别为全序列的7．0％和5．5％。A＋T的含量（52．5％）略大于C＋G含量（47．5％）,与已报道的棕囊藻属叶绿体和线粒体基因相似;在分子系统树上,同属藻种聚类在一起,属间遗传距离分别为0．0255-0．0503。棕囊藻属属内遗传距离0-0．0050,不同藻种相混杂,并未独立成支;质体16srDNA部分序列虽不能区分棕囊藻属内不同藻种,但能鉴定出GenBank中27个环境样品为棕囊藻属藻株,从而能确定其地理分布和相对丰度,对棕囊藻赤潮的预测预报具有重要意义。质体16srDNA在其他赤潮藻类物种鉴定方面的应用需要进一步研究。     

慢生型花生根瘤菌16S rRNA分析

以２１株分离自四川,云南不同花生产区的慢性型花生根瘤菌和６株参比菌株为材料,进行了１６ＳｒＤＮＡＰＣＲ－ＲＦＬＰ,结果除证实了慢性型花生根瘤菌同慢生型大豆根瘤菌（Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍｊａｐｏｎｉｃｕｍ）高度的遗传相似性外,还发现了一些菌株同Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｉｂｉｕｍｌｉａｏｎｉｎｇｅｎｓｉｓ和Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍｅｌｋａｎｉｉ有较高的遗传相似性,菌株Ｓｐｒ１－２的１６ＳｒＲＮＡ     

给水生物预处理反应器的细菌种群多样性和群落结构

提取一生产性规模的给水生物预处理反应器中生物膜样品的总DNA,构建细菌16S rDNA克隆文库,并通过16S rDNA序列的系统发育分析,对生物膜中的细菌种群多样性和群落结构进行了研究.实验结果表明,给水生物膜反应器中的细菌种群多样性十分丰富;生物膜中的细菌分别属于10个主要类群,其中α-Proteobacteria是克隆文库中的最大细菌类群,占克隆子总数的32.28%,其次是β-Proteobacteria;与Rhodobacter系统关系密切的细菌是克隆文库中所占比例最大的一个菌属,占克隆子总数的12.6%;反应器中与硝化作用有关的是Nitrosomonas和Nitrospira属的细菌.研究结果表明,给水生物预处理反应器中的细菌群落结构和废水生物处理反应器中的细菌群落结构是有所差异的.图1表1参13     

废水反硝化生物反应器中喹啉降解细菌的分离与特性

杂环化合物喹啉是焦化等工业废水中的一种难降解化合物.有关喹啉微生物降解的研究还很有限,分离筛选多样的喹啉降解细菌,对认识喹啉的降解机制和强化废水中喹啉的降解具有重要意义.本研究通过富集和多种分离条件的培养,从焦化废水活性污泥及唪啉驯化的生物膜样品中分离获得56株与喹啉降解相关的菌株,以16S rDNA双酶切方法进行ARDRA分型,将这些菌株分为12个OTU.选取部分代表菌株进行16S rDNA测序分析,表明分离所获得的菌株主要是Ochrobactrum、Bacillus、Pseudomonas和Rhodococcus属的微生物.通过对部分菌株测定其喹啉降解能力.发现大部分菌株都能以喹啉为唯一碳源进行生长并高效降解喹啉,极少数菌株不能单独降解喹啉.降解喹啉的Ochrobactrum属菌株还未见报道.     

DHA高产菌Schizochytrium sp.FJU-512的分离及其18S rRNA基因序列比较分析

采用松花粉垂钓法分离到一株Docosahexaenoicacid(DHA)高产菌FJU 512.该菌株DHA含量高(占总脂肪酸的56. 24 % ),其它长链杂酸含量少(仅有docosapentaenoicacid, DPA),极具开发应用价值.高密度培养可获得33gL-1生物量.该菌株行二分裂生长,没有分生胞子.对其18SrRNA基因进行了克隆测序并登录GenBank(AY758384).依据18SrRNA基因建立的系统进化树表明:该菌与Schizochytriumlimacinum具有紧密的亲源关系. 图7表2参29     

稀有鮈鲫细胞凋亡相关基因的克隆及序列分析

细胞凋亡是调控机体发育和维护内环境稳定的重要机制。在克隆了稀有鮈鲫(Gobiocypris rarus)肝脏组织中凋亡相关的bcl-2、apaf-1、caspase-3和caspase-9基因的部分cDNA片段之后,进行了序列分析。结果表明,caspase-3和caspase-9基因片段与唐鱼(Tanichthys albonubes)相对应的核苷酸序列同源性最高,而bcl-2、apaf-1基因片段则分别与鮈鱼(Gobio gobio)和鲤鱼(Cyprinus carpio)相对应的核苷酸序列同源性最高,为99%和89%。基于稀有鮈鲫和已知物种的caspase-3基因核苷酸序列构建了系统发育树,发现稀有鮈鲫与唐鱼、斑马鱼(Danio rerio)的亲缘关系最近,而与金头鲷(Sparus aurata)、红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)的亲缘关系较远。本研究为深入理解外源性化学物质对鱼类的毒理学机制及其生态健康风险评价提供科学数据,同时也为稀有鮈鲫在鲤科鱼类的分类及进化地位的研究提供分子水平的重要参考。     

基于3S技术对太湖底质及水质总磷的研究

应用3S技术研究了太湖底质与水质总磷(TP)的分布情况,并结合水华频次分析了其相关性。结果表明:2016—2018年,太湖底质TP年均值在433~537 mg/kg波动,水质TP年均值从0.064 mg/L上升至0.087 mg/L。从空间分布来看,底质TP、水质TP和水华频次均呈现“西高东低”的规律,太湖西部区尤其是竺山湖区是需要开展治理的重点区域。3年间,太湖西部区水质TP上升,而底质TP与入湖河流TP下降,说明内源磷污染是太湖西部区水质TP升高的主要原因,须加强科学清淤。     

Enrichment of fetal cells from maternal blood by high gradient magnetic cell sorting (double MACS) for PCR-based genetic analysis

For simple and effective isolation of fetal cells from peripheral maternal blood, we combined depletion of maternal cells and enrichment of fetal cells by high-gradient magnetic cell separation (MACS). First CD45⁺ and CD14⁺ cells were depleted from maternal peripheral blood mononuclear cells by MACS. From the depleted fraction, CD71⁺ erythroid cells were enriched up to 80 per cent by MACS. This ‘double-MACS’ procedure yielded an average depletion rate of 780-fold and an average enrichment rate of 500-fold, with approximate recovery rates of 40–55 per cent. For paternity testing, cells from unseparated blood and the various fractions were analysed for polymorphism of the HLA-DQ-A1 locus and D1S80 locus by the polymerase chain reaction (PCR). In CD45⁻/CD71⁺ sorted cells from maternal blood, but not in unfractionated cells from maternal blood or CD45⁻/CD14⁻ cells, paternal alleles could be detected. In the CD45⁻/CD71⁺ fraction, the relative frequency of paternal alleles compared with maternal alleles ranged from 1 in 20 to 1 in 200 (determined by titration and depending on the quality of separation and biological variation). In 7 out of 11 cases, between weeks 12 and 25 of gestation, we could identify paternal alleles by PCR, either HLA-DQ-A1 or D1S80. This double-MACS procedure is simple, fast, efficient, and reliable for non-invasive prenatal diagnosis.