两株菲降解菌株的特性及其系统发育分析

从石油污染土壤中分离到两株可以菲为唯一碳源的细菌菌株,经形态和生理生化特性分析,脂肪酸含量分析和16S rDNA序列同源性鉴定, 两菌均属鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas),菌株ZX4为少动鞘氨醇单胞菌(Sphingomonas paucimobilis),而菌株EVA17与该属内已知菌的序列同源性在93%~98%之间,推测可能为一新种.两菌株在不同碳源培养基上的生长曲线表明菲对细菌生长有明显的延滞作用.菌株EVA17全细胞蛋白质电泳图谱揭示该细菌在菲诱导下可出现诱导性蛋白,推测可能为一些解毒酶或降解酶.菲降解细菌在以结晶态菲为碳源时生长速率明显低于以粉末态菲为碳源时的生长速率,表明细菌与菲间的接触面积是限制其利用菲的一个重要因素.分离菌株谷胱甘肽S-转移酶(GST酶)具有可与1-氯-2,4-二硝基苯(CDNB)结合的活性.添加表面活性剂吐温-80可促进细菌对菲的利用.     

一株碱性果胶酶高产细菌的分离、系统发育分析和产酶条件的初步优化

从腐烂的苹果表皮筛选到一株碱性果胶酶的高产菌株,命名为WSHB04-02.分离菌株为革兰氏阳性细菌,有芽孢,菌落颜色为乳白色.分离菌株WSHB04-02的16SrDNA全序列分析表明,该菌株与Bacillussubtilus具有99%的相似性,并与其他13株产碱性果胶酶菌株的16SrDNA结果进行同源性分析,并构建系统发育树.发现菌株WSHB04-02在不含果胶类物质与Mg2 的培养基上能高产碱性果胶酶,在优化的培养条件下,碱性果胶酶的酶活达到34U/mL,在国内还未见报道.图6表2参15     

1,2,4-三氯苯矿化菌的鉴定与功能分析

采用同位素示踪法从氯苯污染土壤中筛选到能高效降解1,2,4-三氯苯(1,2,4-TCB)为CO₂的细菌E3和F2,根据其表型特征、16S rDNA序列和荧光原位杂交(FISH)分析,鉴定E3和F2为博德特氏菌（Bordetella sp.）.E3和F2的16S rDNA序列相似性为100%;它们与菌株Bordetella sp. QJ2-5同源性最高,与Bordetella petrii(GDH030510)最接近,同源性分别为100%和99.4%.E3和F2能在含1,2,4-TCB的无机盐培养基中彻底降解1,2,4-TCB生成CO₂,30 d降解率达到90%以上,其中58%和46%矿化为CO₂,同时形成一定量的微生物生物量.     

酸性矿山废水区域废矿石中真核生物多样性分析

采集安徽某铁矿酸性矿山废水库周边的废矿石样品,分析了样品的主要物化参数,进而利用分子生物学方法,构建真核生物18S rDNA克隆文库,对样品中的真核生物多样性和群落结构进行了研究.结果表明,该区域呈现强酸性,pH均在3以下,Fe、SO2-4、P、NO-3-N含量都显示同一个趋势,即裸露的废矿石样品PD和1M的含量高于有植被覆盖的样品LW和XC.4个样品含有子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)、球囊菌门(Glomeromycota)和节肢动物门(Arthropoda)这4类真核生物.其中球囊菌门可以与植物形成绝对共生关系,是早期植物适应陆地环境的关键.包含球囊菌门的样品LW和XC,有植被保护,其生物多样性比裸露的废矿石样品PD和1M的生物多样性更丰富.此外,还发现样品中存在很多对极低pH、重金属有耐受力的菌种,如Penicillium purpurogenum、Chaetothyriales sp.、Staninwardia suttonii等.     

一株反硝化细菌的鉴定、功能基因检测及其反硝化特性

采用富集培养和BTB(溴百里酚蓝)平板法从活性污泥中分离出一株高效的反硝化菌ADH1。结合16S rDNA系统发育分析结果和生理生化反应,将该菌鉴定为施氏假单胞菌(Pseudomonas stutzeri),经检测该菌株中存在反硝化功能基因nirS和nosZ,并由此推知其具备完整的反硝化酶系。通过这两种功能基因的系统发育分析,从另一角度证实了菌株ADH1属于Pseudomonas sp.。反硝化特性研究结果表明,在静置条件下,该菌在16 h内对NO3--N的转化率达到96.1%,其中84.7%的NO3--N完全经反硝化作用从培养液中去除,剩余的则被菌体同化吸收;而在150 r/min的振荡培养条件下,该菌在10 h对NO3--N的转化率高达97.8%,TN去除率也超过40%。研究结果表明菌株ADH1可能是一株有着良好应用前景的高效好氧反硝化细菌。     

再生水湿地香蒲根内生细菌群落多样性及其水质特征分析

以北京白河人工湿地再生水补水河段香蒲根为研究对象,采用16S rDNA克隆文库技术对香蒲根内生细菌群落多样性进行分析,得出该克隆文库包括4大类群细菌,最优势类群为变形杆菌门Proteobacteria,其中包括Gammaproteobacteria、Betaproteobacteria、Epsilonproteobacteria、Alphaproteobacteria;其次为厚壁菌门Firmicutes、疣微菌门Verrucomicrobia、拟杆菌门Bacteroidetes;另外还包括部分非培养未确定种属的细菌.结合研究区再生水排放口与湿地下游水质数据,得出TN、TP、NO₃^-去除率达到了42.15%、47.34%、28.56%,表明湿地对再生水中的TN、TP、NO₃^-具有明显去除机制,说明香蒲根内生细菌克隆文库中菌株与湿地氮、磷等生物地球循环关系密切.     

16SrDNA克隆文库方法分析MDAT-IAT同步脱氮除磷系统细菌多样性研究

采用分子生物学手段16S rDNA克隆文库方法对高效同步脱氮除磷系统MDAT-IAT(modified demand aerationtank-intermit aerationtank)的IAT池中的细菌进行了多样性研究.从16S rDNA克隆文库中随机挑选59个克隆子进行序列测定(约500bp),对测序结果进行了BLAST比对.结果表明,MDAT-IAT系统中IAT池的细菌群落具有高度多样性,有55个克隆子分属6个不同的细菌类群,3个克隆子属于未知类群,优势细菌类群为Proteobacteria类群(变形菌类群),占55.17%;细菌类群优势顺序为γ-Proteobacteria类群(34.48%)、Bacteroidetes类群(似杆菌类群,20.69%)、β-Proteobacteria类群(12.07%)、Candidate division TM7类群(12.07%)、α-Proteobacteria类群(5.17%)、δ-Proteobacteria类群(3.45%)、Firmicutes类群(厚壁菌类群,3.45%)、Candidate division OP11类群(1.72%)、Planctomycetes类群(浮霉状菌类群,1.72%).用clustalx软件从测序的58个克隆子中选出32个OTU进行系统发育分析,同样表明IAT池的细菌多样性较强.     

基于多个扩增子的DNA metabarcoding技术探究黄海微型真核浮游植物多样性

微型真核浮游植物是海洋生态系统中能量流动和物质循环的关键环节,对维持海洋生态系统的稳定发挥着关键的作用.本研究首次应用DNA metabarcoding技术探讨黄海微型真核浮游植物的物种组成及多样性,对比分析ITS、18S r DNA V4和18S r DNA V9扩增子条件下微型真核浮游植物的群落结构及多样性水平,并探讨了其多样性与温度、盐度的响应关系.结果表明:①基于ITS扩增子获得的微型真核浮游植物中绿藻门所占比例较高,而基于18S r DNA V4和18S r DNA V9扩增子获得的甲藻门相对丰度较高.②基于18S r DNA V9扩增子获得的微型真核浮游植物的ACE、Chao1、Shannon和Simpson指数较ITS和18S r DNA V4扩增子更高,而且其门、纲、目和科的数目较高.③黄海微型真核浮游植物的Shannon指数与温度呈现出显著正相关的关系(P 0. 01),而与盐度呈现出显著负相关的关系(P 0. 05).本研究通过对比不同扩增子条件下黄海微型真核浮游植物的群落结构及丰度特征,丰富了黄海微型真核浮游植物的认识,可为今后该海域微型真核浮游植物的生态学研究、生物多样性监测、生物资源动态变化及持续开发生产等方面的分析提供科学依据.     

全程自养脱氮系统中氨氧化菌关键种群的变迁

全程自养脱氮是在高铵氮低溶氧条件下完全由自养菌群作用而将水中氮素脱除的现象。特异性扩增16SrDNA上的氨氧化菌特异的CTO基因片段,建立克隆文库并进行系统发育学分析,考察全程自养脱氮系统菌群驯化及退化过程中氨氧化菌的结构组成和其中关键种群的变迁,结果表明:在驯化过程中Nitrosospira属细菌和Nitrosomonas oligotropha细菌逐渐被能够耐受高氨氮低溶氧的Nitrosomonas europaea细菌所代替,后者可能是全程自养脱氮系统氨氧化步骤的主要参与者,而氨氧化菌的菌群演变可能并不是后来系统退化的原因。     

百草枯对巨桉人工幼林土壤细菌多样性的影响

为了解百草枯对土壤微生物多样性的影响过程和时效,在施加百草枯后第0、1、2、4、8、15、31d动态采集四川盆地典型巨桉人工幼林表层土壤,采用PCR-DGGE方法研究了细菌群落多样性特征.结果表明,施加百草枯后第1d土壤细菌丰富度显著降低,但在第2d明显增加,随后在第4d和第8d出现一个降低的过程,直至第15d降至最低点,在第31d又显著增加.施用百草枯后明显降低了土壤细菌群落Shannon-Wiener指数,但增加了Simpson指数,表明百草枯的施加可使部分细菌减少或丧失,土壤细菌群落结构表现出较高的优势度和较低的丰富度.通过对优势条带的克隆测序,鞘脂杆菌科(Sphingobacteriaceae)和酸杆菌纲(Acidobacteria)普遍存在于施加百草枯前后的不同阶段,而施加百草枯后第1d伯克氏菌目(Burkholderiales)和γ-变形菌纲(Gamma-proteobacteria)条带消失,随后均在第2、4和8d出现,但15d后伯克氏菌目、α-变形菌纲(Alpha-proteobacteria)和γ-变形菌纲条带消失,第31dγ-变形菌纲条带仍然缺失.这些结果为更清晰地认识百草枯对土壤微生物的影响提供了基础数据.