一种未见报道过的厌氧氨氧化微生物的鉴定及其活性分析

采用完全混合连续流反应器,以硝化污泥为种泥进行厌养氨氧化微生物的富集培养,在培养的第40 d就具有了明显的厌氧氨氧化活性,在200d时活性达到2160 mg·g-1·d-1(NH4 -N,以VSS计).采用分子生物学手段对培养得到的微生物进行鉴定,确定其为一种尚未被报道的可进行厌氧氨氧化反应的细菌.实验证明培养得到的厌氧氨氧化微生物是以NO2--N为电子受体进行反应,NO3--N不能直接被该厌氧氨氧化微生物利用;反应的适宜pH范围为7～8左右;无机碳源对其厌氧氨氧化活性有很大的影响,在缺少无机碳源时活性几乎被完全抑制.     

1株反硝化除磷菌的鉴定及其反硝化功能基因研究

研究反硝化除磷菌(denitrifying polyphosphate-accumulating organism,DPAO)的筛选、鉴定及反硝化功能基因.利用反硝化培养基分离得到菌株ZQN2,经好氧吸磷试验,硝酸盐还原产气试验并辅助异染颗粒和PHB颗粒染色,确定其为反硝化除磷菌.厌氧释磷/缺氧吸磷试验结果表明,菌株ZQN2在厌氧段释磷并合成PHB(poly-β-hydroxybutyrate),在缺氧段以NO3-为电子受体氧化PHB并过量吸磷,进行了同步反硝化除磷.对菌株ZQN2进行16S rRNA基因序列分析,并构建系统进化树,结果表明该菌株与GenBank数据库中多株Bacillus cereus菌株16S rRNA基因的同源性在99%以上.结合生理生化检测,判断菌株ZQN2为蜡状芽胞杆菌(Bacillus cereus).对其反硝化功能基因的研究表明,菌株ZQN2为nirS+和nirK-型,从分子生物学角度确认其具有反硝化功能;菌株ZQN2的nirS序列的系统发育分析结果表明,其nirS序列与多株Pseadomonas aeruginosa的亲缘关系最接近,这与基于16S rRNA的系统发育分析的结果不一致.     

现代分子生物学技术在动物肠道微生物多样性研究中的应用

现代分子生物技术的蓬勃发展解决了不可培养微生物研究的难题,使得肠道微生物的研究进入一个新的阶段.本文主要介绍了基于16SrRNA的分子分析技术,包括DGGE(变性梯度凝胶电泳),TGGE(温度梯度凝胶电泳),SSCP(单链构象多态性),RFLP(限制性片段长度多态性)等肠道微生物研究工作中常用的分子生物学技术方法、适用范围及可能的发展方向,为动物肠道微生物区系的进一步研究及开发应用提供帮助.表1参42     

氯酚的生物降解特性及其微生物的16SrRNA基因序列分析

从受氯代有机物污染的土壤中富集分离到对2、4-二氯酚具有高效降解能力的微生物混合菌群。实验表明，降解1mol二氯酚可以定量释放出2mol的氯离子，在生物流化床反应器中，以聚胺酯泡沫块为固定化载体吸附固定化微生物，进行了连续降解氯酚的实验研究，当水力停留时间为24h，二氯酚的初始浓度为30μmol／L时，二氯酚的去除率均在90％以上，利用平板划线法从混合微生物菌群中分离到可以利用二氯酚为唯一碳源和能源的纯种微生物，16SrRNA基因序列分析结果表明，该微生物为Rhodococcus属。     

Characterization of depth-related microbial communities in lake sediment by denaturing gradient gel electrophoresis of amplified 16S rRNA fragments

The characterization of microbial communities of different depth sediment samples was examined by a culture-independent method and compared with physicochemical parameters, those are organic matter （OM）, total nitrogen （TN）, total phosphorus （TP）, pH and redox potential （Eh）. Total genomic DNA was extracted from samples derived from different depths. After they were amplified with the GC-341 f/907r primer sets of partial bacterial 16S rRNA genes, the products were separated by denaturing gradient gel electrophoresis （DGGE）. The profile of DGGE fingerprints of different depth sediment samples revealed that the community structure remained relatively stable along the entire 45 cm sediment core, however, principal-component analysis of DGGE patterns revealed that at greater sediment depths, successional shifts in community structure were evident. The principle coordinates analysis suggested that the bacterial communities along the sediment core could be separated into two groups, which were located 0-20 cm and 21-45 cm, respectively. The sequencing dominant bands demonstrated that the major phylogenetic groups identified by DGGE belonged to Bacillus, Bacterium, Brevibacillus, Exiguobacterium, γ-Proteobacterium, Acinetobacter sp. and some uncultured or unidentified bacteria. The results indicated the existence of highly diverse bacterial community in the lake sediment core.     

基于甲烷氧化菌的城镇污水厂尾水极限脱氮系统构建及机制

好氧甲烷耦合反硝化(AME-D)在城镇污水厂尾水深度脱氮方面具有巨大的应用潜力,研究采用改良型反硝化生物滤池,利用低浓度甲烷构建出AME-D极限脱氮系统.研究发现该系统在间歇式运行方式下,出水中总氮和氨氮的平均浓度能达到1.05 mg·L^-1和0.54 mg·L^-1,其平均去除率分别为94.77%和93.30%.拉曼光谱分析结果显示,由NO^-₃对称伸缩引起的峰明显消失,由醇COH面外弯曲或C—H面外弯曲振动吸收引起峰明显增强,甲烷被氧化形成的中间产物可能主要为醇类物质. 16S rRNA基因测序结果表明,系统中的甲烷氧化菌主要为Methylocystis(0.27%)、Methylosarcina(0.10%)和Methyloparacoccus(0.12%),反硝化菌主要为Pseudomonas(56.92%)、Paenibacillus(3.52%)和Lysinibacillus(3.00%),硝化菌主要为Nitrospira(0.1%),说明AME-D极限脱氮系统的脱氮功能是由好氧甲烷氧化菌、...     

稀土矿废弃地植被恢复过程中土壤微生物演变

以福建长汀典型离子型稀土矿堆浸冶炼废弃地作为研究对象，采取"空间代时间"的方法，对堆浸废弃地不同植物恢复年限样地土壤理化性质及微生物进行调查测定，分析植物恢复对稀土矿堆浸废弃地土壤理化特性及微生物的影响.结果表明：在植被恢复第3a和4a土壤理化性质显著高于未治理废弃地，但仍显著低于矿区周边未开采对照（P<0.05）.植被恢复年4a以后，长汀稀土矿废弃地土壤理化性质则呈下降趋势，但仍显著高于未治理废弃地（P<0.05）.长汀稀土矿堆浸废弃地不同植被恢复年限土壤细菌丰度及多样存在一定差异.随植被恢复年限的增加，土壤细菌多样性及丰度降低，但一些特殊细菌群如γ-变形菌纲（Gammaproteobacteria）、a-变形杆菌纲（Alphaproteobacteria）、酸杆菌门（Acidobacteria）、蓝藻菌门（Cyanobacteria）等在不同植被恢复年限样地中其相对丰度明显增加.具有固氮作用的蓝藻菌门（Cyanobacteria）随着植被恢复年限的增加，其相对丰度降低.广古菌门（Euryarchaeota）仅存在于未开采对照样地；土壤寡营养细菌酸杆菌门（Acidobacteria）随植被恢复年限的增加，相对丰度呈增大趋势.土壤中优势菌群广古菌门（Euryarchaeota）、厚壁菌门（Firmicutes）、β-变形菌门（Proteobacteria）、Methanobacterium属、罗尔斯通菌属（Ralstonia）与土壤pH、全磷、全钾、速效磷等呈正相关.土壤pH值、全磷、全钾等是影响广古菌门（Euryarchaeota）、厚壁菌门（Firmicutes）等细菌菌群多样性及相对丰度变化的重要因素.以上结果表明，离子型稀土矿堆浸废弃地植被恢复治理到3~4a时，应采取防治措施对其进行人工抚育管理，否则可能会出现前期恢复后期退化的问题.     

黄芪根瘤菌CA8561和JL84的部分16S rRNA基因序列的测定

报导了黄芪根瘤菌ＣＡ８５６１和ＪＬ８４的部分１６Ｓ ｒＲＮＡ基因序列，测算了它们与已知根瘤菌、茎瘤菌各属模式种之间的遗传距离。结果表明，ＣＡ８５６１和ＪＬ８４均具有独立的进化路线，充分显示了黄芪根瘤菌的遗传多样性。     

一株芽孢杆菌在低氮源浓度培养基中的生长与氨氮去除特性

对菌株YB3进行了16S rRNA基因序列进化分析,并分别以NH_4Cl、NaNO_2、NaNO_3、尿素和蛋白胨为单一氮源,配制了5种低氮源浓度培养基,研究YB3在与养殖水体相近营养水平条件下的生长与氨氮去除特性.结果显示,菌株YB3属于蜡样芽孢杆菌(Bacullis cereus),在5种培养基中均能够生长,菌悬液(吸光度OD600为1.0)接种量为1.0%(v/v)时,OD600由0.010增长到0.100~0.117.在NH_4Cl培养基中,YB3的氨氮去除速率为1.23 mg·L~(-1)·d~(-1),去除率为93.5%.在尿素、蛋白胨等有机氮源培养基中,YB3将首先导致氨氮的积累,累积倍数分别为51.69和3.38,之后开始去除,去除速率为1.56和0.29 mg·L~(-1)·d~(-1),去除率为93.7%和26.8%.结果也表明,提高YB3接种量至8.0%(v/v),可以使蛋白胨培养基氨氮累积倍数下降至2.02,去除速率提高至1.07 mg·L~(-1)·d~(-1),去除率最终达到98.4%.NaNO_2和NaNO_3培养基中均未检测到氨氮,而NH_4Cl、尿素和蛋白胨培养基中也未检测到NO_2~--N和NO_3~--N,表明YB3的硝化、亚硝化和反硝化作用均不强烈,去除氨氮的同时将不会造成NO_2~--N和NO_3~--N等的大量积累.本文为菌株YB3在养殖水体调控与净化中的应用研究提供了实验基础和理论支持.     

Microbial methylation of mercury in the water-level fluctuation zone of the Three Gorges Reservoir, China

正Methylmercury(MeHg)is an organic form of the global pollutant mercury(Hg)which readily accumulates in fish tissue.A majority of Hg methylation is a result of microbial activity and the abundance of inorganic Hg within the water reservoirs(Eckley et al.,2017).Compared to natural lakes and rivers,reservoirs have elevated Hg levels from the decomposition of recently flooded organic material which promote Hg