水葫芦内生细菌脂肪酸生物标记特性研究（Characteristics of PLFA Biomarkers for the Endophyte Bacteria inside Eichhornia crassipe（Mart.）Solms）

应用基于微生物细胞脂肪酸成分鉴定的全自动微生物鉴定系统,鉴定水葫芦内生细菌25株,分属15个属.共检测到27个脂肪酸生物标记(PLFAs),这些生物标记分为4种类型,即(1)高频次分布:在25株细菌中出现13～22次,属于细菌总体类群(general)的生物标记.(2)中频次分布:在25株细菌中出现5～7次,可以用于代表细菌属类群(genus)识别生物标记.(3)低频次分布:在细菌中的分布概率较小,可以用于指示特定细菌种间差异的生物标记.(4)微频次分布:仅在一种细菌种类出现,是细菌种(species)特征生物标记.利用脂肪酸生物标记分析同属细菌不同种的差异,可将微杆菌属分为2类,第1类包括菌株9Microbacterium barkeri和11Microbacterium imperiale,这两个菌株17:0ISO和14:0ISO的脂肪酸生物标记含量均为0.第2类包括10Microbacterium esteraromaticum、12Microbacterium lacticum和13Microbacterium liquefaciens,这3个菌株均含有17:0ISO脂肪酸生物标记而区别于第一类菌株.利用脂肪酸生物标记的差异对25株内生细菌进行聚类分析,可将水葫芦内生细菌类群分为4类.不同植物内生菌群落中存在着特异的生物标记,利用特征脂肪酸生物标记的分析方法,分析水葫芦内生细菌的群体特性,对于植物内生菌微生物群落的研究具有重要意义.     

茄子植物内生细菌群落结构与多样性

采用平板分离纯化不同来源地茄子健株和青枯病株内生细菌,利用细菌脂肪酸鉴定技术进行鉴定.共获得内生细菌18属28种,健株共分离到内生细菌15属23种,含量为5.96×105CFU·g-1.病株分离到内生细菌14属16种,含量为3.191×108CFU·g-,其中青枯雷尔氏菌含量为3.187×108CFU·g-.根部分离到的内生细菌最多,其次为茎部,叶部最少.不同种植地来源的茄子健株内生细菌的种类数量有较大差异,来自晋江的健株分离到13属17种,来自东洋的健株分离到7属9种,而来自福清的健株仅分离到3属4种.来自晋江的植株内生细菌的SIMPSON(D)优势度指数和SHANNON(H1)多样性指数分别为0.963 2和3.572 5,均高于来自东洋植株(D:0.9444,H1:2.725 5)和福清植株(D:0.833 3,H1:1.5).而均匀度则以来自东洋植株最高(0.970 8),来自晋江和福清的植株分别为0.9654和0.9464.不同生长环境下不同生长状态的茄子植株内生细菌群落结构与多样性存在较大的差异.该研究对于通过微生物标记植物生长的生态环境具有重要的实验意义,对于科学说明生防机理具有重要作用.     

养猪微生物发酵床垫料细菌多样性分析

为揭示养猪微生物发酵床垫料细菌群落的多样性,明确发酵程度对垫料细菌群落结构的影响.本研究基于高通量测序技术分析了微生物发酵床3个发酵等级垫料的细菌群落特征.测序共获得1198467条序列,包括33个门、73纲、272科,600属的细菌,发酵床垫料细菌多样性与发酵等级相关.其中中度发酵垫料细菌数量最多,深度发酵垫料细菌种类最多.拟杆菌门、变形菌门、放线菌门和厚壁菌门是优势菌类群.随着发酵等级的增加,垫料中的葡萄球菌科和皮杆菌科细菌含量减少,说明发酵床可以抑制致病菌,保护养殖健康.在3个发酵阶段,微生物发酵床中起主要降解作用的细菌不同.在轻度发酵时期,黄单胞杆菌科和间孢囊菌科细菌是主要的降解菌群;在中度发酵时期,变形菌门的腐螺旋菌科、拟杆菌门的黄杆菌科、放线菌门的棒状杆菌科和异常球菌-栖热菌门的特吕珀菌科起主要降解作用;在深度发酵时期,厚壁菌门梭菌目瘤胃菌科、拟杆菌门的紫单胞杆菌科、变形菌门的产碱菌科和假单胞菌科起降解作用.随着垫料等级的增加,粪便中的指示菌——瘤胃菌含量增加,可作为垫料更换的信号.PICRUSt分析显示随着发酵等级增加,细菌代谢水平下降.本研究可为发酵床猪粪的生物降解提供理论依据,同时为发酵床垫料的管理与维护提供参考.