外来入侵物种的基因签名及其遗传多样性聚类分析

密码子的使用频率分布能够反映一定的生物特性，因而可作为一种基因签名。本文使用CGR方法来研究外来入侵物种不同组织序列的基因签名及遗传多样性聚类分析，首先得出了刺花莲子草(Alternanthera pungens)，紫茎泽兰(Ageratina adenophora)，水葫芦(Eichhornia crassipes)，微甘菊(Mikania micrantha)，土荆芥(Chenopodium ambrosioides)，一枝黄花(Solidago canadensis)等6种外来入侵植物的31条序列核苷酸字串长k=1到k=6的情况，并选取k=3，即基因序列的密码子，作为生物特性的一个重要表达。并且构造序列间的CGR欧式距离，进而对外来入侵植物序列遗传多样性进行了聚类分析。通过对所获得的6种外来入侵植物的31条序列的基因签名，得出如下结果：CGR是一种简便且计算量小的方法，且基于CGR方法的基因签名，具有典型的生物特性；入侵植物的基因序列在密码子的使用上是非均衡的，且物种亲缘关系近的，则基因签名相似越高；而且基因签名也揭示出了密码子的第三位碱基偏好使用碱基T的现象，与一般物种密码子第三位碱基偏好G/C情况有强烈反差。此外，从获得的6个物种的31条序列聚类谱系图可以直观看出，入侵植物间存在着一定的亲缘关系，遗传多样性较丰富。由于我们所建立的基于CGR方法的基因签名，不仅能够反映植物特性和进化关系，而且能揭示序列中密码子和碱基的偏好使用情况，因而该方法有利于对外来入侵物种的遗传多样性分析、风险评估及预防控制等提供科学依据。

Genomic signature and cluster analysis of genetic diversity of alien invasive species