陆地棉SPL基因家族的全基因组鉴定及表达分析

利用生物信息学方法对陆地棉SPL基因家族进行了全基因组鉴定,共鉴定到30个家族成员,对它们的理化性质、亚细胞定位和二级结构进行了预测分析,并构建了陆地棉SPL基因的系统进化树。研究表明:陆地棉中SPL基因编码氨基酸的数量为141～1081,平均为527.9,相对分子质量介于16.11～119.59 kDa,等电点为5.25～9.88;二级结构主要元件为无规则卷曲,系统发育分析发现其分为6个亚群,结合基因结构和保守基序发现SPL基因高度保守;组织表达模式表明,有9个基因在各组织中的表达量很高,其中Ghir_(_)D08G004350在花瓣中高表达。探讨了SPL基因家族在主要栽培种陆地棉中的进化及功能,为SPL基因克隆及后续重要的生物学功能研究提供借鉴与参考。

Genome-wide Identification and Expression Analysis of Squamosa Promoter-binding Protein-like(SPL) Gene Family in G.hirsutum