产毒微囊藻基因型及胞内外毒素含量的SVM预测

根据2021年5-8月淡水养殖池塘3个平行位点逐月实测数据，文章构建了基于支持向量机（SVM）的产毒微囊藻SNP/InDel基因型及胞内外毒素含量的预测模型。分析了各水化指标与产毒微囊藻6种基因型及胞内外毒素含量的相关系数，对原始数据归一化，以径向基函数为核函数，通过5折交叉验证确定模型最优参数，建立了用水化指标预测产毒微囊藻6种基因型的6个模型，以及用水化指标、6种基因型预测胞内外毒素含量的2个模型。结果表明：每项水化指标都至少与1种产毒微囊藻基因型或1项毒素含量的相关系数大于0.3。在8个预测模型中，对训练集预测的均方误差均小于0.07，对训练集预测的决定系数均大于0.9，平均的测试集均方误差为0.054。可见，利用SVM预测养殖池塘中产毒微囊藻SNP/InDel基因型及胞内外毒素含量是可行的,且精度较高。