龙眼SnRKs家族全基因组鉴定、进化特性及其在龙眼体胚发生早期的表达模式 |
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引用本文: | 刘蒲东,张舒婷,申序,苏炳茜,张梓浩,陈裕坤,林玉玲,陈振光,赖钟雄.龙眼SnRKs家族全基因组鉴定、进化特性及其在龙眼体胚发生早期的表达模式[J].应用与环境生物学报,2022(2):473-484. |
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作者姓名: | 刘蒲东 张舒婷 申序 苏炳茜 张梓浩 陈裕坤 林玉玲 陈振光 赖钟雄 |
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作者单位: | 福建农林大学园艺植物生物工程研究所 |
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基金项目: | 国家自然科学基金项目(31572088); |
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摘 要: | 植物蔗糖非发酵-1相关蛋白激酶(sucrose non-fermenting-1-related protein kinase,SnRK)在细胞代谢及响应渗透胁迫过程中起着关键作用.基于第三代基因组对龙眼SnRKs(DlSnRKs)家族进行全基因组鉴定及命名,对成员理化性质、亚细胞定位、系统发育进化树、蛋白互作、染色体定位、保守基序与基因结构、全基因组共线性及启动子顺式作用元件进行预测分析,并结合转录组数据分析DlSnRKs在龙眼体胚发育3个阶段胚性愈伤组织(EC)、不完全胚性紧实结构(ICpEC)、球形胚(GE)]的表达模式.结果显示,DlSnRKs家族共28个成员.系统发育进化树分析发现DlSnRKs家族成员分布于3个亚组中.染色体定位分析发现28个成员定位在10条染色体中.蛋白互作预测分析发现DlSnRKs家族存在复杂的蛋白互作关系.蛋白保守基序分析发现各亚组成员motif分布相似性与保守性并存.对DlSnRKs家族成员的基因结构进行分析,发现其内含子数目在0-14之间.启动子顺式作用元件分析发现各成员启动子区包含光、激素、生长发育及胁迫等响应元件.全基因组共线性分析发现有8个...
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关 键 词: | 龙眼 SnRKs 全基因组鉴定 进化特性 表达模式 |
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