四川盆地大豆根瘤内生细菌的分离鉴定及促生效果

以四川盆地大豆根瘤为材料,采用划线法分离内生细菌、16S rDNA PCR-RFLP分析其遗传多样性,并结合菌株促生特性和盆栽试验筛选优良促生菌.从分离获得的130株内生细菌中选取了40株细菌作为供试菌株,16S rDNA序列表明分属于芽孢杆菌属(Bacillus)、肠杆菌属(Enterobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、中华根瘤菌属(Sinorhizobium)和慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium).以大豆为供试作物筛选出了12株具有促生能力的细菌,所有菌株均能分泌吲哚-3-乙酸(IAA),浓度达到0.353-32.404μg/mL;7株能产铁载体,活性单位为7.35%-34.31%;有11株具有溶磷能力,溶磷量达到4.26-10.6μg/mL;6株具有固氮能力.接种12株供试菌株后,玉米的农艺性状、植株全氮和全磷含量均优于单施化肥处理,其中菌株DA16-5效果最好,表现出良好的促生潜力.综上,四川盆地大豆根瘤内生菌遗传多样性丰富并且普遍具有促生能力,是重要的生物资源.     

一株聚丁二酸丁二醇酯降解菌的分离鉴定

以聚丁二酸丁二醇酯（PBS）为唯一碳源,通过滤纸片法对西安郊区土壤中可有效降解PBS聚合物的微生物进行分离,并成功获得一株降解效果最为明显的细菌菌株,其在30 d内可使PBS聚合物的数均分子量降低19.80%。采用生理生化实验以及16S rDNA序列对比分析对该菌株进行了鉴定。结果表明,该菌株的生理生化特征与铜绿假单胞菌属相似,且其16SrDNA序列与Pseudomonas aeruginosa 39016 contig 00492的核苷酸序列同源性达99%,结合生理、生化指标鉴定结果,进一步确定该菌株为铜绿假单胞菌（Pseudanonas aeruginosa）。该菌株的分离鉴定为进一步研究PBS聚合物的生物降解特性及机理等奠定了基础。     

一株菲降解菌的分离鉴定及其降解条件研究

以菲为研究对象,从克拉玛依稠油污染土壤中筛选到1株对菲具有较好降解效果的菌株JZ3-21。通过形态观察、生理生化指标及16S rDNA序列分析对该菌株进行了鉴定。该株菌的16S rDNA序列与Pseudomonas属的相似性达99%,结合分离菌株的形态、生理生化特征和16S rDNA基因序列的分析结果,初步鉴定该菌株为恶臭假单胞菌（Pseudomonas putida.）。对其降解条件进行了研究,结果表明：在40℃,pH 8.0,接种量为1.5%的条件下,菌株对初始质量浓度为100 mg.L-1的菲在64 h内的降解率高达94.2%。该菌对高质量浓度菲有较好的耐受性,其最高耐受质量浓度可达2 000 mg.L-1。     

一株抗青枯假单胞菌放线菌的筛选、鉴定及发酵条件优化

从河南中牟土壤中筛选出一株对青枯假单胞菌(Pseudomonas solanacearum)有较强拮抗作用的放线菌ZM-16,它对几种常见病原细菌和真菌都有较强的抑制效果,其发酵液抗菌谱较广.通过菌株形态特征、培养特性、生理生化特性、化学特征研究以及16SrRNA序列分析,初步确定菌株ZM-16为链霉菌属的抗生链霉菌(Streptomyces antibioticus).通过发酵优化实验,确定该菌株的最佳发酵配方为:蔗糖8%、大豆粉5%、NaNO31%、NaCl0.2%、CaCO30.4%、K2HPO40.08%;最佳发酵条件为:发酵培养基初始pH值7.0,30℃,恒温摇床200r/min,培养6d,抑菌效果最好.     

不同生境产脂肪酶菌株的筛选及多样性

为发掘不同特性脂肪酶微生物资源,采用纯培养方法从青海高寒草地、雅安山区、成都平原分离得到产脂肪酶菌株54株.通过对菌株的DNA进行ERIC-PCR指纹图谱分析,按聚类树划分为5个操作分类单元.16S rDNA序列测定和聚类分析显示,分离菌株分布于芽孢杆菌属(Bacillus)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、假单胞菌属(Pseudomonas)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、肠杆菌属(Enterobacter).多样性分析表明,与青海高寒草地、雅安山区相比,成都平原产脂肪酶菌株遗传多样性更为丰富.在54株菌中都出现了300 bp和1 300 bp两个特异且稳定出现的条带,这两个特异条带可能是产脂肪酶菌株的SCAR标记条带.     

航天器AIT厂房环境中嗜极微生物的筛选与鉴定

航天器组装、集成与测试厂房(AIT厂房)是航天器携带微生物的重要环境来源之一.在深空探测过程中,来自航天器AIT厂房环境中的嗜极微生物可能会对地外星球环境造成正向污染.通过低温(4℃)、一定强度的紫外辐射(Ultraviolet,UVC波段)等筛选条件,应用细菌16S rRNA序列分析,对我国某AIT厂房环境中的耐冷微生物和耐辐射微生物进行筛选与分离鉴定.从AIT厂房环境中共筛选出16株嗜极微生物,包括9株耐辐射微生物和7株耐冷微生物.耐辐射微生物分别属于7个属,其中芽孢杆菌属(Bacillus)和微球菌属(Micrococcus)各2株,土地芽孢杆菌属(Terribacillus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、考克氏菌属(Kocuria)、奇球菌属(Deinococcus)和甲基杆菌属(Methylobacterium)各1株.耐冷微生物分别属于6个属,其中马赛菌属(Massilia)2株,芽孢杆菌属(Bacillus)、节杆菌属(Arthrobacter)、不动杆菌属(Acinetobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)和嗜冷杆菌属(Psychrobacter)各1株.本研究表明AIT厂房内存在一定数量的耐冷和耐辐射微生物,其发现对于我国深空探测任务中继续开展行星保护重点微生物的识别,并针对性地开发空间微生物防控技术和制定操作规范均具有重要意义.(图4表5参31)     

海南东寨港红树林聚磷菌的筛选及其特性

海南东寨港红树林自然保护区生态环境与聚磷菌的聚磷过程好氧-厌氧交替环境高度一致.为获得高效聚磷菌,本研究随机采集该区域134份淤泥样品,通过BCIP蓝白斑筛选法、异染颗粒和PHB颗粒染色以及测定聚磷能力相结合的方法进行筛选.总共获得185株初筛菌株,其中42株菌的聚磷能力达20%以上,最高可达69.5%,有效聚磷菌株分离率为22.7%.利用Biolog微生物鉴定系统和16S r RNA基因序列分析鉴定菌株,发现所筛聚磷菌多为不动杆菌属(Acinetobacter),也有芽孢杆菌属(Bacillus)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)和假单孢菌属(Pseudomonas),并且表现出一定的差异性.本研究表明东寨港红树林具有丰富的聚磷微生物资源,可为修复磷富营养化水体恢复生态平衡提供有效的候选菌种.(图3表3参28)     

甲苯降解菌JB-1的分离、鉴定与降解特性

从南京石化废水处理池的活性污泥中分离到1株能以甲苯为唯一碳源生长的细菌,命名为JB-1.根据其生理生化特征和16SrDNA(GenBank Accession No. EU869278)序列相似性分析,将该菌株鉴定为假单胞菌属(Pseudomonas sp.).该菌株在18h内能完全降解346.4mg/L的甲苯.降解甲苯的最适温度为30℃,pH为7.0,降解速率与初始接种量呈正相关.甲苯降解途径是通过甲苯双加氧酶形成顺甲苯二氢二醇,再经邻苯二酚2,3双加氧酶开环降解.     

石油降解菌株G5 16S rDNA全序列的系统学分析

用PCR方法扩增了一株石油降解菌株G5的16S rRNA基因全序列，并对其进行了克隆和测序．对该序列在GenBank中的BLAST结果表明，所有与该序列高度同源的序列都是假单胞菌的16S rRNA基因．其中假单胞菌的代表菌株Pseudomonas aeruginosa，P．fluoroscens，P .putida，P.syringae的16S rRNA基因序列与G5的16S rRNA基因序列同源性分别为93．4％，98．4％，96．3％，97．5％．对G5和其他39株假单胞菌的16S rRNA基因序列进行聚类分析，获得的系统发育树与RDP(Ribosomal Database Project)报道的系统发育树基本一致，其中菌株G5与5株P．chlororaphis聚类在一起．图2参7     

基于高通量测序和传统分离研究雪茄外包皮表面细菌多样性及演替

细菌在烟叶发酵过程中起着重要作用,为探索烟叶的发酵机理,采用Illumina miseq高通量测序技术(Highthroughput sequencing,HTS)和传统微生物分离方法,对墨西哥不同发酵时期雪茄外包皮表面细菌群落结构、丰富度及演替进行研究.(1)HTS获得有效序列条数514 641条,包含65个OTUs,主要种属为棒状杆菌属(Corynebacterium)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、不动杆菌属(Acinetobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、芽孢杆菌属(Bacillus)等.HTS结果表明,墨西哥雪茄外包皮表面细菌群落组成丰富,细菌群落结构随发酵进程而变化,优势微生物由棒状杆菌属(44.64%)和假单胞菌属(40.88%)演替为后期的葡萄球菌属(72.78%).α多样性结果表明FJQY-1和FJQY-2样品的细菌群落具有较高的丰富度.β多样性分析发现FJQY-2、FJQY-3和FJQY-4三个样品细菌结构及丰度较为相似.(2)传统分离结果显示,不同发酵时期雪茄外包皮表面细菌主要为芽孢杆菌属(55.10%)和葡萄球菌属(22.45%),与HTS结果比较,单一传统分离方法不能全面反映不同时期雪茄外包皮表面细菌群落结构和演替.本研究表明,在不同发酵时期,雪茄外包皮表面细菌发生着群落演替;HTS测序在揭示微生物群落演替中发挥了重要作用;传统微生物分离鉴定方法不能全面反映微生物多样性及群落演替,但能获得发酵过程中的部分微生物用于后期功能研究.     

耐热石油烃降解混合菌的筛选及其群落结构分析

对克拉玛依采集的部分石油污染土壤进行了筛选,得到了5组石油烃高效降解混合菌,其中混合菌KL9-1在45℃的条件下,通过7 d的降解,稀油的降解率达到43.27%,稠油的降解率达到20.09%。混合菌KL9-1经过多次分离纯化后,获得3株具有石油烃降解能力的优势单菌,3株单菌对稀油的降解率都在30%以上。结合分离单菌株的形态、生理生化特征和16S rDNA基因序列的分析结果,初步鉴定KL9-1-1为Pseudomonas putida,KL9-1-2和KL9-1-3为Pseudomonas sp.。     

苯酚降解菌UW7的鉴定及对苯酚的降解作用

从焦化厂污水处理曝气池泥样中分离出具有降解苯酚能力的UW7菌株,根据形态、生理生化性状初步鉴定为不动杆菌属(Acinetobacter).该菌16S rRNA基因序列(在GenBank中的登录号为GU083586)与多株鲁氏不动杆菌(A.lowffii)的相似性在99%以上.结合形态、生理生化特性,鉴定UW7菌株为鲁氏不动杆菌(A.lowffii UW7),该种细菌具有降解苯酚的特性尚未见报道.该菌株降解苯酚的最适温度为30℃,最适生长pH 7.0,对2.5 g/L浓度的苯酚能够有效降解,对3.5～4.0 g/L浓度的苯酚有较强的耐受能力,是处理高浓度苯酚废水的良好菌种资源.     

硅酸盐细菌解钾兼拮抗活性菌株的筛选

从紫色土壤中分离筛选出具有解钾拮抗双重活性的硅酸盐细菌CS1和CS29菌株。接菌处理，其水溶性钾分别增加75％和65％，转化率达0．82％和0．72％。两株菌对革兰氏阳性的蜡样芽孢杆菌，金黄色葡萄球菌，藤黄八叠球菌等和革兰氏阴性的大肠杆菌均有较强的抑菌活性。筛选菌株中91．2％具有解钾活性，但拮抗活性菌株只占总数的11．6％，表明二性状之间无相关关系。表4参7     

硝基苯降解菌的分离鉴定及降解特性

从化工厂污水处理池污泥中分离到一株能高效降解硝基苯的菌株XY-1,通过形态观察、生理生化特征和16SrDNA序列同源性分析,将该菌株鉴定为假单胞菌属(Pseudomonas sp.).该菌株能以硝基苯为唯一碳源、氮源和能源生长,硝基苯初始浓度为200 mg/L时,20 h降解率可达97%.该菌在温度25～35℃、pH 7.0～9.0范围内均能高效降解硝基苯,并且对对氯硝基苯、对氯苯胺也有良好的降解效果.测序分析表明,克隆到了该菌中的硝基苯还原酶基因,推测该菌的降解途径是硝基苯部分还原途径.图6参19     

含油废水中一株高效油脂降解菌的筛选和鉴定

从中国海洋大学餐厅下水道废水中分离、筛选获得9株具有油脂降解能力的菌株。菌株ss-11油脂降解能力最强,在初始筛选条件下其降解率达47.29%。对ss-11的降解条件进行初步研究,结果表明,在初始豆油量为1.0mL·L-1,初始pH为7.5,摇床转速为140r·min-1,37℃下培养72h,该菌的油脂降解率达87.55%。通过菌落形态、生理生化特征、16SrDNA序列系统发育分析,将其鉴定为产酸克雷伯氏菌（Klebsiell aoxytoca）。     

Characteristics of culturable endophytic bacteria of Xanthoceras sorbifolia Bunge with tumor roots北大核心CSCD

Xanthoceras sorbifolia Bunge with tumor roots was discovered, and the endophytic bacteria that were isolated from the tumor roots were purified and identified. This paper aimed to study the characteristics of endophytic bacteria. The CAS detection plate, Salkowski colorimetry, phosphate solubilizing circle, and molybdenum antimony spectrophotometry were used to analyze endophytic bacteria ability, which produced siderophores, secreted indole-3-acetic acid (IAA), and dissolved phosphorus. Strains were isolated from the tumor roots through morphological and molecular identification, and they were named XSB1-XSB9, of which 6 strains belonged to Bacillus sp., 2 strains belonged to Brevibacillus sp., and 1 strain belonged to Pseudomonas sp. All 9 strains produced siderophores; strains XSB3, XSB4, XSB8, and XSB9 were extremely high yielding, and strains XSB5 and XSB6 were high yielding. The strains with high yields were XSB3, XSB4, XSB5, XSB6, XSB8, and XSB9 and accounted for 66.7% of the tested strains. Nine strains secreted IAA; the concentration of IAA secreted by the strains that contained tryptophan was between 15-50 mg/L, and the concentration of IAA secreted by the one strain without tryptophan was between 10-35 mg/L. The IAA ability of the XSB2, XSB3, XSB4, XSB5, and XSB9 strains were significantly different (P < 0.05) after adding tryptophan. These results indicate that the synthesis of IAA may be the tryptophan synthesis pathway where tryptophan is used as a precursor. All 9 strains had some ability to dissolve phosphorus. The concentration of phosphate in the solubilizing strains, XSB1, XSB2, XSB4, and XSB5, were significantly higher than that in the other strains (P < 0.01), and the concentration of phosphate solubilizing was between 50-90 mg/L; the ability to dissolve phosphate was increased by 19-29 times. The XSB4 and XSB5 strains, which produced siderophores, secreted IAA and had a strong capacity to dissolve phosphorus, may be candidate strains for promoting growth. This research provides the foundation for the development and utilization of rhizosphere microbes to understand the resistance mechanisms and cultivation level of X. sorbifolia. © 2018 Science Press. All rights reserved.     

乙羧氟草醚降解菌Reudomonas sp.YF1的分离、鉴定与降解特性

从生产乙羧氟草醚工厂的污水处理池污泥中分离到一株乙羧氟草醚降解细菌,命名为YF1.根据表型特征、生理生化特性和16S rDNA序列系统发育分析,将其鉴定为假单胞菌属(Pseudomonas sp.).接种量为5%时,菌株YF1在含200 mg/L乙羧氟草醚的基础盐液体培养基中降解乙羧氟草醚,7 d后降解率约80%.加大接种量和外加营养碳氮源可以促进乙羧氟草醚的降解.该菌株降解乙羧氟草醚的最适pH为7.0,最适温度为30℃.菌株YF1能利用苯酚、邻苯二酚、对苯二酚、苯甲酸、龙胆酸、对硝基苯酚和邻氯苯酚为底物生长,不能利用3-苯氧基苯甲酸为碳源生长,菌株YF1细胞内邻苯二酚1,2-双加氧酶受到乙羧氟草醚或其代谢产物的诱导.图5表1参25     

好氧反硝化菌种DF2的分离鉴定及生理生化特性分析

分离了新型的高效反硝化细菌并研究其生物脱氮效率。通过观察形态学、生理生化鉴定和16SrRNA基因同源分析来鉴定菌种,致力于研究微生物污水脱氮处理的实际效果和克服反硝化过程中有害中间产物的积累。利用BTB培养基从水平潜流人工湿地基质中初步筛选出了9株平板阳性菌,革兰阴阳性均有。经试验研究发现该9种菌株在好氧条件下均具有一定的脱氮能力,其中以DF2和DF3 2种菌株脱氮能力最为显著,在3 d时间内NOX--N去除率达到了95%以上,NO2--N仅有微量积累;而其它7种菌株对NO3--N的去除率可以达到98%以上,但是NO2--N积累比较严重,积累量达到了NO3--N去除的50%~70%左右。经测序分析鉴定DF2和DF3分别属于德克斯氏菌属（Derxia）和假单胞菌属（Pseudomonadaceae）。德克斯氏菌属作为除氮的反硝化菌属在以往的研究中鲜有报道,该菌在好氧条件下可以合成周质NAR的亚基基因（napA）。     

好氧异养硝化菌Acinetobacter sp.YY-5的分离鉴定及脱氮机理

通过异养硝化培养基获得一株高效脱氮细菌,并通过形态学特征、生理生化反应及16S rDNA同源性比较对筛得菌株进行了鉴定;分别以NO3--N和NO2--N为唯一氮源,通过对脱氮过程中各种含氮代谢物的定量及对脱氮相关基因氨单加氧酶基因(amoA)、羟胺氧化酶基因(hao)、周质硝酸盐还原酶亚基基因(napA)的扩增及测序比较,对该菌株的生理途径及脱氮机理进行了研究.结果表明,高效脱氮细菌YY-5不能发生好氧反硝化,但能在3 d内将氨氮由95.23 mg/L降解至1.29 mg/L,降解率达妻98.6%,同时未发现亚硝酸盐氮、硝酸盐氮积累;对该菌主要代谢气体产物进行检测,发现CO2和N2明显增多,无N2O生成;经鉴定,初步判定该菌为不动杆菌属,命名为Acinetobacter sp.YY-5;从该菌基因组中均能扩增出amoA、hao、napA等基因,其中napA与hao基因与已报道的napA与hao基因进行Blaster较,发现具有较大差别.图6表3参15