Epigenetic effect of long-term bisphenol A exposure on human breast adenocarcinoma cells

In this research, epigenetic effects of bisphenol A (BPA) on human breast cancer MCF-7 cells were analyzed. Genome-wide DNA methylation and gene expression were analyzed in MCF-7 cells exposed to BPA (10^?5 and 10^?6 mol/L for 5 weeks). No significant changes in the global level of 5-methyl-2′-deoxycytidine and 5-hydroxymethyl-2′-deoxycytidine were observed. DNA methylation profiling analysis indicated that BPA exposure resulted in the hypermethylation of FOXK2, LKB1, LMX1A and CUGBP2 and the hypomethylation of PTPRN2, TRIM27, BCAS3 and ZNF423. Decreased expression of apoptosis genes (P38 and BCL2L1) and increased expression of chemokine (Cxcl2 and ccl20) were detected. Changes of these genes were speculated to affect the ERα-related cell growth as well as cell apoptosis.     

佳乐麝香对萝卜种子发芽及DNA损伤的生态毒理影响

由于佳乐麝香(HHCB)被广泛应用于日用化工产品中,被持续不断地释放到环境中,所产生的生态风险已引起越来越多的重视。为探究HHCB的生态毒性效应,在水培条件下考察了不同浓度HHCB对萝卜的表观生长指标(发芽率、根伸长抑制率、芽伸长抑制率)和基于随机引物扩增多态性(RAPD)图谱的根尖DNA损伤状况。研究结果显示:低剂量(≤25 mg·L~(-1))胁迫对萝卜发芽无显著影响(P0.05);高剂量(≥50 mg·L~(-1))胁迫可以显著抑制萝卜发芽率(P0.05)。萝卜的根长和芽长抑制率随HHCB浓度增加而呈上升趋势,且根伸长对HHCB胁迫较芽伸长更敏感,更适宜指示HHCB对植物的生态毒性效应。萝卜根尖基因组DNA的RAPD分析结果表明:大于或等于5 mg·L~(-1)的HHCB即可明显导致萝卜根尖基因组DNA损伤,且随着HHCB浓度的升高,根尖基因组DNA含量呈线性降低,DNA多态率增加,基因组模板稳定性(GTS)减小,遗传相似性变远。这表明较低剂量的HHCB胁迫就能够导致萝卜根尖基因组DNA损伤,且随浓度升高而损伤严重。因此,利用RAPD技术获得的萝卜DNA多态性变化可作为检测HHCB遗传毒性效应的敏感生物标记物,为化学品污染生态毒理早期诊断提供科学依据。     

基于eDNA技术的渭河浮游动物多样性及关键种生态位特征

环境DNA（eDNA）技术作为水生态系统生物多样性监测的新手段,能够从微观角度对生物群落结构特征进行分析.基于渭河干流eDNA浮游动物OTUs分类信息数据及水环境参数,采用多样性指数、非度量多维尺度分析、聚类分析和关联网络分析等方法,探究了浮游动物的多样性和群落结构变化特征,揭示了关键种的生态位分化及其环境适应性.结果表明,浮游动物群落在物种组成、丰度、多样性和空间异质性方面均存在显著差异（P<0.01）.Chao1指数、ACE指数、Shannon指数和Simpson指数的均值分别为22.25、22.38、2.32和0.68,下游生物多样性明显高于上游.群落中的关键种与其他物种间连接度较高,具有高节点度、中心性和模块化特征.关键种（类）的OTUs生态位宽度B_i变化范围为0.38~0.80,中生态位种类占全部关键种（类）的63%,生态位重叠程度总体较高.水环境要素与浮游动物群落结构和生态位变化密切相关,其中总氮和水温是其主要限制因子,对浮游动物群落结构变化具有重要影响.     

不同类型植物凋落物参与下炼锌废渣对斑马鱼抗氧化酶和神经毒性的影响

为评价矿山生态修复过程中植物凋落物参与下炼锌废渣体系浸出液对水生生物抗氧化酶和神经毒性的影响,通过模拟添加不同类型代表性修复植物（三叶草、刺槐、构树和法国梧桐）凋落物处理黔西北土法炼锌废渣,检测在不同处理废渣浸出液中暴露28 d斑马鱼（Danio rerio）组织中超氧化物歧化酶（SOD）、过氧化氢酶（CAT）、丙二醛（MDA）和乙酰胆碱酯酶（AChE）的变化,以及红细胞DNA的损伤情况.结果表明,无凋落物组在28 d时SOD和CAT活性受到显著抑制,而添加凋落物组抗氧化酶活性在实验期间无明显规律,基本维持在正常水平;在实验期间,无凋落物组MDA含量显著升高,并在28 d时含量最高,凋落物组MDA含量并无明显升高,仅刺槐组在暴露后期（28 d）时显著高于空白组.随暴露时间延长,各处理组对斑马鱼脑AChE活性表现为先诱导后抑制的作用,并在28 d时受抑制程度明显加强.无凋落物组在28 d时DNA发生明显偏移,而添加凋落物处理后,Olive尾矩（OTM）明显缩短.综上,添加凋落物可明显降低废渣浸出液对斑马鱼抗氧化系统损伤和遗传毒性,其中阔叶高蛋白乔木构树凋落物可以显著降低炼锌废渣生态风险,可作为废渣污染控制的有机改良剂.因此,在开展金属冶炼废渣堆场生态修复过程中选取合适的植物种类及其凋落物对加速冶炼废渣生态修复进程及有效降低废渣污染物的生态风险具有重要意义.     

不同浓度Cd~(2+)对鲤鱼基因组DNA的影响

鲤鱼(建鲤品种)幼鱼暴露于4个浓度组(0.005、0.05、0.5、5mg/L)的镉离子(Cd~(2+))2d,期间各组的个体均无死亡.用10个RAPD引物对处理后鲤鱼基因组进行扩增,亦未发现有明显的差异扩增条带.但在用甲基化敏感扩增多态性方法研究暴露后鲤鱼肌肉组织的基因组DNA甲基化的变化时发现,5mg/L的Cd~(2+)在d2会使鲤鱼基因组DNA中CCGG区域甲基化发生明显的变化.该组个体1mol后出现大量死亡.另外,0.05mg/L和0.5mg/L Cd~(2+)组个体基因组DNA中CCGG区域甲基化比例2d内略有下降,甲基化位点没有太大改变.说明鲤鱼幼鱼基因组CCGG区域的胞嘧啶甲基化比例在不同浓度Cd~(2+)处理中都比较稳定.低浓度Cd~(2+)条件下鲤鱼主要通过甲基化区域的微调减少Cd~(2+)的生理毒性.高浓度Cd~(2+)处理下,利于基因组DNA甲基化区域发生相当的变化,可能导致一些沉默基因的异常表达.图2表2参31     

氨氮对中华绒螯蟹仔蟹肝组织RNA/DNA及肝细胞结构的影响

以中华绒螯蟹（Eriocheir sinesis）仔蟹为研究对象。采用静水试验法,温度在20℃左右,用氨氮与过滤海水分设5个质量浓度组（2.04、6.35、9.04、11.75和19.13 mg.L-1）,同时以过滤海水为对照组（氨氮质量浓度为0.30 mg.L-1）,每一个质量浓度组设3个平行样本,对中华绒螯蟹仔蟹进行6 d胁迫试验。每2 d观察仔蟹的蜕壳情况,并分别于实验后的2、4和6 d取仔蟹肝组织样,应用激光共聚焦技术分析测定RNA/DNA荧光相素比,同时用透射电镜观察6 d后,最高浓度组和对照组仔蟹肝细胞结构的变化情况。试验结果表明;对于氨氮的胁迫,仔蟹的变态率随染毒浓度的增高而降低,同时变态蜕壳的时间也会产生延迟现象。氨氮的胁迫会引起仔蟹的肝组织细胞内的DNA和RNA的质量分数逐渐降低,导致RNA/DNA比率的不断下降。在高质量浓度氨氮的胁迫下,使得仔蟹肝细胞线粒体部分解体、胞质空泡化和染色质浓缩、转运泡数量增多,体积增大,细胞出现许多空泡和微绒毛消失等一系列的损伤变化。破坏了仔蟹自身机能正常的代谢和生长水平。     

Development of pretreatment protocol for DNA extraction from biofilm attached to biologic activated carbon (BAC) granules

The biologic activated carbon (BAC) process is widely used in drinking water treatments. A comprehensive molecular analysis of the microbial community structure provides very helpful data to improve the reactor performance. However, the bottleneck of deoxyribonucleic acid (DNA) extraction from BAC attached biofilm has to be solved since the conventional procedure was unsuccessful due to firm biomass attachment and adsorption capacity of the BAC granules. In this study, five pretreatments were compared, and adding skim milk followed by ultrasonic vibration was proven to be the optimal choice. This protocol was further tested using the vertical BAC samples from the full-scale biofilter of Pinghu Water Plant. The results showed the DNA yielded a range of 40 μg·g^-1 BAC (dry weight) to over 100 μg·g^-1 BAC (dry weight), which were consistent with the biomass distribution. All results suggested that the final protocol could produce qualified genomic DNA as a template from the BAC filter for downstream molecular biology researches.     

基于环境DNA宏条形码的太湖流域底栖动物监测与生态健康评价

大型底栖动物是生态环境监测和评估的主要目标生物类群之一。环境DNA宏条形码技术的发展为提高底栖动物多样性监测的通量、精准性、标准化程度提供了新的机遇,但该方法在我国尚未有流域尺度的应用先例,其结果的可靠性和对生态环境健康状况的指示性有待检验。率先将环境DNA宏条形码技术用于太湖流域65个点位的底栖动物监测和流域生态健康评价,并与同步进行的形态学监测结果进行了比较。结果表明:①环境DNA方法能检出更多的底栖动物类群,在科、属、种水平上检出的分类单元数分别是形态学监测结果的106%、132%、155%;②基于环境DNA技术的检测方法能够很好地识别形态学监测结果中的优势物种,检出的科级、属级分类阶元能够覆盖形态学监测结果中90%以上的生物量和个体数,同时包含60%以上的物种数;③两种方法对同一物种的检出频次显著相关(R²>0.7,P<0.0001),总体检出一致率达72.3%;④在底栖动物完整性指数(B-IBI)方面,环境DNA方法与形态学方法的计算结果显著相关(R²=0.235,P<0.0001),94%的点位的B-IBI等级划分误差在1级以内,且两种方法的计算结果在底栖动物完整性的流域空间格局描绘上高度重合。综上所述,环境DNA宏条形码技术在太湖流域底栖动物群落监测和评价中的整体应用结果表明,环境DNA监测方法结果可靠,将其进一步规模化应用有望显著提高我国水生态系统生物监测结果的准确性和生态健康评价的技术水平。     

Damage to DNA of effective microorganisms by heavy metals: Impact on wastewater treatment

The research is to test the damage to DNA of effective microorganisms(EMs)by heavy metal ions As3+,Cd2+,Cr3+,Cu2+,Hg2+, Pb2+,and Zn2+,as well as the effects of EM bacteria on wastewater treatment capability when their DNA is damaged.The approach applied in this study is to test with COMET assay the damage of EM DNA in wastewater with different concentrations of heavy metal ions As3+,Cd2+,Cr3+,Cu2+,Hg2+,Pb2+,Zn2+,as well as the effects of EM treated with As3+,Cd2+,Cr3+,Cu2+,Hg2+,Pb2+,and Zn2+ on COD degradin...     

重金属污染土壤接种丛枝菌根真菌对蚕豆毒性的影响

采用盆栽实验的方法,研究了重金属（包括Cu、Zn、Pb和Cd）复合污染和接种丛枝菌根真菌（arbuscular mycorrhizal fungi,AMF）Glomus mosseae对蚕豆（Vicia faba）生长及DNA损伤的影响。结果表明,虽然接种菌根真菌对蚕豆生物量的影响并不显著,但是却显著影响植物对重金属的吸收,接种菌根真菌对蚕豆吸收4种重金属元素的作用有差异。采用单细胞凝胶电泳（single cell gel electrophoresis,SCGE）法研究接种菌根真菌对蚕豆叶片的DNA损伤的影响,与重金属吸收的结果相吻合。结果表明,接种处理可显著增加蚕豆叶片的DNA损伤程度,这与接种处理可提高植物的重金属吸收相一致。