亚硝态氮胁迫下菲律宾蛤仔实时定量P CR内参基因的筛选

为了更好地从基因角度研究亚硝态氮对贝类的生态毒性,需要筛选一个合适的内参基因作为参考,对其毒性相关基因进行定量表达分析。本研究以菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)作为研究对象,以亚硝态氮胁迫的鳃组织cDNA作为模板,利用geNorm软件和NormFinder软件对6个候选内参基因进行表达稳定性分析,并对2个结果做了综合赋权分析。结果显示,geNorm分析的基因表达稳定性结果为ActinCyPAEF1αUbi18STubu,NormFinder软件分析的结果为ActinUbiCyPAEF1α18STubu,最后经加权赋值法综合分析获得6个候选基因的表达稳定性为ActinCyPAUbiEF1α18STubu,即Actin为表达最稳定的基因。因此,Actin可以作为衡量亚硝态氮胁迫后菲律宾蛤仔鳃组织中基因表达的内参基因。     

海绵体上具有抗肿瘤活性的细菌B2817的分离与鉴定

建立了镰刀菌-细胞毒组合筛选模型,并运用该模型对232株从海绵体上分离出的细菌进行筛选,得到4株抗肿瘤活性较好的细菌.经活性检测,发现菌株B2817的发酵液在稀释100倍时对人肝癌细胞SMMC-7721、人鼻咽癌细胞CNE和小鼠肉瘤细胞S180的抑制率分别为92%、90%和95%,而对正常的人肝细胞的抑制率仅为8%.经多相分类学鉴定,发现B2817是弧菌属中一个种,与弧菌属中的产气弧菌Vibriogazogenes亲缘关系最近,但两者在形态、生理生化特征、分子遗传等方面存在很大差异,故认为B2817可能是弧菌属的一株未被认识的新种.图1表3参9     

氨氮胁迫下菲律宾蛤仔肝胰腺内参基因的筛选

利用荧光定量PCR技术对目标基因进行转录水平分析,选择合适的内参基因作为对照是其前提条件.随着氨氮胁迫菲律宾蛤仔毒性效应的深入研究,需要准确评价氨氮对蛤仔肝胰腺组织基因表达的影响.然而,不同浓度氨氮条件下的菲律宾蛤仔肝胰腺组织的内参基因的筛选尚未报道.本研究以2种不同氨氮浓度暴露菲律宾蛤仔14 d的肝胰腺组织cDNA为qRT-PCR的模板,利用geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件评估β-肌动蛋白(Actin)、延伸因子1-α(EF-1α)、β-微管蛋白(Tubu)、18S核糖体RNA(18S)、泛素(Ubi)和亲环蛋白A(CyPA)6个内参基因的表达稳定性.结果表明,肝胰腺组织中备选内参基因的表达稳定性依次为:Actin>18S>CyPA>Ubi>Tubu>EF-1α,即Actin为表达最稳定的内参基因.本研究为进一步分析氨氮胁迫下菲律宾蛤仔肝胰腺组织的基因表达情况,提供了可靠的内参基因.     

氨态氮对菲律宾蛤仔毒理机制研究的内参基因筛选

为了准确和系统地分析NH_3-N对菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)毒性的分子机制,并对相关基因的转录组学数据进行验证,利用ge Norm和Normfinder这2种软件,以暴露30 d中不同时间点的鳃组织c DNA为模板,从18S r RNA(18S)、beta-actin(Actin)、beta-tubulin(Tubu)、elongation factor 1-alpha(EF1α)、cyclophilin A(Cy PA)、Ubiquitin(Ub)等6个备选管家基因中,筛选可以稳定表达的内参基因,作为转录组学分析的内参基因。以稀释50倍的鳃组织c DNA模板作为检测模板,ge Norm软件分析获得6对备选内参基因的表达稳定性依次为:EF1αCy PAActinTubuUb18S,较优内参为EF1α和Cy PA;Norm Finder软件分析获得6对备选内参基因的表达稳定性为:EF1αActinTubuCy PAUb18S,最优内参基因为EF1α。为了验证上述筛选结果,分别以EF1α和Cy PA作为内参基因研究unigene1的表达趋势,发现以EF1α为内参基因时,unigene1的q RT-PCR的表达趋势与其转录组表达倍数的变化趋势一致。因此确定NH_3-N暴露菲律宾蛤仔后,鳃组织中表达最为稳定的内参基因为EF1α。