南海高效石油降解菌的筛选及降解特性研究

以南海10个采样点采集到的样品为研究材料,以石油降解率为筛选依据,初筛获得52株石油降解菌,从中进一步筛选出6株对石油烃有降解能力的细菌,通过16S rRNA序列分析对筛选得到的6株菌进行初步鉴定,并使用GC-MS内标法测定降解产物,对降解菌的降解特性进行进一步研究.结果表明,采用重量法筛选出来的6株细菌对石油的降解率为20%～55%.与Genbank中的16S rRNA基因序列BLAST对比结果显示,所筛选出的6株菌株中,3株菌株属于芽孢杆菌属(Bacillus),2株菌株属于假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas),1株属于交替单胞菌属(Alteromonas).降解特性分析表明,所筛选6株菌的烷烃降解率均在40%以上,多环芳烃降解率均在70%以上,其中,菌株B08500m-3对石油中总烷烃和总芳香烃的降解效果较好,降解率分别为75%和87%.     

抚顺西露天油页岩可培养微生物的分离与鉴定

为了解油页岩中可培养微生物的多样性,利用稀释平板培养法对我国抚顺盆地西露天组油页岩中可培养微生物进行分离纯化,并对所获菌株进行16S rDNA(细菌)和rDNA ITS(真菌)序列测定和系统发育树分析.以营养琼脂培养基分离到8株细菌,以马铃薯葡萄糖琼脂培养基分离到4株真菌.16S rDNA序列测定结果表明细菌菌株属于芽孢杆菌属(Bacillus),赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus),短杆菌属(Brevibacillus),类芽胞杆菌属(Paenibacillus)和红球菌属(Rhodococcus); rDNA ITS序列测定结果显示真菌菌株分别属于芽枝霉属(Cladosporium),曲霉属(Aspergillus),犁头霉属(Absidia)和正青霉属(Eupenicillium). 2株细菌(ZK4和ZK5)能够在以油页岩为唯一碳源和氮源的固体培养基上连续生长5代以上,且长势良好, 可作为油页岩生物转化的潜力菌株进行深入研究.     

群体感应淬灭菌的分离及其膜污染控制性能

通过淬灭细菌的群体感应系统来抑制生物膜形成、防止膜生物污染的方法近年来受到广泛关注.本实验从实际运行污水处理厂活性污泥中分离出5株具有群体感应淬灭功能的菌株,其中菌株HG10对信号分子N-乙酰高丝氨酸环内酯(C6-HSL)分解能力最强.经16S rRNA基因序列比对,初步鉴定为蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus).用海藻酸钠将菌株HG10进行包埋固定,以探究其在膜过滤系统中对膜污染防治的效果.结果表明,经过8 d培养,添加细菌包埋珠(SA-HG10)的实验组B中膜通量为181.29 L·(m~2·h)~(-1),未投加包埋珠的对照组A膜通量为110.64 L·(m~2·h)~(-1),B组膜通量比A组高出63.86%;对微滤膜片上生物膜中EPS含量测定表明,实验组B中EPS多糖和蛋白质含量较对照组A分别减少了29%和48%,疏水性蛋白质含量的大量减少是造成膜污染减弱的主要原因;膜表面胞外聚合物(EPS)总含量减少了43%,表明投放SA-HG10细菌包埋珠对过滤膜片上生物膜形成具有明显抑制作用,改善了膜过滤性能.     

一株溶藻细菌的溶藻特性及其鉴定

从海绵固定化微生物系统中分离获得1株溶藻细菌P15,对其溶解铜绿微囊藻(Microcystisaeruginosa)、栅藻(Scenedesmus)及小球藻(Chlorella)的效果、溶藻方式进行了研究,并利用16SrDNA序列分析法进行了鉴定.结果表明,初始菌浓度大于2.4×10⁷个/mL时,P15菌具有理想的溶藻效果,48h后铜绿微囊藻去除率可达到65.84%,栅藻及小球藻也能很好地去除.P15菌革兰氏染色阳性,可运动;能利用乳酸胺等32种常见碳源.P15菌株与多株红球菌的16SrDNA核苷酸序列的同源性均在99.7%以上,归属于红球菌属.     

亚磷酸盐降解微生物的筛选、鉴定和降解特性

从太湖底泥中筛选出一株能够利用亚磷酸盐(+3价)的细菌P1.通过生理生化实验及16S rDNA基因序列分析鉴定,P1菌与所有已知菌的同源性都很低,属于未知的新菌株.P1菌的最适培养条件为:pH6.5~7.0、温度30℃.P1菌能以亚磷酸盐为唯一磷源生长,在60~100mg P/L的初始亚磷酸盐培养条件下,100mgP/L的亚磷酸盐培养基中亚磷酸盐减少量最大(11%),培养基中生成正磷酸盐的比例最高1.6%.初始亚磷酸盐浓度越低,碱性磷酸酶(BAP)活性越高,60mgP/L的亚磷酸盐培养基中BAP的最高活性为1.86mol PNP/(L菌液·h).P1菌可能通过BAP将亚磷酸盐转化成生物体内所需的磷源.     

小麦根际优势菌对畜禽用抗生素的敏感性研究

文章通过培养的方法分析了小麦根际微生物的群落结构以及对常用畜禽用抗生素的敏感性,研究结果表明,小麦根际土壤微生物总数为5.251×108cfu/g,其中细菌占绝对优势,占总菌数的99.04%,放线菌占0.09%,真菌占0.06%。从中分离出10株优势细菌,经过分子生物学鉴定均与芽孢杆菌属(Bacillus)亲缘关系较近。这10株优势菌对土霉素和四环素的敏感性研究结果表明,大部分菌株对土霉素的敏感性高于四环素,不同的菌株对同一种抗生素的敏感性差异较大。10株菌对土霉素的敏感浓度在10～100μg/L之间,对四环素的敏感浓度在100～500μg/L之间。     

北极海洋沉积物反硝化细菌的多样性分析

中国北方地区冬季污水的生物处理存在着处理不彻底、效率低和出水水质难以达标等难题。根据菌落形态特征,利用反硝化细菌培养基对26个站位的北极海洋沉积物进行富集培养,且纯化菌株,获得了克隆到16S rRNA基因有效序列的菌株达59株;基于16S r RNA基因的相似性分析与系统发育研究结果表明,分离的菌株属于细菌域,门、纲、目、科、属、种的数量分别是3、4、8、13、16和23,γ-Proteobacteria占比例最大(57.63%);得到1株菌的16S rRNA基因序列的相似性最高为96.44%,可能为新种。大部分菌株(95%)的温度和耐NaCl浓度的生长范围分别为0～30℃和0～6.0%,能利用多种碳源生长,并且具有产胞外水解酶的能力;利用简并引物从菌株Pseudomonas sp. C22-DN-54、Pseudomonas sp. P13-DN-7、Marinobacter sp. P12-DN-1和Pseudomonas sp. E24-DN-52克隆到了亚硝酸盐还原酶基因(nir S)。该研究将为北方寒冷地区的低温污水生物处理提供新的菌种资源。     

甾体雌激素废水中优势降解菌的分离及特性

从某避孕药生产厂污水处理站好氧池活性污泥中通过富集驯化,分离到一株降解甾体雌激素(3-甲氧基-17a羟基-1,3,5(10),8(9)-雌甾-4-烯,简称MHE)的细菌ZY3菌株.经形态及16SrDNA序列分析初步鉴定,该菌株属于Raoultella属(Raoultellasp.).经过对ZY3菌株以MHE为唯一碳源生长和降解特性的分析表明,ZY3菌株利用MHE生长的最适温度和pH值分别为35℃和10.0,72h内的最适降解浓度为10mg/L.加入营养物质麦芽糖和蛋白胨能促进菌株对底物的降解,在72h内降解率达到了87%和85%.     

污染土壤中菲降解菌的分离鉴定及其降解能力

利用水-硅油双相系统富集培养和平板升华方法,从被多环芳烃(PAHs)污染的表层土壤中筛选分离得到10株能利用菲为唯一碳源和能源生长的菌株. 这10株菌在无机盐培养基中10 d内对初始质量浓度为50 mg/L的菲的去除率为27.6%～55.3%,其中一些菌株混合可提高或降低菲的去除率;通过形态观察、生理生化指标测定及分子生物学分析(16S rDNA)等方法对其中3株具有较高降解能力的菌株(分别定名为PE0402-5,PE0902-1和PE1501-1)进行鉴定. 这3株菌的16S rDNA序列分别与Gordonia,Mycobacterium以及Azospirillum 3个属的相似性达100%,99%和99%. 结合分离菌株的形态、生理生化特征和16S rDNA基因序列的分析结果,初步鉴定菌株PE0402-5为戈登氏菌(Gordonia sp.),PE0902-1为分枝杆菌(Mycobacterium sp.),PE1501-1为固氮螺菌(Azospirillum sp.).      

玉门油田污染荒漠土壤石油降解菌多样性

为探索石油污染荒漠土壤石油降解微生物多样性、筛选高效石油降解菌,采用涂布平板法从石油污染荒漠土壤分离具有石油降解能力细菌,采用细菌形态观察和16S rRNA基因序列分析其多样性,并设计特异性引物,对分离细菌降解相关基因进行检测.结果表明,分离的37株细菌分别属于放线菌纲(Actinobacteria)、γ变形菌纲(Gammaproteobacteria)、β变形菌纲(Betaproteobacteria)、芽孢杆菌纲(Bacilli)和α变形菌纲(Alphaproteobacteria),分别占35.14%、32.43%、13.51%、13.51%、5.41%,归属于21个属的34个种类.优势菌属为假单胞菌属(Pseudomonas)、红球菌属(Rhodococcus)、微球菌属(Micrococcus)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、无色杆菌属(Achromobacter)和葡萄球菌属(Staphylococcus),占总数的51.35%,其中有36株细菌能以石油为唯一碳源稳定生长,对原油有明显的降解能力.在石油质量浓度为1 500 mg/L的基础培养基中,菌株YM43在培养7 d后对石油的降解率达55.47%,另有8株细菌的降解率不低于30.55%,11株细菌的降解率介于10.05%~28.37%,18株细菌的降解率不高于8.05%. PCR检测表明,有25株细菌含有烷烃单加氧酶基因,6株含芳烃双加氧酶基因,6株含联苯双加氧酶基因,4株含萘双加氧酶基因,3株含甲苯双加氧酶基因,2株含邻苯二酚双加氧酶基因.研究显示,石油污染荒漠土壤中可培养细菌具有高度多样性,分离的菌株有较强的石油降解能力,其降解功能与所存在的降解基因有关.      

基于MLST鄱阳湖微囊藻的遗传多样性及其系统发育

为了研究鄱阳湖微囊藻的遗传多样性及其系统发育关系，基于7个管家基因（ftsZ、glnA、gltX、gyrB、pgi、recA和tpi），建立了一个多位点序列分型（MLST）方法.对来自鄱阳湖的20株微囊藻分离株进行MLST研究，并构建本地微囊藻MLST基因库.结果表明：这20株藻株具有20种独特的序列型（STs），揭示了微囊藻高水平的遗传多样性（H=0.986）.基于7个MLST位点串联序列的系统发育分析显示，微囊藻藻株序列型可分为5个不同的组.与之前日本湖泊研究的237个STs共建的系统发育树比对表明，本研究的STs形成了独立的分枝.该结果说明不同地区的微囊藻是相对稳定的，因此可以用MLST进行明确的表征.     

中国东南沿海四株亚历山大藻的系统发育研究

通过核糖体基因大亚基(LSU rDNA)D1-D2区以及ITS序列分析,研究了采自于中国东南沿海的4株亚历山大藻(Alexandrium Halim)的系统发育.结果显示,本地的亚历山大藻与来自日本和韩国的藻株亲缘关系很近;而且通过构建系统发育树,发现本地亚历山大藻与东亚藻株聚成一个大族.与东亚藻株在rDNA序列上的高相似性也说明本地株亚历山大藻属于温带亚洲基因型,而从欧美传入的机会较小.结果同时显示,塔玛亚历山大藻(A. tamarense)与链状亚历山大藻(A. catenella)LUS和ITS序列相近,可能在遗传学上是同一种类.     

Taxonomy of oxalotrophic <Emphasis Type="Italic">Methylobacterium</Emphasis> strains

Most of the oxalotrophic bacteria are facultative methylotrophs and play important ecological roles in soil fertility and cycling of elements. This study gives a detailed picture of the taxonomy and diversity of these bacteria and provides new information about the taxonomical variability within the genus Methylobacterium. Twelve mesophilic, pink-pigmented, and facultatively methylotrophic oxalate-oxidizing strains were included in this work that had been previously isolated from the soil and some plant tissues by the potassium oxalate enrichment method. The isolates were characterized using biochemical tests, cellular lipid profiles, spectral characteristics of carotenoid pigments, G+C content of the DNA, and 16S rDNA sequencing. The taxonomic similarities among the strains were analyzed using the simple matching (S _SM) and Jaccard (S _J) coefficients, and the UPGMA clustering algorithm. The phylogenetic position of the strains was inferred by the neighbor-joining method on the basis of the 16S rDNA sequences. All isolates were Gram-negative, facultatively methylotrophic, oxidase and catalase positive, and required no growth factors. Based on the results of numerical taxonomy, the strains formed four closely related clusters sharing ≥85% similarity. Analysis of the 16S rDNA sequences demonstrated that oxalotrophic, pink-pigmented, and facultatively methylotrophic strains could be identified as members of the genus Methylobacterium. Except for M. variabile and M. aquaticum, all of the Methylobacterium type strains tested had the ability of oxalate utilization. Our results indicate that the capability of oxalate utilization seems to be an uncommon trait and could be used as a valuable taxonomic criterion for differentiation of Methylobacterium species.     

利用16s rDNA方法检测刺参消化道细菌种类

以2007年7月采自大连瓦房店养殖厂的刺参为实验材料,通过对刺参肠道中的细菌16s rDNA V3区基因进行扩增、克隆测序及序列同源性分析,对其种类进行初步研究。本研究测序获得11条16s rDNA V3区基因序列,并进行Blast同源比对,确定序列同源性,分析出11种细菌,三种梭菌属(Clostridium)细菌,两种为假单胞菌属细菌(Pseudomonas),一种产丙酸菌属细菌(Propionigenium),一种为金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus),有六种细菌分别与4种不可培养的未命名细菌同源,并根据测序结果建立系统发生树。本研究提供了一种检测海洋微生物的方法,为刺参病害诊断提供科学依据,为海洋微生物资源的开发和新种的发现提供了资料。     

可培养细菌多样性及抗辐射-抗氧化相关性特征——以库姆塔格沙漠东缘为例

对库姆塔格沙漠东缘可培养细菌进行系统发育学多样性研究的基础上,对菌株的抗辐射和抗氧化能力进行筛选,利用辐射或氧化胁迫后细菌的存活率进行二者耦联关系的研究.研究表明,pH值、TOC和TN是影响库姆塔格沙漠东缘中可培养细菌群落结构的主要因素;分离出的105株细菌分别归属于放线菌门（Actinobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,在可培养细菌数量（9.96×10⁵CFU/g）和物种丰富度（9个属共72株菌）方面放线菌门均为最优势的门;除拟杆菌门以外,归属于放线菌门、厚壁菌门和变形菌门的可培养细菌中都筛选出了兼具抗辐射-抗氧化的菌株.通过抗辐射抗氧化性能研究表明可培养细菌的抗辐射能力与抗氧化能力具有一定的正相关性;UV-C辐照强度的D₁₀（致死率为10%）剂量高于100J/m²的菌株占可培养细菌总数的21.3%,过氧化氢耐受浓度的D₁₀剂量高于10mmol/L的菌株占70.2%,其中放线菌门的3株细菌K4-10、K5-3和K2-40兼具有很强的抗辐射和抗氧化能力.     

焦化废水中酚降解菌及其降解基因的研究

酚类化合物是焦化废水的主要污染物,微生物降解在废水处理中起着主要作用.为获得焦化废水活性污泥中主要降解菌,本研究通过富集与平板涂布对某焦化公司的2个活性污泥中的降解菌进行了分离鉴定.通过BOX-PCR和16S rDNA序列分析去除重复菌株后,共获得分属于20个属的28个种的28株细菌,它们主要为变形菌纲β和γ亚群,其中4株菌可能是潜在的新种.间甲酚富集后筛选得到2株高效降解菌株Pseudomonas monteilii GCS-AE-J-1 和Pseudomonas plecoglossicida GCS-AN-J-3;前者在48 h内对791 mg/L间甲酚的降解率达到94.6%,而后者对763mg/L间甲酚的降解率也达到了92.2%.通过PCR从菌株GCS-AE-14、 GCS-AE-J-1、GCS-AN-J-3和GCS-AN-3得到了苯酚羟化酶基因序列.本研究所获得的降解菌新颖多样,在工业焦化废水的处理中可能起着重要作用,有进一步研究开发的价值.     

磺胺嘧啶和盐酸四环素对四种赤潮藻生长的影响

本文以锥状斯氏藻（Scrippsiella trochoidea）、米氏凯伦藻（Karenia mikimotoi）、球形棕囊藻（Phaeocystis globosa）、中肋骨条藻（Skeletonema costatum）为研究对象,实验室条件下对比研究了磺胺间二甲氧嘧啶钠（SMS）和盐酸四环素（TC）暴露下4种赤潮藻的细胞增长、光合色素组成以及最大光能转化效率（Fv/Fm）等的变化规律。研究结果表明:4种赤潮藻在SMS和TC（7.5～240 mg/L）暴露组细胞密度均未出现半抑制效应,SMS对4种赤潮藻细胞密度的最大抑制效应范围为5.47%～36.26%,略高于TC的最大抑制效应0～35.21%（球形棕囊藻无抑制效应）;藻细胞叶绿素含量在抗生素暴露下均显著下降,但作为抗氧化剂和捕光色素的类胡萝卜素含量则显著增加;低浓度（<50 mg/L）TC暴露下,4种赤潮藻Fv/Fm均显著下降;TC（<30 mg/L）暴露下,4种赤潮藻细胞密度最大促进作用范围为11.30%～38.89%,球形棕囊藻细胞密度增加比例最高;赤潮藻对抗生素的响应存在显著的种间差别,两种抗生素暴露对球形棕囊藻生长的抑制效应明显低于其他3种赤潮藻,高浓度抗生素残留对浮游植物群落演替存在较强的干扰作用。     

Bioavailability of wastewater derived dissolved organic nitrogen to green microalgae Selenastrum capricornutum, Chlamydomonas reinhardtii, and Chlorella vulgaris with/without presence of bacteria

Effluent dissolved organic nitrogen (DON) is problematic in nutrient sensitive surface waters and needs to be reduced to meet demanding total dissolved nitrogen discharge limits. Bioavailable DON (ABDON) is a portion of DON utilized by algae or algae + bacteria,while biodegradable DON (BDON) is a portion of DON decomposable by bacteria. ABDON and BDON in a two-stage trickling filter (TF) wastewater treatment plant was evaluated using three different microalgal species, Selenastrum capricornutum, Chlamydomonas reinhardtii and Chlorella vulgaris and mixed cultured bacteria. Results showed that up to 80% of DON was bioavailable to algae or algae + bacteria inoculum while up to 60% of DON was biodegradable in all the samples. Results showed that C. reinhardtii and C. vulgaris can be used as a test species the same as S. capricornutum since there were no significant differences among these three algae species based on their ability to remove nitrogen species.     

不同时期条纹环沟藻可培养藻际细菌研究

通过梯度稀释法分离出条纹环沟藻5个生长时期的可培养藻际细菌,利用基于单菌落16S rDNA V3区序列测定对细菌进行了分子分类鉴定,与GenBank上的相似菌株序列构建了邻接系统发育树并计算遗传距离,同时对不同时期的细菌进行了定量分析.结果表明,在分离培养出的32株细菌中,有12株不同种属细菌.12株细菌分属于a-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、g-变形菌纲(Gammaproteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)4大细菌类群,在种类和数量上均以α-变形菌纲为主,其次为g-变形菌纲和拟杆菌门.每个生长时期可培养藻际细菌的种类数为5~8种,其中稳定生长期细菌种类数较为丰富,而在迟滞期和衰亡后期细菌种类较少.从各时期的细菌总数来看,对数生长期细菌数量最低,仅为2.83×106CFU/mL;在衰亡前期细菌数量最高,达到1.72×109CFU/mL;衰亡后期虽然细菌数量有所降低,但仍达到1.37×108CFU/mL.聚类分析和多维尺度分析结果显示,衰亡前期细菌群落结构与其它时期差异较大,而藻细胞快速生长阶段的对数生长期和稳定生长期菌落结构相近.衰亡前期特异性菌株鲍氏不动杆菌(Acinetobacter baumannii)的大量出现,可能与藻类迅速进入衰亡阶段有关;而各个时期均出现的一株麦氏交替单胞菌(Alteromonas macleodii)可能对条纹环沟藻的种群竞争起作用.在条纹环沟藻不同生长时期藻际细菌的种类与数量有所差异,藻际细菌的群落结构可能对条纹环沟藻的生长、种群竞争以及赤潮的生消具有重要作用.     

The "Linh Duong" Pseudonovibos spiralis (Mammalia, Artiodactyla) is a new buffalo

The controversial phylogenetic position of the recently described South-East Asian endemic bovid, Pseudonovibos spiralis, was evaluated on the basis of phylogenetic analyses of originally obtained nearly complete 12S mitochondrial rDNA sequences for this species and Bubalus bubalis and 26 sequences of Bovidae from the Genbank using Cervus elaphus (Cervidae) as outgroup. In most of the phylogenetic analyses performed using PAUP 4.0 (maximum parsimony, maximum likelihood and neighbour-joining), Bovidae consisted of two major clades: Bovinae including the tribes Bovini, Tragelaphini and Boselaphini, and Antilopinae + Caprinae, incorporating all other bovids. In most trees P. spiralis fell within the buffalos (subtribe Bovina) between Bubalus and Syncerus. Therefore, our phylogenetic analyses of bovid mitochondrial 12S rRNA gene sequences suggest the close relationship of this enigmatic species with the buffalos and its placement within the subtribe Bovina.