北京蔬菜地土壤中抗生素抗性基因与可移动元件的分布特征

为揭示北京地区蔬菜土壤中抗生素抗性基因与可移动元件的分布特征应用高通量荧光定量PCR方法(HT-qPCR),选取北京3个区5个蔬菜基地进行调查研究.在蔬菜基地土壤中共检测到92～121种抗生素抗性基因,4～6种可移动元件,抗生素抗性基因及可移动元件按区分开.各蔬菜基地中共有且丰度较高的抗生素抗性基因型为:多重耐药类oprD、acrA-04和acrA-05,大环内酯类-林肯酰胺类-链阳性菌素B类抗生素抗性基因(MLSB)酰胺酶类fox5,万古霉素类vanC-03;共有可移动元件为intI1.蔬菜基地土壤中共检测到7种抗生素,含量较高的抗生素种类为恩诺沙星(ENR)、诺氟沙星(NOR)、土霉素(OTC)、磺胺甲噁唑(SMX).顺义区S1与S2蔬菜基地土壤中抗生素的种类与丰度均最高,依次是通州区T蔬菜基地、昌平区C2与C1蔬菜基地.相关性分析表明,蔬菜基地土壤中抗生素抗性基因丰度与抗生素丰度存在显著正相关(P 0.05).研究结果可为后续控制抗生素抗性基因的传播提供基础理论数据.     

不同再生水灌溉方式对土壤-辣椒系统中细菌群落多样性及病原菌丰度的影响

再生水是改善水资源布局和缓解传统水源短缺问题的一种合理且可持续的替代水源,但用于灌溉会引起土壤和作物中微生物群落结构和条件致病菌丰度变化,目前这方面的研究报道较少.本研究以辣椒为对象,设置再生水灌溉(DI)、清水和再生水混灌(MI,清水∶再生水=1∶1)、清水和再生水轮灌(RI)处理,以清水灌溉(PI)为对照,通过温室盆栽试验研究不同灌溉方式对土壤性质的影响,并基于高通量测序技术结合定量PCR方法探讨再生水灌溉下辣椒果实与根际细菌群落组成和病原菌分布丰度特征.结果表明,与清水灌溉相比,再生水直接灌溉增加了土壤EC值,而降低了pH值.16S r DNA高通量测序结果显示,在门分类水平上,Proteobacteria、Bacteroidetes、Actinobacteria和Firmicutes是辣椒果实和根际共有的主要类群,其优势菌属Pantoea、Pseudomonas、Sphingomonas、Sphingopyxis、Luteimonas和Mariniflexile的相对丰度受再生水灌溉方式的影响较大.再生水灌溉分别使辣椒果实和根际中Legionella spp.和Pseudomonas syringae丰度显著增加,并且对病原菌丰度的影响差异较大.综上所述,再生水适宜作为农业灌溉用水,但不同灌溉方式可能不同程度上引入微生物污染问题,其中特定条件致病菌和植物病原菌值得关注.     

磁性纳米Fe3O4@C对SBR脱氮除磷性能及其微生物种群组成的影响

为探究磁性纳米Fe₃O₄@C对序批式活性污泥反应器（SBR）污水处理系统脱氮除磷性能的影响,建立了2个相同的SBR（编号分别为0号和1号）,其中,0号反应器未投加任何磁性材料（对照组）,1号反应器中投加0.5 g·L^-1的Fe₃O₄@C（实验组）,并采用高通量测序和实时定量PCR（qPCR）技术对2个反应器内生物种群结构及关键脱氮除磷功能菌群进行分析.结果表明：①Fe₃O₄@C对SBR除污性能有显著影响,其中,1号反应器化学需氧量（COD）的去除性能得到增强,24 d后去除率稳定在90%左右;0号和1号反应器总氮（TN）平均去除率分别为35.83%和52.18%;从第43 d起,1号反应器除磷性能明显高于0号反应器,运行70 d后,0号和1号反应器对总磷（TP）的平均去除率分别为47.52%和56.33%.②添加Fe₃O₄@C材料后,反应器内变形菌门（Proteobacteria）的相对丰度从23.91%增加至32.14%,优势脱氮菌门Planctomycetes、Nitrospirae的相对丰度分别从2.66%、0.46%增加至5.16%、2.23%.③添加Fe₃O₄@C后,SBR内细菌总数明显增多,16S基因拷贝数从1.77×10⁷ copies·g^-1增长到4.21×10⁷ copies·g^-1;各功能菌数量也有大幅度增长,除磷功能基因PAO增加了3.4倍,脱氮功能基因nirS、Nitrospira、Nitrobacter、AOB分别增长了2.3、2.4、4.7和572倍.研究表明,磁性纳米Fe₃O₄@C能有效促进SBR脱氮除磷性能,可为SBR工艺的优化改进提供理论支撑.     

Seasonal variation of microbial populations and biomass in Tatachia grassland soils of Taiwan

To investigate the seasonal variations of microbial ecology in grassland of Tatachia forest, soil properties, microbial populations, microbial biomass, and 16S rDNA clone library analysis were determined. The soil had temperatures 6.6–18.4°C, pH 3.6–5.1, total organic carbon 1.11–10.68%, total nitrogen 0.18–0.78%, and C/N ratios 3.46–20.55. Each gram of dry soil contained bacteria, actinomycetes, fungi, cellulolytic, phosphate-solubilizing microbes, and nitrogen-fixing microbes 4.54 × 10⁴ to 3.79 × 10⁷, 3.43 × 10² to 2.17 × 10⁵, 5.74 × 10³ to 3.76 × 10⁶, 1.97 × 10³ to 1.34 × 10⁶, 8.49 × 10² to 5.59 × 10⁵, and 3.86 × 10² to 3.75 × 10⁵ CFU, respectively. Each gram of soil contained 117–2,482 μg of microbial biomass carbon, 23–216 μg of microbial biomass nitrogen and 9–29 μg of DNA. The microbial populations, microbial biomass, and DNA decreased stepwise with the depth of soil, and they had low values in winter seasons. The microbial populations, microbial biomass carbon, microbial biomass nitrogen, and DNA at the BW2 horizon were 8.42–17.84, 19.26–64.40, 16.84–61.11, and 31.03–46.26% of those at the O horizon, respectively. When analyzing 16S rDNA library, members of Proteobacteria, Acidobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes, Chloroflexi, Firmicutes, candidate division TM1, candidate division TM7, Gammatimonadetes, and Verrucomicrobia were identified. Members of Proteobacteria (44.4%) and Acidobacteria (33.3%) dominated the clone libraries. Within the phylum Proteobacteria, α-, β-, and γ-Proteobacteria were most numerous, followed by δ-Proteobacteria.     

湖南衡阳地区乙型肝炎患者HBV基因分型与血清HBVDNA水平研究

分析了湖南衡阳地区乙型肝炎病毒基因型分布特征,并探讨HBV各基因型与血清HBVDNA水平之间的关系．采用荧光定量PCR结合TaqmanMGB探针技术,对湖南衡阳地区164份乙型肝炎患者血清中的HBVDNA进行基因分型和定量检测．结果164例血清中,C型110A．（67．1％）,B、C型37人（22．3％）,B型8人（5．1％）,D型1人（0．6％）,A型1人（0．6％）．C型与B、C混合型在HBVDNA水平上存在显著差异（t=2．433,P〈0．05）,B、C混合型的HBVDNA水平明显高于C型．由此得出湖南衡阳地区HBV基因型以C型为主、B、C混合型次之,B型较少,D型、A型极少;B、C混合型患者的HBVDNA数量水平显著高于C型．表1．参11．     

温带亚高山针叶林土壤碳循环微生物群落的时空动态

选取参与碳固定的二磷酸羧化/加氧酶基因（cbbM）、有机碳降解的淀粉酶基因（amylase）和纤维素酶基因（cellulase）作为分子标记,用实时定量PCR方法对温带亚高山华北落叶松（Larix gmelinii var.principis-rupprechtii）林、白杄（Picea meyeri）林、青杄（P.wilsonii）林和油松（Pinus tabulaeformis）林土壤碳循环功能微生物类群丰度的时空动态开展研究.结果显示,总碳（TC）、总氮（TN）、总硫（TS）、有机质（OM）和有机碳（TOC）、pH值、铵态氮（NH₄⁺-N）、硝态氮（NO₃^--N）、过氧化氢酶、蔗糖酶和脲酶活性在4种森林土壤中都有不同程度的差异,且有显著的季节变化特征.高海拔华北落叶松林土壤TC、TN、TS、C/N、OM和TOC含量最高,而pH值最低.土壤TC、TN、亚硝态氮（NO₂^--N）含量、蔗糖酶和脲酶活性,与碳循环微生物类群的丰度呈极显著相关.土壤NO₃^--N含量与有机碳分解和固碳微生物类群的相对丰度显著相关;土壤C/N、NO₂^--N、pH值、OM、TOC、过氧化氢酶及脲酶活性,与降解易分解碳（labile C）和难分解碳（recalcitrant C）的微生物类群的相对丰度呈极显著相关.植被类型和季节变化共同影响土壤碳循环微生物类群的丰度,而季节变化是主导因素.植被和土壤环境因子通过调控微生物群落碳代谢功能类群的结构,影响森林土壤碳源-汇的平衡.     

中温和高温厌氧生物产氢反应器连续运行的研究

采用2个厌氧生物产氢反应器分别在中温(37℃)和高温(55℃)下连续运行.以河底沉积物接种,葡萄糖为基质,在CSTR中成功实现了连续中温厌氧产氢,最高产氢量达8.6L/(L·d),基质产氢摩尔比(H₂/葡萄糖)为1.98.以厌氧产甲烷颗粒污泥接种,蔗糖为基质,在UASB反应器中成功实现了连续高温厌氧产氢过程,最高产氢量达6.8L/(L·d),基质产氢摩尔比(H₂/蔗糖)为3.6.在高温UASB反应器中培养获得了灰白色的产氢颗粒污泥,平均粒径为0.8～1.2mm,沉速为30～40m/h,电镜观察发现其表层生长大量杆状细菌.对2种产氢污泥的总DNA进行提取和纯化,通过PCR扩增和DGGE分析,发现高温和中温厌氧产氢污泥中的大部分真细菌种类相同,但各自的优势菌种明显不同.     

鱼类虹彩病毒PCR快速检测试剂盒的准确度评价及其应用

虹彩病毒对鱼类等水生动物有广泛的感染性,给世界水产养殖业造成了巨大的经济损失.针对已研制成功的一种鱼类虹彩病毒PCR快速检测试剂盒,本文对反映其检测准确程度的灵敏性和特异性两个指标进行了检测,并在多个待测鱼样本中进行了试用.结果表明,该试剂盒的检测灵敏度相当于30个病毒粒子,无非特异性扩增反应,适用于多鱼种虹彩病毒病的早期快速诊断、苗种检疫以及水质环境的监测.     

我国土壤中苏云金芽孢杆菌的分离与基因型的鉴定

从我国20个省市采集176份土壤中分离出苏云金芽孢杆菌51株.以cry1,cry2,cry3,cry4,cry-n,cry7,cry8,cry11,cry13和cyt的引物作PCR分析.结果表明:4株含有cry4,12株含有cry7,4株含有cry8,4株含有cry1,2株同时含有cry1和cry2,27株无PCR产物.未检测到其它基因型.经电镜扫描伴胞晶体形态多种多样,主要有菱形、球形、方形、多边形和不规则形.图3表3参15     

水稻花药绒毡层特异表达启动子的分离与表达载体构建

从籼稻川75A(OryzasativaL.)黄化苗叶片中直接提取基因组总DNA.根据文献报道的水稻花药绒毡层特异启动子Osg6B序列设计引物,采用TouchdownPCR技术获得水稻花药绒毡层特异表达的启动子Tsp1,将该片段克隆在载体pMD18-TVector上转化到大肠杆菌JM109,并酶切和PCR验证.序列分析发现,该片段与Osg6B启动子同源性为96%,且具有真核生物启动子的多种特征序列,表明启动子Tsp1为来源于籼稻川75A中的水稻花药绒毡层特异表达的启动子.利用该启动子对本实验室保存的质粒pIB467和pIB009进行改造,构建了一个可产生新型雄性不育系的双元植物表达载体pJH401.图7参13