长江中下游环境DNA宏条形码生物多样性检测技术初步研究

长江生物多样性在人为影响下面临严重威胁,物种监测是生物多样性保护的基础,为完善长江水生态监测体系,实现高效无损伤的物种监测,在长江中下游干流3个江段（新滩、安庆和芜湖）采集水样,建立长江水样环境DNA宏条形码物种检测体系并评估其有效性.结果表明:①长江中下游环境DNA宏条形码检测到32个物种,包括20种鱼类、1种水生哺乳动物（长江江豚）和11种陆生动物,其中鱼类物种包括鲤形目、鲇形目、鲈形目和鲱形目,其种数占鱼类总种数的比例分别为60%、25%、10%和5%.②长江中下游渔获物中资源量居首位的鲤形目在环境DNA调查中序列数最多,占鱼类总序列的96.2%,其次为鲱形目（占比为3.5%）,鲇形目和鲈形目占比较低,分别为0.2%和0.1%,4个类目序列相对丰度与渔获物种资源量组成差异较大.③环境DNA调查次数约占传统渔获物调查次数的几十至几百分之一,采样时间不足努力量最少的渔获物调查的1%,检测到的鱼类种数为传统调查总数的31%~49%.④安庆采样点位于长江中下游长江江豚密度最高的江段,其环境DNA检出率和序列相对丰度在3个采样点中均最高.研究显示:长江水样环境DNA包含水陆复合生态系统的生物多样性信息,利用水样环境DNA宏条形码可检测不同类群的水生和陆生物种;对于鱼类物种检测,环境DNA宏条形码比传统调查方法效率更高,可对传统调查结果进行补充;环境DNA宏条形码生物多样性检测主要受分子标记体系和核酸序列数据库限制,获取全面的物种多样性和资源量信息需要对检测分析方法进行进一步完善.      

基于线粒体Cyt b序列的雅砻江长丝裂腹鱼群体遗传结构分析

该研究测定了2018年间采集于雅砻江干流甘孜、雅江、锦屏和金河江段的4个长丝裂腹鱼野生群体共118尾个体的线粒体细胞色素Cyt b基因全序列，以评估其遗传多样性和遗传结构。结果显示：118条长丝裂腹鱼序列共定义了19个单倍型，29个多态位点，总群体单倍型多样性指数（Hd）为0.850 ± 0.017，核苷酸多样性指数（π）为0.003 35 ± 0.001 89，各群体Hd范围0.697 ± 0.069 ~ 0.831 ± 0.022，π范围0.000 92 ± 0.000 79 ~ 0.006 22 ± 0.003 36。中性检验结果表明，Tajima′s D 和Fu′s Fs均为显著性负值，单倍型核苷酸不配对分布呈典型单峰，表明雅砻江长丝裂腹鱼经历过种群扩张事件。分子方差分析（AMOVA）表明，84.84%的分子差异来源于群体内部，15.16%的分子差异来源于群体之间。FST值统计检验表明，除甘孜群体和雅江群体之间差异不显著外，其余两两群体之间FST值统计检验均显著。根据研究所揭示的雅砻江长丝裂腹鱼种群遗传结构特征，尽管群体之间存在显著的遗传分化，但分化水平仍属于种群内分化，建议将分布在雅砻江干流的长丝裂腹鱼作为一个整体进行保护。