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1.
环境微生物群落分析的T-RFLP技术及其优化措施   总被引:20,自引:1,他引:19  
末端限制性酶切片段长度多态性分析(terminal restriction fragment length polymorphism, T-RFLP)是近年来发展起来的、不依赖于培养的微生物群落分析方法之一.由于其在微生物群落结构分析方面的特点,包括分辨率高、易于实现自动化及互联网海量数据共享等优势,自1997年最先被报道以来得到了广泛的应用,成为环境微生物群落分析的最强有力的工具之一.本文详细介绍了T-RFLP技术的原理,并从环境样品群落DNA的提取、引物设计和PCR扩增、限制性酶切、电泳分离检测和T-RFLP图谱解析等5个方面讨论了用该技术解析环境微生物群落的方法和技巧,简述了近8 a来国外T-RFLP技术在群落分析中的研究进展.类似于其他的分子微生物生态学技术, T-RFLP也有自身的缺陷,因此重点分析了该技术的局限性及相应的解决办法.图2表1参62  相似文献
2.
研究了污泥厌氧发酵过程中产甲烷菌被特异性抑制剂——2-溴乙烷磺酸盐(BrCH2CH2SO3-,BES)抑制时乙酸的累积,并采用一种新的微生物分子生态学手段——末端限制性片段长度多态性分析(T-RFLP)研究乙酸累积状态下的微生物种群结构.结果表明,BES可以促使厌氧发酵中乙酸的累积,在污泥厌氧发酵初始时一次投加BES条件下,乙酸累积的最大值为1.158gL-1,是阴性对照样最大值的4倍.BES在d4开始投加并每间隔4d补加条件下,乙酸累积最大值为0.851gL-1.微生物种群结构分析表明,对于发酵初始投加BES的样品,乙酸累积主要来源于β-Pro-teobacteria和Sphingobacteria的作用.对于每4d投加BES的样品,Sphingobacteria在中间过程的d8占有较高比例,Bacilli和β-Proteobacteria在整个过程均占优势.图2表2参14  相似文献
3.
慢生根瘤菌交叉结瘤及其系统发育关系的研究   总被引:7,自引:1,他引:6  
选用包括6株花往根瘤菌[Bradyrhizobium sp.(Arachis)]在内的13株慢生根瘤菌,进行了6种豆科植物结瘤试验及共系统发育分析。研究结果表明,慢生根瘤菌与试验的豆科宿主植物间普遍存在交叉结瘤,还发现有些菌株在原宿主外的豆科植物根部形成类根瘤的现象。16S rDNA和23S rDNA的PCR-RFLP分析揭示出这些菌株rDNA基因的差异性,不同宿主来源的慢生根瘤菌株可以同属一个rDNA类型,而从同一宿主中分离的根瘤菌菌株可分属多种不同的rDNA类型,研究结果表明,采用rDNA PCR-RFLP等遗传背景分析的手段,可能筛选出广谱的根瘤菌力株,表4参8。  相似文献
4.
苏云金芽胞杆菌菌株WB9编码活性因子的基因分析   总被引:5,自引:3,他引:2  
采用PCR—RFLP及PCR技术对苏云金芽胞杆菌新分离菌株WB9的ICP、VIP、几丁质酶和肠毒素4种活性因子的编码基因进行了分析.结果表明,该菌株含有编码ICP的cry1Aa、cry1Ab、cry1Cb、cry1Fa和cry1GaS个cry1基因型,编码Vip3A蛋白的vip3A基因以及编码3种肠毒素的hblA、bceT和entS基因;不含编码几丁质酶的基因.将vip3A、hblA、bceT和entS基因PCR产物回收纯化后直接测序,经在线的BLAST软件进行同源性分析,前两个基因片段与Bt已公布基因序列的相应片段同源性分别为99%和96%~98%,bceT基因片段与蜡质芽孢杆菌bceT相应片段同源性为97%.  相似文献
5.
潍坊、花园口土样中土著大豆根瘤菌的遗传多样性研究   总被引:4,自引:1,他引:3  
采用16S-23S rDNA间隔区段(IGS)RFLP分析和PAPD分析技术,分别对分离自山东潍坊和河南郑州花园口的24株土著大豆根瘤菌进行2多样性分析。结果一 70%的相似性水平上,依IGS-RFLP分析可将供试菌株分为10群,依RAPD分析可将供试菌株分为8群。综合两种分析技术在505的相似性水平上将供试菌株分为潍坊群和花园口群。 在系统发育和分子进行上有明显的地理分隔作用。  相似文献
6.
炼油厂周边PAHs污染土壤中微生物群落结构多样性研究   总被引:3,自引:0,他引:3  
直接从污染土壤中提取微生物基因组DNA,对基因组DNA进行16S rDNA聚合酶链式反应(PCR)扩增和末端限制性片段多态性(T-RFLP)分析,进而对炼油厂附近PAHs污染区土壤微生物群落结构和多样性进行初步研究。结果表明,PAHs浓度较高的土壤中PAHs主要以高相对分子质量PAHs为主,此外,其土壤微生物群落多样性明显低于PAHs浓度较低的土壤。高浓度PAHs刺激了某些土壤微生物生长。不同污染程度的土壤存在一定数量相同的优势菌群,但相对丰度具有明显差异。其中α-变形菌是五个区域土壤中的主导微生物。研究结果将为炼油厂周边土壤的修复治理提供科学依据。  相似文献
7.
污染源汇入和闸坝拦截等因素能够影响城市河流水生生态环境质量,主要表现在群落结构和功能的改变。分别于春季、夏季和冬季3个季节对北运河干流的10个点进行水样采集,通过16S rDNA末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)分析手段研究了北运河河道水体浮游细菌的群落结构,以揭示流域微生物多样性以及浮游细菌群落与水质因子的响应关系。共得到47种不同的片段,其中218bp片段是优势菌。T-RFs片段计算微生物多样性指数和均匀度指数结果表明,目前北运河水体生态结构已经较为脆弱。冬季与其他季节的群落组成有明显差别,夏季细菌丰度高于冬季。通过CANOCO软件分析浮游细菌群落结构与水质指标的空间特点,发现水体流动性降低、支流汇入和污染源的汇入都会引起微生物群落结构在空间上的改变;环境因子与微生物群落组成的相关性研究表明,总磷、溶解性有机碳(DOC)和温度对北运河微生物群落结构影响较大。  相似文献
8.
黄河三角洲湿地土壤微生物群落结构分析   总被引:3,自引:0,他引:3  
采用末端限制性片段长度多态性分析(T-RFLP)技术和16S rDNA克隆文库的方法,分析了黄河三角洲滨海湿地土壤不同深度细菌和古菌的群落结构.研究表明,随着深度的增加,细菌群落的多样性下降,而古菌群落多样性则有上升的趋势,且土壤的细菌和古菌群落结构都呈现出规律的层状分布.该土壤包括各种硫酸盐还原菌、产甲烷古菌、光合细菌等丰富的细菌和古菌资源.图5参27  相似文献
9.
慢生型大豆根瘤菌的遗传多样性研究   总被引:2,自引:2,他引:0  
采用选择性扩增片断长度多态性 (简称AFLP)DNA指纹技术对来自泰国北部的 2 45株慢生型大豆根瘤菌进行遗传多样性的研究 .通过AFLP图谱揭示出该地区的慢生型大豆根瘤菌有较显著的遗传多样性 .从 2 45株中选择出 92个代表株用计算机进行的树状图分析结果表明 ,所分析的菌株在 82 %的相似性水平上聚类成 8个群 .对这 92个代表株的部分菌株和慢生型大豆根瘤菌的参比菌株进行多聚酶链反应 (PCR)扩增的 16SrDNA的 4种限制性内切酶长度多态 (简称 16SrDNAPCR RFLP)分析 ,得出 2个不同的 16SrDNAPCR RFLP类型的菌株 ,分别与慢生型大豆根瘤菌的参比菌株Bradyrhizobiumjaponicum和Bradyrhizobiumelkanii相同 .图 1表 2参 14  相似文献
10.
91FS是一个稳定遗传的籼粳杂种水稻新型不育突变体,育性特征表现为,雌雄配子和受精过程正常,约25%的受精卵发育成胚,约75%的受精卵终止发育,与91FS群体约25%的结实率吻合,而且六代保持不变;91FS的RAPD和RFLP的谱带六代保持稳定和一致,与91FS的杂种性状和育性表达的稳定性也是吻合的;91FS与籼粳杂种可育材料91FM和以91FS为父本的杂交F  相似文献
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