16S rDNA克隆文库解析AO-MBR系统中细菌种群多样性

采用分子生物学手段16S rDNA克隆文库方法对缺氧/好氧膜生物反应器(AO-MBR)的好氧池与缺氧池中细菌进行了多样性研究.实验结果表明,好氧池污泥样品的克隆文库包括9个类群,其中变形菌(Proteobacteria)和拟杆菌(Bacteroidetes)在文库中所占比例最大,分别为37.04％和14.81％;其次是酸杆菌(Acidobacteria)、未培养菌(uncultured bacterium)、绿菌(Chlorobi)和未培养的绿弯菌(uncultured Chloroflexi bacterium)、浮霉状菌(Planctomycetes),分别为11.11％、11.11％、7.41％、7.41％和5.56％;硝化螺旋菌(Nitrospirae)和裸藻门(Euglenozoa)所占比例相对较小,均为1.85％.缺氧池样品克隆文库包括10个类群,其中变形菌(Proteobacteria)、拟杆菌(Bacteroidetes)和未培养菌(uncultured bacterium)在文库中所占比例最大,分别为27.91％、13.95％和12.79％;其次是浮霉状菌(Planctomycetes)、酸杆菌(Acidobacteria)和绿弯菌(Chloroflexi),在文库中所占比例分别为9.3％、9.3％和9.3％;硝化螺旋菌(Nitrospirae)、裸藻门(Euglenozoa)、芽单胞菌(Gemmatimonadetes)和放线菌(Actinobacteria)所占比例相对较少,分别为6.98％、8.14％、1.16％和1.16％.两池细菌的主要类群相似,但菌属及比例有所差异,变形菌是系统中的主要脱氮菌属.     

渤海排污口邻近海域异养细菌的组成与分布

对渤海4个重点监测排污口（北塘、大蒲河、弥河和虞河）邻近海域异养细菌的组成和分布进行了调查研究。结果表明，分离到的各排污口邻近海域的细菌隶属于变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Acti-nobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）4个细菌类群，其中变形菌门的细菌最丰富。各排污口的优势菌有所不同，北塘、弥河2个采样点的优势菌分别为Bacillus sp．、Pseudoalteromonas sp．，大蒲河采样点的优势菌为Vibrio sp．和Oceanospirillum sp．，虞河采样点的优势菌为 Shewanella sp．和 Bacillus sp．。多维尺度分析表明，北塘和虞河采样点的细菌种群特征较相近，细菌种群分布特征可能与排污口的海洋环境有一定的相关性。     

长江口邻近海域沉积物中厌氧氨氧化细菌分布特征研究

海洋生态系统氮素循环对维持海洋生态收支平衡具有重要意义,由厌氧氨氧化细菌(anaerobic ammonia-oxidizing bacteria,ANAMMOX Bacteria)推动的厌氧氨氧化过程是海洋氮素移除的重要途径.本研究采用荧光定量PCR(q PCR)技术,并结合环境理化因子,分析了2011年夏季长江口邻近海域沉积物中厌氧氨氧化细菌的种群丰度分布特征.结果表明,厌氧氨氧化细菌的种群丰度在长江口邻近海域的空间分布与环境因子密切相关,总有机碳含量、盐度、铵盐浓度对长江口邻近海域沉积物中厌氧氨氧化细菌的种群丰度具有重要调控作用.厌氧氨氧化细菌的丰度分布与总有机碳含量呈显著正相关关系(P0.01,r=0.69),同时又随亚硝酸盐浓度、溶解氧浓度的升高而降低,而盐度对厌氧氨氧化细菌丰度分布的影响较为复杂.     

南海球形棕囊藻质体16SrDNA序列分析

测定了采自香港2株球形棕囊藻和湛江1株等鞭金藻质体16SrDNA基因序列,结合GenBank中下载的32条同源序列,分析序列特征并构建分子系统树。发现600bp序列中有可变位点42个,简约信息位点33个,可变位点和简约信息位点分别为全序列的7．0％和5．5％。A＋T的含量（52．5％）略大于C＋G含量（47．5％）,与已报道的棕囊藻属叶绿体和线粒体基因相似;在分子系统树上,同属藻种聚类在一起,属间遗传距离分别为0．0255-0．0503。棕囊藻属属内遗传距离0-0．0050,不同藻种相混杂,并未独立成支;质体16srDNA部分序列虽不能区分棕囊藻属内不同藻种,但能鉴定出GenBank中27个环境样品为棕囊藻属藻株,从而能确定其地理分布和相对丰度,对棕囊藻赤潮的预测预报具有重要意义。质体16srDNA在其他赤潮藻类物种鉴定方面的应用需要进一步研究。     

贵州浓香型白酒大曲中霉菌的18S rDNA系统发育分析

从贵州某名酒厂大曲中分离到104株丝状真菌(霉菌),通过形态特征和生理特性检测等传统鉴定方法,初步把形态和生理生化特征一致的霉菌归类为14个大类群;并采用18S rDNA序列分析,进一步把菌株归类为MJ-I至MJ-V五个类群,随后构建系统发育树.结果表明,样品中的霉菌以曲霉属(Aspergillus)为主,占总分离菌数...     

蠡河底泥中反硝化复合菌群富集及菌群结构研究

从无锡市滨湖区蠡河底泥中富集培养反硝化复合菌群,研究其在不同富集培养阶段TN、NO-3-N、NO-2-N、NH+4-N和COD动态变化,分析反硝化过程中气体释放总量、释放速率和成分,通过构建全长16S r DNA克隆文库研究其菌落结构.结果表明,反硝化复合菌群富集在阶段4时脱氮效果最佳,仅在9 h内,330 mg·L-1的TN负荷下,TN去除率达90.9%,NO-3-N去除率达100%,中间产物NO-2-N和NH+4-N积累量最少,分别为3.39 mg·L-1和16.64 mg·L-1,COD去除率达85%;释放气体260m L,气体主要成分为N2,同时还有少量的CH4和CO2等.富集培养反硝化复合菌群细菌属于Pseudomonadaceae科和Rhodocyclaceae科,为Proteobacteria门,OUT丰度分别为57.8%和31.6%,Pseudomonadaceae科是优势类群.     

石油降解菌的分离鉴定及4株芽胞杆菌种间效应

通过富集培养和分离纯化的方法,从天津大港油田石油污染土壤和渤海海上钻井平台洗油污水中分离出6株石油降解细菌,生理生化试验及16S r DNA序列分析鉴定表明,它们分别属于Bacillus芽胞杆菌属(S1、S2、S3、S4)、Pseudomonas假单胞菌属(W1)和Ochrobactrum苍白杆菌属(W2),其中,S3具有最高的烷烃(41.3%)和芳烃(30.9%)降解率,从石油污染场地中筛选出的内源微生物对本油田石油的降解效果优于外源物种.对4株芽胞杆菌属菌株构建微生物组进行石油降解实验,结果表明,由S1和S4构成的微生物组F3具有最高的烷烃(50.5%)和芳烃(54.0%)降解率,比单菌降解率分别提高了69.9%和156.1%,同时比最优降解单菌S3的降解率分别高出22.1%和74.6%,而由S2和S3构成的微生物组F4对烷烃和芳烃的降解率最低,分别为18.5%和18.9%,比单菌降解率降低了55.3%和39.0%,实验表明同菌属微生物种间对石油的降解同时存在协同促进和拮抗抑制作用,芽胞杆菌属内亲缘性近的菌株之间对石油降解主要表现为促进作用.     

Effects of temperature and fertilization on total vs. active bacterial communities exposed to crude and diesel oil pollution in NW Mediterranean Sea

The dynamics of total and active microbial communities were studied in seawater microcosms amended with crude or diesel oil at different temperatures (25, 10 and 4 °C) in the presence/absence of organic fertilization (Inipol EAP 22). Total and hydrocarbon-degrading microbes were enumerated by fluorescence microscopy and Most Probable Number (MPN) method, respectively. Total (16S rDNA-based) vs. active (16S rRNA) bacterial community structure was monitored by Capillary-Electrophoresis Single Strand Conformation Polymorphism (CE-SSCP) fingerprinting. Hydrocarbons were analyzed after 12 weeks of incubation by gas chromatography-mass spectrometry. Total and hydrocarbon-degrading microbial counts were highly influenced by fertilization while no important differences were observed between temperatures. Higher biodegradation levels were observed in fertilized microcosms. Temperature and fertilization induced changes in structure of total bacterial communities. However, fertilization showed a more important effect on active bacterial structure. The calculation of Simpson's diversity index showed similar trends among temperatures whereas fertilization reduced diversity index of both total and active bacterial communities.     

一种活性污泥总DNA提取方法的优化

对3种活性污泥DNA提取方法———传统蛋白酶K-SDS-氯仿异戊醇法(CPSCI法)、液氮研磨法和脱腐处理法进行了对比,并针对CPSCI法从污泥量、保温时间、裂解方式及沉淀时间等4个方面进行了优化。结果表明,优化的蛋白酶K-氯仿-异戊醇法(OPSCI法)采用污泥量0.10 g、37℃静置10 min,加SDS常温旋涡振荡及异丙醇直接离心等条件可获得长度在23.1 kb左右的DNA,OD260nm/OD280nm为1.86,稀释10倍后即可进行16S rDNA PCR。该方法重复性好,提取得率高,纯度好,操作简便,为常规实验室开展活性污泥微生物多样性研究提供了帮助。     

复合生物膜-活性污泥反应器同步脱氮除磷

通过实验研究比较了复合生物膜-活性污泥反应器(HY)和传统活性污泥反应器(AS)的脱氮除磷效果。结果表明,在水力停留时间(HRT)16 h、污泥龄12～15 d、水温19～21℃、pH 6.3～7.8的条件下,复合生物反应器比活性污泥反应器运行更稳定,未发生污泥膨胀。在相同运行条件下,复合生物反应器对COD、TN和TP的去除率分别为95%、91%和98%,而活性污泥反应器对COD、TN和TP的去除率分别为85%、84%和90%。稳定工况下复合生物反应器的比硝化、比反硝化速率,比吸磷、比释磷速率均高于活性污泥反应器,且微生物相更加丰富。通过建立16S rDNA克隆文库发现生物膜和活性污泥的微生物群落结构均具有高度多样性,但生物膜微生物的微生物相比活性污泥更复杂。