朱■的随机扩增多态DNA分析与种内亲缘关系研究

利用随机扩增多态ＤＮＡ技术对朱（Ｎｉｐｐｏｎｉａｎｉｐｐｏｎ）８个个体进行了随机扩增多态ＤＮＡ分析．用２０个１０ｂｐ的随机引物对每只朱的基因组ＤＮＡ进行扩增,共得到１６８个扩增片段,其中共有片段为１０２个．根据聚类分析所得到的树状图确定了８只朱的亲缘关系,这为进一步构建全部朱个体的谱系关系图打下了基础,有利于制定更有效的朱保护计划     

A_2型高粱细胞质雄性不育系与其保持系的胞质DNA和核DNA差异

以高粱细胞质雄性不育系A2 V4 (A)及其保持系V4 (B)的总DNA为模板 ,对 184个随机引物进行筛选 ,找到6个其RAPD扩增产物在A/B间存在稳定差异的引物 .将该 6个引物同时扩增A/B的总DNA、线粒体DNA(mtDNA)及叶绿体DNA(cpDNA) .以总DNA为模板时得到 12个扩增片段 ,以mtDNA为模板时得到 4个 ,以cpDNA为模板时得到 11个 .结果分析表明 ,在这些扩增片段中 ,有 7个仅仅出现在以胞质DNA为模板的扩增中 ,有 5个在以总DNA和胞质DNA为模板时同时出现 ,即认为这 12个片段来自胞质DNA .另有 7个片段 ,在以胞质DNA为模板时未出现 ,而是仅仅出现在以总DNA为模板的扩增中 ,认为是来自核DNA .来自核DNA的 7个扩增片段中 ,有 5个来自保持系 ,有 2个来自不育系 ,这表明 ,不育系与保持系在核DNA上存在差异 .对A/B核DNA在CMS中的重要性及研究对策进行了讨论 .图 2表 4参 19     

A2型高粱细胞质雄性不育系与其保持系的胞质DNA和核DNA差异

以高粱细胞质雄性不育系A2V4（A）及其保持系V4（B）的总DNA为模板，对184个随机引物进行筛选，找到6个其RAPD扩增产物在A／B间存在稳定差异的引物，将该6个引物同时扩增A／B的总DNA、线粒线DNA（mtDNA）及叶绿体DNA（cpDNA），以总DNA为模板时得到12个扩增片段，以mtDNA为模板时得到4个，以cpDNA为板时得到11个，结果分析表明，在这些扩增片段中，有7个仅仅出现在以胞质DNA为模板的扩增中，有5个在以总NDA和胞质DNA为模板时同时出现，即认为这12个片段来自胞质DNA，另有7个片段，在以胞质DNA为模板时未出现，而是仅仅出现在以总DNA为模板的扩增中，认为是来自核DNA，来自核DNA的7个扩增片段中，有5个来自保持系，有2个来自不育系，这表明，不育系与保持系在核DNA上存在差异，对A／B核DNA在CMS中的重要性及研究对策进行了讨论。     

中国茸鹿品种(品系)的随机扩增多态DNA(RAPD)研究

采用随机扩增多态ＤＮＡ技术研究了５个茸鹿品种（品系）７５个个体的遗传变异关系。在所使用的４１个引物中，有４０个引物扩增出多态谱带，共检测到３９５条扩增片段，其中２５９条（６５．６％）出现变异，用Ｓｈａｋｎｎｏｎ指数计算了５个品种（品系）的遗传变异及其遗传变异在群体内和群体间的分布。利用Ｎｅｉ氏片段共享度计算了７５个个体间的遗传距离，用ＵＰＧＭＡ聚类法构建了７５个个体的系统发育树状图，反映５个茸鹿品     

CMS高粱保持系叶绿体基因ps1A1和ps1A2片段的克隆与序列比对

以15种包括同质异核和同核异质高粱材料的总：DNA为模板进行RAPD分析，196个随机引物中，引物Y-19扩增得到一个很有规律的差异片段SAY-192300。该片段只出现在4个保持系(B)和3个恢复系(R)中，而不出现在6个不育系(A)和2个杂种F1中，进一步对cms—Al、cms—A2两套8个材料(A／B／R／F1)的总DNA、mtDNA和cpDNA用引物Y-19进行扩增，发现片段SAY-192300仅在cpDNA得到，Southern杂交结果证实了片段SAY-192300的叶绿体来源，同时也表明在cms胞质中该片段所在区未发生插入、缺失等大的结构变异,DNA序列测定结果表明，该片段为叶绿体ps1A1和ps1A2基因的部分序列。图6表2参19。     

游蛇科（Colubridae）10种蛇的随机扩增多态DNA研究

用随机扩增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）技术对游蛇科１０种蛇基因组ＤＮＡ的多态性进行了分子遗传标记的研究．所得数据经聚类分析结果提示：１．蛇类种内个体间存在着遗传多样性即个体间的差异，随机扩增多态ＤＮＡ片段共享度的分析表明，种间差异显著大于种内个体间的差异，说明在研究种间系统演化关系时．可以用随机取样的个体代表一个种作种间比较．２．锦蛇属是一高度分化的大属，本研究中的５种锦蛇间．玉斑锦蛇和红点锦蛇关系较近．可以井为１组．另３种归为１组还是分为３个不同的组尚难定论．３．游蛇科６个属之间．锦蛇属、乌梢蛇属和鼠蛇属３属间亲缘关系较近．Ｒｈａｂｏｐｈｉｓ和Ｓｉｎｏｎａｔｒｉｘ与链蛇属较近．它们可能代表该科中较原始的类群．     

非纯培养物细菌蛋白酶DNA片段的克隆与表达

为了构建更多的蛋白酶基因工程菌,以及进行蛋白酶基因的直接进化研究,从非纯培养细菌总DNA中扩增各种编码蛋白酶的DNA片段.根据MEROPS和GenBank数据库中的枯草杆菌类蛋白酶的编码区和成熟肽编码序列设计并合成了10条引物.富集培养胞外蛋白酶产生菌并提取了12个总DNA样品,分别用每对引物在降落PCR (TouchdownPCR, TD-PCR)条件下进行蛋白酶编码序列的扩增.选择了19个长800 ~1 200 bp的扩增片段测序,其结果为: 8个是蛋白酶DNA片段,它们应属于4种不同的蛋白酶基因序列;同一对引物扩增到的基因序列差异性可达到32%,说明只使用基于已知序列的PCR方法从混合菌中获得新蛋白酶基因是可行的.将克隆到的1个与碱性蛋白酶E (GenBank No.AJ539133)的编码区99%相似的蛋白酶DNA片段插入pTWIN1载体,在大肠杆菌ER2566中进行表达.结果表明,表达的成熟蛋白酶可分泌到培养基中,能在牛奶平板上产生水解圈,对大肠杆菌有致死作用.图5表3参14     

11个猕猴桃品种间的遗传多样性分析

利用随机扩增多态性DNA标记(RAPD)技术对采自四川省猕猴桃科研基地的11个猕猴桃品种进行了遗传多样性分析.通过引物筛选,从15个RAPD引物中扩增出135条带,其中100条为多态带,占74.07%.UPGMA聚类分析结果揭示了各品种间的亲缘关系.RAPD标记说明猕猴桃品种间遗传距离与地理分布有一定关系,地理位置较近的材料能聚在一起.分子标记可用于猕猴桃种质资源的分类、鉴定及良种选育.图2表2参15     

蒽醌和十二烷基苯磺酸钠胁迫对鲈鱼DNA损伤的RAPD分析

从40条随机引物筛选出6条，对暴露于蒽醌（0．0195mol／L）和十二烷基苯磺酸钠（100mg／L）海水溶液的鲈鱼基因组DNA进行RAPD扩增反应，检测DNA受损情况．实验结果显示，在蒽醌暴露实验中，引物OPA-03检测到鲈鱼在污染7d时的血液和肝脏DNA受到损伤，扩增结果缺失片段大小约为0．9kb特征带．在十二烷基苯磺酸钠污染实验中，不论是作用于鲈鱼个体，还是直接污染其DNA，用所筛选出的6条引物扩增结果未发现对基因组DNA造成损伤，图3表1参22     

榨菜线粒体DNA雄性不育相关片段克隆及序列分析

研究了榨菜(Brassica juncea var．tumida Tsen and Lee)细胞质雄性不育性(CMS)与线粒体基因组的关系,以榨菜细胞质雄性不育系及其保持系线粒体DNA(mtDNA)为模板,设计合成引物进行PCR扩增,从榨菜胞质雄性不育系mtDNA上扩增得到与雄性不育相关的特异片段T1170,点杂交分析表明,T1170仅与榨菜胞质雄性不育系mtDNA有杂交信号,而保持系的mtDNA则无,序列测定该片段全长1173bp,编码389个氨基酸,其中疏水氨基酸占35％。图4参9。     

RAPD分子标记在鉴定香樟优选株和普通株中的应用

从85个随机引物中选10个随机引物对8个香樟样品的DNA进行了扩增，应用RAPD技术区别6个优选株和2个普通株，共获得78个DNA片断，把这些DNA片断作为遗传位点用UPCMA法计算出各材料间的遗传相似性系数，并作了聚类分析．在D＝0．738处8个样品分为两大类，而且普通株同优选株的亲缘关系很近．图2表2参9     

低浓度阿特拉津长期暴露对鲫鱼DNA的影响

运用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术在分子生物学水平上评价了低浓度阿特拉津长期暴露对鲫鱼DNA的影响.结果表明:0.006mg·L-1以上浓度(试验浓度系列为0.006、0.023、0.094、0.375、1.5、3mg·L-1)的阿特拉津持续暴露60d均会对鲫鱼的DNA产生影响;经筛选,确定有34条引物能够扩增出鲫鱼基因组DNA,其中有8条引物能检测出阿特拉津对鲫鱼基因组DNA影响的差异:各浓度组鲫鱼DNA的RAPD扩增产物条带均出现不同程度缺失;在较低浓度长期暴露下阿特拉津对鲫鱼基因组DNA的损伤无明显的剂量-效应关系,阿特拉津毒性在0.375mg·L-1时突然增强,但这一趋势并未向更高浓度组延续(1.5mg·L-1组表现出的毒性弱于0.375mg·L-1组和3mg·L-1组).     

潍坊、花园口土样中土著大豆根瘤菌的遗传多样性研究

采用１６Ｓ－２３Ｓ ｒＤＮＡ间隔区段（ＩＧＳ）ＲＦＬＰ分析和ＰＡＰＤ分析技术，分别对分离自山东潍坊和河南郑州花园口的２４株土著大豆根瘤菌进行２多样性分析。结果一 ７０％的相似性水平上，依ＩＧＳ－ＲＦＬＰ分析可将供试菌株分为１０群，依ＲＡＰＤ分析可将供试菌株分为８群。综合两种分析技术在５０５的相似性水平上将供试菌株分为潍坊群和花园口群。 在系统发育和分子进行上有明显的地理分隔作用。     

RAPD方法鉴定油菜“杂油59”种子纯度的研究

本文采用ＲＡＰＤ分子标记技术对我国育成的油菜新品种“杂油５９”的亲本和Ｆ１代种子纯度进行了技术鉴定。用４０个１０ｍｅｒ的随机引物对“杂油５９”的２个亲本“垦Ｃ８”和“陕３Ａ”进行了ＲＡＰＤ分析，共出现２９０条带，分布于３５３０～２２０ｂｐ之间，大部分条带在双亲之间是相同的。引物Ｏｐａ－Ｏ６，Ｏｐｃ－１２，Ｏｐｃ－２０，Ｏｐｋ－０３，ｏｐｋ－１３，Ｏｐｊ－１２出现差异扩增带，经实验确认Ｏｐｋ－０３的     

利用RAPD技术分析兰属（Cymbidium）品种间的亲缘关系

本文利用RAPD技术来检测兰属13个品种间的亲缘关系。通过对55种10个碱基随机引物的筛选，其中4种引物能得到重复性、稳定性较高扩增产物，四种引物共扩增出93条多态性带，多态率为100％，根据RAPD标记进行邻体聚类分析，表明兰属各种间的亲缘关系与形态学分类结果不完全一致。实验结果认为RAPD技术可用于兰属植物的系统学研究。图2表3参13     

玉米种子的DNA指纹计算机化鉴定

对１２个优良玉米自效系的ＤＮＡ进行了ＲＡＰＤ分析，共筛选了２５０个Ｏｐｅｒｏｎ引物，其中１２个引物共扩增出５９个多态性产物，根据这５９个多态性ＲＡＰＤ产物，对１２个自交系进行了聚类分析，把它们分为３个群，结果与根据系谱法的聚类结果一致。经过优选，用ＯＰＮ－１１扩增出的１１种ＤＮＡ带，建立了这１２个自交系的ＲＡＰＤ－ＤＮＡ指纹图谱。在该图谱呼弱个自交系都具有特异的ＤＮＡ指纹，可以与其它自效纱相区别。     

不同浓度Cd~(2+)对鲤鱼基因组DNA的影响

鲤鱼(建鲤品种)幼鱼暴露于4个浓度组(0.005、0.05、0.5、5mg/L)的镉离子(Cd~(2+))2d,期间各组的个体均无死亡.用10个RAPD引物对处理后鲤鱼基因组进行扩增,亦未发现有明显的差异扩增条带.但在用甲基化敏感扩增多态性方法研究暴露后鲤鱼肌肉组织的基因组DNA甲基化的变化时发现,5mg/L的Cd~(2+)在d2会使鲤鱼基因组DNA中CCGG区域甲基化发生明显的变化.该组个体1mol后出现大量死亡.另外,0.05mg/L和0.5mg/L Cd~(2+)组个体基因组DNA中CCGG区域甲基化比例2d内略有下降,甲基化位点没有太大改变.说明鲤鱼幼鱼基因组CCGG区域的胞嘧啶甲基化比例在不同浓度Cd~(2+)处理中都比较稳定.低浓度Cd~(2+)条件下鲤鱼主要通过甲基化区域的微调减少Cd~(2+)的生理毒性.高浓度Cd~(2+)处理下,利于基因组DNA甲基化区域发生相当的变化,可能导致一些沉默基因的异常表达.图2表2参31     

中国对虾两个不同地理种群遗传结构的RAPD分析

采用ＲＡＰＤ技术对中国对虾中国黄渤海沿岸种群（ＨＢ）和朝鲜半岛西海岸种群（ＰＫ）的遗传多样性进行检测。２０个随机引物（ＯＰＤ系列）在二个种群中都扩增出１４８条ＤＮＡ片段，其中多态性片段数分别为５４条和６５条，多态性片段的比例分别为３６．４９％和４３．９２％，种群的平均杂合度分别为０．１９８１和０．２３７５。实验表明，中国对虾朝鲜半岛西海岸种群的遗传多样性要比中国黄渤海沿岸种群高，但二个种群都处于较