诺卡氏菌株C-14-1中腈水解酶基因的鉴定、测序及分析

从腈纶废水中分离到高效降解多种污染物的诺卡氏菌株C-14—1,并对该菌中腈水解酶的基因进行鉴定和测序．利用红球菌中腈水解酶氨基酸保守区设计核苷酸引物,以菌株C-14—1的总DNA为模板,PCR扩增发现一条预期大小的DNA带．Southern杂交显示基因组中存在一个腈水解酶基因．进一步构建基因文库和菌落原位杂交,克隆到一个约4．5kb的DNA片段．DNA序列测定和分析表明,该DNA片段携带长度为1143bp的腈水解酶基因．比对分析表明,该基因与国际上发表的红球菌和诺卡氏菌中的腈水解酶基因高度相似．     

中国田鼠卵巢细胞自发和亚硫酸氢钠诱发突变的gpt基因分子分析

采用标准的突变细胞克隆技术、PCR及DNA序列分析方法研究了二氧化硫在体内的衍生物—亚硫酸氢钠对CHO－AS52细胞gpt基因的致突变作用。实验结果表明,高浓度的亚硫酸氢钠能诱发该基因发生突变,且其突变频率随该化学物浓度的增加而增高。PCR分析指出,在CHO－AS52细胞自发的、5mmol/L和10mmol/L亚硫酸氢钠诱发的突变体中,gpt基因完全缺失者所占比率分别为36.00％、44.00％及65.00％。对10mmol/L亚硫酸氢钠诱发的非缺失型gpt基因突变的PCR产物直接进行DNA序列分析表明,在5个突变细胞克隆中,有1个发生基因的碱基置换型和移码型突变,其余4个突变细胞克隆的gpt基因结构未发现改变,其碱基的改变可能发生在基因启动子区。     

斑鳢等鱼贝类去毒相关基因的克隆

采用RT-PCR和RACE法,克隆得到斑鳢、鲢鱼CYPlA与斑鳢HSP70基因cDNA的核心序列,序列长度分别为908 bp、902 bp、684 bp,分别编码302、300、228个氨基酸;还克隆得到斑鳢、近江牡蛎GPX基因cDNA的部分序列,长度分别为720 bp、727 bp,分别编码119、232个氨基酸.多个重要养殖水生动物的去毒相关基因的成功克隆,为水产养殖动物去毒相关基因结构、功能、表达调控研究以及今后定向筛选高食用安全保障的水产品奠定基础.     

养殖场周边环境污染对畜禽养殖质量影响研究——以基于DNA条形码技术的黄牛肉质检测物研究为例

当前养殖场周边环境严重影响畜禽类的养殖质量,以基于DNA条形码技术的黄牛肉质检测物研究为例,对黄牛肉的真伪进行了检测。对黄牛种类特异性基因COI基因(NC_006853.1)序列进行设计,利用DNA提取、DNA纯度和浓度测定、PCR扩增、电泳检测、DNA纯化和回收、DNA克隆,完成肉质真伪的检测。得到电泳检测结果,真正黄牛肉扩增片段长度为534 bp,其余肉品样本不能扩增出534 bp。实验结果表明,该检测方法操作方便,检测时间短,应用前景较好,可以满足市场肉类监督检测需要。     

嗜吡啶红球菌多氯联苯降解基因的克隆与表达

建立了多氯联苯/联苯降解菌嗜吡啶红球菌 R04 的基因组文库.活性筛选得到 1 个18kb的阳性片断,内含 1个 921个核苷酸的新的开环酶2,3-二羟基联苯双加氧酶基因 bphC2,该基因能够在大肠杆菌中表达,其蛋白分子量约为34kDa.此外,在该基因上游39bp处还发现另外一个 2,3-二羟基联苯双加氧酶基因 bphC1 的部分序列.     

焦化废水活性污泥PAH双加氧酶基因多样性分析

为分析焦化废水活性污泥中降解PAH双加氧酶的多样性,利用16Sr DNA-PCR-DGGE方法,以实际焦化废水好氧单元活性污泥总DNA为模板,通过引物对污泥中的双加氧酶基因进行了克隆表达和多样性分析.结果表明,以活性污泥总DNA为模板,利用引物RHD-GN-610F和RHD-GN-916R扩增后有明显的产物,产物大小约为300bp;DGGE指纹图谱显示PCR产物有8条分离条带,丰度分别为2.99%、8.16%、20.75%、28.50%、8.62%、7.26%、10.62%和13.10%;条带经切胶回收PCR扩增后出现明显的扩增产物,TA克隆后成功测试出4条序列,长度分别为305bp,298bp,334bp和294bp,表明焦化废水活性污泥中存在不同降解PAH的RHD酶.这些结果为焦化废水中PAHs的风险评估及其潛在生物降解提供理论基础.     

鲢鱼、草鱼和尼罗罗非鱼热休克蛋白70基因cDNA全序列的克隆与分析

采用RT-PCR技术和RACE技术分别从淡水食毒藻鱼类鲢鱼（Hypophthalmichthys molitrix）、尼罗罗非鱼（Oreochromis nilotica）及草食性鱼类草鱼（Ctenopharyngodon idella）肝脏扩增出热休克蛋白70（HSP70）cDNA全序列,并与其它鱼类、两栖类和哺乳类动物的HSP70氨基酸进行了同源性比较. 结果表明,鲢鱼、草鱼和尼罗罗非鱼肝脏HSP70基因cDNA全长分别为2356 bp、2348 bp和2242 bp,分别编码649、649和638个氨基酸.鲢鱼、草鱼和尼罗罗非鱼HSP70与其它鱼类、两栖类和哺乳类动物HSP70氨基酸同源性均较高,表明其在进化上高度保守,且承担着重要的生理功能.构建系统进化树发现,鲢鱼、草鱼与其它鲤科鱼类斑马鱼、银鲫（Carassius auratus gibelio）的HSP70氨基酸同源性较高,处于同一进化树分枝;而尼罗罗非鱼HSP70未与其它鲈形目鱼类,如鲷科鱼类聚为一枝,而是占据一个独立的分枝,这与克隆得到的鲢鱼、草鱼肝脏HSP70基因可能为结构型HSP70,而尼罗罗非鱼肝脏HSP70基因可能为诱导型HSP70的结果相一致.     

二氧化硫胁迫下拟南芥miRNA表达谱分析

以拟南芥为材料,利用高通量测序技术并结合生物信息学分析方法,检测二氧化硫(SO_2)处理后拟南芥植株的小分子RNA表达谱,筛选SO_2胁迫响应microRNAs(miRNAs)分子,研究植物miRNAs对逆境胁迫的应答机制.结果发现,30 mg·m~(-3) SO_2处理72 h后,拟南芥地上组织小分子RNA长度分布发生改变,在对照组和SO_2组中均有大量特有的小分子RNA序列,说明SO_2胁迫可诱导拟南芥小分子RNA的表达改变.SO_2胁迫诱导186个保守miRNA和16个新miRNA分子差异表达,其靶基因主要涉及转录调控、信号转导、代谢、刺激响应等生理过程.差异表达的miR160和miR393可通过生长素信号途径调控植株生长发育,参与植物对SO_2的胁迫响应.本研究揭示了植物中参与SO_2胁迫应答的miRNA种类及作用机制,进一步阐明了miRNAs在植物抗逆应答过程中的作用.     

固态发酵过程中微生物总DNA提取方法比较

为了分析固态发酵过程中微生物群落的多样性及演替情况,对比研究了从固态发酵中提取细菌和真菌DNA的3种方法--溶壁酶法、超声波法、液氮研磨 CTAB法.使用紫外分光光度计测定了由不同提取方法得到的DNA的产量与纯度;使用细菌16S rDNA基因通用引物(341F和907R)和真菌18S rDNA基因通用引物(NU-SSU-0817和NU-SSU-119)对DNA进行了PCR扩增;采用DGGE(变性梯度凝胶电泳)法对固态发酵中细菌和真菌的多样性进行了分析.结果显示,3种方法得到的粗提和纯化DNA长度均约为23 kb;细菌和真菌PCR产物长度分别约为586 bp和422 bp.细菌和真菌PCR产物的DGGE分析表明,3种方法提取的DNA所反映的微生物多样性比较一致;但紫外分光光度计测定结果表明溶壁酶法提取固态发酵中微生物总DNA产量最高,超声波法次之,液氮研磨 CTAB法最低.     

通用引物PCR方法在地表水病原菌检测中的应用

为了探索通用引物PCR方法在地表水病原细菌检测中的应用价值,利用16S rRNA基因的高度保守性,设计并合成细菌的通用引物,采用合成的引物扩增参考菌株及西安市区不同地表水样,并对PCR产物分别进行序列测定及序列同源性分析,同时检测水样中的细菌总数和粪大肠杆菌浓度.结果显示,通用引物扩增4种参考菌株,320 bp处均可得到清晰的电泳条带,其特异性通过序列测定及同源性分析得到进一步验证;通用引物PCR可检出250 ng/L的埃希氏大肠杆菌标准菌株DNA,其PCR检测的灵敏度可达0.275 CFU/mL;用通用引物对西安市区不同地表水样进行PCR扩增,其中■河、兴庆湖、大唐芙蓉园北湖、北石桥污水处理厂出水样品320 bp处都得到了清晰的电泳条带,而黑河水样没有条带;与之相对应的粪大肠杆菌群检测结果显示,只有北石桥污水处理厂出水和兴庆湖水样有粪大肠杆菌检出.      

2株球形棕囊藻溶藻细菌的分离及鉴定

从珠海赤潮海水中分离出2株溶藻细菌Y01和Y04,对球形棕囊藻均有显著的溶藻效果.结果表明,溶藻细菌Y01和Y04均为革兰氏阳性菌,对球形棕囊藻的溶解作用时间为6 d.借助显微镜及扫描电镜等观察Y01和Y04溶藻过程,发现2株溶藻细菌的溶藻方式均为直接裂解藻细胞.溶藻细菌Y01和Y04的16S rDNA系列分析表明,溶...     

Detection of Phaeocystis globosa using sandwich hybridization integrated with nuclease protection assay (NPA-SH)

Phaeocystis globosa Scherffel is one of the common harmful algae species in coastal waters of the southeastern China. In this study, sandwich hybridization integrated with nuclease protection assay (NPA-SH) was used to qualitatively and quantitatively detect P. globosa. Results showed that this method had good applicability and validity in analyzing the samples from laboratory cultures and from fields. The linear regression equation for P. globosa was obtained, and the lowest detection number of cells was 1.8×104 cells. Statistics showed that there was no distinct difference between the results of detecting the microalgae by NPA-SH and traditional microscopy. This technique has good reliability, accuracy, and can give a remarkably high sample processing rate. Sandwich hybridization integrated with nuclease protection assay will provide an efficient alternative to microscopic method for monitoring and investigating the bloom of P. globosa.     

两种赤潮藻对SD和SMX的耐受性研究

探讨了海洋中常见药残磺胺嘧啶(SD)和磺胺甲恶唑(SMX)对球形棕囊藻和东海原甲藻生长的影响。结果表明:当这两种磺胺药物浓度大于20 mg/L时,球形棕囊藻和东海原甲藻的生长明显被抑制;SD和SMX对球形棕囊藻半数生长影响的浓度(EC50)分别为60～80 mg/L和20～40 mg/L;SD和SMX对东海原甲藻半数生长影响的浓度分别为20～40 mg/L和40～60 mg/L;两种藻培养96 h时扫描电镜观察,均显示高浓度下藻细胞膜严重破损,说明磺胺药物对其生长具有抑制作用。EC50对比表明球形棕囊藻对SD的耐受性强于SMX,而东海原甲藻对SMX的耐受性强于SD。两种藻对药残的耐受性明显强于其他藻种,在高浓度药残环境中占据生存优势。通过这项研究,试图探讨磺胺药物对河口及近海养殖区赤潮频发和赤潮消亡的影响。     

富马酸单甲酯抑制球形棕囊藻生长的研究

研究了富马酸单甲酯对球形棕囊藻赤潮生物的抑制作用。结果表明:富马酸单甲酯可以有效延长藻细胞的生长适应期,降低生长量,缩短生长稳定期和诱导藻体细胞自溶。同时,运用量子化学原理从理论上论证了富马酸单甲酯分子控制赤潮藻类生长的作用机理。     

球形棕囊藻与红树林细菌Flavobacterium sp.相互关系的研究

从深圳福田红树林中分离出一株细菌,对球形棕囊藻有溶藻活性,通过形态鉴定为假单胞菌属细菌。将球形棕囊藻、藻过滤液和提取的溶血毒素与细菌共培养,通过荧光显微计数及平板计数研究活细菌数和可培养细菌数,结果表明:当细菌直接与棕囊藻共培养时,细菌很快进入VBNC状态,细菌能够促进棕囊藻溶血毒素的积累。而将细菌置于透析袋中与棕囊藻一起共培养时,棕囊藻对细菌的VBNC状态影响不大,细菌对棕囊藻溶血毒素的积累无影响。对数期、稳定期棕囊藻培养过滤液和溶血毒素均可使细菌很快进入VBNC状态,溶血毒素可能在球形棕囊藻在被牧食及抑制其他竞争者中(化感作用)扮演着重要的角色。     

玉米叶对我国几种典型赤潮藻生长的影响研究

研究了玉米叶对塔玛亚历山大藻(Alexandrium tamarense)、海洋卡盾藻(Chattonella marina)、赤潮异弯藻(Heterosigma akashiwo)、东海原甲藻(Prorocentrum donghaiense Lu)和球形棕囊藻(Phaeocystis globosa)生长的影响,以期为筛选新的、无污染的、廉价高效的除藻剂提供思路,为不同的有害赤潮的治理提供参考.结果表明,玉米叶对塔玛亚历山大藻、海洋卡盾藻、赤潮异弯藻、东海原甲藻和球形棕囊藻生长的影响明显不同.玉米叶可显著抑制塔玛亚历山大藻、海洋卡盾藻和赤潮异弯藻的生长,但对东海原甲藻生长的影响不大,对球形棕囊藻的生长则有显著的促进作用.这些结果表明,玉米叶对赤潮藻生长的抑制作用存在一定的选择性,这种选择性与藻的种属与细胞结构并无明显的相关性.     

1株高效反硝化聚磷菌的生物学特性研究

采用专性培养基,从稳定运行的A/O/A SBR反应器中分离得到1株高效的反硝化聚磷菌Q-hrb05.菌株Q-hrb05的16S rDNA序列登录GenBank,登录号为GU214826.分析了该菌株的胞外聚合物的成分,探讨了pH、温度和碳源对株菌的生长及脱氮除磷效能的影响.结果表明,菌株Q-hrb05为芽孢杆菌,胞外聚...     

16S rDNA克隆文库方法分析好氧颗粒污泥细菌组成

采用构建16S rDNA克隆文库方法对好氧颗粒污泥的细菌种群多样性进行研究. 随机测定了82个克隆子序列(700 bp),Blast比对结果表明,好氧颗粒污泥中微生物群落具有高度多样性,可分为7个主要类群,其中,β变形菌(β-Proteobacteria)类群和鞘脂杆菌(Sphingobacteria)类群在文库中所占比例最大,分别为34.16%和30.50%;其次是Candidate division TM7类群、黄杆菌(Flavobacteria)类群和γ变形菌(γ-Proteobacteria)类群,分别为9.76%,7.32%和7.32%;放线菌(Actinobacteria)类群和α变形菌(α-Proteobacteria)类群所占比例相对较小,分别为4.88%和1.22%. 序列分析结果表明,好氧颗粒污泥中不仅含有对好氧颗粒污泥形成和稳定运行具有重要作用的食酸菌属(Acidovorax)细菌、假单胞菌(Pseudomonas)等细菌,还含有对CODCr和氨氮具有很好去除能力的Micropruina glycogenica,丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)等细菌.      

角蛋白酶产生菌的分离鉴定及其kerC的克隆表达

以四川农业大学养鸡场堆砌废弃羽毛处土壤为样品,筛选出一株具有较强降解羽毛能力的细菌B-3菌株.经形态学、生理生化特性和16S rRNA基因序列分析,鉴定其为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis),命名为枯草芽孢杆菌B-3.并成功克隆到该菌株的角蛋白酶基因kerC(GenBank No.:JN021789),在大肠杆菌BL21(Escherichia coli BL21)中获得了高效表达.该基因全长1146bp,GC含量46.5%,编码381个氨基酸,与已报道的枯草芽孢杆菌YYW-1的kerC基因(GenBank No.: EU362730)同源性达到100%.重组菌株经IPTG诱导后角蛋白酶酶活力达14.8U/mL,经His-Tag纯化和SDS-PAGE分析表明,重组角蛋白酶分子量约为60kDa(融合了硫氧还蛋白,Trx).重组角蛋白酶最适反应温度和pH值分别为65℃与7.0.     

一株溶藻细菌的分离鉴定及其溶藻特性

从对藻类及藻毒素有良好去除作用的海绵固定化微生物系统中分离到一株溶藻细菌P0 7,对该菌溶解铜绿微囊藻(Microcystisaeruginosa)、栅藻(Scenedesmus)及小球藻(Chlorella)的效果、溶藻方式进行了研究,利用16SrDNA序列分析对其进行了鉴定.结果表明,该菌株不但对铜绿微囊藻具有良好的溶解效果,而且对淡水中常见的栅藻及小球藻也具有良好的去除作用.初始菌浓度越大,溶藻效果越明显,达到最佳溶藻效果的时间越短.当菌浓度为2 . 4×10 7个·mL- 1 时,3d后铜绿微囊藻的去除率可达到81 .67% .该菌溶藻无需菌体与藻细胞直接接触,是通过分泌某种非蛋白质类物质溶藻.该菌革兰氏染色呈阳性,可运动;不能利用大多数常见碳源.16SrDNA序列分析表明,P0 7菌株与多株芽孢杆菌的16SrDNA核苷酸序列的同源性均在99. 7%以上,归属于芽孢杆菌属.