利用16s rDNA方法检测刺参消化道细菌种类

以2007年7月采自大连瓦房店养殖厂的刺参为实验材料,通过对刺参肠道中的细菌16s rDNA V3区基因进行扩增、克隆测序及序列同源性分析,对其种类进行初步研究。本研究测序获得11条16s rDNA V3区基因序列,并进行Blast同源比对,确定序列同源性,分析出11种细菌,三种梭菌属(Clostridium)细菌,两种为假单胞菌属细菌(Pseudomonas),一种产丙酸菌属细菌(Propionigenium),一种为金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus),有六种细菌分别与4种不可培养的未命名细菌同源,并根据测序结果建立系统发生树。本研究提供了一种检测海洋微生物的方法,为刺参病害诊断提供科学依据,为海洋微生物资源的开发和新种的发现提供了资料。     

Identification and characterization of the chromium（Ⅵ） responding protein from a newly isolated Ochrobactrum anthropi CTS-325

A Gram-negative, chromium(VI) tolerant and reductive strain CTS-325, isolated from a Chinese chromate plant, was identified as Ochrobactrum anthropi based on its biochemical properties and 16S rDNA sequence analysis. It was able to tolerate up to 10 mmol/L Cr(VI) and completely reduce 1 mmol/L Cr(VI) to Cr(III) within 48 h. When the strain CTS-325 was induced with Cr(VI), a protein increased significantly in the whole cell proteins. Liquid chromatography tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) analysis revealed that this protein was a superoxide dismutase (SOD) homology. The measured superoxide dismutase activity was 2694 U/mg after three steps of purification. The SOD catalyzes the dismutation of the superoxide anion (O₂^·−) into hydrogen peroxide and molecular oxygen. This protein is considered to be one of the most important anti-oxidative enzymes for O. anthropi as it allows the bacterium to survive high oxygen stress environments, such as the environment produced during the reduction process of Cr(VI).     

Microbial biodegradation of microcystin-RR by bacterium Sphingopyxis sp. USTB-05

A strain,USTB-05,isolated from Lake Dianchi,China,degraded the cyanobacterial toxin microcystin-RR(MC-RR) at the rate of 16.7 mg/L per day.Analysis of 16S rDNA sequence showed that the strain was Sphingopyxis sp.Enzymatic degradation pathways for MC-RR by Sphingopyxis sp.USTB-05 were identified.Adda-Arg peptide bond of MC-RR was cleaved and then a hydrogen and a hydroxyl were combined onto the NH 2 group of Adda and the carboxyl group of arginine to form a linear molecule as intermediate product within the ...     

油藏内源微生物群落结构特征研究

采集大港油田油井well-1017采出液,利用GC-MS分析油藏原油结构并利用16S r DNA克隆文库技术分析油藏内源微生物群落结构特征,探索极端油藏环境下细菌和古细菌的群落功能。研究结果表明:长期水驱开采导致了油藏采出液含水率、原油重质组分升高,原油品位下降。同时,油藏内源微生物16S r DNA克隆文库系统反映了油藏细菌群落包括Proteobacteria、Firmicutes、Nitrospirae、Bacteroidetes、Thermotogae、Deferribacteres、Caldiserica、Dictyoglomi和Aquificae等9个门类,而古细菌群落主要包括广古菌门Euryarchaeota的Methanobacteria、Archaeoglobi、Methanomicrobia和Thermococci等4个纲结构;微生物文库构成显示极端油藏环境下仍存在着丰富的功能微生物资源,其在石油烃降解、产表面活性剂和产甲烷等方面展现出较大的应用潜力。研究极端油藏微生物群落结构多样性,可以为微生物驱油技术在低品位油藏资源的开采应用中提供重要的生物信息。     

中药废水污泥群落结构解析中PCR-DGGE引物的选择与评价

在中药废水生物活性污泥群落DGGE解析过程中,为了探讨16S rDNA通用引物的扩增效率和对污泥细菌群落的表征能力,选用包括简并性引物在内的11对通用引物扩增16S rDNA序列的4个可变区,并应用DGGE图谱评价不同引物的扩增效率和微生物种群多样性.结果表明,采用不同引物对进行DGGE分析时,微生物种群多样性存在着显...     

用单个特异引物扩增桃ACC氧化酶cDNA及其在大肠杆菌中的表达

用单个特异引物和通用引物ｏｌｉｇｏ（ｄＴ）１５从桃受伤叶片ｃＤＮＡ中扩增出１．３ｋｂ左右大小的片段．将该扩增产物克隆并对重组克隆作酶切分析发现至少可分为３类．用桃ＡＣＣ氧化酶基因组ＤＮＡ为探针进行点杂交表明,４,７,９,１０,１１,１２重组质粒能与之杂交,其中７,９,１０,１１,１２号重组质粒酶切图谱与已报导的桃果实成熟相关的ＡＣＣ氧化酶ｃＤＮＡ基因基本一致,而４号克隆则不同．ＤＮＡ序列分析和ＰＣＲ鉴定表明,插入片段均由５′端特异引物单个引物扩增出来,对７号重组克隆插入片段ＤＮＡ全序列分析表明,７号重组克隆插入片段全长１１４６ｂｐ,包含了除启始密码子外的全部编码区和１９２ｂｐ的３′端非编码区．通过补上起始密码子ＡＴＧ构建重组表达载体,在大肠杆菌中表达出３５×１０３的非融合蛋白     

渭河浮游细菌群落结构特征及其关键驱动因子

基于T-rflp技术和高通量测序技术,分析了渭河在平水期、枯水期和丰水期的浮游细菌群落变化特征,并采用冗余分析和典范对应分析识别了不同水文时期影响细菌群落的关键环境因子.结果表明,渭河水体浮游细菌群落空间和季节差异明显,且季节性差异比空间差异更加显著.平水期、枯水期和丰水期渭河(陕西段)干流浮游细菌群落Shannon多样性指数分别在2.13~2.82、2.05~2.84和2.61~2.91之间.平水期浮游细菌多样性指数空间差异最大(RSD=16.75%),样点间群落结构相似度最低(26.8%),流域优势T-RF片段数最多(23种);丰水期浮游细菌Shannon指数空间差异最小(RSD=9.27%),样点间群落相似度最高(62.6%),且检出的优势片段数最少(12种).咸阳-西安段是浮游细菌群落多样性最低、优势菌群结构最单一的河段.河流水体细菌群落在不同时期的关键环境驱动因子不同,而其中悬浮颗粒物(TSS)浓度是不同水文时期都不可忽视的关键影响因子.高通量分析结果表明,丰水期渭河水体浮游细菌物种涉及21个已知细菌门类和26个候选门类,其中,变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)共同的相对丰度占比达到75%以上,是最主要的细菌类群.汛期渭河干流各样点浮游细菌群落特征趋于一致,物种结构与泾河相似而与黑河存在明显差异.     

三甲胺降解细菌的分离、降解特性及其系统发育分析

分别从稻田土壤和城市污水处理厂的活性污泥中分离得到 2株三甲胺降解菌 2 2和 5 1 .分离菌株为革兰氏染色反应阴性的球菌和短杆菌 ,菌株大小为球菌直径 0 5～ 0 9μm ,短杆菌长 0 9～ 1 2 μm ,不运动 .分离菌株均能在好氧和厌氧条件下利用三甲胺作为唯一碳源 ,生成中间产物二甲胺和甲胺 ,最终将其矿化 .根据其生理生化性状和 1 6SrDNA序列分析结果表明 ,分离菌株为副球菌属 (Paracoccussp .) ,其序列与Paracoccusaminovorans菌株序列的相似性均为 98 8% .     

环境样品中亚硝酸细菌amoA基因的克隆与测序

对从环境样品中分离的亚硝酸细菌(Ammonia oxidizingbacteria)amoA基因进行克隆与测序,为构建基因工程菌打下基础。采用亚硝酸细菌选择性培养基,从4个不同的畜牧养殖污水处理厂采集的样品(分别编号为1,2,3,4)在室温下富集培养2个月后,采取酚氯仿抽提的方法提取DNA。根据已报道的亚硝化单胞菌(Nitrosomonassp.)amoA基因序列,设计引物AMOB AMOE,并在AMOB,AMOE的5′-端分别加上了BamHⅠ和HindⅢ的限制性酶切位点,以利于进一步酶切和克隆。用AMOB AMOE对4种样品的DNA进行PCR扩增,PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳分析。结果表明,4种样品中1号和3号样品扩增得到预期长度的DNA片段,2号和4号样品扩增没有得到预期片段。回收纯化PCR产物与pGEM-T载体连接,构建amoA基因测序载体,并转化E.coliM15。测序结果提交GenBank进行Blast分析。结果显示,扩增得到的DNA片段均与Nitrosomonassp.GH22的amoA基因有99 7%的同源性,可从环境中分离的亚硝酸细菌中克隆出amoA基因。      

硫铁填料和微电流强化再生水脱氮除磷的研究

为提高再生水质量,在不同C/N和HRT条件下,对比分析硫铁复合填料和微电流作用强化再生水深度脱氮除磷效果.结果表明,硫铁复合填料和微电流作用均能够强化氮、磷的深度去除效果,且二者结合能够使反硝化系统pH值稳定在7.2~8.5之间.系统中TN主要靠异养反硝化、氢自养反硝化和硫自养反硝化作用去除,94.04%的TP是以生成磷酸铁沉淀的形式去除.分别从填料上取生物膜,进行Miseq高通量测序,构建细菌16S rRNA基因克隆文库.结果发现,在仅有海绵铁作用系统中,同时具有异养反硝化和氢自养反硝化功能的细菌所占比例达到29.47%;硫铁复合填料和硫铁微电流作用系统中,具有硫自养反硝化功能的Thiobacillus(硫杆菌属)所占比例分别达到60.47%和40.62%.因此,硫铁复合填料和微电流作用用于强化再生水深度脱氮除磷具有明显的优势.