畜禽养殖中沙门氏菌污染的PCR快速检测

针对畜禽养殖是造成农村水环境生物性污染的主要原因,指出用常规生化检测技术耗时长、效率低,不能满足环境管理的要求：应用PCR技术检测沙门氏菌,特异性高、敏感性强、耗时短,与常规分离鉴定方法比较,完全符合实验证明,PCR技术可很好的应用于沙门氏菌污染的调查与监测。     

云南洱海沉积物中硫酸盐还原菌的时空分布特征

利用PCR扩增和荧光原位杂交方法分析了云南洱海沉积物中硫酸盐还原菌(Sulfate-reducing bacteria,SRB)类群和数量的时空分布特征。结果表明,秋季沉积物中检测出四个SRB类群(脱硫肠菌属、脱硫叶菌属、脱硫球菌属-脱硫线菌属-脱硫八叠菌属和脱硫弧菌属-脱硫微菌属),而春季沉积物中只检测出三个类群(脱硫肠菌属、脱硫叶菌属和脱硫球菌属-脱硫线菌属-脱硫八叠菌属)。相比春季,秋季沉积物检测出来的SRB类群具有更大的分布范围,同时,检测出的SRB类群主要分布在沉积物上部;从数量上来看,秋季沉积物SRB数量高于春季沉积物。上述结果指示秋季沉积物环境条件更适于SRB群落。此外,相比洱海秋季,洱海春季沉积环境溶解氧含量较高,且温度较低,这可能导致脱硫弧菌属-脱硫微菌属在洱海春季沉积物中处于不可育状态,由于其活性低而无法检测。     

绿色荧光蛋白标记在生物修复中的应用

通过对铜绿假单胞菌进行增强型绿色荧光蛋白(EGFP)标记,获得带有EGFP遗传标记的铜绿假单胞菌.该菌株绿色荧光标记性能稳定,通过转化子基因组DNAPCR和斑点杂交检测,证明外源EGFP基因存在于转化子染色体上.转化子30h内将溶液的表面张力由70mN/m降至35mN/m,产生的生物表面活性剂性能良好.     

两种龟类Sox基因的PCR扩增及SSCP分析的研究

采用ＰＣＲ技术,扩增了平胸龟、黄缘盒龟的Ｓｏｘ基因,扩增产物与人ｐＹ５３．３ＳＲＹ基因探针进行Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交,证实了扩增产物是人ＳＲＹ基因的同源片段;采用ＳＣＰ分析技术,显示龟类该基因片段的序列与人有较大差异,而龟类种间差异则较小,种内雌雄个体间则无差异．本文结果支持Ｓｏｘ基因在系统演化上十分保守的结论．     

天津沿岸海水中创伤弧菌的PCR检测和定量

采用普通PCR方法和SYBR Green实时定量PCR方法,根据创伤弧菌16S rDNA和23S rDNA基因间隔序列(internal transcribed spacer,ITS)设计引物,对渤海湾天津沿岸海水中的创伤弧菌进行了定性和定量检测.8个样品采集自天津市汉沽区沿岸海水,采集时间分别为2008年7月、10月和2009年3月、5月.PCR检测结果表明,这些样品都能扩增出276 bp的ITS序列,这些序列和GenBank上的同源序列(DQ462478)的相似性为96%～98%.用SYBR Green实时定量PCR方法测定了8个海水样品,样品中创伤弧菌的浓度为7.12×10~3～8.40×10~5 个/L,表明天津沿岸海水存在严重的创伤弧菌污染.     

动物粪便施肥措施促进耐药基因在粪便-土壤-蔬菜之间的散播

耐药基因（antibiotic resistant gene,ARG）在动物粪肥施用的土壤中被越来越多地检出,已经引起了人们对公共安全的担忧,但目前关于动物粪便施肥对蔬菜内生菌中耐药基因的影响尚不清楚.因此,本研究利用高通量定量PCR技术,探讨鸡粪肥施用对土壤、苦菊根和叶片中内生细菌菌群和耐药基因谱的影响.研究结果发现,鸡粪肥的施用不仅增加了土壤和苦菊根内生菌中ARG的数量,而且增加了土壤、苦菊根和叶片中内生菌的ARG丰度.相关性分析显示,土壤菌群和苦菊内生菌中ARG谱与细菌菌群组成密切相关,主要涉及变形杆菌纲、酸杆菌纲、放线菌纲和蓝藻细菌纲等细菌菌群.此外,苦菊内生菌与土壤菌群之间存在共有的ARG,表明土壤-苦菊之间存在耐药基因的内部传播.综上所述,鸡粪肥施用会通过粪便-土壤-植物路径增加蔬菜内生菌中ARG的多样性和丰度.     

准好氧填埋场垃圾样品中甲烷氧化菌的群落多样性分析

为了探讨准好氧垃圾填埋场中的甲烷氧化机理,本研究利用RealTime-PCR和PCR-DGGE技术对其中的甲烷氧化菌分别进行了定量分析和群落多样性分析。研究结果表明,PCR-DGGE技术可以用于垃圾样品中甲烷氧化菌的微生物多样性分析;在距导气管0、2.5、5.0、10.0和15.0 m处垃圾样品中甲烷氧化菌的数量分别为1.13×109、2.22×108、2.38×108、2.20×107和5.21×106g-1,呈现逐渐降低的趋势;垃圾样品中甲烷氧化菌的丰富度和香侬多样性指数依次为：0 m〉2.5 m〉5.0 m=10.0m〉15.0 m,此外,垃圾样品中甲烷氧化菌可归为：Methylocaldum（甲基暖菌属）、Methylobacterium（甲基杆菌属）和Methylocystis（甲基孢囊菌属）,且优势菌种为Type I型Methylocaldum。     

环境雌激素o,p′-DDT和抗雌激素氟维司群对斑马鱼胚胎的复合效应

为探究雌激素与抗雌激素的复合效应,将斑马鱼(Danio rerio)的胚胎暴露于o,p′-DDT和氟维司群2种典型的环境内分泌干扰物中,考察胚胎孵化率、孵化时间和总畸形率,并用实时荧光定量PCR技术检测Vtg1、Vtg2和ERα等雌激素效应相关基因的mRNA转录水平.结果显示,与单一化合物的暴露相比,o,p′-DDT和...     

好氧堆肥高温期的嗜热真菌和嗜热放线菌群落结构

使用传统的培养方法和PCR-DGGE技术对好氧堆肥高温期的嗜热真菌和嗜热放线菌群落结构进行了研究.分别采用园林垃圾和餐厨垃圾作为堆肥原料,进行了20d好氧堆肥.高温期(≥50℃)持续了10d和8d.分别对2堆体高温期样品进行稀释平板混菌培养,真菌总数和放线菌总数均分别呈"降低-升高"和"升高-降低-升高"的趋势.同时提取微生物总DNA.分别使用真菌引物对(GC-NS7/NS8)和放线菌引物对(F243/GC-R513)从总DNA中成功扩增得到目标产物,对目标产物进行DGGE分离.传统培养法和DGGE图谱结果显示,不同堆体高温期的嗜热真菌和嗜热放线菌均表现出相似的变化规律,嗜热真菌优势菌比嗜热放线菌明显,但菌群总数比嗜热放线菌少.聚类分析结果表明,堆肥高温期嗜热真菌和嗜热放线菌分别以升温时56℃和58℃为界,分成2个明显的变化阶段,每阶段内部聚类关系较近.阶段间关系较远.温度对高温期真菌和放线菌具有明显的筛选作用.     

Real Time PCR研究进展及其在海洋病原生物检测中的应用

Real Time PCR,即实时监测PCR扩增产物并进行解析的方法,目前已广泛应用于分子生物学研究的各个领域.Real Time PCR技术秉承及发展了普通PCR的快速、高灵敏度检出等优点,同时克服了普通PCR不能准确定量、容易污染等缺点,无需在反应结束后通过电泳操作确认扩增产物.目前,Real Time PCR可设计多对引物在同一反应体系中同时对多个靶基因进行扩增,实现多莺实时定量检测.Real Time PCR使PCR技术发生了质的飞跃,扩展了PCR技术的应用范畴,是一种具有划时代意义的技术.本文主要介绍Real Time PCR的主要原理、解析方法、技术发展趋势及其在海洋病原生物检测方面的应用.